Rethinking the Niche of Upper-Atmosphere Bacteria: Draft Genome Sequences of Bacillus aryabhattai C765 and Bacillus aerophilus C772, Isolated from Rice Fields

Here, we report two genome sequences of endospore-forming bacteria isolated from the rice fields of Comporta, Portugal, identified as Bacillus aryabhattai C765 and Bacillus aerophilus C772. Both species were previously identified in air samples from the upper atmosphere, but our findings suggest their presence in a wider range of environmental niches.FCT grant: (PEST-E/EQB/LA0004/2011), FCT contracts: (IF/00268/2013/CP1173/CT00061, SFRH/BPD/89907/2012)

Divergência genética em populações de coqueiro-anão e gigante (Cocos nucifera L.) via marcadores SSR.

O objetivo deste trabalho foi estudar a divergência genética de 17 populações de coqueiro (Cocos nucifera L.) a fim de determinar possíveis cruzamentos para obtenção de híbridos com base em suas distâncias genéticas. Foram utilizadas populações provenientes de diferentes regiões produtoras no Brasil, incluindo os estados do Pará (BGD-OLD-PA e BGD-PA), Ceará (TALL-PF-CE, YD-GRAM-CE, RD-GRAM-CE, BGDxCRD-CE, CRD-CE e BGD-PA-CE), Paraíba (BGD-FS-PB e BGD-SOUZA-PB), Sergipe (MYD-SE e MRD-SE), Piauí (BGD-PI), Bahia (BGD-BA) e Rio Grande do Norte (Gigante de Touros e BGD-JIQUI), além de uma população oriunda do México (MEXICAN). Através dos locos microssatélites analisados foram calculadas as distâncias genéticas entre as populações para a obtenção do agrupamento via método hierárquico UPGMA, além da AMOVA para a obtenção das variâncias entre e dentre dessas populações. Observou-se uma clara distância genética entre os anões em relação ao grupo dos gigantes, além de uma diferença considerável na amplitude da variabilidade no que diz respeito a esses dois grupos. Foi observada a formação de cinco grupos englobando as populações de coqueiro anão e a alocação de tais populações segue uma lógica no que se refere a localização geográfica do local de coleta com exceção do MEXICAN e o BGD-JIQUI. A AMOVA mostrou que existe variabilidade tanto dentro (59%) como entre populações (41%) evidenciando a possibilidade na obtenção de híbridos não apenas entre ecótipos gigante versus anão, mas também, entre ecótipos anão e até mesmo entre populações BGD – populações de anão-verde do Brasil

Diversidade genética estimada por meio de variáveis quantitativas e moleculares em acesso de coqueiro-gigante.

Anais do 1º Simpósio da Rede de Recursos Genéticos Vegetais do Nordeste (I RGVNE), Cruz das Almas, nov. 2013

Proteomic analysis of soybean leaves in a compatible and an incompatible interaction with Phakopsora pachyrhizi.

Asian soybean rust (ASR), which is incited by the fungus Phakopsora pachyrhizi, is considered one of the most aggressive diseases to the soybean culture. There are no commercial cultivars immune to the pathogen and the control measure currently used is the application of fungicides that harms the environment and increases production costs. For a better understanding of the host?s response to the pathogen at the molecular level, two soybean genotypes were analyzed (PI561356, resistant to ASR and Embrapa 48, susceptible) at 72 hours and 192 hours after inoculation with spores of P. pachyrhizi. Leaf protein profiles of the plants were compared by two-dimensional electrophoresis associated with mass spectrometry (MS). Twenty-two protein spots presented different levels when the two treatments were compared (inoculated vs. non-inoculated). From those, twelve proteins were identified by MS analysis. Some of them are involved in metabolic pathways related to plant defense against pathogens, as in the case of carbonic anhydrase, 1-deoxy-D-xylulose- 5-phosphate reductoisomerase, fructose-bisphosphate aldolase and glutamine synthetase. The possible biochemical-physiological meanings of our findings are discussed

Caracterização molecular de acessos de coqueiro-gigante via marcadores SSR.

O Brasil sedia o Banco Internacional de Germoplasma de Coco para a América Latina e Caribe (ICG-LAC), o qual é vinculado a Rede Internacional de Recursos Genéticos de Coco (COGENT). Diante da necessidade de inferir sobre a estrutura genética de alguns acessos de coqueiro, esse trabalho objetivou caracterizar acessos de coqueiro-gigante via marcadores moleculares microssatélites. Para tanto, os acessos foram submetidos a reações de polimerase em cadeia para cinco primers de SSR. Quatro primers foram analisados gerando 37 marcas polimórficas. Com base na análise preliminar das marcas obtidas, constatou-se que há variabilidade genética nos diferentes acessos analisados

Análise proteômica do estresse hídrico em cafeeiro.

Déficit hídrico é um dos fatores ambientais mais importantes para a diminuição da produtividade do cafeeiro, tanto no Brasil quanto em outros países produtores. O estabelecimento de estratégias para obtenção de cultivares tolerantes ao estresse hídrico depende da compreensão das respostas biológicas ao nível genético, molecular e bioquímico. Para estudar a resposta ao estresse hídrico no gênero Coffea, foi estabelecida uma rede de pesquisa em proteômica (PROTEOPAR ? Programa Proteoma do Paraná) constituída de oito laboratórios. Quatro genótipos de Coffea, com diferentes respostas fisiológicas à seca, foram analisados: C. canephora (Clone 14, tolerante e Clone 109A, sensível) e C. arabica (BA10, tolerante e Geisha, sensível). Proteínas foram extraídas de folhas e raízes de plantas (18 meses de idade) mantidas em casa-de-vegetação, utilizando-se o método de SDS-Fenol modificado. Os regimes hídricos constituíram-se dos seguintes tratamentos: controle irrigado, estresse hídrico severo (-4,0 MPa de potencial de água) e recuperação pós-estresse (36 horas após irrigação). Os extratos protéicos foram distribuídos aos laboratórios do PROTEOPAR para obtenção e análise do padrão de expressão protéica diferencial via eletroforese bidimensional. O método de identificação de proteínas PMF (?Peptide mass fingerprinting?) foi aplicado utilizando-se um espectrômetro de massa (MS) do tipo MALDI-TOF e comparando os espectros de digestão tríptica contra bancos de dados baseados em ESTs de Coffea