Primer aislamiento y caracterización de la cepa prototipo del virus SARS-CoV-2 a inicios de la pandemia de la COVID-19 en el Perú

Introduction: Currently, infections by the SARS-CoV-2 virus exceed 600 million cases in the world. Objective: Isolation and characterization of the SARS-CoV-2 virus causing COVID-19 at the beginning of the pandemic in Peru. Materials and methods: Twenty nasal and pharyngeal swab samples were isolated SARS-CoV-2 using two cell lines, Vero ATCC CCL-81 and Vero E-6; virus identification was performed by RT-PCR and the onset of cytopathic effect (CPE) was evaluated by indirect immunofluorescence and subsequent identification by genomic sequencing. One of the most widely circulating isolates was selected and named the prototype strain (PE/B.1.1/28549/2020). Then 10 successive passages were performed in Vero ATCC CCL-81 cells to assess mutation dynamics. Results: Results detected 11 virus isolates by cytopathic effect, and subsequently confirmed by RT-PCR and indirect immunofluorescence. Of these, six were sequenced and identified as the lineages B.1, B.1.1, B.1.1.1, and B.1.205 according to the Pango lineage nomenclature. The prototype strain corresponded to lineage B.1.1. The analysis of the strains from the successive passages showed mutations mainly at in the spike (S) protein of the virus without variation in the identity of the lineage. Conclusions: Four lineages were isolated in the Vero ATCC CCL-81 cell line. Subcultures in the same cell line show mutations in the spike protein indicating greater adaptability to the host cell and variation in pathogenicity in vitro, a behavior that allows it to have more survival success.Introducción: Actualmente los contagios por el virus del SARS-CoV-2 supera los 600 millones de casos en el mundo. Objetivo: Aislar y caracterizar el virus SARS-CoV-2 causante de la COVID-19 a inicios de la pandemia en el Perú. Materiales y métodos: Se realizó el aislamiento viral a partir de 20 muestras de hisopado nasal y faríngeo positivas a SARS-CoV-2 por RT-PCR. El aislamiento se realizó en las líneas celulares Vero ATCC CCL-81 y Vero E6, evaluando el efecto citopático, la presencia del virus por RT-PCR, inmunofluorescencia indirecta (IFI) y posterior identificación por secuenciación genómica. Posteriormente, uno de los aislamientos de mayor circulación fue seleccionado y denominado cepa prototipo (PE/B.1.1/28549/2020), realizándose 10 pasajes sucesivos en células Vero ATCC CCL-81 para evaluar la dinámica de mutaciones. Resultados: Se observaron 11 aislamientos de virus por efecto citopático confirmándose por RT-PCR e IFI, de los cuales 6 fueron secuenciados identificándose los linajes B.1, B.1.1, B.1.1.1 y B.1.205, según el comité Pango de los genomas. La cepa prototipo corresponde a la variante B.1.1 y el análisis de las secuencias de los pasajes sucesivos mostró mutaciones a nivel de la proteína de la espiga (S) del virus, sin variación en la identidad del linaje. Conclusiones: Se aislaron 4 linajes en la línea celular Vero ATCC CCL-81. Los subcultivos en la misma línea celular muestran mutaciones en la proteína de la espiga, lo que indica mayor adaptabilidad a la célula hospedera y variación de la patogenicidad in vitro, comportamiento que le permite tener más éxito de supervivencia

Variante Ómicron (BA.1) presenta menor replicación in vitro que la variante del año 2020 (B.1.1) del virus SARS-CoV-2

Sr. Editor, A dos años de la pandemia de la COVID-19, a finales de junio del 2022 los peruanos estamos enfrentando la cuarta ola causada por la variante Ómicron del virus SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus). A diferencia de la primera ola de la COVID-19 en marzo del 2020, causada por el linaje viral B.1.1, la tercera y cuarta ola han sido causadas por los linajes y sublinajes de la variante Ómicron (1,2), los cuales se caracterizan por ser más transmisibles, pero causan la enfermedad menos grave y menor mortalidad, comportamiento observado durante la evolución epidemiológica de la enfermedad. Con el objetivo de evaluar el comportamiento in vitro en la replicación viral del linaje B.1.1, linaje de mayor frecuencia y persistencia en el tiempo durante la primera ola del 2020 (3), con el linaje BA.1 (variante Ómicron) de la tercera ola en el Perú, se comparó la replicación de 10 generaciones sucesivas de las 2 variantes (B.1.1 y BA.1), observándose que el linaje del 2020 se replica rápidamente in vitro, con alto título viral y causando daño celular, a diferencia de la variante Ómicron (linaje BA.1) que presenta replicación lenta causando leve daño celular. Este hallazgo podría correlacionar con la gravedad de la enfermedad observada en las olas ocasionadas por las mencionadas variantes, y contrasta con la capacidad de infección observada por las mismas, aunque otro factor que juega un rol importante es la protección inmune, sea por infecciones previas a lo que se suma la vacunación de la población