Habitat constraints on the functional significance of soil microbial communities

Habitat constraints on the functional significance of soil microbial communities. EGU 2017, European Geophysical Union General Assembly 201

Localisation de la décomposition de la matière organique dans le système poral au sol

Comprendre les interactions entre les communautés microbiennes du sol et les conditions environnementales qu elles rencontrent est primordial tant pour conserver la qualité des sols que pour gérer les flux de carbone à l interface sol-atmosphère. La plupart des modèles actuels de temps de résidence du carbone des sols ne considèrent pas explicitement les caractéristiques spécifiques des communautés microbiennes responsables de la décomposition de la matière organique du sol (MOS). De fait, les interactions entre les communautés microbiennes et leur habitat ne sont pas prises en compte alors que de nombreuses études ont montré leur importance. Ce travail de thèse explore les interactions entre communautés microbiennes et leur habitat immédiat : le système poral du sol, ainsi que les effets de ces interactions sur l activité microbienne et la structure des communautés microbiennes. Dans un premier temps, nous avons marqué les communautés microbiennes au moyen d un substrat marqué au 13C (fructose) dans des échantillons non perturbés d un sol limoneux. Ce substrat a été placé, par ajustement du potentiel matriciel, dans trois microhabitats de tailles différentes (0.2-3, 0.9-97 et 10-290 m). L extraction des profils PLFA, après 13 jours d incubation, montre qu il existe une biogéographie microbienne à l échelle porale ainsi que des différences d activité des communautés microbiennes selon le microhabitat considéré. Dans un deuxième temps, nous avons cherché à analyser les facteurs influençant l activité microbienne à l échelle du système poral, facteurs biotiques (nature des populations microbienne) et abiotiques (disponibilité des substrats organiques, conditions physiques locales). Nous avons stérilisé puis inoculé des échantillons de sol avec des communautés microbiennes monospécifiques à deux potentiels matriciels différents, nous permettant de cibler deux microhabitats (0.3-3 & 14-97 m). Nos résultats montrent que les microhabitats correspondant à ces classes de taille de pore diffèrent du point de vue de la disponibilité du carbone natif ainsi que des taux de minéralisation de celui-ci. Dans un dernier temps, nous avons souhaité établir l influence des facteurs historiques et contemporains dans la détermination de la biogéographie microbienne. Nous avons considéré deux échelles spatiales de facteurs contemporains : globale (type de sol) et locale (taille de classe de pore). Nous avons stérilisé deux sols de textures différentes (limoneux vs. sableux) et procédé à des inoculations croisées avec leurs communautés microbiennes totales préalablement extraites. Ces communautés ont été inoculées à deux potentiels matriciels différents ciblant deux microhabitats différents (sol sableux : 0.3-3 & 6-97 m, sol limoneux : 0.3-3 & 14-97 m). Après 92 jours, la structure des communautés semble déterminée de façon concomitante par les facteurs historiques et contemporains. Le résultat novateur est l importance du microhabitat considéré dans la détermination de cette biogéographie. La conclusion de ce travail de thèse est qu il est indispensable, à l avenir, de considérer la vie microbienne du sol à son échelle spatiale, que l on travaille sur son activité ou sur la structure des communautés.PARIS-BIUSJ-Sci.Terre recherche (751052114) / SudocSudocFranceF

Pore scale microbial biogeography

Pore scale microbial biogeography. 4. International Congress EUROSOIL 201

Author Correction: Effects of habitat constraints on soil microbial community function

Correction to: Scientific Reports https://doi.org/10.1038/s41598-017-04485-z, published online 27 June 2017 : hal-0156714

The moisture response of soil microorganisms: old topic, present challenges and new approaches

The moisture response of soil microorganisms: old topic, present challenges and new approaches. 20. World Congress of Soil Scienc

Distribution and mineralisation rate of soil organic matter at the pore scale

Distribution and mineralisation rate of soil organic matter at the pore scale. Soil Organic Matter Stabilization conference, SOM 201

Living in soil pores: physical and nutritional constraints for microbial decomposers of soil organic matter

Living in soil pores: physical and nutritional constraints for microbial decomposers of soil organic matter. Goldschmidt 201