11 research outputs found
Summary and Outlook
- Author
- A Amadei
- A Amadei
- A Burykin
- AD Keefe
- AD Schuyler
- AG Street
- B Shoichet
- BL Tembe
- BR Brooks
- C Chen
- CH Bennett
- CY Lee
- D Chandler
- D Marx
- ET Farinas
- G Galli
- G Jones
- G Lamoureux
- GA Kaminski
- H Claussen
- H Oberhofer
- I Bahar
- I Daidone
- J Gao
- J H énin
- J-K Hwang
- JA Kolkman
- JG Saven
- JU Bowie
- K Hinsen
- KY Sanbonmatsu
- LR Pratt
- M Levitt
- ME Paulaitis
- MO Jensen
- N Go
- P Cieplak
- P Ren
- R Bitetti-Putzer
- R Bonneau
- R Car
- RA Friesner
- RL Dunbrack
- S Miyamoto
- S Patel
- SA Wank
- VA Petrenko
- Y Wu
- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- 01/01/2007
- Field of study
Active Site-Directed Pose Prediction Programs for Efficient Filtering of Molecules
- Author
- A Henschel
- A Kumar
- A Tramontano
- ATR Laurie
- ATR Laurie
- CG Wermuth
- D Kihara
- D Marx
- DJ Cashman
- E Krieger
- F Gliubich
- GJ Bartlett
- H-D Holtje
- J Chen
- J Deng
- J Desaphy
- J Meslamani
- JO Ebalunode
- M Brylinski
- M Brylinski
- M Hendlich
- MA Marti-Renom
- MJ Cuneo
- MN Wass
- MR Schmidt
- N Eswar
- N Zhang
- O Dror
- R Bitetti-Putzer
- RS Parulekar
- S Li
- S Putta
- S Somarowthu
- T Dai
- T Jain
- TJA Ewing
- X Wang
- Y Wenying
- Z Zhang
- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- Field of study
Multisite λ Dynamics for Simulated Structure–Activity Relationship Studies
- Author
- Abrams J. B.
- Banba S.
- Banba S.
- Bennett C. H.
- Beveridge D. L.
- Bitetti-Putzer R.
- Brooks B. R.
- Brooks B. R.
- Brooks C. L.
- Cabani S.
- Charles L. Brooks
- Chodera J. D.
- Damodaran K. V.
- Das K.
- Foloppe N.
- Gallicchio E.
- Gallicchio E.
- Gilson M. K.
- Guo Z.
- Guo Z.
- Guo Z. Y.
- Ho W.
- Jennifer L. Knight
- Jiang W.
- Jorgensen W. L.
- Khandogin J.
- Khandogin J.
- Knight J. L.
- Knight J. L.
- Kong X.
- Lee M. S.
- Lee M. S.
- Lee M. S.
- Li H.
- Michel J.
- Rizzo R. C.
- Shirts M. R.
- Smith M.
- Smith M. B. K.
- Smith R. H.
- Straatsma T. P.
- Udier-Blagovic M.
- van Gunsteren W. F.
- Vanommeslaeghe K.
- Wang D.
- Zacharias M.
- Zheng L.
- Zheng L.
- Zwanzig R. W.
- Publication venue
- 'American Chemical Society (ACS)'
- Publication date
- Field of study
Efficient Free Energy Calculations for Compounds with Multiple Stable Conformations Separated by High Energy Barriers
- Author
- Allen M. P.
- Berendsen H. J. C.
- Berendsen H. J. C.
- Beutler T. C.
- Bitetti-Putzer R.
- Brandsdal B. O.
- Christen M.
- Christen M.
- Dias E.
- Ferner J.
- Ghosh A.
- Hansmann U. H. E.
- Hermans J.
- Hockney R. W.
- Hritz J.
- Hritz J.
- Huber P.
- Kirkwood J. G.
- Komooka H.
- Lappchen T.
- Leitgeb M.
- Liu H. Y.
- Liu J.
- Läpp chen T.
- Mark A. E.
- Min D. H.
- Mobley D. L.
- Oostenbrink C.
- Oostenbrink C.
- Oostenbrink C.
- Proctor D.
- Raha K.
- Rodinger T.
- Ryckaert J.-P.
- Schwalbe H.
- Schwede F.
- Schäfer H.
- Shirts M. R.
