Molecular investigation of mechanisms considered to cause preterm premature membrane rupture

Purpose: The aim of this study was to investigate the mRNA expression level of p16, CDK4, CDK6, Cyclin D, RB1, and E2F genes in preterm premature rupture of membrane (PPROM) cases and their roles in etiopathogenesis of PPROM.Materials and Methods: Twenty-one pregnancies with PPROM before 34th gestational weeks (study group) were compared with twenty pregnancies with no complication, who gave birth after 37th gestational-week (control group). Both groups chorioamniotic membranes were compared for mRNA expression of p16, cyclin D, CDK4, CDK6, RB1 and E2F genes.Results: The mRNA expression levels of p16, cyclin D, CDK4, CDK6, RB1and E2F genes decreased in the PPROM group compared to control group at a statistically significant level.Conclusion: Our findings have shown that oxidative stress may not act on the p16 pathway in these cases. In order to understand the molecular mechanism of PPROM, biomarkers of oxidative stress and aging should be evaluated together with other pathways related to aging and oxidative stress in future studies.Amaç: Bu çalışmanın amacı, preterm erken membran rüptürü (PEMR) vakalarında, p16 ile CDK4, CDK6, siklin D, RB1, E2F genlerinin mRNA ekspresyon seviyelerini ve bu genlerin etiyopatogenezdeki rollerini saptamaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda 34. gebelik haftasından önce membran rüptürü olan 21 gebe (çalışma grubu) ile herhangi bir durumla komplike olmamış ve 37. gebelik haftasından sonra doğum yapmış 20 gebenin (kontrol) doğum sonu koryoamniyotik membranları incelendi ve bu iki grubun koryoamniyotik membran örnekleri p16, siklin D, CDK4, CDK6, RB1 ve E2F genlerinin mRNA ekspresyon seviyeleri açısından karşılaştırıldı. Bulgular: Çalışmamızda, kontrol grubu ile kıyaslandığında p16, siklin D, CDK4, CDK6, RB1 ve E2F genlerinin ekspresyon seviyelerinin PEMR grubunda anlamlı derecede azaldığı saptandı. Sonuç: Bulgularımız bu vakalarda oksidatif stresin p16 yolağı üzerinden etki etmeyebileceğini göstermiştir. PEMR’nin moleküler mekanizmasını anlamak için, gelecekteki çalışmalarda oksidatif stres ve yaşlanma biyobelirteçleri ile yaşlanma ve oksidatif streste görevli diğer yolaklar birlikte değerlendirilmelidir.Cukurova Universit

The role of hypoxia and embryonic stem cell genes in laryngeal cancer pathogenesis.

