Utilidad de MALDI-TOF MS en la identificación de garrapatas de interés médico

En España, al igual que en otros países del mundo, el espectro de enfermedades transmitidas por garrapatas, así como su incidencia, han aumentado en los últimos años. Ante un paciente con una picadura de garrapata, la identificación a nivel de especie del ejemplar puede ser complicado fuera del ámbito de los centros especializados. En base al hecho de que, las infecciones transmitidas por la picadura de garrapatas muestran una marcada especificidad vectorial, conocer la identidad de la garrapata puede resultar muy útil en la toma de decisiones clínicas, incluyendo, entre otras, la necesidad (o no) de instaurar un tratamiento antibiótico. Los métodos clásicos de identificación consisten en lainspección visual del espécimen y las técnicas de amplificación de ácidos nucleicos.Sin embargo, ninguno de estos métodos está exento de limitaciones en términos de costes, tiempo de entrega de resultados, laboriosidad, necesidad de personal altamente entrenado, etc.En los últimos años, la espectrometría de masas por desorción-ionización con láser asistida por matriz (MALDI-TOF MS), ha sido aplicada con éxito en la identificación de garrapatas. Sin embargo, el conocimiento acerca del rendimiento de esta tecnología en un contexto clínico (con pacientes reales) es mucho más limitado. Los objetivos del presente estudio fueron, en primer lugar, la optimización de un protocolo de extracción proteica y adquisición de espectros; en segundo lugar, la construcción de una biblioteca de espectros de referencia, suficientemente representativa. Dicha biblioteca fue construida a partir de los espectros adquiridos a partir de muestras de extremidades de garrapatas. Lasespecies de garrapatas que fueron incluidas en la biblioteca incluyen aquellas que suelen picar a humanos en España: Dermacentor marginatus, Dermacentor reticulatus, Haemaphysalis punctata, Hyalomma lusitanicum, Hyalomma marginatum, Ixodes ricinus, Rhipicephalus bursa, Rhipicephalus pusillus y Rhipicephalus sanguineus sensu lato. También se incluyeron aquellas especies que, con menor frecuencia, también están involucradas en picaduras a humanos en nuestro país: Haemaphysalis inermis, Haemaphysalis concinna, Hyalomma scupense, Ixodesfrontalis, Ixodes hexagonus y Argas sp. Los especímenes fueron identificados, primero visualmente, y posteriormente mediante PCR y secuenciación de un fragmento del gen ARNr 16S.La validación del protocolo se ejecutó mediante la realización secuencial de diversos test. En los primeros de estos ensayos de validación, realizados con especímenes recolectados de diversas fuentes, excepto pacientes, se obtuvo una correlación del 100% entre los métodos moleculares y la espectrometría de masas.En las segundas de estas pruebas, realizadas exclusivamente con garrapatas retiradas de pacientes, se observó una correlación del 92.59 %, y todas las especies estudiadas obtuvieron unas puntuaciones de identificación discretamente inferiores respecto a los resultados obtenidos en los primeros ensayos. Sólo se obtuvo la identificación incorrecta en el caso de dos ninfas de I. ricinus, las cuales fueron identificadas como Ctenocephalides felis (una especie de pulga). Sin embargo, el problema de discriminación entre estas dos especies difícilmente presenteun impacto clínico apreciable, debido a que ambas especies de artrópodos presentan rasgos morfológicos muy diferenciados.Tras la validación del protocolo, la tecnología MALDI-TOF MS fue incorporada en el Hospital Clínico Universitario Lozano Blesa como la técnicade primera elección en la identificación de garrapatas. Tras quince meses de experiencia clínica, los resultados obtenidos permitieron confirmar el excelente rendimiento observado en los ensayos de validación. Un total de 34 ejemplares fueron remitidos al laboratorio para su identificación, de los cuales 33/34 (97,06 %) obtuvieron una identificación correcta. Tan sólo un ejemplar adulto de R. sanguineus s.l. fue incorrectamente identificado como R. pusillus, ambos con un score de identificación prácticamente idénticos (1,93 vs 1,92).Por tanto, la tecnología MALDI-TOF MS puede ser utilizada como herramienta de identificación de garrapatas, con la rápida obtención de resultados altamente fiables. De manera clave, el conocimiento de dicha información puede ayudar al clínico a la toma de importantes decisiones, que incluyen entre otras actitudes: la indicación (o no) de administrar un antibiótico, el seguimiento del paciente (la aparición de qué síntomas, y durante cuánto tiempo deben ser vigilados), la selección de pruebas serológicas. Por último, la simplicidad del protocolo que ha sido cuidadosamente optimizado durante la presente investigación permite que su implementación sea sumamente asequible para cualquierlaboratorio clínico (con una inversión inicial mínima) que esté dotado de un espectrómetro de masas.<br /

