6 research outputs found
Simulation of the thermodynamics of folding and unfolding of the Trp-cage mini-protein TC5b using different combinations of force fields and solvation models
- Author
- A. Onufriev
- A. Schug
- A.E. GarcĂa
- A.E. GarcĂa
- B.S. Kinnear
- C. Simmerling
- C.D. Snow
- D. Paschek
- D. Sindhikara
- D. Spoel van der
- D.R. Roe
- DaWei Zhang
- G.D. Hawkins
- G.V. Nikiforovich
- H. Lei
- J. Chen
- J. Karanicolas
- J. Zhang
- J.P. Ryckaert
- J.R. Weiser
- J.W. Neidigh
- J.W. Pitera
- John ZengHui Zhang
- K. Hukushima
- L. Qiu
- LiLi Duan
- M. Feig
- M.C. Tesi
- M.S. Shell
- QingGang Zhang
- R.H. Zhou
- R.H. Zhou
- R.H. Zhou
- S. Chowdhury
- S. Jang
- U.H.E. Hansmann
- V. Tsui
- W. Zhang
- Y. Sugita
- Y. Sugita
- Ye Mei
- YongLe Li
- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- Field of study
No full textProtein Folding, Unfolding and Aggregation Studied Using an All-Atom Model with~a~Simplified Interaction Potential
- Author
- A. Irbäck
- A. Irbäck
- A. Irbäck
- A. Irbäck
- A. Irbäck
- A. Irbäck
- A. Irbäck
- A. Schug
- A.D. MacKerell
- A.E. GarcĂ a
- A.E. GarcĂ a
- A.G. Cochran
- A.K. Dunker
- A.M. Gronenborn
- A.P. Lyubartsev
- A.R. Dinner
- B. Ma
- B. Zagrovic
- B.A. Krantz
- B.D. Bursulaya
- C. Brändén
- C. Simmerling
- C.D. Snow
- C.M. Dobson
- D. Roccatano
- D.J. Brockwell
- D.J. Gordon
- D.J. Lockhart
- D.K. Klimov
- D.M. Walsh
- D.M. Walsh
- E. Kussell
- E. Marinari
- F. Cordier
- F.J. Blanco
- G. Chikenji
- G. Colombo
- G. Cornilescu
- G. Favrin
- G. Kaminski
- G. Wei
- G.N. Ramachandran
- H. Lu
- H. Nymeyer
- H.J. Dyson
- H.M. Went
- H.S. Chung
- J.A. Vila
- J.C. Rochet
- J.J. Balbach
- J.M. Wang
- J.W. Neidigh
- J.W. Pitera
- L.O. Tjernberg
- L.R. Dodd
- M. Cieplak
- M. LĂłpez de la Paz
- M. Schlierf
- M. Sunde
- M.P. Lambert
- P.A. Thompson
- P.C. Li
- P.G. Bolhuis
- P.H. Nguyen
- R. Rohs
- R. Sayle
- R. Zhou
- R. Zhou
- R. Zhou
- R.M. Fesinmeyer
- S. Gnanakaran
- S. Santini
- S. Williams
- S.B. Fowler
- S.Y. Kim
- T. Kortemme
- T. Yoda
- U. Stocker
- U.H.E. Hansmann
- V. Muñoz
- V.S. Pande
- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- 01/01/2008
- Field of study
No full textThirty-five years of biomolecular simulation: development of methodology, force fields and software
- Author
- Allinger N.L.
- Allison J.R.
- Andersen H.C.
- Anisimov V.M.
- Banks J.L.
- Berendsen H.J.C.
- Berendsen H.J.C.
- Berendsen H.J.C.
- Berendsen H.J.C.
- Berendsen H.J.C.
- Billeter S.R.
- Billeter S.R.
- Bowers K.J.
- Brooks B.R.
- Brooks B.R.
- BrĂĽnger A.T.
- Case D.A.
- Christ C.D.
- Christ C.D.
- Christen M.
- Christen M.
- Cornell W.D.
- Cuendet M.A.
- Darden T.
- Daura X.
