Autologous hematopoietic stem cell transplantation in systemic sclerosis patientss

ystemic sclerosis (SScl) is an autoimmune disorder of unknown aetiology, characterised by fibrosis and microvascular injury of the affected organs. The hallmark of the disease is thickening and tightness of the skin and the subcutaneous tissue. SScl can affect virtually any organ systems, most importantly the skin, blood vessels, lungs, kidneys, gastrointestinal tract, and the heart [1]

Habitat types ecology of the drained Mouria lake: flora and vegetation study and ecological examination of the environmental parameters in a pilot-scale wetland rehabilitation program

The area of the drained Mouria lake is located 5Km SW of Pyrgos city (Prefecture of Ileia) near Alfeios River estuary. It was drained during the period 1967-69. Subjects of the present thesis are: a) the study of the flora in the drained lake area, the identification and the mapping of the habitat types, b) the estimation of the vegetation units degradation degree by various human activities, c) the correlation of the vegetation units with certain environmental parameters (soil and water physicochemical parameters), d) the pilot-scale re-flood of a part of the drained lake (0.5 ha) in order to estimate the colonization rate by plant species in the new lake. Seasonal vegetation samples were taken from the whole area of the drained Mouria Lake, following Braun-Blanquet method. Habitat types were identified and their limits were determined by means of GPS. In order to study environmental parameters soil and water samples were taken in sites where vegetation samples had already been taken. After the floristic analysis, vegetation units were detemined. The abundance of indicator plants of habitat degradation (grazing indicator plants, weeds and ruderals) in each habitat’s floristic composition is used in order to evaluate their ecological status. Correlations between environmental parameters were tested using Spearman correlation test, while Canonical Correspondence analysis (CCA) and Factor analysis were performed in order to examine relationships between the vegetation units and environmental variables. For a pilot-scale lake restoration an area of 0,5 ha was selected in the SE part of the former lake to be re-flooded. A total of 284 plant species were recorded in the are of the drained lake, 144 of which are characterized as indicator plants of habitat degradation. Seven habitat types and sixteen plant communities have also been identified in the study area. Salt meadows, reeds and Tamarix stands have the biggest cover in the area. Salt meadows appear to have the highest degree of degradation and the temporary ponds the lowest. The plant communities of sand dunes and these of wet dune slacks are formed in sandy soil, rich in CaCO3 and Ca+2 and with high pH values. The salt meadows communities are developed in various types of soils (sandy to loamy-clay) with high electric conductivity values and high phosphor concentrations. The soil moisture and the NO3- concentration are the most important factors that influence the growth of communities with Tamarix sp. Temporary ponds present a combination of high salinity, alkalinity and nutrient concentration values in the area. Phragmites australis community is developed on sites with higher water salinity values than Typha domingensis community. The study of vegetation succession in the pilot-scale wetland shows that many plant species of the nearby temporary ponds and channels like Ruppia maritima, Zannichellia palustris, Chara sp., Ranunculus baudotti etc. have rapidly colonised the new lake .