Antifungal Resistance in Dermatophytes: Genetic considerations, Clinical Presentations and Alternative Therapies

Numerous reports describe the emergence of resistance in dermatophytes, especially in T. rubrum and T. mentagrophytes/indotineae strains. We here present a review of the current status of resistance in dermatophytes worldwide. Resistance to terbinafine is mainly discussed, with dif-ferent mutations found in the squalene epoxidase gene also considered. Resistance to azoles is also approached. Clinical presentations caused by resistant dermatophytes are presented, to-gether with alternative therapies that help to better manage these kind of infections

National cartography of water points for the presence of Vibrio spp. in Belgium

peer reviewedIntroduction: Most Vibrio spp. are environmental and non-pathogenic, but they can also cause illnesses such as wound infections and gastroenteritis. Invasive clinical cases of vibriosis have also been described in Belgium after water contact (De Keukeleire et al., 2018). These recent years, an universal increase occurred in the number of reports of human infections involving non-O1, non-O139 V. cholerae and other Vibrio spp. Waters for recreational use such as lakes and sea water are not yet monitored for Vibrio spp. That is why the Belgian national reference center conducted a study, by doing a cartography of Belgian water points for the presence of Vibrio spp. to evaluate its possible impact on public health. Methods: Sampling of waters was performed monthly between May and September 2021. These were done in different areas in Wallonia (Butchenbach, Robertville, Warfaaz lakes) and in Flanders (Blaarmeersen, Donk, Donkvijver, Boerenkreek lakes) including samplings in the North Sea (Knokke). The temperature and pH of the water were systematically recorded. The collected water was then filtrated, cultured and the “most probable number” method was used for bacterial quantification. The growing colonies were identified by Maldi-Tof and multiplex PCR. Results: No Vibrio spp. was found in the screened water points in Wallonia. However, several Vibrio spp. (Non -O1, Non-O139 Vibrio cholerae, Vibrio alginolyticus and Vibrio parahaemolyticus) were isolated at notable concentrations from different water points of Flanders (Blaarmeersen, Donkvijverand and Boerencreek) and from the North Sea. The monthly calculated concentration of Vibrio spp. was correlated with an increase of the water temperature as in June (22°C) the Vibrio cholerae concentration was evaluated at 110 CFU/ml while in August (24.2°C), the concentration reached >11000 CFU /ml. No impact of the pH was observed. Conclusion: Our study demonstrate the presence of Vibrio spp. at concentrations able to cause human infections in different water points mostly in the North of Belgium. This study supports the recommendation to include Vibrio spp. in water quality controls in order to define if water recreational activities are harmless for humans in Belgium

Occurrence of Vibrio spp. in Selected Recreational Water Bodies in Belgium during 2021 Bathing Season.

peer reviewedIn recent years, a global increase in the number of reports of human vibriosis involving V. cholerae non-O1/O139 (NOVC) and other Vibrio spp. has been observed. In this context, the Belgian National Reference Center for Vibrio conducted an assessment of the presence of Vibrio spp. in recreational waters. Water sampling was performed monthly in different lakes in Wallonia and Flanders, including the North Sea. The collected water was then filtrated and cultured, and Vibrio spp. was quantified according to the Most Probable Number (MPN). Presumptive colonies were confirmed via MALDI-TOF, and PCR for virulence genes was applied if justified. No Vibrio spp. was found in the analyzed water bodies in Wallonia. However, NOVC was isolated from three different lakes in Flanders and from coastal water. In addition, V. alginolyticus and V. parahaemolyticus were also detected in coastal water. No clear impact of the pH and temperature was observed on Vibrio spp. occurrence. Our study demonstrates the presence of Vibrio spp. in different bathing water bodies, mostly in the north of Belgium, and supports the recommendation to include Vibrio spp. as a water quality indicator for bathing water quality assessment to ensure the safety of water recreational users in Belgium

Analyse de la sensibilité aux antifongiques des souches de Cryptococcus spp. provenant de Kinshasa (RDC), substitution intronique du gène ERG11 dans une des souches résistantes au fluconazole