- Eichenberger A.P.
- Feller S.E.
- Fennen J.
- Field M.J.
- Gros P.
- Hagler A.T.
- Hansen N.
- Hess B.
- Hockney R.W.
- Hockney R.W.
- Huber T.
- Huber T.
- Huber T.
- Jorgensen W.L.
- Jorgensen W.L.
- Jorgensen W.L.
- JoĹľica Dolenc
- Kaptein R.
- Keller B.
- Kirkpatrick S.
- Kirkwood J.G.
- Kirkwood J.G.
- Kunz A.P.E.
- Lee F.S.
- Levitt M.
- Levitt M.
- Levitt M.
- Lin Z.X.
- Liu H.Y.
- Luty B.A.
- MacKerell A.D.
- Marrink S.J.
- McCammon J.A.
- Meier K.
- Michel J.
- Momany F.A.
- Monticelli L.
- Nemethy G.
- Nose S.
- Olson W.K.
- Oostenbrink C.
- Oostenbrink C.
- Parrinello M.
- Patel S.
- Phillips J.C.
- Piela L.
- Pitera J.W.
- Plimpton S.
- Ponder J.W.
- Praprotnik M.
- Quirke N.
- Rahman A.
- Rahman A.
- Riniker S.
- Ryckaert J.P.
- Rzepiela A.J.
- Schiffer C.A.
- Schiffer C.A.
- Schmid N.
- Schmid N.
- Schmid N.
- Schmid N.
- Schneider T.
- Schuler L.D.
- Scott W.R.P.
- Scott W.R.P.
- Shi Q.
- Soares T.A.
- Sugita Y.
- Torda A.E.
- Torda A.E.
- van der Spoel D.
- van Gunsteren W.F.
- van Gunsteren W.F.
- van Gunsteren W.F.
- van Gunsteren W.F.
- Verlet L.
- Warshel A.
- Weiner P.K.
- Widom B.
- Wilfred F. van Gunsteren
- Woods C.J.
- Zwanzig R.W.
- Publication venue
- 'Informa UK Limited'
- Publication date
- Field of study
No full textGeneralized-Ensemble Algorithms for Protein Folding Simulations
- Author
- A. Irbäck
- A. Irbäck
- A. Kitao
- A. Kolinski
- A. Mitsutake
- A. Mitsutake
- A. Mitsutake
- A. Mitsutake
- A. Mitsutake
- A. Mitsutake
- A. Mitsutake
- A. Mitsutake
- A. Sikorski
- A.E. Garcia
- A.E. Garcia
- A.M. Ferrenberg
- A.M. Ferrenberg
- A.P. Lyubartsev
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- C. Bartels
- C. Bartels
- C.J. Woods
- C.Y. Lin
- D. Gront
- D.A. Kofke
- D.D. Frantz
- E. Marinari
- E.A. Merritt
- F. Wang
- F. Wang
- F. Yasar
- G. Penna La
- G.M. Torrie
- G.M. Verkhivker
- G.R. Smith
- H. Fukunishi
- H. Kawai
- H. Kokubo
- H. Okumura
- H. Shimizu
- H.F. Xu
- H.G. Evertz
- J. Higo
- J. Wang
- J.G. Kim
- J.S. Wang
- J.W. Pitera
- K. Hukushima
- K. Hukushima
- K. Hukushima
- K. Morikami
- K. Sayano
- K.R. Shoemaker
- K.R. Shoemaker
- M. Bachmann
- M. Falcioni
- M. Feig
- M. Mezei
- M.C. Tesi
- M.G. Wu
- M.H. Hao
- M.K. Fenwick
- M.K. Fenwick
- M.S. Cheung
- N. Hatano
- N. Kamiya
- N. Metropolis
- N. Nakajima
- N. Rathore
- N. Urakami
- N.B. Wilding
- P.J. Kraulis
- Q. Yan
- Q. Yan
- R. Faller
- R. Yamamoto
- R.H. Swendsen
- R.H. Swendsen
- R.H. Zhou
- R.H. Zhou
- S. Kumar
- S. Kumar
- S. Nosé
- S. Nosé
- S. Ono
- S. Trebst
- S.G. Itoh
- S.W. Jang
- T. Munakata
- T. Nagasima
- T. Nishikawa
- T. Okabe
- T. Ooi
- T. Terada
- T. Yoda
- T. Yoda
- T.W. Whitfield
- U. Wolff
- U.H.E. Hansmann
- U.H.E. Hansmann
- U.H.E. Hansmann
- U.H.E. Hansmann
- U.H.E. Hansmann
