Enhancing tuberculosis diagnosis by polymerase chain reaction: An experience at a tertiary hospital

Introduction: Tuberculosis (TB) persists as a severe global public health issue. The aim of the present study was to evaluate the performance of an in-house TB PCR (polymerase chain reaction) in sputum.Methods: DNA from sputum specimens were submitted to a nested-PCR protocol for the IS6110 region detection. PCR results were compared to those of the traditional methods for TB diagnosis, i.e., acid-fast bacilli (AFB) smear microscopy and culture. We analyzed sputum samples obtained from 133 patients.Results: A total of 48 (36%) cultures yielded indeterminate results due to contamination. This high contamination rate may be explained by the fact that samples from fibrocystic patients were included in this study. Additionally, other five samples were positive for nontuberculous mycobacteria (NTM). Therefore, it was possible to compare 80 patients for M. tuberculosis detection. We found 14 positive samples: five presented positive results in the three methods (5/14; 35.7%), two were positive in culture and PCR (2/14; 14.3%), one was positive in AFB and PCR (1/14; 7.1%), five were positive only in PCR (5/14; 35.7%) and 1 was positive only in culture (1/14; 7.1%). Thus, positivity rates for each technique were: 7.5% for AFB (6/80), 10% for culture (8/80) and 16.25% for PCR (13/80). Among the 48 patients who had indeterminate results in sputum culture, two samples were positive in PCR.Conclusion: Considering the limitations of the traditional methods, the use of PCR as a molecular technique could be advantageous for TB diagnosis.

Enhancing tuberculosis diagnosis by polymerase chain reactio : an experience at a tertiary hospital

Introduction: Tuberculosis (TB) persists as a severe global public health issue. The aim of the present study was to evaluate the performance of an in-house TB PCR (polymerase chain reaction) in sputum. Methods: DNA from sputum specimens were submitted to a nested-PCR protocol for the IS6110 region detection. PCR results were compared to those of the traditional methods for TB diagnosis, i.e., acid-fast bacilli (AFB) smear microscopy and culture. We analyzed sputum samples obtained from 133 patients. Results: A total of 48 (36%) cultures yielded indeterminate results due to contamination. This high contamination rate may be explained by the fact that samples from fibrocystic patients were included in this study. Additionally, other five samples were positive for nontuberculous mycobacteria (NTM). Therefore, it was possible to compare 80 patients for M. tuberculosis detection. We found 14 positive samples: five presented positive results in the three methods (5/14; 35.7%), two were positive in culture and PCR (2/14; 14.3%), one was positive in AFB and PCR (1/14; 7.1%), five were positive only in PCR (5/14; 35.7%) and 1 was positive only in culture (1/14; 7.1%). Thus, positivity rates for each technique were: 7.5% for AFB (6/80), 10% for culture (8/80) and 16.25% for PCR (13/80). Among the 48 patients who had indeterminate results in sputum culture, two samples were positive in PCR. Conclusion: Considering the limitations of the traditional methods, the use of PCR as a molecular technique could be advantageous for TB diagnosis

Enhancing tuberculosis diagnosis by polymerase chain reaction: An experience at a tertiary hospital

Introduction: Tuberculosis (TB) persists as a severe global public health issue. The aim of the present study was to evaluate the performance of an in-house TB PCR (polymerase chain reaction) in sputum. Methods: DNA from sputum specimens were submitted to a nested-PCR protocol for the IS6110 region detection. PCR results were compared to those of the traditional methods for TB diagnosis, i.e., acid-fast bacilli (AFB) smear microscopy and culture. We analyzed sputum samples obtained from 133 patients. Results: A total of 48 (36%) cultures yielded indeterminate results due to contamination. This high contamination rate may be explained by the fact that samples from fibrocystic patients were included in this study. Additionally, other five samples were positive for nontuberculous mycobacteria (NTM). Therefore, it was possible to compare 80 patients for M. tuberculosis detection. We found 14 positive samples: five presented positive results in the three methods (5/14; 35.7%), two were positive in culture and PCR (2/14; 14.3%), one was positive in AFB and PCR (1/14; 7.1%), five were positive only in PCR (5/14; 35.7%) and 1 was positive only in culture (1/14; 7.1%). Thus, positivity rates for each technique were: 7.5% for AFB (6/80), 10% for culture (8/80) and 16.25% for PCR (13/80). Among the 48 patients who had indeterminate results in sputum culture, two samples were positive in PCR. Conclusion: Considering the limitations of the traditional methods, the use of PCR as a molecular technique could be advantageous for TB diagnosis

[Beta]-lactamases na família enterobacteriaceae : métodos de detecção e prevalência