Background The management of cryptococcal meningitis (CM) remains a real challenge specifically in the context of antifungal resistant strains emergence, mainly against fluconazole which is the most widely administered antifungal in poor world regions. Objective We focused here on the common used antifungal susceptibility testing of Cryptococcus spp. from people living with HIV (PLHIV) with CM. Moreover, the sterol 14-α-demethylase gene (ERG11) substitutions that would underlie the fluconazole high minimum inhibitory concentrations (MICs) were explored in the relevant strains. Methods Twenty-three strains of Cryptococcus neoformans (VNI), five strains of C. curvatus, and one strain of C. laurentii were analysed. MICs were determined according to the EUCAST E.Def 7.3.1 protocol. The ERG11 gene sequence was extracted from the cryptococcal genome NGS data and then analysed in comparison to the wild-type sequence of the C. neoformans ERG11 gene. Results Among the included strains, only C. laurentii was resistant to amphotericin B. Strains with high MICs values to 5-flucytosine were identified in 6.8% of cases (2/29), including the single C. laurentii and one C. neoformans isolates. Regarding the strains’ susceptibility to fluconazole, 13.8% (4/29) exhibited high MICs values (16-32 mg/L), among them, two of five (40%) C. curvatus strains and two of 23 (8.7%) C. neoformans strains. No statistical difference of mean MICs values was found comparing the major sequence type (ST)-MLST of C. neoformans strains (ST93) and the less common ST-MLST (ST53, ST31, ST5, ST4, ST659, and ST69). One of the two Cryptococcus neoformans strains showing high MICs to fluconazole wore three ERG11 gene substitutions, including two exonic silent point substitutions and one intronic point substitution located within a potential sequence involved in the splicing of the pre-mRNA (g.315C > T), which is suspected to be the underlying mechanism to this high MIC. The ERG11 gene sequence of Cryptococcus curvatus with high MIC to fluconazole was not analysed due to a lack of her wild-type gene sequence in NCBI database. Conclusions While slight disparities in antifungal susceptibility were found between Cryptococcus species, no significant differences were observed within C. neoformans strains with different ST-MLST. We suspect that an intronic point substitution in a sequence that may be involved in the pre-mRNA splicing of the ERG11 gene could be responsible for fluconazole resistance of C. neoformans. We consider that more elaborate and in-depth investigations to draw definitive conclusions are needed.Cryptococcose chez les personnes vivant avec le VIH à Kinshasa : contribution à l'étude épidémiologique et moléculaire3. Good health and well-bein

Clinical epidemiology and molecular characterisation of Cryptococcus spp. isolates infecting PLHIV in Kinshasa, DRC