Η περιοχή της αποξηραμένης Λίμνης Μουριάς βρίσκεται στο Ν. Ηλείας 5 Κm ΝΔ της πόλης του Πύργου κοντά στις εκβολές του Αλφειού ποταμού. Η παλιά λίμνη αποξηράνθηκε την περίοδο 1967-69. Αντικείμενο της διατριβής είναι: α) η μελέτη της χλωρίδας της περιοχής και ο προσδιορισμός και η χαρτογράφηση των τύπων οικοτόπων, β) η εκτίμηση της υποβάθμισης των μονάδων βλάστησης εξαιτίας των διάφορων ανθρωπογενών επιδράσεων, γ) η συσχέτιση των διακρινόμενων φυτοκοινοτήτων με τους περιβαλλοντικούς παράγοντες (φυσικοχημικές παράμετροι εδάφους και νερού), δ) ο πιλοτικός επαναπλημμυρισμός 5 στρεμμάτων και η εκτίμηση του ρυθμού εποικισμού της νέας λίμνης με φυτικά taxa. Κατά την εργασία πεδίου έγιναν εποχικές φυτοληψίες σε όλη την έκταση της αποξηραμένης λίμνης με τη μέθοδο Braun-Blanquet. Παράλληλα, έγιναν δειγματοληψίες εδάφους και νερού σε θέσεις στις οποίες είχαν πραγματοποιηθεί και δειγματοληψίες βλάστησης. Ακολούθησε η αναγνώριση των τύπων οικοτόπων και προσδιορίστηκαν τα όρια τους με τη χρήση GPS. Κατά την εργαστηριακή επεξεργασία έγινε η χλωριδική ανάλυση και ο προσδιορισμός των μονάδων βλάστησης, ενώ προσδιορίστηκαν οι φυσικοχημικές παράμετροι εδάφους και νερού. Οι σχέσεις των περιβαλλοντικών παραμέτρων διερευνήθηκαν τόσο μεταξύ τους, όσο και με τις μονάδες βλάστησης, με τη χρήση του συντελεστή συσχέτισης Spearman, τη μεθόδο Canonical Correspondence analysis (CCA) και την πολυπαραγοντική στατιστική ανάλυση (Factor analysis). Τέλος, πραγματοποιήθηκε πιλοτικός επαναπλημμυρισμός μικρού τμήματος της περιοχής (5.000 m²) και συστηματική παρακολούθηση του ρυθμού εποικισμού του νέου υγροτόπου με φυτικά είδη. Τα φυτικά είδη που καταγράφηκαν στην περιοχή της παλιάς λίμνης ανέρχονται σε 284, από τα οποία 144 χαρακτηρίζονται ως είδη διαταραγμένων βιοτόπων (δείκτες βόσκησης, ζιζάνια καλλιεργειών, είδη κρασπέδων δρόμων ή αγρών και περιοικιστικών χώρων). Παράλληλα, αναγνωρίστηκαν επτά διαφορετικοί τύποι οικοτόπων και 16 φυτοκοινότητες. Τα μεσογειακά αλίπεδα, οι καλαμώνες και οι συστάδες αρμυρίκης καταλαμβάνουν τη μεγαλύτερη έκταση στην περιοχή. Τη μέγιστη επίδραση και από τις τρεις κατηγορίες των φυτών-δεικτών υποβάθμισης παρουσιάζουν τα αλίπεδα, ενώ τα εποχιακά τέλματα εμφανίζουν τη μικρότερη επίδραση. Οι κοινότητες των αμμοθινών, καθώς και αυτές που σχηματίζονται στα έγκοιλα των θινών, αναπτύσσονται σε αμμώδη εδάφη, πλούσια σε CaCO3 και ιόντα ασβεστίου, με υψηλές τιμές pH. Οι κοινότητες των μεσογειακών αλιπέδων αναπτύσσονται σε διάφορους τύπους εδαφών από αμμώδη έως αργιλοπηλώδη, με υψηλή αλατότητα και αυξημένες συγκεντρώσεις φωσφόρου. Η υγρασία του εδάφους και η περιεκτικότητά του σε νιτρικό άζωτο είναι οι σημαντικότεροι παράγοντες που επηρεάζουν την ανάπτυξη των κοινοτήτων με Tamarix sp. Τα εδάφη των εποχιακών λιμνών της περιοχής παρουσιάζουν ένα συνδυασμό υψηλής αλατότητας, αλκαλικότητας και συγκέντρωσης θρεπτικών. Η κοινότητα με Phragmites australis αναπτύσσεται σε θέσεις υψηλότερης αλατότητας του νερού σε σχέση με την κοινότητα της Typha domingensis. Η μελέτη της διαδοχής της βλάστησης στο νέο υγρότοπο, δείχνει ένα σχετικά γρήγορο εποικισμό της νέας λίμνης, με είδη κυρίως των γειτονικών εποχιακών τελμάτων και καναλιών π.χ. Ruppia maritima, Zannichellia palustris, Chara sp., Ranunculus baudotti κ.ά

Investigating the role of natural killer T cells in Gram-negative infections of patients with type 2 diabetes mellitus and controls

