Exploring the early stages of chemical unfolding of proteins at the proteome scale

After decades of using urea as denaturant, the kinetic role of this molecule in the unfolding process is still undefined: does urea actively induce protein unfolding or passively stabilize the unfolded state? By analyzing a set of 30 proteins (representative of all native folds) through extensive molecular dynamics simulations in denaturant (using a range of force-fields), we derived robust rules for urea unfolding that are valid at the proteome level. Irrespective of the protein fold, presence or absence of disulphide bridges, and secondary structure composition, urea concentrates in the first solvation shell of quasi-native proteins, but with a density lower than that of the fully unfolded state. The presence of urea does not alter the spontaneous vibration pattern of proteins. In fact, it reduces the magnitude of such vibrations, leading to a counterintuitive slow down of the atomic-motions that opposes unfolding. Urea stickiness and slow diffusion is, however, crucial for unfolding. Long residence urea molecules placed around the hydrophobic core are crucial to stabilize partially open structures generated by thermal fluctuations. Our simulations indicate that although urea does not favor the formation of partially open microstates, it is not a mere spectator of unfolding that simply displaces to the right of the folded←→unfolded equilibrium. On the contrary, urea actively favors unfolding: it selects and stabilizes partially unfolded microstates, slowly driving the protein conformational ensemble far from the native one and also from the conformations sampled during thermal unfolding

Planta de producció d'àcid fòrmic

L'objectiu principal del projecte realitzat és el disseny i construcció d'una planta química per la producció d'àcid fòrmic. Aquest producte s'obté per carbonilació del metanol amb monòxid de carboni, i una posterior hidròlisi del formiat de metil per obtenir l'àcid fòrmic. Es desitja produir una quantitat de 75000 Tn/any al 90% de puresa. S'han dut a terme els corresponents dissenys dels equips presents a la planta pel seu bon funcionament, i s'ha realitzat un estudi mediambiental i de la seguretat de la planta. Per últim, s'ha realitzat un balanç econòmic per tal d'avaluar la viabilitat del projecte

Prevalence of submicroscopic malaria infection in immigrants living in Spain

BACKGROUND: The importance of submicroscopic malaria infections in high-transmission areas could contribute to maintain the parasite cycle. Regarding non-endemic areas, its importance remains barely understood because parasitaemia in these afebrile patients is usually below the detection limits for microscopy, hence molecular techniques are often needed for its diagnosis. In addition to this, the lack of standardized protocols for the screening of submicroscopic malaria in immigrants from endemic areas may underestimate the infection with Plasmodium spp. The aim of this study was to assess the prevalence of submicroscopic malaria in afebrile immigrants living in a non-endemic area. METHODS: A prospective, observational, multicentre study was conducted. Afebrile immigrants were included, microscopic observation of Giemsa-stained thin and thick blood smears, and two different molecular techniques detecting Plasmodium spp. were performed. Patients with submicroscopic malaria were defined as patients with negative blood smears and detection of DNA of Plasmodium spp. with one or both molecular techniques. Demographic, clinical, analytical and microbiological features were recorded and univariate analysis by subgroups was carried out with STATA v15. RESULTS: A total of 244 afebrile immigrants were included in the study. Of them, 14 had a submicroscopic malaria infection, yielding a prevalence of 5.7% (95% confidence interval 3.45-9.40). In 71.4% of the positive PCR/negative microscopy cases, Plasmodium falciparum alone was the main detected species (10 out of the 14 patients) and in 4 cases (28.6%) Plasmodium vivax or Plasmodium ovale were detected. One patient had a mixed infection including three different species. CONCLUSIONS: The prevalence of submicroscopic malaria in afebrile immigrants was similar to that previously described in Spain. Plasmodium vivax and P. ovale were detected in almost a third of the submicroscopic infections. Screening protocols for afebrile immigrants with molecular techniques could be useful for a proper management of these patients.This work was funded by projects PI14/01671, PI17/01791 and PI14CIII/00014, from the Instituto de Salud Carlos III (Ministry of Economy, Industry and Competitiveness) and cofounded by the European Regional Development Fund, and approved by the Ethics Committee of our Institution. There was no funding from the PCR manufacturers; they did not play any role in data analysis or in the reporting of the results.S

Cumulative Genetic Score and C9orf72 Repeat Status Independently Contribute to Amyotrophic Lateral Sclerosis Risk in 2 Case-Control Studies