Contexte Au cours de l’infection à VIH, la cryptococcose neuro-méningée (CNM) représente l’une des infections opportunistes ayant une morbi-mortalité la plus élevée. L’identification des espèces de cryptocoques en cause est d’une grande importance dans la surveillance épidémiologique et une condition de succès thérapeutique. Objectifs La présente étude s'est concentrée sur la caractérisation moléculaire d’isolats de Cryptococcus spp. obtenus auprès de personnes vivant avec le VIH (PVVIH) à Kinshasa (RDC), et a examiné l’association possible entre les facteurs de gravité de la CNM et les profils de typage des séquences multilocus (MLST) de Cryptococcus neoformans. Méthodes Le liquide céphalo-spinal (LCS) a été collecté auprès de PVVIH présentant un syndrome méningé, et cultivé sur milieu de Sabouraud (dextrose agar). Les isolats ont été caractérisés par PCR multiplex de sérotypage, MALDI-TOF MS, séquençage de la région ITS et analyse MLST des séquences extraites des données de séquençage de nouvelle génération (NGS). Les facteurs de gravité de la CNM, tels que l'hypoglycorrhachie (30 cm d'eau), et l'issue péjorative des patients ont été comparés en fonction des séquences type (ST) du MLST. Résultats Vingt-trois des 29 isolats de Cryptococcus spp. ont été identifiés comme étant de sérotype A par PCR multiplexe de sérotypage (79,3% ; 95% IC : 65,5-93,1), alors que six (20,7% ; 95% IC : 6,9-34,5) n'étaient pas sérotypables à l’aide de cette technique. Tous les 29 isolats ont été identifiés par séquençage ITS comme suit : Cryptococcus neoformans (79,3%), Cryptococcus curvatus (17,2%), et Cryptococcus laurentii (3,5%). Les 23 isolats de C. neoformans ont tous été identifiés comme étant de type moléculaire (MT) VNI en utilisant le schéma consensuel du groupe Cryptococcus neoformans/C. gattii MLST ISHAM, incluant sept ST différentes : ST93 (n=15), ST5 (n=2), ST53 (n=1), ST31 (n=1), ST4 (n=1), ST69 (n=1), et une nouvelle ST identifié pour la première fois dans le présent travail et assignée comme ST659 (n=2). Parmi les facteurs de gravité de la CNM considérés dans cette étude, seule l'issue péjorative de patients était associée aux infections causées par les ST minoritaires (87,5%, p=0,02) (ST53, ST31, ST5, ST4, ST659 et ST69). Conclusions L'analyse moléculaire des isolats de Cryptococcus spp. a montré une grande diversité d'espèces et une hétérogénéité génétique au sein du seul type moléculaire identifié, VNI. En outre, les infections dues à des ST minoritaires ont été associées à une issue plus péjorative que celles dues à la principale ST (ST93). Recommandations Les présents résultats devront inciter le Programme de Lutte contre le Sida ainsi que les prestataires de soins à, effectivement intégrer dans le cadre de la prise en charge de routine, la possibilité d'une telle diversité d'espèces de cryptocoques et d'une telle hétérogénéité de Cryptococcus neoformans au sein d'une même population et la nécessité d'une caractérisation moléculaire plus avancée des souches pour la surveillance épidémiologique et clinique. En effet, les profils biologique et clinique, y compris la sensibilité aux antifongiques et les résultats d’analyses microbiologiques de routine, varie d'une espèce à l'autre et même d'une séquence type à l'autre.Cryptococcose chez les personnes vivant avec le VIH à Kinshasa : contribution à l'étude épidémiologique et moléculaire3. Good health and well-bein

Comparison of clinical and biological characteristics of PLHIV with Cryptococcus neoformans versus C. curvatus/C. laurentii meningitis

Contexte La méningite cryptococcique est principalement causée par le complexe d’espèces Cryptococcus neoformans/C. gattii, aussi bien chez les immunodéprimés que chez les immunocompétents. Objectifs Dans ce travail, nous avons comparé les caractéristiques cliniques, biologiques voire le profil de sensibilité aux antifongiques des souches chez les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) présentant une méningite à Cryptococcus neoformans (Cn) versus Cryptococcus curvatus/C. laurentii (Cc/Cl). Méthodes Une étude analytique comparative a été menée. Outre les données cliniques des patients, les analyses suivantes ont été réalisées et les résultats ont été comparés dans les deux groupes : examen biochimique, test d'antigène cryptococcique, coloration directe à l'encre de Chine et culture sur Sabouraud Dextrose Agar-Chloramphénicol, tous sur le liquide céphalo-spinal (LCS) ; l’identification des souches par spectrométrie de masse (MALDI TOF MS), séquençage ITS, PCR multiplexe de sérotypage et le test de sensibilité aux antifongiques. La principale variable des résultats était « l'espèce de Cryptococcus identifiée », qui a été comparée à d'autres variables du même type à l'aide du test de Chi carré de Pearson ou du test exact de Fisher. Résultats Au total, 23 (79,3 %) cas de méningite à Cn contre 6 (20,7 %) cas de méningite à Cc/Cl ont été retenus. La méningite à Cn était plus fréquemment associée à des céphalées (100 % vs 50 %, p  = 0,005) que la méningite à Cc/Cl et les signes méningés étaient plus fréquents chez les patients infectés par Cn. Biologiquement, l'hypoglycorrachie et le faible nombre de CD4 ont été plus observés dans le groupe Cn (90 % contre 20 % des patients, p  = 0,01 ; 45,6 contre 129,8 cellules/µL, p  = 0,02, respectivement). Une proportion plus élevée des Cn (91,3 %) ont montré une faible concentration minimale inhibitrice (CMI) (< 8 mg/L) pour le fluconazole par rapport aux souches Cc/Cl (66,7 %). En plus, des souches de Cc/Cl résistantes à la 5-flucytosine et à l'amphotéricine B ont été retrouvées dans 16,7 % des cas pour chacun des deux antifongiques. La détection de Cryptococcus par les analyses de routine (encre de Chine, culture et antigènes) était meilleure pour les échantillons de Cn que pour Cc/Cl. À l'exception du séquençage ITS qui a identifié toutes les souches des deux groupes, la spectrométrie de masse et la PCR multiplexe de sérotypage ont mieux identifié les souches de Cn que Cc/Cl (100 % vs 80 %, p  = 0,1 ; 100 % vs 0 %, p < 0,0001, respectivement). Après traitement par amphotéricine B, 5-flucytosine et fluconazole dans les deux groupes, l’issue thérapeutique était plus péjorative dans le groupe de Cn que dans Cc/Cl (56,5 % vs 16,7 %, p = 0,1). Conclusion La présentation clinique de la méningite à Cn est certainement plus sévère que celle de la méningite à Cc/Cl, mais l'infection à Cc/Cl devrait être considérée dans la prise en charge des PVVIH atteintes de syndrome méningé en raison de la difficulté diagnostique et des CMI élevées des agents antifongiques nécessaires au traitement de la méningite due à ces espèces cryptococciques. Recommandations Dans sa lutte contre le VIH, le Programme National de Lutte contre le Sida devra accompagner les structures de prise en charge dans le renforcement de leur plateau technique pour les diagnostics distinctifs des infections opportunistes.Cryptococcose chez les personnes vivant avec le VIH à Kinshasa : contribution à l'étude épidémiologique et moléculaire3. Good health and well-bein