TEZ13231Tez (Doktora) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2017.Kaynakça (s. 103-113) var.XIII, 115 s. :_res. (bzs. rnk.), tablo ;_29 cm.Larinks kanseri, baş boyun kanserlerinin ortalama %25’ini oluşturmakta ve genellikle orta yaş ya da ileri yaş erkeklerde görülmektedir. Larinks kanserlerinin %90’dan fazlası yassı hücre kanserleridir. Solid tümörler bilinen tüm kanserlerin %90’ını oluşturmaktadır. Solid tümörlerin en yaygın özelliği ve önemli çevresel streslerden biri hipoksidir. Oksijen konsantrasyonunun fizyolojik seviyenin altına düşmesi, in vitroda insan embriyonik kök hücrelerinin devamlılığını, spontan farklılaşmanın azalmasını sağlamakta, kendini yenilemeyi desteklemektedir. Kök hücre ve kanser hücreleri arasındaki benzerlikler her iki grubun gen ekspresyonunun düzenlenmesinde ortak yolaklar olabileceğini düşündürmektedir. Çalışmamıza Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Kulak Burun Boğaz Anabilim Dalı’nda skuamoz hücreli larinks kanser teşhisi almış 26 hasta dahil edildi. Dokulardan RNA izolasyonu yapılarak tümör ve normal dokularda hipoksinin indüklediği faktörler ve embriyonik kök hücre genlerinin ekspresyon düzeyleri karşılaştırıldı. Çalışmamızda tümör dokularında HIF-1?, OCT4 ve NANOG genlerinin ekspresyonunun normal dokuyla karşılaştırıldığında arttığı saptandı. Ayrıca Hep2 larinks kanseri ve FaDu farenks kanseri hücre serileri hipoksiye maruz bırakılarak, hipoksinin, HIF-1?, HIF-2?, SOX2, OCT4, NANOG, CD133, ESRRA genleri üzerindeki etkisi belirlendi. Çalışmamızda hipoksiye maruz bırakılan Hep-2 hücrelerinde HIF-1?, HIF-2?, SOX2, OCT4, NANOG, CD133 ve ESRRA genlerinin mRNA ekspresyonlarında artış gözlenirken, FaDu hücrelerinde HIF-1? ve SOX2 mRNA ekspresyonunda azalma, HIF-2?, OCT4, NANOG, CD133 ve ESRRA mRNA ekspresyonlarında artma gözlenmiştir. Hücreler ESRRA inhibitörü XCT790 ile muamele edildiğinde, hücrelerde hipoksinin indüklediği gen ekspresyon profilinin değiştiği saptanmıştır. Bu çalışma sonunda larinks kanseri tedavisinde hipoksinin etkisini azaltılmasında yeni stratejiler geliştirilmesine yönelik bir yaklaşım sunulmuş oldu.Laryngeal cancer accounts for about 25% of head and neck cancers and is usually seen in men of middle or older age. More than 90% of laryngeal cancers are squamous-cell cancers. One of the most common features of solid tumors and one of the major environmental stresses is hypoxia. The reduction of the oxygen concentration below the physiological level, promotes maintanance and selfrenewal of the human embryonic stem cells, and reducing spontaneous differentiation in vitro. Similarities between stem cell and cancer cells suggest that both groups may use common pathways in the regulation of gene expression. Twenty six patients with squamous cell laryngeal carcinoma who were diagnosed at University of Cukurova Medical School, Department of Otolaryngolgy were included in this study. RNA isolation from tissues was performed to compare the expression levels of hypoxia inducible factors and embryonic stem cell genes in tumor and normal tissues. In our study, it was determined that the expression of HIF-1?, OCT4 and NANOG genes were increased in tumor tissues compared to normal tissues. Furthermore, for determining the effect of hypoxia on HIF-1?, HIF-2? SOX2, OCT4, NANOG, CD133, ESRRA genes, Hep2 larynx cancer and FaDu pharynx cancer cell lines were exposed to hypoxia. In our study, mRNA expressions of HIF-1?, HIF-2?, SOX2, OCT4, NANOG, CD133 and ESRRA genes were elevated in hypoxiaexposed Hep-2 cells, in hypoxia exposed FaDu cells, mRNA expression of HIF-1? and SOX2 were decreased, HIF-2?, OCT4, NANOG, CD133 and ESRRA mRNA expressions were increased. When cells were treated with the ESRRA inhibitor XCT790, hypoxia-induced gene expression profiles were changed. Our study provides a new approach to develop new strategies in reducing the effect of hypoxia in the treatment of larynx cancer

Huntington hastalığı tanısı almış hastalarda ve ailelerinde CAG trinükleotid tekrar sayılarının fragman analizi ile tespiti

Purpose: Huntington's Disease (HD) is an autosomal dominant disorder affecting nervous system. CAG trinucleotide repeat (TNR) increase in Huntingtin gene causes the disease. In normal individuals, 10-35 TNRs are found whereas in HD this number exceeds 36-37. This study aimed to investigate TNR numbers in individuals with HD diagnosed family and to provide genetic counselling for individuals with abnormal alleles. Material and Methods: Subjects consist of family members of a male who died at age of 60 due to HD. Randomly selected 57 healthy individuals are also analysed for control. TNR numbers were determined by fragment analysis. Results: TNR numbers of family members were determined as 17, 21, 23, 25, 33, 36 and 39. TNR numbers of randomly selected healthy people were found below 26. Individuals with 33 and 36 TNRs were considered as risk groups. Individuals with 39 TNRs were considered as HD patients. Conclusion: Since some subjects had 39 TNRs, it was emphasized that these people should be under physician control. Prenatal diagnosis is recommended to those who plan to have children. In addition, subjects with 33 and 36 CAG trinucleotide repeats are advised to inform new generations about HD and that they may be affected in future.Cukurova University Research Fund. Project no: TF2013BAP

