One-Step Preservation of Phosphoproteins and Tissue Morphology at Room Temperature for Diagnostic and Research Specimens

BACKGROUND: There is an urgent need to measure phosphorylated cell signaling proteins in cancer tissue for the individualization of molecular targeted kinase inhibitor therapy. However, phosphoproteins fluctuate rapidly following tissue procurement. Snap-freezing preserves phosphoproteins, but is unavailable in most clinics and compromises diagnostic morphology. Formalin fixation preserves tissue histomorphology, but penetrates tissue slowly, and is unsuitable for stabilizing phosphoproteins. We originated and evaluated a novel one-step biomarker and histology preservative (BHP) chemistry that stabilizes signaling protein phosphorylation and retains formalin-like tissue histomorphology with equivalent immunohistochemistry in a single paraffin block. RESULTS: Total protein yield extracted from BHP-fixed, routine paraffin-embedded mouse liver was 100% compared to snap-frozen tissue. The abundance of 14 phosphorylated proteins was found to be stable over extended fixation times in BHP fixed paraffin embedded human colon mucosa. Compared to matched snap-frozen tissue, 8 phosphoproteins were equally preserved in mouse liver, while AMPKβ1 Ser108 was slightly elevated after BHP fixation. More than 25 tissues from mouse, cat and human specimens were evaluated for preservation of histomorphology. Selected tissues were evaluated in a multi-site, independent pathology review. Tissue fixed with BHP showed equivalent preservation of cytoplasmic and membrane cytomorphology, with significantly better nuclear chromatin preservation by BHP compared to formalin. Immunohistochemical staining of 13 non-phosphorylated proteins, including estrogen receptor alpha, progesterone receptor, Ki-67 and Her2, was equal to or stronger in BHP compared to formalin. BHP demonstrated significantly improved immunohistochemical detection of phosphorylated proteins ERK Thr202/Tyr204, GSK3-α/β Ser21/Ser9, p38-MAPK Thr180/Tyr182, eIF4G Ser1108 and Acetyl-CoA Carboxylase Ser79. CONCLUSION: In a single paraffin block BHP preserved the phosphorylation state of several signaling proteins at a level comparable to snap-freezing, while maintaining the full diagnostic immunohistochemical and histomorphologic detail of formalin fixation. This new tissue fixative has the potential to greatly facilitate personalized medicine, biobanking, and phospho-proteomic research

Approximation of survival function for heterogeneous populations

W demografii jak też naukach aktuarialnych od dawna trwa dyskusja na temat tego, czy istnieje uniwersalne prawo opisujące proces wymierania populacji. Od wielu lat czynione są próby znalezienia takiego prawa. Mimo że proponowano wiele funkcji żadna z nich nie opisuje wystarczająco dokładnie rozkładu empirycznego. Trudność tkwi w tym, że populacja ludzka jest niejednorodna i do opisu umieralności trzeba stosować mieszankę różnych rozkładów. W pracy przedstawiona jest próba opisania długości życia populacji mężczyzn polskich w roku 2009 za pomocą mieszanki rozkładów Gompertza, Weibula, gamma i lognormalnego. Parametry rozkładów oraz wagi mieszanki wyznaczone będą metodą minimum chi-kwadrat.For a long time demographers and actuaries have been deliberating the issue of the laws of life. A number of proposed survival functions turned out to be unsatisfactory when they were applied empirically. One of the ways to overcome the difficulties is to modify the general survival functions by introducing an additional formula characterizing the frailty of individuals. Another way is to use a mixture of appropriate distributions. In this contribution the latter approach to determine the survival time of men in the Polish population in 2009 is applied

Influence of the conditions of sourdough production process on the rye bread quality

