„Rendering Endangered Lexicons Interoperable through Standards Harmonization”: The RELISH Project

The RELISH project promotes language-oriented research by addressing a two-pronged problem: (1) the lack of harmonization between digital standards for lexical information in Europe and America, and (2) the lack of interoperability among existing lexicons of endangered languages, in particular those created with the Shoebox/Toolbox lexicon building software. The cooperation partners in the RELISH project are the University of Frankfurt (FRA), the Max Planck Institute for Psycholinguistics (MPI Nijmegen), and Eastern Michigan University, the host of the Linguist List (ILIT). The project aims at harmonizing key European and American digital standards whose divergence has hitherto impeded international collaboration on language technology for resource creation and analysis, as well as web services for archive access. Focusing on several lexicons of endangered languages, the project will establish a unified way of referencing lexicon structure and linguistic concepts, and develop a procedure for migrating these heterogeneous lexicons to a standards-compliant format. Once developed, the procedure will be generalizable to the large store of lexical resources involved in the LEGO and DoBeS projects

Дифференциация и субпопуляционный состав VEGFR2+ моноцитов крови и костного мозга при ишемической кардиомиопатии

Aim. To identify disturbances of differentiation and subpopulation composition of VEGFR2+ cells in the blood and bone marrow associated with the features of the cytokine profile in the blood and bone marrow in patients with coronary artery disease (CAD) with and without ischemic cardiomyopathy (ICM).Materials and methods. The study included 74 patients with СAD with and without ICM (30 and 44 people, respectively) and 18 healthy donors. In all patients with СAD, peripheral blood sampling was performed immediately before coronary artery bypass grafting, and bone marrow samples were taken during the surgery via a sternal incision. In the healthy donors, only peripheral blood sampling was performed. In the bone marrow and blood samples, the number of VEGFR2+ cells (CD14+VEGFR2+ cells) and their immunophenotypes CD14++CD16-VEGFR2+, CD14++CD16+VEGFR2+, CD14+CD16++VEGFR2+, and CD14+CD16-VEGFR2+ was determined by flow cytometry. Using enzyme-linked immunosorbent assay, the levels of VЕGF-А, TNFα, M-CSF, and IL-13, as well as the content of MCP-1 (only in the blood) and the M-CSF / IL-13 ratio (only in the bone marrow) were determined.Results. The content of CD14+VEGFR2+ cells in the blood of CAD patients with and without ICM was higher than normal values due to the greater number of CD14++CD16-VEGFR2+, CD14++CD16+VEGFR2+, and CD14+CD16++VEGFR2+. In the bone marrow of the patients with ICM, the content of CD14++CD16-VEGFR2+, CD14+CD16++VEGFR2+, and CD14+CD16-VEGFR2+ was lower than in patients with CAD without ICM, and the number of CD14++CD16+VEGFR2+ cells corresponded to that in the controls. Regardless of the presence of ICM in CAD, a high concentration of TNFα and normal levels of VEGF-A and IL-13 were observed in the blood. In CAD without ICM, an excess of MCP-1 and deficiency of M-CSF were revealed in the blood. In the bone marrow, the levels of VEGF-A, TNFα, M-CSF, and IL-13 were comparable between the groups of patients against the background of a decrease in the M-CSF / IL-13 ratio in the patients with ICM.Conclusion. Unlike CAD without cardiomyopathy, in ICM, no excess of VEGFR2+ cells and MCP-1 in the blood is observed, which hinders active migration of CD14+CD16++VEGFR2+ cells from the myeloid tissue, and a decrease in the M-CSF / IL-13 ratio in the bone marrow disrupts differentiation of other forms of VEGFR2+ cells, preventing vascular repair.Цель: установить нарушения дифференцировки и субпопуляционного состава VEGFR2+ моноцитов в крови и костном мозге во взаимосвязи с особенностями цитокинового профиля крови и костного мозга у больных ишемической болезнью сердца (ИБС), страдающих и не страдающих ишемической кардиомиопатией (ИКМП).Материалы и методы. В исследование вошли 74 больных ИБС, страдающих и не страдающих ИКМП (30 и 44 человека соответственно), и 18 здоровых доноров. У всех больных ИБС забор периферической крови производился непосредственно перед операцией коронарного шунтирования, а костного мозга – из разреза грудины во время операции. У здоровых доноров забирали только периферическую кровь.  В костном мозге и крови методом проточной цитофлуориметрии определяли численность VEGFR2+ моноцитов (CD14+VЕGFR2+ клеток) и их иммунофенотипов CD14++CD16-VEGFR2+, CD14++CD16+VEGFR2+, CD14+CD16++VEGFR2+, CD14+CD16-VEGFR2+, методом иммуноферментного анализа регистрировали концентрацию VЕGF-А, TNFα, M-CSF, IL-13, а также содержание MCP-1 (только в крови) и соотношение M-CSF/IL-13 (только в костном мозге).Результаты. Содержание CD14+VEGFR2+ клеток в крови у больных ИБС без кардиомиопатии и с ИКМП было выше нормы из-за большей численности CD14++CD16-VEGFR2+, CD14++CD16+VEGFR2+ и CD14+CD16++VEGFR2+ форм. В костном мозге у больных ИКМП содержание CD14++CD16-VEGFR2+, CD14+CD16++VEGFR2+ и CD14+CD16-VEGFR2+ форм было ниже, чем у больных ИБС без кардиомиопатии, а количество CD14++CD16+VEGFR2+ клеток соответствовало их числу в группе сравнения. Вне зависимости от наличия ИКМП при ИБС в крови отмечалась высокая концентрация TNFα, нормальный уровень VEGF-А и IL-13; при ИБС без кардиомиопатии – избыток МСР-1 и дефицит M-CSF в крови. В костном мозге концентрация VЕGF-А, TNFα, M-CSF, IL-13 была сопоставимой между группами больных на фоне снижения M-CSF/IL-13 у пациентов с ИКМП.Заключение. В отличие от ИБС без кардиомиопатии при ИКМП не формируется избыток VEGFR2+ моноцитов и МСР-1 в крови, что затрудняет активную миграцию CD14+CD16++VEGFR2+ клеток из миелоидной ткани, а снижение M-CSF/IL-13 в костном мозге нарушает дифференцировку остальных форм VEGFR2+ моноцитов, препятствуя репарации сосудов