Applications of 1H Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy in Clinical Microbiology

Proton nuclear magnetic resonance (1H NMR) is a spectroscopic technique usually used for structural determination of molecules. In recent years, this technique has been employed for easy and quick recognition of microorganisms, in antimicrobial susceptibility tests and even for the diagnosis of different infectious conditions. Though 1H NMR shows great potential for expanded applications in microbiological studies, to date applications of proton NMR to microbiological research are not totally standardized. In this chapter, we summarize the state of knowledge about 1H NMR and its current and potential applications in this field

La pulga humana Pulex irritans (Siphonaptera: Pulicidae) en el noroeste argentino, una investigación de Bartonella y Rickettsia spp.

Pulex irritans is the only cosmopolitan flea species and the most studied one within the genus Pulex. It has importance in public health since it commonly parasitizes humans causing dermatitis, and it has been also implicated in the transmission of bacterial pathogens. Pulex irritans has been confused with the closely related Pulex simulans species for years. Herein, Pulex specimens collected from a Pampas fox and a Chacoan peccary from northwestern Argentina were identified by comparison with type specimens. In addition, the presence of Bartonella spp. and Rickettsia spp. was investigated using PCR assays. Our results provided characters of diagnostic importance to identify P. irritans, which include the shape of sternite VII in the females, and of the aedeagal sclerite, clasper and crochet in the males. Besides, we report for the first time P. irritans parasitizing a peccary. This finding reinforces the hypothesis of the origin of this flea associated with this mammal, and then colonizing humans and domestic mammals. There was no evidence of Bartonella or Rickettsia DNA in the analyzed fleas. This information even if negative may be considered relevant for P. irritans from Argentina.Pulex irritans es la única especie cosmopolita y la más estudiada dentro del género Pulex. Tiene importancia en la salud pública ya que comúnmente parasita a los seres humanos causando dermatitis y también ha sido implicada en la transmisión de patógenos bacterianos. Pulex irritans se ha confundido con la especie cercana Pulex simulans durante años. En este sentido, se identificaron los especímenes de Pulex recolectados de un zorro pampeano y un pecarí del Chaco del noroeste de la Argentina por comparación con los ejemplares tipo. Además, se investigó la presencia de Bartonella spp. y Rickettsia spp. utilizando ensayos de PCR. Nuestros resultados aportaron caracteres de importancia diagnóstica para identificar a P. irritans, que incluyen la forma del esternito VII en las hembras y del esclerito aedeagal, clasper y crochet en los machos. Además, se reporta por primera vez a P. irritans parasitando un pecarí. Este hallazgo refuerza la hipótesis del origen de esta pulga asociada con este mamífero y luego coloniza humanos y mamíferos domésticos. No hubo evidencia de ADN de Bartonella ni de Rickettsia en las pulgas analizadas. Esta información, si bien negativa, puede ser considerada relevante para P. irritans de Argentina.Centro de Estudios Parasitológicos y de Vectore

San Pedro Martir observations of microvariability in obscured quasars

Fast brightness variations are a unique tool to probe the innermost regions of active galactic nuclei (AGN). These variations are called microvariability or intra-night variability, and this phenomenon has been monitored in samples of blazars and unobscured AGNs. Detecting optical microvariations in targets hidden by the obscuring torus is a challenging task because the region responsible for the variations is hidden from our sight. However, there have been reports of fast variations in obscured Seyfert galaxies in X-rays, which rises the question whether microvariations can also be detected in obscured AGNs in the optical regime. Because the expected variations are very small and can easily be lost within the noise, the analysis requires a statistical approach. We report the use of a one-way analysis of variance, ANOVA, with which we searched for microvariability. ANOVA was successfully employed in previous studies of unobscured AGNs. As a result, we found microvariable events during three observing blocks: in two we observed the same object (Mrk 477), and in another, J0759+5050. The results on Mrk 477 confirm previous findings. However, since Mrk 477 is quite a peculiar target with hidden broad-line regions, we cannot rule out the possibility that we have serendipitously chosen a target prone to variations.Comment: Research note, 5 pages, 2 figures, accepted for publication in Astronomy and Astrophysic

La pulga humana Pulex irritans (Siphonaptera: Pulicidae) en el noroeste argentino, una investigación de Bartonella y Rickettsia spp.