Celem pracy było porównanie jakości pieczywa żytniego uzyskanego z ciasta prowadzonego metodą trójfazową z wykorzystaniem różnych żurków: pochodzących z piekarń A i B, przygotowanego w laboratorium (próba kontrolna) oraz uzyskanego przy użyciu kultury starterowej. W pracy określono cechy fizykochemiczne mąki (wilgotność, kwasowość, zawartość białka, liczbę opadania i właściwości amylolityczne) oraz kwasowość międzyproduktów w kolejnych fazach produkcji pieczywa. Otrzymane ciasto wypiekano w temperaturze 230 °C przez 35 min. Po 12 h obliczono wydajność, stratę piecową, zmierzono objętość i przeliczono ją na 100 g pieczywa oraz określono kwasowość. Przeprowadzono również ocenę organoleptyczną pieczywa. Na podstawie oceny organoleptycznej oraz wartości wyróżników fizykochemicznych wykazano dobre właściwości wypiekowe użytej mąki. W poszczególnych fazach wytwarzania, w ciastach wystąpiły różnice kwasowości. Żurek pochodzący z piekarni A oraz przygotowany z niego kwas wykazywały wyższy stopień kwasowości niż żurek i kwas przygotowany metodą laboratoryjną. Natomiast ciasta przygotowane na żurkach pobieranych z obu piekarń i ciasta z kulturami starterowymi miały dwukrotnie wyższą kwasowość niż sporządzone metodą laboratoryjną. Wydajność ciasta wytworzonego na żurku z piekarni B była największa. Natomiast największą wydajność pieczywa uzyskano z ciasta przygotowanego na bazie kultury starterowej. Poza tym dodanie kultury starterowej wpłynęło również na zwiększenie objętości 100 g pieczywa. Na podstawie wyników stwierdzono, że zastosowanie kultur starterowych do fermentacji ciasta wpłynęło na lepszą jakość pieczywa. Poprawie uległy cechy smakowo-zapachowe, zwiększyła się objętość, a miękisz uzyskał korzystniejszą strukturę.The objective of the study was to compare the quality of rye breads made of the dough developed using a three-phase method with various leavens, i.e. leaves from A and B bakeries, a leaven made in the laboratory (control sample), and a leaven made using a starter culture. Under this study, the physical-chemical parameters of flour were determined (moisture content, acidity, protein content, falling number, and amylolithic properties), as well as the acidity of inter-products during each phase of the bread production. The dough made was baked at 230 °C for 35 min. Twelve (12) hours after the baking process accomplished, the yield and baking loss were calculated, the volume was measured and expressed in 100 g of bread, and the acidity was determined. Furthermore, the organoleptic evaluation of the breads was performed. Based on the organoleptic evaluation and the values of physical-chemical characteristics, it was proved that the baking properties of the flour used were good. During the individual phases of the manufacturing process, differences in the acidity of dough occurred. The leaven from the A bakery and the active sourdough starter made thereof showed a higher acidity degree than the leaven and active sourdough starter developed under the laboratory method. On the other hand, the doughs prepared on the basis of leavens from the two bakeries, and the doughs with starter cultures had a doubled acidity level than the doughs made using the laboratory method. The yield of bread doughs made using the leaven from the B bakery was the highest. The highest yield of bread was achieved in the case of dough made on the basis of starter culture. Moreover, the starter culture added caused the volume of 100 g of bread to increase. Based on the study results, it was found that the application of starter cultures had an effect on the better quality of bread. The taste and flavour properties were improved, the bread volume increased, and the bread crumb showed a more approving texture