- Simonson T.
- Stolarski R.
- Straatsma T. P.
- Straatsma T. P.
- Sugita Y.
- Tironi I. G.
- Tobias D. J.
- Torrie G. M.
- Trantirek L.
- Wildman S. A.
- Yajima R.
- Zwanzig R. W.
- Publication venue
- 'American Chemical Society (ACS)'
- Publication date
- Field of study
Path Integral Computation of Quantum Free Energy Differences Due to Alchemical Transformations Involving Mass and Potential
- Author
- Abrams J. B.
- Alejandro Pérez
- Alfè D.
- Becke A. D.
- Bitetti-Putzer R.
- Car R.
- Chandler D.
- Chipot C.
- Colle R.
- Davidson E. R. M.
- de la Peña L. H.
- Feynman R. P.
- Feynman R. P.
- French R. H.
- Frenkel D.
- Froemming N. S.
- Grotendorst J.
- Guo Z.
- Herman M. F.
- Humphrey W.
- Hwang J. K.
- Iftimie R.
- Kirkwood J. G.
- Kong X.
- Lee C.
- Leung K.
- Li X.-Z.
- Lin I.-C.
- Liu Z.
- Marcon V.
- Martyna G. J.
- Martyna G. J.
- Marx D.
- Marx D.
- Miura S.
- Morrone J. A.
- O. Anatole von Lilienfeld
- Oostenbrink C.
- Pohorille A.
- Pu J.
- Pérez A.
- RamÃrez R.
- Rinderspacher B. C.
- Schmitt U. W.
- Sheppard D.
- Smith P. E.
- Srinivasan V.
- Troullier N.
- Tuckerman M.
- Tuckerman M. E.
- Tuckerman M. E.
- Tuckerman M. E.
- Tuckerman M. E.
- Tuckerman M. E.
- van Gunsteren W. F.
- von Lilienfeld O. A.
- von Lilienfeld O. A.
- von Lilienfeld O. A.
- von Lilienfeld O. A.
- von Lilienfeld O. A.
- Wang M.
- Zamalin V. M.
- Zimmermann T.
- Zwanzig R. W.
- Publication venue
- 'American Chemical Society (ACS)'
- Publication date
- Field of study
Alchemical Free Energy Differences in Flexible Molecules from Thermodynamic Integration or Free Energy Perturbation Combined with Driven Adiabatic Dynamics
- Author
- Abrams J.
- Abrams J. B.
- Bennett C. H.
- Beutler T. C.
- Bitetti-Putzer R.
- Bonomi M.
- Chen M.
- Chipot C.
- Chodera J. D.
- Christ C.
- Darve E.
- Davison A.
- de Oliveira C. A. F.
- Garcia D.
- Hess B.
- Hritz J.
- Jiang W.
- Jiang W.
- Kirkwood J. G.
- Knight J.
- Kong X.
- Laio A.
- Lawrenz M.
- Lawrenz M.
- Leitgeb M.
- Li H.
- Liu Y.
- Maragliano L.
- Maragliano L.
- Mark E. Tuckerman
- Martyna G. J.
- Meng Y.
- Michel A. Cuendet
- Min D.
- Mobley D.
- Oostenbrink C.
- Rosso L.
- Rosso L.
- Rosso L.
- Simonson T.
- Straatsma T. P.
- Tembe B. L.
- Tironi I.
- Tobias D.
- Torrie G. M.
- van Gunsteren W. F.
- VandeVondele J.
- Verkhivker G.
- Woods C.
- Wu P.
- Zagrovic B.
- Zwanzig R. W.
- Publication venue
- 'American Chemical Society (ACS)'
- Publication date
- Field of study
Accelerated Superposition State Molecular Dynamics for Condensed Phase Systems
- Author
- Affentranger R.
- Allen M. P.
- Andricioaei I.
- Andricioaei I.
- Andricioaei I.
- Berg B. A.
- Berg B. A.
- Bitetti-Putzer R.
- Bolhuis P. G.
- Bolhuis P. G.
- Brunger A.
- Bussi G.
- Corcelli S. A.
- Daggett V.
- de Oliveira C. A. F.
- de Oliveira C. A. F.
- Dellago C.
- Duan Y.
- Durell S. P.
- Ewald P. P.
- Fenwick M. K.
- Frenkel D.