Pulex irritans es la única especie cosmopolita y la más estudiada dentro del género Pulex. Tiene importancia en la salud pública ya que comúnmente parasita a los seres humanos causando dermatitis y también ha sido implicada en la transmisión de patógenos bacterianos. Pulex irritans se ha confundido con la especie cercana Pulex simulans durante años. En este sentido, se identificaron los especímenes de Pulex recolectados de un zorro pampeano y un pecarí del Chaco del noroeste de la Argentina por comparación con los ejemplares tipo. Además, se investigó la presencia de Bartonella spp. y Rickettsia spp. utilizando ensayos de PCR. Nuestros resultados aportaron caracteres de importancia diagnóstica para identificar a P. irritans, que incluyen la forma del esternito VII en las hembras y del esclerito aedeagal, clasper y crochet en los machos. Además, se reporta por primera vez a P. irritans parasitando un pecarí. Este hallazgo refuerza la hipótesis del origen de esta pulga asociada con este mamífero y luego coloniza humanos y mamíferos domésticos. No hubo evidencia de ADN de Bartonella ni de Rickettsia en las pulgas analizadas. Esta información, si bien negativa, puede ser considerada relevante para P. irritans de Argentina.Pulex irritans is the only cosmopolitan flea species and the most studied one within the genus Pulex. It has importance in public health since it commonly parasitizes humans causing dermatitis, and it has been also implicated in the transmission of bacterial pathogens. Pulex irritans has been confused with the closely related Pulex simulans species for years. Herein, Pulex specimens collected from a Pampas fox and a Chacoan peccary from northwestern Argentina were identified by comparison with type specimens. In addition, the presence of Bartonella spp. and Rickettsia spp. was investigated using PCR assays. Our results provided characters of diagnostic importance to identify P. irritans, which include the shape of sternite VII in the females, and of the aedeagal sclerite, clasper and crochet in the males. Besides, we report for the first time P. irritans parasitizing a peccary. This finding reinforces the hypothesis of the origin of this flea associated with this mammal, and then colonizing humans and domestic mammals. There was no evidence of Bartonella or Rickettsia DNA in the analyzed fleas. This information even if negative may be considered relevant for P. irritans from Argentina.Fil: Lareschi, Marcela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Centro de Estudios Parasitológicos y de Vectores. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Naturales y Museo. Centro de Estudios Parasitológicos y de Vectores; ArgentinaFil: Venzal, José M.. Universidad de la República; UruguayFil: Nava, Santiago. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Santa Fe; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Mangold, Atilio Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Portillo, Aránzazu. Universidad de la República; UruguayFil: Palomar Urbina, Ana María. Centro de Investigación Biomédica de La Rioja; EspañaFil: Oteo Revuelta, José Antonio. Centro de Investigación Biomédica de La Rioja; Españ

High presence of extended-spectrum β-lactamases and resistance to quinolones in clinical isolates of Escherichia coli

A study was conducted to detect the presence of extended-spectrum beta-lactamases (ESBLs) in 706 isolates of Escherichia coli, largely from outpatients (75.2%). The Clinical and Laboratory Standards Institute (formerly NCCLS)-recommended disk diffusion procedure was used to detect ESBL presence; the VITEK 2 system (bioMérieux, Marcy L'Etoile, France) was used to determine the susceptibility to antibiotics of clinical interest, and the ESBLs were characterized by biochemical study, determining the isoelectric point, and by molecular study with PCR. Clonal distribution was studied in eight hospital isolates. There were 115 ESBL-producing isolates (16.3%), with a predominance of CTX-M9 type (58.3%). We draw attention to the high resistance to quinolones (>70%) in CTX-M9 and SHV enzyme producing isolates and the lower aminoglycoside activity in the latter

First record of the mermithid nematode worm Isomermis lairdi parasitizing black flies in Spain

Funding Information: The authors declare that they have no conflicts of interest. We acknowledge the bioinformatics infrastructure of the Global Health and Tropical Medicine Center, which is funded through Fundação para a Ciência e a Tecnologia contract UID/04413/2020. Publisher Copyright: © 2022 Elsevier B.V.Mermithid nematodes are considered a promising biological control agent to reduce the population density of different blood-feeding vectors, i.e. black flies (Diptera: Simuliidae), which are important pests of medical and veterinary interest worldwide. Immature larvae of black flies were collected in a rill from La Rioja (Northern Spain) in the summer of 2016. Isomermis lairdi Mondet, Poinar & Bernadou, 1977 (Nematoda: Mermithidae) was found parasitizing eleven specimens of Simulium cryophilum s.l. (Rubtsov, 1959) (prevalence of 52%), which represent the first record of this nematode for Spain and the second for Europe. The confirmation of the nematode and the black fly species was carried out by both morphological and molecular approaches using the 18S ribosomal RNA and the cytochrome c oxidase subunit I genes. Phylogenetic analyses indicated that the collected specimens were Isomermis lairdi (99.4–99.9% identity with homologues from Africa) with a sequence divergence of 0.2%. The role of Isomermis lairdi as an alternative tool in the biological control of black flies in Spain should be further explored.publishersversionpublishe

