Trichomonas vaginalis vast BspA-like gene family: evidence for functional diversity from structural organisation and transcriptomics

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p><it>Trichomonas vaginalis </it>is the most common non-viral human sexually transmitted pathogen and importantly, contributes to facilitating the spread of HIV. Yet very little is known about its surface and secreted proteins mediating interactions with, and permitting the invasion and colonisation of, the host mucosa. Initial annotations of <it>T. vaginalis </it>genome identified a plethora of candidate extracellular proteins.</p> <p>Results</p> <p>Data mining of the <it>T. vaginalis </it>genome identified 911 BspA-like entries (TvBspA) sharing TpLRR-like leucine-rich repeats, which represent the largest gene family encoding potential extracellular proteins for the pathogen. A broad range of microorganisms encoding BspA-like proteins was identified and these are mainly known to live on mucosal surfaces, among these <it>T. vaginalis </it>is endowed with the largest gene family. Over 190 TvBspA proteins with inferred transmembrane domains were characterised by a considerable structural diversity between their TpLRR and other types of repetitive sequences and two subfamilies possessed distinct classic sorting signal motifs for endocytosis. One TvBspA subfamily also shared a glycine-rich protein domain with proteins from <it>Clostridium difficile </it>pathogenic strains and <it>C. difficile </it>phages. Consistent with the hypothesis that TvBspA protein structural diversity implies diverse roles, we demonstrated for several TvBspA genes differential expression at the transcript level in different growth conditions. Identified variants of repetitive segments between several TvBspA paralogues and orthologues from two clinical isolates were also consistent with TpLRR and other repetitive sequences to be functionally important. For one TvBspA protein cell surface expression and antibody responses by both female and male <it>T. vaginalis </it>infected patients were also demonstrated.</p> <p>Conclusions</p> <p>The biased mucosal habitat for microbial species encoding BspA-like proteins, the characterisation of a vast structural diversity for the TvBspA proteins, differential expression of a subset of TvBspA genes and the cellular localisation and immunological data for one TvBspA; all point to the importance of the TvBspA proteins to various aspects of <it>T. vaginalis </it>pathobiology at the host-pathogen interface.</p

<i>Trichomonas vaginalis</i> vast BspA-like gene family: evidence for functional diversity from structural organisation and transcriptomics

Background. Trichomonas vaginalis is the most common non-viral human sexually transmitted pathogen and importantly, contributes to facilitating the spread of HIV. Yet very little is known about its surface and secreted proteins mediating interactions with, and permitting the invasion and colonisation of, the host mucosa. Initial annotations of T. vaginalis genome identified a plethora of candidate extracellular proteins. Results. Data mining of the T. vaginalis genome identified 911 BspA-like entries (TvBspA) sharing TpLRR-like leucine-rich repeats, which represent the largest gene family encoding potential extracellular proteins for the pathogen. A broad range of microorganisms encoding BspA-like proteins was identified and these are mainly known to live on mucosal surfaces, among these T. vaginalis is endowed with the largest gene family. Over 190 TvBspA proteins with inferred transmembrane domains were characterised by a considerable structural diversity between their TpLRR and other types of repetitive sequences and two subfamilies possessed distinct classic sorting signal motifs for endocytosis. One TvBspA subfamily also shared a glycine-rich protein domain with proteins from Clostridium difficile pathogenic strains and C. difficile phages. Consistent with the hypothesis that TvBspA protein structural diversity implies diverse roles, we demonstrated for several TvBspA genes differential expression at the transcript level in different growth conditions. Identified variants of repetitive segments between several TvBspA paralogues and orthologues from two clinical isolates were also consistent with TpLRR and other repetitive sequences to be functionally important. For one TvBspA protein cell surface expression and antibody responses by both female and male T. vaginalis infected patients were also demonstrated. Conclusions. The biased mucosal habitat for microbial species encoding BspA-like proteins, the characterisation of a vast structural diversity for the TvBspA proteins, differential expression of a subset of TvBspA genes and the cellular localisation and immunological data for one TvBspA; all point to the importance of the TvBspA proteins to various aspects of T. vaginalis pathobiology at the host-pathogen interface