- Gary S. Ayton
- Gawrisch K.
- Gregory A. Voth
- Grubmuller H.
- Hamelberg D.
- Hamelberg D.
- Hamelberg D.
- Hamelberg D.
- Hansmann U. H. E.
- Heermann D. W.
- Henkelman G.
- Hoover W. G.
- Hukushima K.
- Jang S.
- Laio A.
- Lyubartsev A. P.
- MacFadyen J.
- Madun R. A.
- Marinari E.
- Martyna G. J.
- Mayor U.
- Mella M.
- Michele Ceotto
- Micheletti C.
- Minth D. D. L.
- Miron R. A.
- Montalenti F.
- Nosé S.
- Oganov A. R.
- Prasad M.
- Rahman J. A.
- Schlick T.
- Schlick T.
- Shea J.-E.
- Sheinerman F. B.
- Smih W.
- Sorensen M. R.
- Steiner M. M.
- Sugita Y.
- Tesi M.
- Uberuaga B. P.
- Venkatnathan A.
- Voter A. F.
- Voter A. F.
- Voter A. F.
- Wu X.
- Wu X.
- Wu X.
- Xing C.
- Zagrovic B.
- Publication venue
- 'American Chemical Society (ACS)'
- Publication date
- Field of study
Practically Efficient and Robust Free Energy Calculations: Double-Integration Orthogonal Space Tempering
- Author
- Adcock S. A.
- Babin V.
- Barducci A.
- Barducci A.
- Bartels C.
- Bash P. A.
- Beutler T. C.
- Beveridge D. L.
- Bitetti-Putzer R.
- Boresch S.
- Brooks B. R.
- Brooks B. R.
- Bruckner S.
- Carter E. A.
- Darden T.
- Darve E.
- Darve E.
- Dickson B. M.
- Fasnacht M.
- Gao J.
- Gilson M. K.
- Jo S.
- Jorgensen W. L.
- Jorgensen W. L.
- Jorgensen W. L.
- Jorgensen W. L.
- Kastner J.
- King G.
- Kirkwood J. G.
- Knight J. L.
- Knight J. L.
- Kollman P.
- Kollman P.
- Kong X. J.
- Laio A.
- Laio A.
- Lee L. P.
- Lee M. S.
- Lelievre T.
- Li H.
- Li J. B.
- Lianqing Zheng
- MacKerell A. D.
- Marcus R. A.
- Marsili S.
- Min D. H.
- Min D. H.
- Nóse S.
- Nóse S.
- Okamoto Y.
- Pitera J.
- Schreiber G.
- Simonson T.
- Straatsman T. P.
- Tembe B. L.
- Tidor B.
- Vanommeslaeghe K.
- Wang F. G.
- Warshel A.
- Wei Yang
- Wescott J. T.
- Yang W.
- Yang W.
- Zacharias M.
- Zhang Y.
- Zheng H.
- Zheng L. Q.
- Zheng L. Q.
- Zheng L. Q.
- Zheng L. Q.
- Publication venue
- 'American Chemical Society (ACS)'
- Publication date
- Field of study
Improved Binding Free Energy Predictions from Single-Reference Thermodynamic Integration Augmented with Hamiltonian Replica Exchange
- Author
- Aleksandrov A.
- Anders Wallqvist
- Banba S.
- Bash P. A.
- Bayly C. I.
- Bennett C. H.
- Berendsen H. J. C.
- Beutler T. C.
- Bitetti-Putzer R.
- Blondel A.
- Boyce S. E.
- Bron C.
- Bruckner S.
- Chaires J. B.
- Chodera J. D.
- Deng Y.
- Dewar M. J. S.
- Eriksson M. A. L.
- Fajer M.
- Fajer M.
- Frisch M. J.
- Fukunishi H.
- Gallicchio E.
- Hamelberg D.
- Hess B.
- Hess B.
- Hornak V.
- Hritz J.
- Hritz J.
- Hritz J.
- Ilja V. Khavrutskii
- Jakalian A.
- Jakalian A.
- Jiang W.
- Jiang W.
- Khavrutskii I. V.
- Khavrutskii I. V.
- Kong X. J.
- Kumar S.
- Kwak W.
- Lange O. F.
- Leavitt S.
- Li H.
- Mark A. E.
- Min D.
- Mobley D. L.