Quality of rye bread with leavens added

Celem pracy było porównanie jakości pieczywa żytniego otrzymanego z ciasta prowadzonego metodą jednofazową z zastosowaniem różnych zakwasów piekarskich. Analizę cech fizykochemicznych użytej mąki żytniej typu 720 przeprowadzono metodami stosowanymi powszechnie w laboratoriach zbożowo-młynarskich (wilgotność, kwasowość, zawartość białka, liczba opadania i właściwości amylolityczne). Określono wydajność otrzymanego ciasta i jego kwasowość. Wypiek prowadzono w temperaturze 230 ºC przez 35 min. Po 12 h od wypieku zmierzono kwasowość i objętość, którą przeliczono na 100 g pieczywa, a także wyliczono wydajność i upiek. Przeprowadzono również ocenę sensoryczną. Na podstawie przeprowadzonej oceny sensorycznej i wartości wyróżników fizykochemicznych wykazano prawidłowe właściwości wypiekowe użytej mąki żytniej typu 720. Od użytego zakwasu piekarskiego uzależniony był dodatek wody w przygotowywanym cieście, stąd jego wydajność była różna. W porównaniu z ciastem ukwaszonym kwasem mlekowym (próba kontrolna), wydajność ciasta z dodatkiem zakwasu w paście (Uldo Sauer) była o 15% większa. Kwasowość przygotowanych ciast również była zróżnicowana, przy czym największą osiągnęło ciasto z dodatkiem zakwasu Uldo Sauer. Pieczywo żytnie wytworzone z użyciem zakwasu w formie pasty charakteryzowało się największą wydajnością i objętością. Najmniejszym upiekiem charakteryzowało się pieczywo z użyciem zakwasu Flintbeker Sauerteig. Zastosowanie zakwasów spowodowało wzrost kwasowości miękiszu, co wpłynęło pozytywnie na ocenę sensoryczną pieczywa. Na podstawie otrzymanych wyników stwierdzono korzystne oddziaływanie zakwasów na wzrost wydajności i objętości pieczywa, a tym samym poprawę struktury miękiszu. Najlepszymi walorami smakowo-zapachowymi cechowało się pieczywo na zakwasie Uldo Sauer.The objective of this study was to compare the quality of rye breads made of dough obtained using a one-phase method, and by applying various baking leavens. The analysis of physical-chemical parameters (moisture content, acidity, protein content, falling number, and amylolithic properties) of the rye flour used, its type being 720, was performed using the methods generally applied in the grain milling laboratories. The dough yield and acidity of the dough were also determined. The dough was 35 minutes baked, at a temperature of 230 °C. Twelve hours after the baking process accomplished, the acidity and volume of bread, expressed per 100 g of bread, were measured, and the yield and baking loss were calculated. An sensory assessment was performed, too. On the basis of the sensory assessment and the values of physical-chemical factors, it was proved that the baking properties of rye flour, its type being 720, were accurate. The addition of water in the dough developed depended on the baking leaven, therefore, the yields of the doughs varied. Comparing with the dough acidified using a lactic acid (control sample), the yield of the dough with a leaven added in the form of paste (Uldo Sauer) was by 15 % higher . The acidity of the doughs developed was also different, and the dough with Uldo Sauer leaven had the highest acidity. The bread produced using the pasted Uldo Sauer leaven showed the highest yield and volume. The bread made using Flintbeker Sauerteig leaven showed the lowest baking loss. The application of leavens caused the acidity of crumb bread to grow, and this fact favourably impacted the sensory assessment. Based on the study results, it was confirmed that the leavens had a favourable effect on the yield and volume of bread, thus, on the improvement in the bread crumb. The bread baked using the Uldo Sauer leaven was characterized by the best taste and smell values

An attempt to assess the effect of tourist trail width on adjacent forest environment

The impact of narrow (up to 2 m), medium (up to 3.5 m) and wide (>3.5 m) tourist trails on the surrounding environment was investigated. On wide trails, the value of soil erosion and compaction indices was found to be the highest, while the herb height index was the lowest indicating the greatest impact of wide trails on the environment. The phytosociological relevés were used to determine ecological indicator figures. Wide trails were characterized by higher thermal and continentalism indices and lower pH and trophic indices. The proportion of therophytes and geophytes was higher, while of hemicryptophytes, phanerophytes and chamaephytes on wide trails were lower than on medium and narrow trails. All the analysed indices pointed to a stronger impact of wide trails on the environment in comparison with medium and narrow trails