[Background and Objectives] Most patients with amyotrophic lateral sclerosis (ALS) lack a monogenic mutation. This study evaluates ALS cumulative genetic risk in an independent Michigan and Spanish replication cohort using polygenic scores.[Methods] Participant samples from University of Michigan were genotyped and assayed for the chromosome 9 open reading frame 72 hexanucleotide expansion. Final cohort size was 219 ALS and 223 healthy controls after genotyping and participant filtering. Polygenic scores excluding the C9 region were generated using an independent ALS genome-wide association study (20,806 cases, 59,804 controls). Adjusted logistic regression and receiver operating characteristic curves evaluated the association and classification between polygenic scores and ALS status, respectively. Population attributable fractions and pathway analyses were conducted. An independent Spanish study sample (548 cases, 2,756 controls) was used for replication.[Results] Polygenic scores constructed from 275 single-nucleotide variation (SNV) had the best model fit in the Michigan cohort. An SD increase in ALS polygenic score associated with 1.28 (95% CI 1.04–1.57) times higher odds of ALS with area under the curve of 0.663 vs a model without the ALS polygenic score (p value = 1 × 10−6). The population attributable fraction of the highest 20th percentile of ALS polygenic scores, relative to the lowest 80th percentile, was 4.1% of ALS cases. Genes annotated to this polygenic score enriched for important ALS pathomechanisms. Meta-analysis with the Spanish study, using a harmonized 132 single nucleotide variation polygenic score, yielded similar logistic regression findings (odds ratio: 1.13, 95% CI 1.04–1.23).[Discussion] ALS polygenic scores can account for cumulative genetic risk in populations and reflect disease-relevant pathways. If further validated, this polygenic score will inform future ALS risk models.National ALS Registry/CDC/ATSDR (1R01TS000289); National ALS Registry/CDC/ATSDR CDCP-DHHS-US (CDC/ATSDR 200-2013-56856); NIEHS K23ES027221; NIEHS R01ES030049; NINDS R01NS127188, ALS Association (20-IIA-532), the Dr. Randall W. Whitcomb Fund for ALS Genetics, the Peter R. Clark Fund for ALS Research, the Scott L. Pranger ALS Clinic Fund, and the NeuroNetwork for Emerging Therapies at the University of Michigan. This work was supported in part by the Intramural Research Program of the NIH, National Institute on Aging (Z01-AG000949-02). Project “ALS Genetic study in Madrid Autonomous Community” funded by “ESTRATEGIAS FRENTE A ENFERMEDADES NEURODEGENERATIVAS” from Spanish Ministry of Health.Peer reviewe

Geodivulgar: Geología y Sociedad 2018

Depto. de Geodinámica, Estratigrafía y PaleontologíaFac. de Ciencias GeológicasFALSEsubmitte

¿Predice el Kidney Donor Profile Index (KDPI) la supervivencia del injerto y del paciente en una población española?

Resumen: Antecedentes y objetivo: El Kidney Donor Profile Index (KDPI), junto a otras variables del donante y receptor, puede optimizar el proceso de asignación de órganos. Este estudio tiene como objetivo comprobar la aplicabilidad del KDPI en una población española, así como su capacidad de predicción de la supervivencia del injerto y del paciente. Materiales y métodos: Se estudiaron 2.734 trasplantes renales llevados a cabo en Andalucía entre enero de 2006 y diciembre de 2015. Los casos se agruparon por edad del receptor y cuartil del KDPI y se compararon entre grupos tanto la supervivencia del injerto como la del paciente. Resultados: El KDPI discrimina con precisión los órganos óptimos de los subóptimos o marginales. Para receptores entre 18 y 59 años presenta un hazard ratio de 1,013 (p < 0,001) para supervivencia de injerto censurada para muerte y de 1,013 (p = 0,007) para supervivencia del paciente. Para receptores mayores de 60 años el hazard ratio es de 1,016 (p = 0,001) para supervivencia del injerto censurada para muerte y de 1,011 (p = 0,007) para supervivencia del paciente. Un análisis multivariante identificó como factores predictivos de la supervivencia del injerto el KDPI, la edad del donante, la donación tras muerte circulatoria, la edad y el sexo del receptor. Conclusiones: El KDPI permite relacionar, a grandes rasgos, las características del donante con la mayor o menor supervivencia del injerto y del paciente en la población española. No obstante, debido a ciertas limitaciones, convendría elaborar un índice propio a partir de los datos españoles o europeos. En este trabajo se identifican algunos factores predictivos de la supervivencia del injerto que pueden servir como primer paso en esa línea. Abstract: Background and objective: The Kidney Donor Profile Index (KDPI), together with other donor and recipient variables, can optimise the organ allocation process. This study aims to check the feasibility of the KDPI for a Spanish population and its predictive ability of graft and patient survival. Materials and methods: Data from 2,734 kidney transplants carried out in Andalusia between January 2006 and December 2015 were studied. Cases were grouped by recipient age, categorised by KDPI quartile and both graft and patient survival were compared among groups. Results: The KDPI accurately discriminated optimal organs from suboptimal or marginal ones. For adult recipients (aged: 18-59 years) it presents a hazard ratio of 1.013 (P < .001) for death-censored graft survival and of 1.013 (P = .007) for patient survival. For elderly recipients (aged: 60+ years), KDPI presented a hazard ratio of 1.016 (P = .001) for death-censored graft survival and of 1.011 (P = .007) for patient survival. A multivariate analysis identified the KDPI, donor age, donation after circulatory death, recipient age and gender as predictive factors of graft survival. Conclusions: The results obtained show that the KDPI makes it possible to relate the donor's characteristics with the greater or lesser survival of the graft and the patient in the Spanish population. However, due to certain limitations, a new index for Spain based on Spanish or European data should be created. In this study, some predictive factors of graft survival are identified that may serve as a first step in this path. Palabras clave: Trasplante renal, Supervivencia del injerto, Análisis de supervivencia, KDPI, Keywords: Kidney transplantation, Graft survival, Survival analysis, KDP