Characterization of Group B Streptococcus strains isolated from neonatal invasive diseases in Belgium, 2018.

peer reviewedIntroduction Despite advances in preventive strategies, Group B Streptococcal(GBS) disease is still a leading cause of severe neonatal infections. The Belgian National Reference Centre (NRC) routinely performs surveillances of GBS invasive strains isolated in Belgium. Methods All GBS strains isolated from neonatal invasive diseases sent on a voluntary-base to the NRC during the year 2018 were characterized: capsular polysaccharide (CPS)-typing by agglutination and/or PCR, pili-typing with PCR, antimicrobial susceptibility testing, and detection of resistance genes with PCR. Results A total of 58 GBS strains isolated from neonatal invasive diseases were available: 33 and 27 from Early-Onset (EOD) and Late-Onset Diseases (LOD). The ratio EOD/LOD is of 1.22. Overall, CPS-type III was predominant (46.9% in EOD and 91.3% in LOD cases) followed by Ia, V, Ib, IV, IX and II in EOD (21.9%, 9.4%, 6.2%, 3.1%, 3.1%, 0.1%). All strains were susceptible to penicillin. Rate of resistance to macrolides and lincosamides was 28%. The main resistant gene detected among these resistant isolates was the ErmB gene (81,3%). About pili-typing, all strains harboured one of the PI-2 variants alone or in combination: the predominant type was PI1, PI2a (39.2%) followed by PI1, PI2b (29.4%), PI2a (21.6%) and PI2b (9.8%). Bacteriemia was the predominant manifestation with meningitis in 12% of EOD and 40% of LOD cases. Conclusion The burden of neonatal GBS diseases remains important and prevention strategies need to be improved. CPS-type and pili-type distributions, and resistance rate to macrolides/lincosamides are quite similar to European/North American observations done during the last decade

Correction to: Epidemiology of Dermatophytes in Belgium: A 5 Years’ Survey (Mycopathologia, (2021), 186, 3, (399-409), 10.1007/s11046-021-00542-4)

peer reviewedIn the original publication of the article, the authors first and last name were swapped and incorrectly published as ‘‘Sacheli Rosalie, Cuypers Lize, Seidel Laurence, Darfouf Rajae, Adjetey Caroline, Lagrou Katrien and Hayette Marie-Pierre’’. The correct first and last name of the authors should be ‘‘Rosalie Sacheli, Lize Cuypers, Laurence Seidel, Rajae Darfouf, Caroline Adjetey, Katrien Lagrou and Marie-Pierre Hayette’’. The original article has been corrected. © 2021, Springer Nature B.V