Natural Killer T cells (ΝΚΤ) recognize glycolipid antigens, combine T cell receptor specificity with natural killer cell surface markers bridging innate with adaptive immunity. NKT cells produce cytokines early during an infection and direct immune response. Type 2 Diabetes Mellitus (T2DM) is associated with activated innate immunity. Gram negative pathogens activate NKT cells, promote autoimmune reactivity and are frequently responsible for infections in patients with type 2 diabetes.Method: T2DM group consisted of 22 patients, the control group consisted of 22 patients who had not T2DM. All patients were infected from Gram negative bacteria. Physical examination, vital signs were performed and peripheral blood was drown on days three and six of febrile illness for complete blood count, pH, biochemistry, immunoglobulins, antinuclear antibodies, anti dsDNA and blood/urine/pus cultures. Flow cytometry was utilized for ΝΚΤ identification with monoclonal PE CY 5 anti-CD3, FITC anti-CD4, PE anti-NKT TC Receptor. For intracellular staining we utilized Alexa-Fluor anti-IFN-γ and APC anti- IL-4. Parameters were: CD3+NKT+, CD4+NKT+, CD3+IL4+, CD4+IL-4+, CD3+IFNγ+, CD4+IFNγ+, CD3+IL-4+NKT+, CD4+IL-4+NKT+, CD3+IFNγ+NKT+, CD4+IFNγ+ΝΚΤ+. APACHE II system was used to stratify disease severity.Results: NKT cell number and intracellularly produced IFNγ/IL4 are decreasing from day 3 to day 6 in same way in both groups. Following NKT stimulation a mixed type of response (Th1/Th2) is being elicited from CD4+/CD3+ lymphocytes with significant difference in T2DM group on day 3 and significant increase between groups from day 3 to day 6. There is no significant difference between groups concerning immunoglobulins and production of antinuclear antibodies or anti ds DNA.Τα Natural Killer T cells (ΝΚΤ) αναγνωρίζουν γλυκολιπιδιακά αντιγόνα, εκφράζουν δείκτες επιφανείας φυσικών φονέων και Τ κυτταρικό υποδοχέα, γεφυρώνοντας την φυσική με την ειδική ανοσία. Συμμετέχουν στα πρώιμα στάδια μιας λοίμωξης κατευθύνοντας την ανοσολογική απάντηση. Ο Σακχαρώδης Διαβήτης τύπου 2 (ΣΔ2) θεωρείται κατάσταση ενεργοποιημένης φυσικής ανοσίας. Τα Gram αρνητικά παθογόνα ενεργοποιούν τα NKT κύτταρα, συνδέονται με την αυτοανοσία και είναι συχνά αίτια λοιμώξεων σε ασθενείς με ΣΔ2. Μέθοδος: Η ομάδα ΣΔ2 είχε 22 άτομα , η ομάδα των μαρτύρων είχε 22 άτομα χωρίς ΣΔ2 . Όλοι είχαν λοίμωξη από Gram αρνητικό μικρόβιο. Πραγματοποιήθηκε φυσική εξέταση, λήψη ζωτικών σημείων και περιφερικού αίματος την ημέρα 3 και 6 του εμπύρετου με προσδιορισμό γενικής αίματος, pH, βιοχημικού ελέγχου, ανοσοσφαιρινών, αντιπυρηνικών αντισωμάτων (ANA)/ anti-ds DNA και καλλιέργεια ούρων/αίματος/πύου. Προσδιορίσαμε τα ΝΚΤ με κυτταρομετρία ροής με μονοκλωνικά PE CY 5 anti -CD3, FITC anti- CD4, PE anti-NKT-Cell Receptor , τις ενδοκυττάριες κυταροκίνες με Alexa Fluor anti-IFN-γ/ APC anti- IL-4. Μελετήθηκαν: CD3+IL-4+NKT+ , CD4+IL-4+NKT+, CD3+IFNγ+NKT+, CD4+IFNγ+ΝΚΤ+,CD3+NKT+, CD4+NKT+ ,CD3+IL4+, CD4+IL-4+, CD3+IFNγ+, CD4+IFNγ+ . Η βαρύτητα νόσου ταξινομήθηκε με το σύστημα APACHE IΙ.Αποτελέσματα: Ο αριθμός των ΝΚΤ και οι ενδοκυττάρια παραγόμενες IFNγ/IL4 μειώνονται από την ημέρα 3 στην 6 χωρίς διαφορά ανάμεσα στις δύο ομάδες. Τα CD4+/CD3+ παράγουν μεικτού τύπου απάντηση (Th1/Th2), έχουν στατιστικά σημαντική διαφορά στην ομάδα ΣΔ2 την 3η ημέρα, και παρόμοια αύξηση στατιστικά σημαντική εντός των ομάδων από την ημέρα 3 στην 6. Στις μετρήσεις ANA , anti-ds DNA , ανοσοσφαιρινών δεν διαπιστώνεται διαφορά μεταξύ των ομάδων

