Characterization of two common 5' polymorphisms in PEX1 and correlation to survival in PEX1 peroxisome biogenesis disorder patients

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Mutations in PEX1 are the most common primary cause of Zellweger syndrome. In addition to exonic mutations, deletions and splice site mutations two 5' polymorphisms at c.-137 and c.-53 with a potential influence on PEX1 protein levels have been described in the 5' untranslated region (UTR) of the <it>PEX1 </it>gene.</p> <p>Methods</p> <p>We used RACE and in silico promoter prediction analysis to study the 5' UTR of <it>PEX1</it>. We determined the distribution of <it>PEX1 </it>5' polymorphisms in a cohort of 30 Zellweger syndrome patients by standard DNA sequencing. 5' polymorphisms were analysed in relation to the two most common mutations in <it>PEX1 </it>and were incorporated into a novel genotype-phenotype analysis by correlation of three classes of <it>PEX1 </it>mutations with patient survival.</p> <p>Results</p> <p>We provide evidence that the polymorphism 137 bp upstream of the ATG codon is not part of the UTR, rendering it a promoter polymorphism. We show that the first, but not the second most common <it>PEX1 </it>mutation arose independently of a specific upstream polymorphic constellation. By genotype-phenotype analysis we identified patients with identical exonic mutation and identical 5' polymorphisms, but strongly differing survival.</p> <p>Conclusions</p> <p>Our study suggests that two different types of <it>PEX1 </it>5' polymorphisms have to be distinguished: a 5' UTR polymorphism at position c.-53 and a promoter polymorphism 137 bp upstream of the PEX1 start codon. Our results indicate that the exonic <it>PEX1 </it>mutation correlates with patient survival, but the two 5' polymorphisms analysed in this study do not have to be considered for diagnostic and/or prognostic purposes.</p

Synthesebericht und Handlungsempfehlungen

Softcover, 124 S.: 21,00 €Softcover, 17x24Das Modell- und Demonstrationsvorhaben »Regionen Aktiv - Land gestaltet Zukunft« wurde im Jahr 2001 durch das Bundesministerium für Verbraucherschutz, Ernährung und Landwirtschaft als bundesweiter Wettbewerb initiiert. Gesucht wurden Regionen, die die Ziele »Verbraucherorientierung«, »natur- und umweltverträgliche Landbewirtschaftung«, »Stärkung ländlicher Räume und Schaffung zusätzlicher Einkommensquellen« sowie »Stärkung der Stadt-Land Beziehungen« modellhaft in ihrer Region umsetzen. Begleitet wurde das Modellvorhaben von einem interdisziplinären Forschungsteam. Aufgeteilt in mehreren Modulen wurde das Modellvorhaben aus verschiedenen Blickwinkeln und mit unterschiedlichen Methoden analysiert und bewertet. Der vorliegende Synthesebericht fügt die Ergebnisse dieser einzelnen Module zusammen und präsentiert die zentralen Ergebnisse und Handlungsempfehlungen der Begleitforschung