Sistema CRISPR/Cas: Edición genómica de precisión

La función original de los sistemas CRISPR/Cas es destruir el DNA de virus bacterianos. Este sistema ha evolucionado para identificar y cortar secuencias de diferentes DNA de virus de DNA evitando la infección. En la célula, está compuesto de genes Cas que producen nucleasas guiadas por RNA capaces de cortar el DNA. Si el RNA guía encuentra DNA de un virus con el que se puede emparejar, recluta a la nucleasa Cas9 que lo corta. Este sistema es utilizado in vitro para editar genes basándose en la producción de rupturas de doble cadena y su posterior reparación. Actualmente existen varias plataformas para el diseño de RNAs guía, aunque también es posible realizarlo de forma manual. Los componentes del sistema son entregados a la célula mediante un plásmido o una ribonucleoproteína. En esta revisión nos centraremos en la función original de CRISPR/Cas en procariotas y en cómo los investigadores la han modificado para proporcionar nuevas técnicas de edición de genomas. Discutiremos sobre las ventajas de esta nueva técnica, las formas en que podemos utilizarla y algunas de las limitaciones que aún encontramos en su aplicación

Desarrollo y construcción de un curador cúltiple de riboflavina

La queratitis infecciosa es una enfermedad ocular asociada con la pérdida permanente de la visión y causada por microorganismos; en ocasiones se presentan casos resistentes al tratamiento quimioterapéutico. La utilización del enlace cruzado o reticulación (CRUVR) para esos casos resulta interesante en el área oftalmológica. Actualmente el CRUVR terapéutico se utiliza para el tratamiento de la enfermedad queratocono, y consiste en una reacción química que produce enlaces entre cadenas de polímeros, donde se incluye la aplicación de riboflavina sobre el ojo hasta que penetre en su interior, y la posterior irradiación del ojo con con luz ultravioleta (UV). La realización de ensayos in vitro para el testeo de la eficacia del CRUVR en el tratamiento de la queratitis infecciosa presenta dificultades al no existir un dispositivo emisor de luz UV adaptado a las condiciones de laboratorio; por lo cual los ensayos actualmente se realizan con el dispositivo médico utilizado para el tratamiento del queratocono. En el presente trabajo se diseñó y construyó un dispositivo que permite la irradiación simultánea de múltiples muestras a 0.112 mW/cm², lo que constituye un avance hacia la optimización de la realización de ensayos in vitroFil: Troche Rotela, Abdon. Universidad Nacional de Asunción (Paraguay)Fil: Álvarez Dagogliano, Rolando. Universidad Nacional de Asunción (Paraguay)Fil: Benítez Candia, Nidia. Universidad Nacional de Asunción (Paraguay)Fil: Riveros Maidana, Rocío. Universidad Nacional de Asunción (Paraguay)Fil: Sánchez Di Martino, Daniel. Universidad Nacional de Asunción (Paraguay)Fil: Fernández Ríos, Danilo. Universidad Nacional de Asunción (Paraguay

In silico Strategies to Support Fragment-to-Lead Optimization in Drug Discovery.

Fragment-based drug (or lead) discovery (FBDD or FBLD) has developed in the last two decades to become a successful key technology in the pharmaceutical industry for early stage drug discovery and development. The FBDD strategy consists of screening low molecular weight compounds against macromolecular targets (usually proteins) of clinical relevance. These small molecular fragments can bind at one or more sites on the target and act as starting points for the development of lead compounds. In developing the fragments attractive features that can translate into compounds with favorable physical, pharmacokinetics and toxicity (ADMET-absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity) properties can be integrated. Structure-enabled fragment screening campaigns use a combination of screening by a range of biophysical techniques, such as differential scanning fluorimetry, surface plasmon resonance, and thermophoresis, followed by structural characterization of fragment binding using NMR or X-ray crystallography. Structural characterization is also used in subsequent analysis for growing fragments of selected screening hits. The latest iteration of the FBDD workflow employs a high-throughput methodology of massively parallel screening by X-ray crystallography of individually soaked fragments. In this review we will outline the FBDD strategies and explore a variety of in silico approaches to support the follow-up fragment-to-lead optimization of either: growing, linking, and merging. These fragment expansion strategies include hot spot analysis, druggability prediction, SAR (structure-activity relationships) by catalog methods, application of machine learning/deep learning models for virtual screening and several de novo design methods for proposing synthesizable new compounds. Finally, we will highlight recent case studies in fragment-based drug discovery where in silico methods have successfully contributed to the development of lead compounds