Cytokine profile and expression of FYN, ZAP-70 and LAT during concanavalin a stimulation in patients with resistant bronchial asthma

Background: Bronchial asthma (BA) is one of the most spreading chronic lung pathology in the world. The disease is characterized by high heterogeneity of clinical phenotypes including resistant forms which provoke significant clinical problem. Immune shift from Th2 to alternative immunological response is considered to be a mechanism of drug-resistance in BA treatment but this issue is not considerably studied yet. Aims: Detection of distinctive patterns in cytokine secretion and genetic expression (ZAP-70, FYN and LAT) of naïve and concanavalin A stimulated lymphocytes in patients with resistant BA. Materials and methods: The study enrolled ten patients in each group: subjects with treatment resistant BA, severe BA, and controls (30 in total). During the experiment, all patients with BA received treatment according to the condition. For each participant lymphocytes isolation from venous blood was performed. Cells were cultured with concanavalin A and without stimulation. Concentrations of cytokines IL-2, IL-12, TNF-α, IL-4, IL-5, and IL-6 in supernatants were measured with ELISA. Reverse transcription polymerase chain reaction was used to detect the mRNA expression of LAT, ZAP-70, and FYN genes. Results: Significant disease contribution to the lymphocyte secretion profile was established without concanavalin A stimulation: increased levels of IL-2 and IL-4 was observed in lymphocytes of patients with resistant BA if compared to the results of gorup with severe BA. Patients with resistant BA were characterized by weak cytokine response to the stimulation: only TNF-α and IL-5 levels were significantly increased whereas in group with severe BA all cytokines concentrations increased except IL-12, in controls - except IL-12 and IL-2. Significant FYN upregulation was identified in resistant BA group if compared with other groups, and in severe BA patients if compared with controls. The concanavalin A-stimulated cells showed increased expression of ZAP-70 in cells of patients with resistant BA compared to control group. Conclusions: Lymphocytes from patients with resistant BA are characterized by lack of cytokine response to concanavalin A stimulation, alteration of cytokine secretion, and genetic expression profile similar to cells with low sensitivity to apoptosis. The FYN gene is a perspective target for finding approaches to overcome resistance to steroid drugs in bronchial asthma. © 2018 Izdatel'stvo Meditsina. All rights reserved

