Inventário de recursos genéticos animais da Embrapa.

Este Inventário traz informações sobre os recursos genéticos animais que compõem o Programa de Conservação da Embrapa, como resultado da Rede de Recursos Genéticos Animais - Rede Animal, um dos quatro projetos em rede contemplados pela Plataforma Nacional de Recursos Genéticos, que se encerrou em 2015. Traz também informações detalhadas sobre os recursos genéticos animais mantidos nos núcleos de criação da Embrapa, distribuídos por todo o Território Nacional, com base nos relatos dos curadores, profissionais que atuam como guardiões desses recursos genéticos. Ao longo dessas 108 páginas, encontram-se informações detalhadas sobre raças de animais de interesse zootécnico, incluindo bovinos, caprinos, suínos, ovinos, equinos, bubalinos e asininos, que permitem mapear a sua ocorrência no Brasil, a partir de dados relacionados à quantidade, comportamento e características específicas de cada uma das raças. A publicação traz também dados sobre animais nativos com potencial econômico, como peixes, catitus, abelhas e muçuãs - pequena espécie sul-americana de tartaruga - conservadas em menor quantidade no Programa da Embrapa.bitstream/item/160188/1/IT-Mapa-inventario-corrigido-maio2017.pd

Bulked segregant analysis of the pirarucu (Arapaima gigas) genome for identification of sex-specific molecular markers.

Arapaima gigas (Osteoglossidae) is one of the largest fish species in the Amazon Basin, attaining lengths of over 2.5 m and weights of over 100 kg. Its flesh is prized, and it has great potential for production in aquaculture systems. However, live pirarucu cannot be reliably sexed visually, even after sexual development, since this species does not have clear external sexual dimorphism. Simple and inexpensive methods for sexing immature pirarucu based on DNA markers would facilitate production of this species in commercial operations. We analyzed A. gigas male and female DNA pools with 566 RAPD primers, generating 2609 fragments, with an estimated 1341 segregating polymorphic markers, and an estimated average spacing of 714 kb, which corresponds to less than 0.1% of the species' genome. Two putative sex-specific fragments were initially identified in bulked samples; but they were not confirmed in a study of individual male and female samples. We suggest that A. gigas has developed a non-chromosomal system of sex determination or, alternatively, that the species has undergone a recent loss of the chromosome carrying the sex-determining locus

Estrutura genética do pirarucu (Arapaima gigas) na região de Santarém, PA, Brasil.

O pirarucu (Arapaima gigas) é um peixe encontrado na Bacia Amazônica e Araguaia/Tocantins que possui grande importância econômica para populações locais. Estudos para avaliação da estrutura genética das populações naturais de pirarucu são necessários a fim de prover informações para o manejo da espécie em seu habitat natural. Desta forma, este trabalho analisou quatro comunidades próximas à região de Santarém-PA (N=99) por meio do sequenciamento de 1059 pb do gene mitocondrial ATPase. Os resultados sugerem que a variabilidade genética encontrada é similar a encontrada em estudos de maior abrangência geográfica. A rede de haplótipos gerada, mostrou dois haplogrupos dentro dos quais estão distribuídos cinco haplótipos (H) referentes a este estudo distribuídos de forma semelhante à rede haplotípica disponibilizada na literatura

Genome sequencing and de novo assembly of the South American tiger catfish (Pseudoplatystoma Punctifer) using 10X sequencing data.

Na publicação: Adhemar Zerlotini. PAG 2019. PO0249

SNP discovery in three South American freshwater characiformes species by deep sequencing of Reduced Representation Libraries (RRL).

This represents the first report of a large-scale effort to identify SNP markers for Pacu and Pirapitinga species, useful for prospecting species-specific SNPs for species-purity certification of commercial Tambaqui broodstocks.PE026

Genome Sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer).

The South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were sequenced (2x160bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.12pg = 1.095Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 686.171 scaffolds spanning 1.41 Gbp (N50 scaffold length: 908Kbp, L50 scaffold count: 420). Gene model prediction is underway with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa. This represents the first report of a draft genome sequence for this species, which will be a valuable resource for basic biology studies, and marker detection/selection for use in genetic improvement and resource conservation activities.PAG 2016. Pôster P0481