Skład jonowy wód niskoturzycowej eutroficznej młaki majerz w Pienińskim Parku Narodowym

Ionic composition of the analyzed fen waters was variable over the study period and depended on climatic and anthropogenic factors, such as temperature and precipitation and also on the use of land situated on a slope above the analyzed fen. On the basis of ionic composition Majerz fen water, according to the Szczukariew-Prikłoński classification, may be classified in the 18th hydrochemical class of hydrogen carbonate-calcium-magnesium waters.Skład jonowy wód badanej młaki był zmienny w okresie badań i zależał od czynników klimatycznych i antropogennych. Na podstawie składu jonowego, według klasyfikacji hydrochemicznej Szczukariewa-Prikłońskiego można je zaliczyć do 18 klasy hydrochemicznej wód wodorowęglanowo--wapniowo-magnezowych

Spring fen Scheuchzerio-Caricetea nigrae in the Polish Western Carpathians - vegetation diversity in relation to soil and feeding waters

The species composition of vegetation associated with the Carpathian fens primarily depends on the type of water present and the hydrological feeding of the soils that occur there. These, in turn, shape the fertility of the fens. Those with typically formed Carici-Agrostietum caninae and Valeriano-Caricetum flavae fundamentally differ in the properties of their soils and feeding waters. These include differences in mineral content, pH, CaCO3 levels, degree of peat decomposition, electrical conductivity and oxygenation of the waters that feed the fens. Carici-Agrostietum caninae is a homogenous plant association adapted to extreme habitat conditions. It is characterized by a very narrow range of essential soil and feeding water parameters. Valeriano-Caricetum flavae is a highly diverse association. Considerable diversity both in terms of plant species and vegetation structure reflects very wide ranges in the properties of soil and feeding water. Vegetation patches of transitory character were also identified. These contained plant species characteristic of both associations. The character of the vegetation depends mainly on fen soil pH and the degree of mineralization of the feeding waters. It is only these parameters that allow intermediate patches to be clearly distinguished. The degree of peat decomposition, mineral content and water oxygenation all differ for Carici-Agrostietum caninae and Valeriano-Caricetum flavae, whereas the values for intermediate patches display a range of parameters typical of both investigated associations. Consequently, vegetation present in these patches reflects to a greater or lesser extent one of the two analyzed plant associations

Metale ciężkie w glebach torfowych powiatu koneckiego

The peat soils, like other hydrogenic soils, accumulate heavy metals in a much higher amount than mineral soils. Hight organic matter content in peat soils favours accumulation of heavy metals. The research aimed at determining the degree of accumulation of selected heavy metals (Cd, Pb and Zn) in peat soils located in the area of the Konecki county (Staropolski Industrial Region). The research results demonstrated that location of the analyzed peat bogs influenced heavy metal concentrations. The lowest contents of the analyzed heavy metals were characteristic of the soils of the peat bog situated at the longest distance from potential sources of pollution.Gleby torfowisk, podobnie jak inne gleby organiczne, są w większym stopniu narażone na zanieczyszczenie metalami ciężkimi niż gleby mineralne. Akumulacji metali ciężkich w glebach torfowych sprzyja duża zawartość materii organicznej. Celem przeprowadzonych badań była ocena zanieczyszczenia metalami ciężkimi (Cd, Pb, Zn) gleb torfowisk powiatu koneckiego. Przeprowadzone badania wykazały, że wpływ na zawartość metali ciężkich miała lokalizacja badanych torfowisk. Najmniejszymi zawartościami badanych metali ciężkich charakteryzowały się gleby torfowiska położonego w największej odległości od potencjalnych źródeł zanieczyszczeń