- U.H.E. Hansmann
- U.H.E. Hansmann
- U.H.E. Hansmann
- U.H.E. Hansmann
- W. Janke
- W. Janke
- W. Kwak
- W.L. Jorgensen
- Y. Iba
- Y. Iba
- Y. Ishikawa
- Y. Okamoto
- Y. Okamoto
- Y. Okamoto
- Y. Okamoto
- Y. Sugita
- Y. Sugita
- Y. Sugita
- Y. Sugita
- Y. Sugita
- Y. Sugita
- Y.M. Rhee
- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- 01/01/2008
- Field of study
No full textGeneralized-Ensemble Algorithms for Studying Protein Folding
- Author
- A. Baumketner
- A. Irbäck
- A. Kolinski
- A. Krogh
- A. Mitsutake
- A. Mitsutake
- A. Mitsutake
- A. Mitsutake
- A. Mitsutake
- A. Mitsutake
- A. Mitsutake
- A. Mitsutake
- A. Mitsutake
- A. Sikorski
- A.E. Garcia
- A.E. Garcia
- A.E. Roitberg
- A.K. Felts
- A.M. Ferrenberg
- A.M. Ferrenberg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- B.A. Berg
- C. Bartels
- C. Bartels
- C. Muguruma
- C.J. Geyer
- C.J. Woods
- C.Y. Lin
- D. Gront
- D. Paschek
- D. Paschek
- D.A. Kofke
- D.D. Frantz
- D.T. Jones
- E. Marinari
- E. Neria
- E.A. Merritt
- F. Wang
- F. Wang
- F. Yasar
- G. La Penna
- G.A. Kaminski
- G.E. Tusnady
- G.M. Torrie
- G.M. Verkhivker
- H. Fukunishi
- H. Kokubo
- H. Kokubo
- H. Kokubo
- H. Kokubo
- H. Kokubo
- H. Noguchi
- H. Okumura
- H. Okumura
- H. Okumura
- H. Okumura
- H. Okumura
- H. Okumura
- H. Okumura
- H. Okumura
- H. Shimizu
- H.C. Andersen
- I.R. McDonald
- J. Higo
- J. Lee
- J. Wang
- J.F. Nagle
- J.G. Kim
- J.S. Wang
- J.W. Pitera
- K. Hukushima
- K. Hukushima
- K. Murata
- K. Sayano
- K.R. Shoemaker
- K.R. Shoemaker
- L. Onsager
- L. Pauling
- M. Bachmann
- M. Falcioni
- M. Feig
- M. Mezei
- M.C. Tesi
- M.G. Wu
- M.H. Hao
- M.K. Fenwick
- M.K. Fenwick
- M.S. Cheung
- N. Hatano
- N. Kamiya
- N. Metropolis
- N. Nakajima
- N. Rathore
- N. Urakami
- N.B. Wilding
- O. Haida
- P.A. Kollman
- P.J. Kraulis
- Q. Yan
- Q. Yan
- R.A. Sayle
- R.H. Swendsen
- R.H. Zhou
- R.H. Zhou
- S. Kumar
- S. Kumar
- S. Nosé
- S. Nosé
- S. Nosé
- S. Ono
- S. Trebst
- S.D. Bond
- S.G. Itoh
- S.G. Itoh
- S.G. Itoh
- S.W. Jang
- T. Hirokawa
- T. Munakata
- T. Nishikawa
- T. Okabe
- T. Takekiyo
- T. Terada
- T. Yoda
- T. Yoda
- T.F. Miller
- T.W. Whitfield
- U.H.E. Hansmann
- U.H.E. Hansmann
- U.H.E. Hansmann
- U.H.E. Hansmann
- U.H.E. Hansmann
- U.H.E. Hansmann
- U.H.E. Hansmann
- U.H.E. Hansmann
- W. Janke
- W. Janke
- W. Kwak
- W.E. Reiher III
- W.F. Giauque
- W.F. Giauque
- W.L. Jorgensen
- Y. Iba
- Y. Iba
- Y. Ishikawa
- Y. Okamoto
- Y. Okamoto
- Y. Sugita
- Y. Sugita
- Y. Sugita
- Y. Sugita
- Y. Sugita
- Y. Sugita
- Y.M. Rhee
- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- 01/01/2009
- Field of study
No full textAdvanced simulation techniques for the thermodynamic and kinetic characterization of biological systems
- Author
- Abraham M.J.