Does the Kidney Donor Profile Index (KDPI) predict graft and patient survival in a Spanish population?

Background and objective: The Kidney Donor Profile Index (KDPI), together with other donor and recipient variables, can optimise the organ allocation process. This study aims to check the feasibility of the KDPI for a Spanish population and its predictive ability of graft and patient survival. Materials and methods: Data from 2734 kidney transplants carried out in Andalusia between January 2006 and December 2015 were studied. Cases were grouped by recipient age, categorised by KDPI quartile and both graft and patient survival were compared among groups. Results: The KDPI accurately discriminated optimal organs from suboptimal or marginal ones. For adult recipients (aged: 18–59 years) it presents a hazard ratio of 1.013 (P < 0.001) for death-censored graft survival and of 1.013 (P = 0.007) for patient survival. For elderly recipients (aged: 60+ years), KDPI presented a hazard ratio of 1.016 (P = 0.001) for death-censored graft survival and of 1.011 (P = 0.0007) for patient survival. A multivariate analysis identified the KDPI, donor age, donation after circulatory death, recipient age and gender as predictive factors of graft survival. Conclusions: The results obtained show that the KDPI makes it possible to relate the donor's characteristics with the greater or lesser survival of the graft and the patient in the Spanish population. However, due to certain limitations, a new index for Spain based on Spanish or European data should be created. In this study, some predictive factors of graft survival are identified that may serve as a first step in this path. Resumen: Antecedentes y objetivo: El Kidney Donor Profile Index (KDPI), junto a otras variables del donante y receptor, puede optimizar el proceso de asignación de órganos. Este estudio tiene como objetivo comprobar la aplicabilidad del KDPI en una población española, así como su capacidad de predicción de la supervivencia del injerto y del paciente. Materiales y métodos: Se estudiaron 2.734 trasplantes renales llevados a cabo en Andalucía entre enero de 2006 y diciembre de 2015. Los casos se agruparon por edad del receptor y cuartil del KDPI y se compararon entre grupos tanto la supervivencia del injerto como la del paciente. Resultados: El KDPI discrimina con precisión los órganos óptimos de los subóptimos o marginales. Para receptores entre 18 y 59 años presenta un hazard ratio de 1,013 (p < 0,001) para supervivencia de injerto censurada para muerte y de 1,013 (p = 0,007) para supervivencia del paciente. Para receptores mayores de 60 años el hazard ratio es de 1,016 (p = 0,001) para supervivencia del injerto censurada para muerte y de 1,011 (p = 0,007) para supervivencia del paciente. Un análisis multivariante identificó como factores predictivos de la supervivencia del injerto el KDPI, la edad del donante, la donación tras muerte circulatoria, la edad y el sexo del receptor. Conclusiones: El KDPI permite relacionar, a grandes rasgos, las características del donante con la mayor o menor supervivencia del injerto y del paciente en la población española. No obstante, debido a ciertas limitaciones, convendría elaborar un índice propio a partir de los datos españoles o europeos. En este trabajo se identifican algunos factores predictivos de la supervivencia del injerto que pueden servir como primer paso en esa línea. Keywords: Kidney transplantation, Graft survival, Survival analysis, KDPI, Palabras clave: Trasplante renal, Supervivencia del injerto, Análisis de supervivencia, KDP