Inhibitor-resistant TEM- and OXA-1-producing Escherichia coli isolates resistant to amoxicillin-clavulanate are more clonal and possess lower virulence gene content than susceptible clinical isolates

In a previous prospective multicenter study in Spain, we found that OXA-1 and inhibitor-resistant TEM (IRT) β-lactamases constitute the most common plasmid-borne mechanisms of genuine amoxicillin-clavulanate (AMC) resistance in Escherichia coli. In the present study, we investigated the population structure and virulence traits of clinical AMC-resistant E. coli strains expressing OXA-1 or IRT and compared these traits to those in a control group of clinical AMC-susceptible E. coli isolates. All OXA-1-producing (n = 67) and IRT-producing (n = 45) isolates were matched by geographical and temporal origin to the AMC-susceptible control set (n = 56). We performed multilocus sequence typing and phylogenetic group characterization for each isolate and then studied the isolates for the presence of 49 virulence factors (VFs) by PCR and sequencing. The most prevalent clone detected was distinct for each group: group C isolates of sequence type (ST) 88 (C/ST88) were the most common in OXA-1 producers, B2/ST131 isolates were the most common in IRT producers, and B2/ST73 isolates were the most common in AMC-susceptible isolates. The median numbers of isolates per ST were 3.72 in OXA-1 producers, 2.04 in IRT producers, and 1.69 in AMC-susceptible isolates; the proportions of STs represented by one unique isolate in each group were 19.4%, 31.1%, and 48.2%, respectively. The sum of all VFs detected, calculated as a virulence score, was significantly higher in AMC-susceptible isolates than OXA-1 and IRT producers (means, 12.5 versus 8.3 and 8.2, respectively). Our findings suggest that IRT- and OXA-1-producing E. coli isolates resistant to AMC have a different and less diverse population structure than AMC-susceptible clinical E. coli isolates. The AMC-susceptible population also contains more VFs than AMC-resistant isolates

Overall and cause-specific mortality in HIV-positive subjects compared to the general population

Poster Session – Abstract P179INTRODUCTION: Emerging non-AIDS related causes of death have been observed in HIV-positive subjects in industrialized countries. We aimed to analyze overall and cause-specific excess of mortality of HIV-positive patients compared to the general population and to assess the effect of prognostic factors. MATERIAL AND METHODS: We used generalized linear models with Poisson error structure to estimate overall and cause-specific excess of mortality in HIV-positive patients from 2004 to 2012 in the cohort of the Spanish Network of HIV Research (CoRIS), compared to Spanish general population and to assess the impact of multiple risk factors. We investigated differences between short-term and long-term risk factors effects on excess of mortality. Multiple Imputation by Chained Equations was used to deal with missing data. RESULTS: In 9162 patients there were 363 deaths, 16.0% were non-AIDS malignancies, 10.5% liver and 0.3% cardiovascular related. Excess mortality was 1.20 deaths per 100 person years (py) for all-cause mortality, 0.16 for liver, 0.10 for non-AIDS malignancies and 0.03 for cardiovascular. Short-term (first-year follow-up) excess Hazard Ratio (eHR) for global mortality for baseline AIDS was 4.27 (95% CI 3.06-6.01) and 1.47 (95% CI 0.95-2.27) for HCV coinfection; long-term (subsequent follow-up) eHR for baseline AIDS was 0.88 (95% CI 0.58-1.35) and 4.48 (95% CI 2.71-7.42) for HCV coinfection. Lower CD4 count and higher viral load at entry, lower education, being male and over 50 years were predictors for overall excess mortality. Excess of liver mortality was higher in patients with CD4 counts at entry below 200 cells compared to those above 350 (eHR: 6.49, 95% CI 1.21-34.84) and in HCV-coinfected patients (eHR: 3.85, 95% CI 0.85- 17.37), although it was borderline significant. Patients over 50 years old (eHR: 5.55, 95%CI 2.4-12.85) and HCV coinfected (eHR: 5.81, 95% CI 2.6-13) showed a higher risk of non-AIDS malignancies mortality excess. Excess of cardiovascular mortality was related with HCV coinfection (eHR: 6.68, 95% CI 1.25-35.73). CONCLUSIONS: Our results show overall, liver, non-AIDS malignancies and cardiovascular excess of mortality associated with being HIV-positive, despite improvements in HIV disease management and antiretroviral therapies. Differential short-term and long-term effect of AIDS before entry and HCV coinfection was found for overall mortality.S

Antivirales y microbiota

III Congreso de Alimentación, Nutrición y Dietética. Combinar la nutrición comunitaria y personalizada: nuevos retos