Chemiczna ocena dwóch odmian tymotki łąkowej (Phleum pratense L.) w zależności od terminu zbioru. Cz. II. Zawartość mikroelementów

The goal of the present study was an assessment of microelements content in timothy grass in dependence on the time of the first swath collection. Two timothy grass cultivars were examined ie: Skala and Skald. They were mown three times during the vegetation period. The sward of the first swath was collected six times: the first time during the plant tillering and then at 7-day intervals. In collected green grass the dry matter content was evaluated by drying at 105 °C. After mineralization of hay samples Cu, Fe, Mn, Ni and Zn content was assessed by the ICP-AES method. The research was run in the years 2004-2006 on the pseudopodzol soil formed from light, dusty clay located shallow on the medium clay of good wheat complex. The time of sample collection significantly affected the microelement content in the examined plants. Retardation of the first swath resulted in a lower level of copper, manganese and zinc. In the plants derived with the second and third swath copper, iron, manganese and zinc level decreased depending on the time of collection. Both cultivars were characterised with a slightly different chemical composition; higher iron, manganese, and zinc level was stated for Skala, whereas the Skald cultivar contained higher amounts of copper and nickel. It was found that average microelement content, with exception of nickel, in both cultivars of timothy grass exceeded the values assumed as optimal.Celem badań była ocena zawartości mikroelementów w tymotce łąkowej w zależności od terminu zbioru I pokosu. W doświadczeniu uwzględniono dwie odmiany tymotki łąkowej: Skala i Skald, które koszono trzykrotnie w sezonie wegetacyjnym. W I pokosie ruń zbierano w sześciu terminach: pierwszy wykonano w fazie krzewienia się roślin, a następne w odstępach siedmiodniowych. W próbkach zielonki oznaczono zawartość suchej masy metodą suszarkową w temperaturze 105 st.C. Po mineralizacji próbek siana oznaczono zawartość Cu, Fe, Mn, Ni i Zn, metodą ICP-AES. Badania przeprowadzono w latach 2004-2006 na glebie pseudobielicowej wytworzonej z gliny lekkiej pylastej, zalegającej płytko na glinie średniej zaliczanej do kompleksu pszennego dobrego. Termin zbioru statystycznie istotnie wpływał na zawartość mikroelementów w roślinach. Opóźnienie zbioru pierwszego pokosu powodowało obniżenie się w roślinach zawartości miedzi, manganu i cynku. W roślinach II i III pokosu koncentracja miedzi, żelaza, manganu i cynku zmniejszała się w zależności od terminu zbioru. W składzie chemicznym stwierdzono niewielkie zróżnicowanie między odmianami, większe zawartości żelaza, manganu i cynku odnotowano u odmiany Skala, a miedzi i niklu u odmiany Skald. Stwierdzono, że zawartości mikroelementów w badanych odmianach tymotki łąkowej przewyższały wartości optymalne, poza zawartością niklu

The conttent of selected macroelements in fen soils of different trophic status

Ze względu na trofizm niskoturzycowe młaki górskie dzieli się na oligo-, mezo- i eutroficzne. Przeprowadzone badania miały na celu ocenę zawartości wapnia, magnezu, potasu i sodu, ekstrahowanych roztworem 0,5 mol·dm-3 HCL, w glebach młak o zróżnicowanym trofizmie i różnym kierunku procesów pedogenicznych w nich zachodzących. Na podstawie przeprowadzonych badań stwierdzono, że gleby badanych młak charakteryzowały się zróżnicowaną zawartością oznaczonych makroelementów, zwłaszcza wapnia, która zależała od podłoża geologicznego, typu hydrologicznego zasilania, mineralizacji zasilających je wód, kierunku procesu pedogenicznego oraz antropogenicznego oddziaływania.Low sedge mountain fens, because of their trophic status, are divided into oligo-, meso- and eutrophic. Performed studies aimed at assessing the content of calcium, magnesium, potassium and sodium extracted with 0,5 mol·dm-3 HCL from fen soils of diversified trophic status and different direction of pedogenic processes. It was that soils of studied fens were characterised by different content of macroelements, particularly calcium, whit depended on the geological bedrock, type of the hydrological feeding, mineralization of inflowing waters, the direction of pedogenic processes and anthropogenic impacts