- Mobley D. L.
- Mobley D. L.
- Mobley D. L.
- Mobley D. L.
- Morton A.
- Nicholls A.
- Pitera J.
- Pohorille A.
- Renner S.
- Sadowski J.
- Shirts M. R.
- Shirts M. R.
- Shirts M. R.
- Shirts M. R.
- Shivakumar D.
- Simonson T.
- Sines J. J.
- Steiner D.
- Straatsma T. P.
- Straatsma T. P.
- Sugita Y.
- Tan R. C.
- Trebst S.
- Van Der Spoel D.
- Van Der Spoel D.
- van der Spoel D.
- Wang J.
- Wang J.
- Wang J.
- Wereszczynski J.
- Woods C. J.
- Woods C. J.
- Yeh I.-C.
- Zheng L.
- Publication venue
- 'American Chemical Society (ACS)'
- Publication date
- Field of study
The Structure, Thermodynamics, and Solubility of Organic Crystals from Simulation with a Polarizable Force Field
- Author
- Abraham M. H.
- Barducci A.
- Bardwell D. A.
- Bartels C.
- Becke A. D.
- Berendsen H. J. C.
- Bitetti-Putzer R.
- Blagden N.
- Boys S. F.
- Brooks B. R.
- Broyden C. G.
- Carter E. A.
- Case D. A.
- Civalleri B.
- Civalleri B.
- Cornell W. D.
- Cornell W. D.
- Darden T.
- Darve E.
- Day G. M.
- Denne W. A.
- Doll K.
- Doll K.
- Dovesi R.
- Dovesi R.
- Duchowicz P. R.
- Eastman P.
- Essmann U.
- Ewald P. P.
- Fenn T. D.
- Fenn T. D.
- Fletcher R.
- Friedman H. L.
- Furukawa H.
- Gatti C.
- Gaurav Chattree
- Goldfarb D.
- Grossfield A.
- Haisa M.
- Haisa M.
- Halgren T. A.
- Hamilton W.
- Holst M.
- Holt A.
- Huuskonen J.
- Huuskonen J.
- Jain N.
- James S. L.
- Jeffrey G. A.
- Jiao D.
- John S D.
- Jonas Baltrusaitis
- Jorgensen W. L.
- Jorgensen W. L.
- Jorgensen W. L.
- Jorgensen W. L.
- Karamertzanis P. G.
- Kirkwood J. G.
- Kitano M.
- Klimovich P.
- Klopman G.
- Kong X.
- Kopylovich M. N.
- Krishnan R.
- Kühne R.
- Laio A.
- Lee C.
- Lee S.
- Lewis T. C.
- Lianqing Zheng
- Lii J. H.
- Lipinski C. A.
- Liu R.
- Lopes P. E. M.
- Lüder K.
- MacKerell A. D.
- MacKerell A. D.
- Maple J. R.
- Matsumoto M.
- McElroy N. R.
- Meylan W.
- Michael J. Schnieders
- Mitchell B. E.
- Mitchell J. B. O.
- Monkhorst H. J.
- Orson W M.
- Ottersen T.
- Ouvrard C.
- Patel S.
- Pengyu Ren
- Piquemal J.-P.
- Ponder J. W.
- Ponder J. W.
- Ponder J. W.
- Price S. L.
- Price S. L.
- Price S. L.
- Ren P.
- Ren P.
- Ren P.
- Ren P.
- Romero C.
- Romero C. M.
- Sagui C.
- Schmid R.
- Schnieders M. J.
- Schnieders M. J.
- Shanno D. F.
- Shirts M. R.
- Stone A. J.
- Stone A. J.
- Stone A. J.
- Stone A. J.
- Swendsen R. H.
- Terkeltaub R.
- Tetko I. V.
- Thole B. T.
- Tissandier M. D.
- Turner J. D.
- Usanmaz A.
- Vishweshwar P.
- Wang F.
- Wang J.
- Wang J.
- Wang J.
- Wei Yang
- Wheatley P. J.
- Wolfenden R.
- Yalkowsky S. H.
- Yalkowsky S. H.
- Yan A.
- Yue Shi
- Zheng L.
- Zheng L.
- Zobel D.
- Zwanzig R. W.
- Publication venue
- 'American Chemical Society (ACS)'
- Publication date
- Field of study