Characterization of Two Soybean (Glycine max L.) LEA IV Proteins by Circular Dichroism and Fourier Transform Infrared Spectrometry

Late embryogenesis-abundant (LEA) proteins, accumulating to a high level during the late stages of seed development, may play a role as osmoprotectants. However, the functions and mechanisms of LEA proteins remained to be elucidated. Five major groups of LEA proteins have been described. In the present study, we report on the characterization of two members of soybean LEA IV proteins, basic GmPM1 and acidic GmPM28, by circular dichroism and Fourier transform infrared spectroscopy. The spectra of both proteins revealed limited defined secondary structures in the fully hydrated state. Thus, the soybean LEA IV proteins are members of ‘natively unfolded proteins’. GmPM1 or GmPM28 proteins showed a conformational change under hydrophobic or dry conditions. After fast or slow drying, the two proteins showed slightly increased proportions of defined secondary structures (α-helix and β-sheet), from 30 to 49% and from 34 to 42% for GmPM1 and GmPm28, respectively. In the dehydrated state, GmPM1 and GmPM28 interact with non-reducing sugars to improve the transition temperature of cellular glass, with poly-l-lysine to prevent dehydration-induced aggregation and with phospholipids to maintain the liquid crystal phase over a wide temperature range. Our work suggests that soybean LEA IV proteins are functional in the dry state. They are one of the important components in cellular glasses and may stabilize desiccation-sensitive proteins and plasma membranes during dehydration

Применение иммуноанализа для решения актуальных проблем стандартизации препаратов аллергенов

The present article describes principal problematic issues that refer to the standardization of allergen preparations. It is shown that at present domestic allergen preparations are being standardized by protein content in allergenic material, however, the mentioned characteristic does not reflect true allergic activity of a drug. There is a need in harmonization of domestic standardization technology for allergen preparations with the approaches of EMA (European Medicines Agency) and FDA (Food and Drug Administration), regulating their standardization in allergenic activity units, as well as the use of modern immunoassay methods for quantitative evaluation such as radioallergosorbent test, chemiluminescence analysis, immunoallergological test, enzyme-linked immunosorbent assay with inhibition phase etc.Иммунохимические методы анализа основаны на связывании исследуемого белка специфичными антителами, с последующим выявлением образовавшегося комплекса «антиген-антитело» с помощью метки, которая легко детектируется с использованием высокочувствительных устройств типа счетчиков радиоактивных частиц, спектрофотометров, флуориметров и т.п. Радиоиммунологический анализ (РИА) был разработан в 50-х годах прошлого столетия R.S. Yalow и S.A. Berson, которые в качестве метки использовали изотоп125I [1]. Применение твердых носителей (нитроцеллюлозы, полистирольных плат) для сорбции антител (АТ) или антигенов (АГ) положило начало развитию гетерогенного (твердофаз ного) анализа. Иммобилизация антигена на твердом носителе позволила предотвратить агрегацию в растворе и осуществить с помощью отмывки физическое разделение иммунокомплексов от свободных компонентов. В середине 1960-х годов появились более безопасные варианты иммуноанализа, не требующие специальных условий работы - ИФА, имму-нохемилюминесцентный анализ. В них используются специфичные АТ, меченные молекулами ферментов или специальными красителями, такими как люминол, люцегенин, флюо-ресцеина ацетат, флуоресцеина изотиоцианат. В настоящее время иммуноанализ широко применяется в научных исследованиях, в различных областях медицины, Приведены основные проблемные вопросы в стандартизации препаратов аллергенов. Показано, что в настоящее время отечественные препараты аллергенов стандартизуются по содержанию белка в аллергенном материале -показателю, не отражающему истинную аллергенную активность препарата. Назрела необходимость гармонизации отечественной технологии стандартизации препаратов аллергенов с учетом подходов ЕМА (European Medicines Agency) и FDA (Food and Drug Administration), регламентирующих стандартизацию препаратов в единицах аллергенной активности и применение для количественной оценки данного показателя современных методов иммуноанализа - радиоаллергосорбентный тест (РАСТ), хемолюминесцентный анализ, иммуноаллергосорбентный тест, иммуноферментный анализ (ИФА) с этапом ингибирования и другие