Rheumatoid arthritis: Treatment evolution over the years

Rheumatoid arthritis (RA) is a systemic, inflammatory autoimmune disorder affecting approximately 0.5-1% [1] of the general population. It is characterized by inflammation and proliferation of the synovial lining, leading to destructive changes within the synovial-lined joints [2], especially if left untreated. Patients suffering from RA, usually complain about pain and swelling of the affected joints as well as morning stiffness in and around the joints, lasting at least 1 hour before maximal improvement [3].</p

From the (Epi)Genome to Metabolism and Vice Versa; Examples from Hematologic Malignancy

Hematologic malignancies comprise a heterogeneous group of neoplasms arising from hematopoietic cells or their precursors and most commonly presenting as leukemias, lymphomas, and myelomas. Genetic analyses have uncovered recurrent mutations which initiate or accumulate in the course of malignant transformation, as they provide selective growth advantage to the cell. These include mutations in genes encoding transcription factors and epigenetic regulators of metabolic genes, as well as genes encoding key metabolic enzymes. The resulting alterations contribute to the extensive metabolic reprogramming characterizing the transformed cell, supporting its increased biosynthetic needs and allowing it to withstand the metabolic stress that arises as a consequence of increased metabolic rates and changes in its microenvironment. Interestingly, this cross-talk is bidirectional, as metabolites also signal back to the nucleus and, via their widespread effects on modulating epigenetic modifications, shape the chromatin landscape and the transcriptional programs of the cell. In this article, we provide an overview of the main metabolic changes and relevant genetic alterations that characterize malignant hematopoiesis and discuss how, in turn, metabolites regulate epigenetic events during this process. The aim is to illustrate the intricate interrelationship between the genome (and epigenome) and metabolism and its relevance to hematologic malignancy

ICBP90, a Novel Methyl K9 H3 Binding Protein Linking Protein Ubiquitination with Heterochromatin Formation▿

Methylation of histone H3 on lysine 9 is critical for diverse biological processes including transcriptional repression, heterochromatin formation, and X inactivation. The biological effects of histone methylation are thought to be mediated by effector proteins that recognize and bind to specific patterns of methylation. Using an unbiased in vitro biochemical approach, we have identified ICBP90, a transcription and cell cycle regulator, as a novel methyl K9 H3-specific binding protein. ICBP90 and its murine homologue Np95 are enriched in pericentric heterochromatin of interphase nuclei, and this localization is dependent on H3K9 methylation. Specific binding of ICBP90 to methyl K9 H3 depends on two functional domains, a PHD (plant homeodomain) finger that defines the binding specificity and an SRA (SET- and RING-associated) domain that promotes binding activity. Furthermore, we present evidence that ICBP90 is required for proper heterochromatin formation in mammalian cells

Antiphospholipid antibodies induce proinflammatory and procoagulant pathways in endothelial cells

Antiphospholipid syndrome (APS) is an autoimmune thrombophilia characterized by recurrent thrombotic events and/or pregnancy morbidity in the presence of antiphospholipid antibodies detected either as anti-cardiolipin, anti-β2 Glycoprotein I (anti-β2GPI) or Lupus anticoagulant (LA). Endothelial deregulation characterizes the syndrome. To address gene expression changes accompanying the development of autoimmune phenotype in endothelial cells in the context of APS, we performed transcriptomics analysis in Human Umbilical Vein Endothelial Cells (HUVECs) stimulated with IgG from APS patients and β2GPI, followed by intersection of RNA-seq data with published microarray and ChIP-seq results (Chromatin Immunoprecipitation). Our strategy revealed that during HUVEC activation diverse signaling pathways such as TNF-α, TGF-β, MAPK38, and Hippo are triggered as indicated by Gene Ontology (GO) classification and pathway analysis. Finally, cell biology approaches performed side-by-side in naïve and stimulated cultured HUVECs, as well as, in placenta specimens derived from Healthy donors (HDs) and APS-patients verified the evolution of an APS-characteristic gene expression program in endothelial cells during the initial stages of the disease's development