Influence of human activity on the properties of soil and waters hydrogenic habitats

Zbadano wpływ rolniczego użytkowania terenów położonych w pobliżu dwóch siedlisk hydrogenicznych z terenu Kotliny Orawsko-Nowotarskiej w Szaflarach i Jabłonce na właściwości ich gleb i wód oraz na kierunek procesów pedogenicznych zachodzących w glebach. Stwierdzono, że wykorzystanie przez człowieka terenów położonych bezpośrednio w pobliżu siedlisk hydrogenicznych znacząco wpłynęło na właściwości gleb i wód. W wyniku melioracji odwadniającej, gleby młaki w Jabłonce przeszły z fazy akumulacji materii organicznej w fazę decesji. Spowodowało to zmianę ich właściwości chemicznych i fizycznych. W wyniku spływów powierzchniowych, pochodzących ze stoku położonego powyżej młaki w Szaflarach użytkowanego jako pastwisko, zmianie uległ skład jonowy wód tej młaki. Zmiana kierunku procesu pedogenicznego zachodzącego w glebach młaki w Jabłonce oraz składu jonowego wód zasilających młakę w Szaflarach może spowodować ekstynkcje z tych terenów wielu cennych pod względem przyrodniczym, ściśle stenotopowych, gatunków roślin i zwierząt.The effects of the agricultural use of lands located in the vicinity of two hydrogenic habitats in the area of the Orawsko-Nowotarska Basin (Szaflary and Jablonka fens) on their soil and water properties and the direction of pedogenic processes occurring in their soils were investigated. It was found that the agricultural use of lands located in the vicinity of hydrogenic habitats significantly affected their soil and water properties. As a result of drainage irrigation, Jablonka fen soils passed the phase of accumulation of organic matter in the decession phase. This resulted in a change in their chemical and physical properties. As a result of run-off from the slope above Szaflary fen, used as pasture, the ionic composition of the waters was changed. Changes in the direction of the pedogenic process occurring in Jablonka fen soils and ionic composition of the water supply in Szaflary fen can cause the extinction of species valuable in terms of nature, namely stenotopic, plant and animal species, in these lands

Ogólna charakterystyka wybranych profili gleb pod zbiorowiskiem olszyny górskiej (Caltho-Alnetum) w Babiogórskim Parku Narodowym

Caltho-Alnetum associations belong to priority biotopes listed in the annex to 1st Habitats Directive of the European Union. Most of these habitats in the area of present Babiogórski National Park were reclaimed in the seventies. The present research compared the properties of soils and waters in the Caltho-Alnetum habitats, which were drained in the seventies with the analogous properties of habitats which were transformed by the anthropogenic factors only to a smali degree. The studies revealed a significant effect of rcclamation works conducted in the seventies on such parameters as organie carbon and mineral contents, degree of organic matter decomposition, degree of moorshing and groundwater level.Siedliska bagiennej olszyny górskiej należą do siedlisk priorytetowych wymienionych w załączniku I Dyrektywy Siedliskowej Unii Europejskiej. Większość tych siedlisk z obecnego terenu Babiogórskiego Parku Narodowego została zmeliorowana w latach siedemdziesiątych. W ramach badań porównano podstawowe właściwości gleb i wód siedlisk bagiennej olszyny górskiej, które w latach siedemdziesiątych zostały odwodnione, z analogicznymi właściwościami siedlisk w małym stopniu przekształconych przez czynniki antropogenne. Badania wykazały duży wpływ melioracji przeprowadzonych w latach siedemdziesiątych na takie parametry gleb, jak zawartość węgla organicznego i popielność, stopień rozkładu materii organicznej, stopień murszenia oraz poziom wód gruntowych