Population transcriptomics of Drosophila melanogaster females

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Variation at the level of gene expression is abundant in natural populations and is thought to contribute to the adaptive divergence of populations and species. Gene expression also differs considerably between males and females. Here we report a microarray analysis of gene expression variation among females of 16 <it>Drosophila </it><it>melanogaster </it>strains derived from natural populations, including eight strains from the putative ancestral range in sub-Saharan Africa and eight strains from Europe. Gene expression variation among males of the same strains was reported previously.</p> <p>Results</p> <p>We detected relatively low levels of expression polymorphism within populations, but much higher expression divergence between populations. A total of 569 genes showed a significant expression difference between the African and European populations at a false discovery rate of 5%. Genes with significant over-expression in Europe included the insecticide resistance gene <it>Cyp6g1</it>, as well as genes involved in proteolysis and olfaction. Genes with functions in carbohydrate metabolism and vision were significantly over-expressed in the African population. There was little overlap between genes expressed differently between populations in females and males.</p> <p>Conclusions</p> <p>Our results suggest that adaptive changes in gene expression have accompanied the out-of-Africa migration of <it>D. melanogaster</it>. Comparison of female and male expression data indicates that the vast majority of genes differing in expression between populations do so in only one sex and suggests that most regulatory adaptation has been sex-specific.</p

Quelles évaluations alternatives des pratiques de la recherche ?

A l’occasion de l’Open Access Week, j’ai été conviée à parler nouvelles pratiques de la recherche et ce qu’elles impliquent au niveau de l’évaluation. Malgré la gestion relativement désastreuse de la table ronde, j’ai été très contente de partager mes pensées et questionnements aux côtés de Salma Mesmoud et Elizabeth de Turckeim. Plus bas sont mes notes préparant l’intervention. Open Access Week. Image par Slubdresden (CC-by 2.0, Flickr) La façon dont on fait de la science change, les pratiq..

De Trump à Léophane : d’une débâcle journalistique à une victoire désinformationnelle ?

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Politiques publiques pour l’ouverture des données scientifiques

Mélanie Dulong de Rosnay m’avait conviée à la journée d’étude interdisciplinaire de l’ISCC intitulée “Ouverture des données massives scientifiques. Quels risques, quels bénéfices ?“, le 6 décembre 2013. Un grand “merci” aux organisateurs et modérateurs de ces échanges, ce fut une journée très réussie et enrichissante. Je suis intervenue lors de la 2e table ronde qui traitait des avantages et dangers d’une telle ouverture ainsi que des nécessités en termes de politiques publiques pour que cett..

Pourquoi nous avons besoin de jouer, partager et bidouiller la science

La science est quelque chose de bien trop sérieux et précieux pour être laissée aux seuls scientifiques professionnels. Amateurs, de 7 à 77 ans, tout le monde peut et doit y prendre part, facilités en cela par Internet et sa philosophie d’ouverture. J’avais initialement publié cet article sur Al Jazeera. Il a rencontré beaucoup de succès et a été très populaire en grande partie grâce à Framasoft qui en a fait une traduction rapide, collaborative et d’excellente qualité en français. Read it in..

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Les données ouvertes et la recherche : quel état des lieux ?

Cette semaine c’est l’Open Access Week. Pour marquer l’occasion, de nombreuses ressources sont publiées (#teasing : reviendez demain pour une nouveauté de et par Pierre-Carl :) ). Parmi ces ressources, figshare a édité une compilation d’articles traitant des données ouvertes dans le domaine de la recherche scientifique. Pour rappel, figshare est la première plate-forme au monde à proposer la publication de jeux de données issus d’expérimentation scientifique ainsi que des figures et autres su..

L'ouverture des données de recherche à SOData!

Cette année, nous avons été conviés à faire la keynote de fermeture de la conférence SOData! (Scientific Open Data!).  Nous avons tenu à faire la part belle aux différents développements observés et souhaités dans le domaine de l'ouverture de la connaissance scientifique et à rappeler que, pour parvenir à rendre la science libre et ouverte, il nous faut faire attention aux logiciels, protocoles, données et publications. Notre support de présentation est disponible ci-dessous. D'après les dema..