Моноциты крови в поддержании баланса деструктивных и репаративных процессов в сосудистом эндотелии при ишемической кардиомиопатии

Highlights. The features of subsets of monocytes in combination with the levels of desquamated endotheliocytes, endothelial damage and regeneration mediators and progenitor cell migration-enhancing factors in patients with coronary heart disease and with/without ischemic cardiomyopathy were analyzed. For the first time it was shown that in patients with ischemic cardiomyopathy, compared with CHD patients without cardiomyopathy, higher desquamation of the endothelium is associated with a deficiency of non-classical monocytes and reduced migration of progenitor endothelial cells (VEGFR2+-monocytes) with regenerative potential across the bone marrow due to a deficiency of the HIF-1α mediator in the blood.Background. The development of ischemic cardiomyopathy (ICM) is an understudied process, and one of its elements may be insufficient regeneration of blood vessels due to an imbalance of subsets of monocytes in the blood.Aim. To assess subsets of monocytes and desquamated endothelial cells in combination with endothelial damage and regeneration mediators in the blood of patients with coronary heart disease (CHD) and with/without ICM.Methods. The study included 30 patients with ICM, 22 patients with coronary heart disease without cardiomyopathy aged 55–69 years, and 18 healthy donors. In whole blood, the populations of CD45–CD146+ desquamated endothelial cells and progenitor endothelial cells related to CD14+VEGFR2+  monocytes, intermediate CD14++CD16+   and  non-classical  CD14+CD16++   monocytes  were  assessed  by flow cytometry  using  the  appropriate  monoclonal  antibodies  (BD  Biosciens, USA). In blood plasma, the levels of hypoxia-inducible factor HIF-1α, monocyte chemoattractant protein MCP-1 and matrix metalloproteinase MMP-9 were assessed by enzyme immunoassay. The results of the analysis were considered significant at p<0.05.Results. The number of progenitor and desquamated endothelial cells was increased in both groups of patients with coronary artery disease. At the same time, in patients with ICM, the number of progenitor endothelial cells did not reach the number noted in patients with CHD without cardiomyopathy, while the number of desquamated endothelial cells reached the number noted in CHD patients without cardiomyopathy. There was a deficiency of non-classical monocytes and HIF-1α in the blood of patients with ICM, and an excess of intermediate monocytes and MCP-1 was observed in CHD patients without cardiomyopathy. The concentration of MMP-9 in patients with CHD corresponded to the norm, regardless of the presence of ICM.Conclusion. In ICM, in contrast to CHD without cardiomyopathy, vascular damage is associated with a deficiency of nonclassical monocytes and reduced endothelial repair due to insufficient migration of progenitor endothelial cells across the bone marrow due to HIF-1α deficiency in the blood.Основные положения. Изучены особенности субпопуляционного состава моноцитов крови в комплексе с содержанием десквамированных эндотелиоцитов, медиаторов деструкции эндотелия и факторов миграции его клеток-предшественниц в крови при ишемической болезни сердца, осложненной и не осложненной ишемической кардиомиопатией. Впервые показано, что при ишемической кардиомиопатии, в отличие от ишемической болезни сердца без кардиомиопатии, высокая десквамация эндотелия ассоциирована с дефицитом неклассических моноцитов и пониженной миграцией из костного мозга прогениторных эндотелиальных клеток (VEGFR2+-моноцитов) с репаративным потенциалом ввиду дефицита медиатора HIF-1α в крови.Актуальность. Ишемическая кардиомиопатия (ИКМП) развивается по малоизученным закономерностям, в числе которых может быть недостаточная репарация сосудов вследствие дисбаланса субпопуляций моноцитов в крови.Цель. Определить численность субпопуляций моноцитов и десквамированных эндотелиальных клеток в комплексе с медиаторами деструкции и репарации эндотелия в крови пациентов с ишемической болезнью сердца (ИБС), страдающих и не страдающих ИКМП.Материалы и методы. В исследование вошли 30 больных ИКМП и 22 пациента с ИБС без кардиомиопатии в возрасте 55–69 лет, а также 18 здоровых доноров. В цельной крови определяли содержание CD45–CD146+  десквамированных эндотелиальных клеток и прогениторных эндотелиальных клеток, относящихся к CD14+VEGFR2+-моноцитам, промежуточных CD14++CD16+ и неклассических моноцитов CD14+CD16++ методом проточной цитофлуориметрии с использованием соответствующих моноклональных антител (BD Biosciences, США). В плазме крови оценивали концентрацию индуцируемого гипоксией фактора HIF-1α, моноцитарного хемотаксического белка МСР-1 и матриксной металлопротеиназы ММР-9 методом иммуноферментного анализа. Результаты анализа считали достоверными при р<0,05.Результаты. У больных ИБС обеих групп выявлено повышенное содержание десквамированных и прогениторных эндотелиальных клеток в крови. При этом количество прогениторных эндотелиальных клеток у пациентов с ИКМП не достигало уровня у больных ИБС без кардиомиопатии, а число десквамированных эндотелиоцитов соответствовало таковому. В крови при ИКМП обнаружен дефицит неклассических моноцитов и HIF-1α, при ИБС без кардиомиопатии – избыток промежуточных моноцитов и МСР-1. Концентрация ММР-9 в крови пациентов с ИБС соответствовала норме вне зависимости от наличия ИКМП.Заключение. При ИКМП, в отличие от ИБС без кардиомиопатии, повреждение сосудов ассоциировано с дефицитом неклассических моноцитов и пониженной репарацией эндотелия, обусловленной недостаточной миграцией прогениторных эндотелиальных клеток из костного мозга ввиду дефицита HIF-1α в крови

