Disruption in the Supply Chain for Beef and Pork: What Has Happened and What Was NAFTA Doing

Industrial Organization, International Relations/Trade,

Optimal design for the detection of a major gene segregation in crosses between 2 pure lines

A simulation method was used to compare different experimental designs for their power to detect a major gene using a maximum likelihood approach. The optimal design is most often the production of F2 as the only segregating genetic type, with a limited effect of the relative numbers of F2s and non-segregating groups (parentals and F1) on the power. Dominant genes were more easily detected than additive ones. A model dealing with the heteroskedasticity of the polygenic component was also studied

Comparison of four statistical methods for detection of a major gene in a progeny test design

In livestock improvement it is common to design a progeny test of sires in order to estimate their breeding values. The data recorded for these estimate are useful for the detection of major genes. They are the n.m performances Yij of m progeny j of n sires i. These data need to be corrected for the polygenic influence of the sire on its progeny (sire i effect Ui). Four statistical tests of the segregation of a major gene are compared. The first (ﺎSA for "segregation analysis") is the classical ratio of the likelihoods under Ho (no major gene) and H1 (a major gene is segregating). The parameters describing the population (means and standard deviations within genotype) are estimated by maximizing the marginal likelihood of the Yij. The other statistics studied are approximations of this ﺎSA statistic where the sire i effect (Ui) is considered as a fixed effect (ﺎ FE statistic) or, following Elsen et al. (1988) and Höschele (1988), where the parameters, and Ui, are estimated maximizing the joint likelihood of Ui and Yij (ﺎME and ﺎME2 statistics). Simulation studies were done in order to describe the distribution of these statistics. It is shown that ﺎSA and ﺎME1 are the most powerful test, followed by ﺎME2 whose relative loss of power ranged between 20 and 40%, depending on the H1 case studied, when 400 progeny are measured (n = m = 20). The segregation analysis, based on direct maximization of the likelihood, required 30 times more computation time than the ﺎME test using an EM algorithm.Il est fréquent, en sélection, de tester sur descendance, des mâles, afin d’estimer leur valeur génétique. Les données recueillies dans ce but peuvent être utilisées afin de mettre en évidence un gène majeur. Elles sont constituées des n.m performances Yij de m descendants j de n mâles i. Ces données doivent être corrigées pour l’effet polygénique du père (Ui) sur ses descendants. Quatre tests statistiques de mise en évidence d’un tel gène majeur sont comparés. Le premier (ﺎSA pour "segregation analysis") est le rapport classique des vraisemblances sous Ho (pas de gène majeur) et sous H1 (existence d’un gène majeur). Les paramètres caractéristiques de la population (moyennes et écarts types intragénotype) sont estimés en maximisant la vraisemblance marginale des Yij Les autres statistiques de tests sont des approximations de ﺎSA pour lesquelles, soit l’effet père Ui est considéré comme un effet fixé (test IFE) soit, comme proposé par Elsen et al. (1988) et Höschele (1988), les paramètres, et Ui, sont obtenus en maximisant la vraisemblance conjointe des Yij et des Ui (test ﺎME1 et ﺎME2 Nous avons réalisé des simulations afin de décrire les distributions de ces tests. ﺎSA et ﺎME1 sont les tests les plus puissants, suivi par ﺎME2 dont la perte relative de puissance varie entre 20 et 40% selon l’hypothèse H1 étudiées, quand 400 descendants sont mesurés (n = m =20). L’analyse de ségrégation, réalisée par maximisation directe de la vraisemblance, demande 30 fois plus de temps de calcul que les tests ﺎME réalisés l’aide d’un algorithme EM

Support for single major genes influencing fat androstenone level and development of bulbo-urethral glands in young boars

A two-step genetic analysis was performed on data collected in a fourgeneration selection experiment comprising a control and a selected line in a Large White-Landrace crossbred population. The two-trait selection index used for choosing replacement boars of the selected line included fat androstenone level and the average thickness of right and left bulbo-urethral glands, the latter trait being an indicator of the sexual maturity status of young boars. Fat androstenone level was determined on a biopsy sample of backfat taken at 118 kg liveweight, whereas bulbo-urethral gland size was measured by echotomography, using a rectal probe, at 99 kg liveweight. A total of 949 entire males, from 57 sires and 353 dams, were recorded for both traits. In the first step of analysis, REML genetic parameters were estimated using a bivariate animal model. Heritability estimates (± SE) were 0.55 ± 0.07 for fat androstenone level and 0.63 ± 0.05 for bulbo-urethral gland size. A fairly close genetic correlation (0.68 ± 0.05) was found between the two traits. The second step of analysis consisted in testing the hypothesis of a mixed mode of inheritance (polygenes + major gene) for each trait using segregation analysis methods. A major two-allele gene was found to affect fat androstenone level. Under the genetic model that best explained the situation, the ’low androstenone’ allele (L) is completely dominant over the ’high androstenone’ allele (H), and the difference between HH and LL (or HL) genotypes amounts to three SD units of the trait. A twoallele major gene was also shown to influence bulbo-urethral gland size (difference close to two SD units between the two homozygous genotypes) with a probably incomplete dominance of the ’small size’ allele. There was no evidence for linkage of these genes with the swine leukocyte antigen (SLA) system. Whether these two postulated major genes are a unique gene or not is discussed.Cette étude concerne une analyse génétique, en deux étapes, des données recueillies dans les quatre générations d’une expérience de sélection comportant une lignée témoin et une lignée sélectionnée dans une population croisée à base de Large White et de Landrace. L’indice à deux caractères utilisé pour le choix des verrats de la lignée sélectionnée combinait la teneur en androsténone du gras et l’épaisseur moyenne des glandes bulbo-uréthrales droite et gauche, ce dernier caractère étant un indicateur du statut de maturité sexuelle des jeunes verrats. La teneur en androsténone a été mesurée sur une biopsie de gras dorsal prélevée à 118 kg de poids vif alors que le développement des glandes bulbo-uréthrales a été mesuré par échotomographie, à l’aide d’une sonde rectale, à 99 kg de poids vif. Au total, 9l,9 mâles entiers, issus de 57 pères et 353 mères, ont été mesurés pour l’un et l’autre caractère. Dans la première étape de l’analyse, les paramètres génétiques des deux caractères ont été estimés à l’aide d’une procédure REML appliquée à un modèle animal bicaractère. Les estimées d’héritabilité (± erreur standard) sont 0,55 ± 0,07 pour la teneur en androsténone du gras et 0,63 ± 0,05 pour l’épaisseur moyenne des glandes bulbo-uréthrales. Une corrélation génétique relativement élevée (0,68 ± 0,05) a été trouvée entre les deux caractères. Une seconde étape de l’étude a consisté à tester, à l’aide de méthodes d’analyse de ségrégation, l’hypothèse d’un déterminisme génétique mixte (polygènes + un gène majeur) pour chaque caractère. Un gène à effet majeur sur la teneur en androsténone du gras a été mis en évidence : selon le modèle génétique le plus explicatif, l’allèle « faible» (L) est complètement dominant sur l’allèle « fort» (H), avec une différence entre les génotypes HH et LL (ou HL) voisine de trois écarts types phénotypiques du caractère. Un gène à effet majeur sur l’épaisseur moyenne des glandes bulbo-uréthrales (différence de l’ordre de deux écarts types phénotypiques entre les génotypes homozygotes) a également été mis en évidence avec une dominance probablement incomplète de l’allèle «faible». Ces deux gènes ne semblent pas être liés avec le système d’histocompatibilité majeur (SLA). La possible identité des deux gènes majeurs postulés est discuté