Experiencia trandisciplinar aplicada a la creación de herramientas y protocolos participativos para el diseño de espacios verdes

Resumen tomado de la publicaciónSe pretende abrir un proceso de experimentación transdisciplinar aplicado sobre la práctica concreta de la creación de un espacio verde en la Universidad de Granada que devenga finalmente en la creación de un protocolo implementable en otros casos y contextos. Desde el diseño hasta el mantenimiento de un espacio verde se pasa por una serie de fases en las que intervienen varias disciplinas que se articulan las unas con las otras para la creación de dicho espacio. El espacio verde o jardín tiene por tanto varias dimensiones que se yuxtaponen e interaccionan: la planificación y el diseño tanto ergonómico como ambiental (Arquitectura y Ciencias Ambientales), la elección de las plantas (Botánica), la dimensión simbólica (Bellas Artes), sus sistemas de organización social (Sociología) y el mantenimiento y gestión del mismo (diferentes campos técnicos). En este proyecto se parte de esas múltiples dimensiones del jardín desde el principio para hacer especial hincapié en la experiencia transdisciplinar como modo virtuoso de aprendizaje. Una metodología docente que se acerca a la realidad profesional, donde distintos profesionales y técnicos interactúan y se solapan en las intervenciones sobre nuestros entornos.NavarraUniversidad Pública de Navarra. Biblioteca Universitaria; Campus de Arrosadia; 31006 Pamplona; Tel. +34948169060; Fax +34948169069; [email protected]

Experiencia trandisciplinar aplicada a la creación de herramientas y protocolos participativos para el diseño de espacios verdes

Con este Proyecto de Innovación Docente se pretende abrir un proceso de experimentación transdisciplinar aplicado sobre la práctica concreta de la creación de un espacio verde en la Universidad de Granada que devenga finalmente en la creación de un protocolo implementable en otros casos y contextos. Desde el diseño hasta el mantenimiento de un espacio verde se pasa por una serie de fases en las que intervienen varias disciplinas que se articulan las unas con las otras para la creación de dicho espacio. El espacio verde o jardín tiene por tanto varias dimensiones que se yuxtaponen e interaccionan: la planificación y el diseño tanto ergonómico como ambiental (Arquitectura y Ciencias Ambientales), la elección de las plantas (Botánica), la dimensión simbólica (Bellas Artes), sus sistemas de organización social (Sociología) y el mantenimiento y gestión del mismo (diferentes campos técnicos). En este proyecto se parte de esas múltiples dimensiones del jardín desde el principio para hacer especial hincapié en la experiencia transdisciplinar como modo virtuoso de aprendizaje. Una metodología docente que se acerca a la realidad profesional, donde distintos profesionales y técnicos interactúan y se solapan en las intervenciones sobre nuestros entornos

Plan Andaluz de Atención Integrada a Pacientes con Enfermedades Crónicas

Vigencia del plan 2012-2016. Publicado en la página web de la Consejería de Salud y Bienestar Social: www.juntadeandalucia.es/salud (Consejería de Salud y Bienestar Social / Ciudadanía / Quiénes somos / Planes y Estrategias)YesEl envejecimiento natural de la población y el aumento de las enfermedades crónicas en los últimos años está obligando a que los sistemas sanitarios adapten sus recursos y los reorienten para ofrecer una atención integral a estos pacientes. De hecho, las patologías crónicas son, en la actualidad, responsables del 59% de las muertes en el mundo y copan más del 70% del gasto sanitario, y ésto nos obliga a continuar emprendiendo nuevas actuaciones. El Sistema Sanitario Público de Andalucía tiene una orientación, desde hace años, hacia los pacientes con enfermedades crónicas. Esto se refleja, tanto en la cartera de servicio de Atención Primaria, como en la puesta en marcha de herramientas orientadas a facilitar la accesibilidad, la continuidad asistencial y el automanejo de la propia situación de salud. También ha dado respuesta a las nuevas necesidades de la ciudadanía, impulsando el desarrollo de nuevas competencias profesionales y favoreciendo nuevos espacios asistenciales más cercanos y accesibles, que favorezcan el que cada paciente con enfermedad crónica y sus cuidadores, se sientan únicos