Entre membros da Família Enterobacteriaceae a produção de β-lactamases de espectro estendido (ESBL – Extended-Spectrum β-lactamase) se constitui em um importante mecanismo de resistência a antibióticos β-lactâmicos. O objetivo deste estudo foi determinar a prevalência de ESBL em diferentes gêneros da Família Enterobacteriaceae em um hospital universitário no sul do Brasil. Além disso, avaliou-se o teste de triagem proposto pelo CLSI, o teste que utiliza discos combinados e técnica de PCR para detecção de ESBL na Família Enterobacteriaceae. De forma complementar, foi feita pesquisa de KPC em amostras com resistência (plena ou intermediária) ao ertapenem. Foram analisados 731 isolados da Família Enterobacteriaceae, obtidos a partir de amostras clínicas de pacientes hospitalizados. A prevalência de isolados produtores de ESBL na Família Enterobacteriaceae foi de 26,8% (196/731). Destacam-se Providencia spp. com uma prevalência de 91,7% (11/12), seguida de Klebsiella pneumoniae com 56,7% (59/104) e Enterobacter spp. com 40,7% (48/118). Entre os antibióticos utilizados no Teste Confirmatório Fenotípico, a cefepima foi o substrato que detectou o maior percentual dos isolados (90,6% - 183/202) como produtores de ESBL. Utilizando a técnica de PCR foi possível detectar blaTEM em 89,6% (208/232), blaSHV em 59% (137/232) e blaCTX-M em 37,9% (88/232) dos isolados. Comparando o perfil de suscetibilidade global das amostras ESBL com as demais amostras consideradas como não produtoras de ESBL, notou-se um grande decréscimo na sensibilidade de todos antimicrobianos testados (p < 0,05) nas ESBL positivas. Apenas os carbapenêmicos (Imipenem e Meropenem) apresentaram total eficácia in vitro. Outros antibióticos com maior percentual de sensibilidade para isolados produtores de ESBL foram Amicacina, Doxaciclina e Piperacilina/Tazobactam com 35,1%, 29,9% e 28,0% de sensibilidade, respectivamente. Entre os microrganismos com teste de triagem para ESBL positivo, 39 apresentaram resistência (plena ou intermediária) ao ertapenem, mas em nenhuma destas amostras foi detectado o gene blaKPC por técnica de PCR

[Beta]-lactamases na família enterobacteriaceae : métodos de detecção e prevalência

Entre membros da Família Enterobacteriaceae a produção de β-lactamases de espectro estendido (ESBL – Extended-Spectrum β-lactamase) se constitui em um importante mecanismo de resistência a antibióticos β-lactâmicos. O objetivo deste estudo foi determinar a prevalência de ESBL em diferentes gêneros da Família Enterobacteriaceae em um hospital universitário no sul do Brasil. Além disso, avaliou-se o teste de triagem proposto pelo CLSI, o teste que utiliza discos combinados e técnica de PCR para detecção de ESBL na Família Enterobacteriaceae. De forma complementar, foi feita pesquisa de KPC em amostras com resistência (plena ou intermediária) ao ertapenem. Foram analisados 731 isolados da Família Enterobacteriaceae, obtidos a partir de amostras clínicas de pacientes hospitalizados. A prevalência de isolados produtores de ESBL na Família Enterobacteriaceae foi de 26,8% (196/731). Destacam-se Providencia spp. com uma prevalência de 91,7% (11/12), seguida de Klebsiella pneumoniae com 56,7% (59/104) e Enterobacter spp. com 40,7% (48/118). Entre os antibióticos utilizados no Teste Confirmatório Fenotípico, a cefepima foi o substrato que detectou o maior percentual dos isolados (90,6% - 183/202) como produtores de ESBL. Utilizando a técnica de PCR foi possível detectar blaTEM em 89,6% (208/232), blaSHV em 59% (137/232) e blaCTX-M em 37,9% (88/232) dos isolados. Comparando o perfil de suscetibilidade global das amostras ESBL com as demais amostras consideradas como não produtoras de ESBL, notou-se um grande decréscimo na sensibilidade de todos antimicrobianos testados (p < 0,05) nas ESBL positivas. Apenas os carbapenêmicos (Imipenem e Meropenem) apresentaram total eficácia in vitro. Outros antibióticos com maior percentual de sensibilidade para isolados produtores de ESBL foram Amicacina, Doxaciclina e Piperacilina/Tazobactam com 35,1%, 29,9% e 28,0% de sensibilidade, respectivamente. Entre os microrganismos com teste de triagem para ESBL positivo, 39 apresentaram resistência (plena ou intermediária) ao ertapenem, mas em nenhuma destas amostras foi detectado o gene blaKPC por técnica de PCR