Time clustered sampling can inflate the inferred substitution rate in foot-and-mouth disease virus analyses

With the emergence of analytical software for the inference of viral evolution, a number of studies have focused on estimating important parameters such as the substitution rate and the time to the most recent common ancestor (tMRCA) for rapidly evolving viruses. Coupled with an increasing abundance of sequence data sampled under widely different schemes, an effort to keep results consistent and comparable is needed. This study emphasizes commonly disregarded problems in the inference of evolutionary rates in viral sequence data when sampling is unevenly distributed on a temporal scale through a study of the foot-and-mouth (FMD) disease virus serotypes SAT 1 and SAT 2. Our study shows that clustered temporal sampling in phylogenetic analyses of FMD viruses will strongly bias the inferences of substitution rates and tMRCA because the inferred rates in such data sets reflect a rate closer to the mutation rate rather than the substitution rate. Estimating evolutionary parameters from viral sequences should be performed with due consideration of the differences in short-term and longer-term evolutionary processes occurring within sets of temporally sampled viruses, and studies should carefully consider how samples are combined

Label-free segmentation of co-cultured cells on a nanotopographical gradient

The function and fate of cells is influenced by many different factors, one of which is surface topography of the support culture substrate. Systematic studies of nanotopography and cell response have typically been limited to single cell types and a small set of topographical variations. Here, we show a radical expansion of experimental throughput using automated detection, measurement, and classification of co-cultured cells on a nanopillar array where feature height changes continuously from planar to 250 nm over 9 mm. Individual cells are identified and characterized by more than 200 descriptors, which are used to construct a set of rules for label-free segmentation into individual cell types. Using this approach we can achieve label-free segmentation with 84% confidence across large image data sets and suggest optimized surface parameters for nanostructuring of implant devices such as vascular stents

Catálogo de autoridades da Rede BIM (DPHDM): Estudo de caso no tratamento de registros de pontos de acesso

Identificar possíveis problemas na alimentação da base de autoridades de assuntos da Rede BIM através da utilização do software Pergamum, e contribuir para padronização de seus pontos de acesso. A partir da revisão da literatura proposta, considera a importância da recuperação da informação para sua disseminação e ainda faz um breve levantamento dos padrões internacionais utilizados para esse fim. A metodologia utilizada envolveu a análise da base, limitada à letra “c” do alfabeto, e se propôs a detectar possíveis inconsistências existentes. Os principais problemas encontrados foram: falhas de grafia, falhas de entrada de cabeçalhos e duplicidade de assuntos. Os resultados práticos para a Rede BIM são: agilização dos serviços de catalogação e referência da Rede BIM, maior controle bibliográfico e facilidade na recuperação de itens nas pesquisas dos usuários. O Estudo de caso se propõe a contribuir com esclarecimentos quanto a equívocos cometidos, de forma a auxiliar na padronização e documentação do processo de alimentação da base de autoridades de assuntos pelos bibliotecários das 45 organizações militares, possibilitando benefícios aos serviços de catalogação e referência e finalmente, propiciando um atendimento mais prático e ágil ao usuário da Rede BIM