ПРОДУКЦИЯ ФАКТОРОВ РОСТА И ДЕСКВАМАЦИЯ ЭНДОТЕЛИОЦИТОВ В СЕРДЦЕ ПРИ ИШЕМИЧЕСКОЙ КАРДИОМИОПАТИИ

oai:oai.kpccz.elpub.ru:article/1324Highlights Dysregulation of angiogenesis may be the pathogenetic factor of ischemic cardiomyopathy (ICMP). Aim. To determine the content of growth factors and desquamated endothelial cells (DEC) in the blood from the coronary sinus and ulnar vein in association with the number of progenitor endothelial cells (PEC) in the blood from the ulnar vein in patients with coronary heart disease (CHD), suffering and not suffering from ICMP.Methods. The study included 30 patients with ICMР and 22 patients with CHD, and 18 healthy donors. The content of DEC (CD45–CD146+) was determined in blood from the cubital vein (peripheral) and coronary sinus, and the content of DEC (CD14+CD34+VEGFR2+) was determined in peripheral blood by flow cytometry (antibodies “BD Biosciences”, USA). The concentrations of VEGF-A, VEGF-B, PDGF, SDF-1, SCF, FGF-1, TGF-β1 in blood plasma from both locations were evaluated by multiplex analysis (set “Cloud-Clone Corp.”, USA).Results. The content of DEC in peripheral blood was elevated in patients with CHD of both groups, and in patients with ICMP in sinus blood was higher than in peripheral. At the same time, in patients with CHD without cardiomyopathy, an excess of PEC and SDF-1 in the blood from the ulnar vein was established in combination with an increase in the concentration of PDGF and a decrease in the content of VEGF-B in the blood from the coronary sinus relative to the parameters of systemic blood flow. In patients with ICMP, these changes were not detected, but there was an increase in the concentration of TGF-β1 in sinus blood compared with peripheral blood. Regardless of the presence of ICMP, the concentration of SCF, FGF-1, VEGF-A in the blood from the ulnar vein corresponded to the norm and that in sinus blood; the content of VEGF-A in the coronary bloodstream exceeded its systemic level.Conclusion. In patients with ICMP, desquamation of the coronary vascular endothelium is enhanced against the background of violations of its repair processes due to insufficient (relative to CHD without cardiomyopathy) mobilization of PEC from the bone marrow due to the absence of an excess of SDF-1 in the blood and their insufficient homing into the myocardium due to weak PDGF production in the heart.Основные положенияПатогенетическим фактором ишемической кардиомиопатии может быть нарушение регуляции ангиогенеза. Цель. Определить содержание факторов роста и десквамированных эндотелиальных клеток (ДЭК) в крови из коронарного синуса и локтевой вены в ассоциации с численностью прогениторных эндотелиальных клеток (ПЭК) в крови из локтевой вены у больных ишемической болезнью сердца (ИБС), страдающих и не страдающих ишемической кардиомиопатией (ИКМП).Материалы и методы. В исследование включили 30 пациентов с ИБС и ИКМП, 22 больных ИБС без ИКМП, 18 здоровых доноров. Содержание ДЭК (CD45–CD146+) определяли в крови из локтевой вены (периферическая) и коронарного синуса (синусовая), а содержание ПЭК (CD14+CD34+VEGFR2+) – в периферической крови методом проточной цитофлуориметрии (антитела BD Biosciences, США). В плазме обоих образцов крови оценивали концентрацию VEGF-A, VEGF-B, PDGF, SDF-1, SCF, FGF-1, TGF-β1 методом мультиплексного анализа (набор Cloud-Clone Corp., США).Результаты. Содержание ДЭК в периферической крови было повышенным у больных ИБС обеих групп, а в синусовой крови у пациентов с ИКМП было выше, чем в периферической. У больных ИБС без ИКМП установлен избыток ПЭК и SDF-1 в крови из локтевой вены в сочетании с увеличением концентрации PDGF и снижением содержания VEGF-В в крови из коронарного синуса относительно параметров системного кровотока. У пациентов с ИКМП данные изменения не выявлены, но отмечен рост концентрации TGF-β1 в синусовой крови по сравнению с периферической. Вне зависимости от ИКМП концентрация SCF, FGF-1, VEGF-А в крови из локтевой вены соответствовала норме и таковой в синусовой крови; содержание VEGF-А в коронарном кровотоке превышало системный уровень.Заключение. При ИКМП усилена десквамация эндотелия коронарных сосудов на фоне нарушений его репарации за счет недостаточной (относительно ИБС без ИКМП) мобилизации ПЭК из костного мозга ввиду отсутствия избытка SDF-1 в крови и недостаточного их хоминга в миокард вследствие слабой продукции PDGF в сердце