- Abrams C.
- Abrams J.B.
- Auer S.
- Baftizadeh F.
- Barducci A.
- Barducci A.
- Beauchamp K.A.
- Beck D.A.C.
- Bernèche S.
- Biarnés X.
- Biswas M.
- Bolhuis P.G.
- Bonomi M.
- Bonomi M.
- Bonomi M.
- Bonomi M.
- Bonomi M.
- Bonomi M.
- Bonomi M.
- Bonomi M.
- Boomsma W.
- Borkar A.N.
- Bottaro S.
- Bowman G.R.
- Branduardi D.
- Branduardi D.
- Brewer K.D.
- Buchete N.-V.
- Bussi G.
- Bussi G.
- Cabrita L.D.
- Camilloni C.
- Camilloni C.
- Camilloni C.
- Camilloni C.
- Camilloni C.
- Cavalli A.
- Ceriotti M.
- Cesari A.
- Cesari A.
- Coffey W.T.
- Cossio P.
- Crespo Y.
- Dama J.F.
- Dama J.F.
- De Simone A.
- De Simone A.
- De Simone A.
- De Simone A.
- Deng Y.
- Dixit P.D.
- Dixit P.D.
- Dupuis P.
- Eastman P.
- Ferrenberg A.
- Gil-Ley A.
- Giorgino T.
- Granata D.
- Harvey M.J.
- Huang X.
- Hultqvist G.
- Hummer G.
- Hänggi P.
- Jaynes E.T.
- Jaynes E.T.
- Kannan S.
- Kimanius D.
- Kokubo H.
- Kranjc A.
- Kukic P.
- Kumar S.
- Kästner J.
- Kührová P.
- Laio A.
- Laio A.
- Lelièvre T.
- Lindorff-Larsen K.
- Luitz M.
- Luitz M.P.
- Löhr T.
- Maragliano L.
- Marinelli F.
- Marinelli F.
- McGovern M.
- Meloni R.
- Mobley D.L.
- Moors S.L.C.
- Nitzan A.
- Nölting B.
- Olsson S.
- Ostermeir K.
- Palazzesi F.
- Perez A.
- Phillips J.C.
- Piana S.
- Pietrucci F.
- Pietrucci F.
- Pietrucci F.
- Pitera J.W.
- Plattner N.
- Prakash M.K.
- Pressé S.
- Ravera E.
- Rosso L.
- Rosta E.
- Roux B.
- Roux B.
- Roux B.
- Salomon-Ferrer R.
- Sanz-Hernández M.
- Schulten K.
- Shirts M.R.
- Sindhikara D.J.
- Singh S.
- Sutto L.
- Tiana G.
- Tiberti M.
- Tiwary P.
- Tribello G.A.
- Tuckerman M.
- Valsson O.
- Valsson O.
- Van Kampen N.G.
- Voter A.F.
- Vymtal J.
- Wan H.
- Wang L.
- White A.D.
- White A.D.
- Yin J.
- Yu T.-Q.
- Zheng L.
- Zhou G.
- Zhu F.
- Zuckerman D.M.
- Zwanzig R.
- Publication venue
- 'Informa UK Limited'
- Publication date
- Field of study
No full text
