Um conjunto de ferramentas para a compara??o de genomas completos de bact?rias baseada em genes.

Most of the computational biology analysis is made comparing genomic features. The nucleotide and amino acid sequence alignments are frequently used in gene function identification and genome comparison. Despite its widespread use, there are limitations in their analysis capabilities that need to be considered but are often overlooked or unknown by many researchers. This paper presents a gene based whole genome comparison toolkit which can be used not only as an alternative and more robust way to compare a set of whole genomes, but, also, to understand the tradeoff of the use of sequence local alignment in this kind of comparison. A study case was performed considering fifteen whole genomes of the Xanthomonas genus. The results were compared with the 16S rRNA-processing protein RimM phylogeny and some thresholds for the use of sequence alignments in this kind of analysis were discussed.Grande parte das analises realizadas na biologia computacional ? feita comparando caracter?sticas gen?micas. Os alinhamentos de nucleot?deos e de amino?cidos s?o frequentemente usados na identifica??o de fun??es g?nicas e na compara??o de genomas. Apesar de seu uso generalizado, h? limita??es em suas capacidades de analise que precisam ser consideradas, mas s?o frequentemente negligenciadas ou desconhecidas por muitos pesquisadores. Este artigo apresenta um conjunto de ferramentas de compara??o de genomas completos baseado em genes que pode ser usado n?o somente como uma maneira alternativa e mais robusta de comparar um conjunto de genomas completos, mas tamb?m para entender as vantagens e desvantagens do uso do alinhamento local de sequencias neste tipo de compara??o. Um estudo de caso foi realizado considerando quinze genomas completos do g?nero Xanthomonas. Os resultados foram comparados com a filogenia produzida utilizando a prote?na 16S rRNA-processing protein RimM e alguns limiares para o uso de alinhamentos de sequencias neste tipo de analise foram discutidos