Detection of CAG trinucleotide repeat numbers with fragment analysis in patients diagnosed with Huntington's disease and in their families

WOS: 000480626400029Purpose: Huntington's Disease (HD) is an autosomal dominant disorder affecting nervous system. CAG trinucleotide repeat (TNR) increase in Huntingtin gene causes the disease. In normal individuals, 10-35 TNRs are found whereas in HD this number exceeds 36-37. This study aimed to investigate TNR numbers in individuals with HD diagnosed family and to provide genetic counselling for individuals with abnormal alleles. Materials and Methods: Subjects consist of family members of a male who died at age of 60 due to HD. Randomly selected 57 healthy individuals are also analysed for control. TNR numbers were determined by fragment analysis. Results: TNR numbers of family members were determined as 17, 21, 23, 25, 33, 36 and 39. TNR numbers of randomly selected healthy people were found below 26. Individuals with 33 and 36 TNRs were considered as risk groups. Individuals with 39 TNRs were considered as HD patients. Conclusion: Since some subjects had 39 TNRs, it was emphasized that these people should be under physician control. Prenatal diagnosis is recommended to those who plan to have children. In addition, subjects with 33 and 36 CAG trinucleotide repeats are advised to inform new generations about HD and that they may be affected in future

Differential regulation of diabetes-induced rat aorta ATP-sensitive potassium channels, Kir 6.1 and Kir 6.2, by pulsed magnetic field therapy

Amaç: Normal ve streptozotosin ile indüklenen diyabetik sıçanlarda serum kolesterol, glikoz, ve trigliserid seviyelerinin normale dönmesini, damarsal hasarların giderilmesini ve özellikle aort halkalarında gevşeme yanıtının oluşmasında olumlu etkileri olan pulslu manyetik alanın (PMA) streptozotosin ile indüklenen diyabetik sıçanlarda ATP’ye duyarlı potasyum kanalları alt ünitelerinden olan Kir 6.1 ve Kir 6.2 üzerine olan etkilerini belirlemek bu çalışmamızın temel amacıdır. Yöntem: Diyabet, sıçanlarda Streptozotosin uygulaması ile indüklendi. Diyabetik sıçanlara 1,5 mT şiddetinde pulslu manyetik alan tedavisi uygulandı. Aortları kesilerek çıkarıldı ve mRNA izole edilerek ardından cDNA haline çevrildi. mRNA ekspresyon düzeylerini belirlemek için Kir 6.1 ve Kir 6.2 mRNA’larına özgü primerler aracılığıyla real time PCR yapıldı. Bulgular: Çalışmalarımızda kullanılan PMA’nın, diyabetik sıçanlarda Kir 6.1 mRNA ekspresyonunu baskılarken ve Kir 6.2 mRNA ekspresyonunu indüklediği gözlenmiştir. Sonuç: PMA tedavisi aortda diyabete bağlı olarak ortaya çıkan endotel hasarlar ile ilişkilendirilmiş kasılma-gevşeme yanıtı ve vasküler tonda oluşan fonksiyon bozukluklarının kısmen iyileştirilmesini sağlar. Bizim buradaki bulgularımız, PMA’nın pozitif tedavi edici etkisini ATP’ye duyarlı potasyum kanallarının üzerinden gerçekleştirdiğini önermektedir.Purpose: Our goal is to determine the effects of pulsed field magnetic field treatment (PMF), which has been reported to lower blood cholesterol, glucose, triglyceride levels and recover vascular defects of diabetic rats, on ATP-sensitive potassium channel subunits, Kir 6.1 and Kir 6.2, of streptozotocin (STZ)-induced diabetic rat aorta. Methods: Diabetes was induced in rats by streptozotocin administration. Pulsed filed magnetic field treatment performed at 1,5 mT intensity on diabetic rats. Aortas were excised out and mRNAs were isolated and reverse transcribed into cDNAs. In order to evaluate mRNA expression levels, real time PCR was employed with primers specific for Kir 6.1 and Kir 6.2 mRNA. Results: In our studies, pulsed filed magnetic field treatment repressed Kir 6.1 but not Kir 6.2 mRNA expression in diabetic rats. Conclusion: In aorta diabetes-induced endothelial dysfunction leads to impairment in contraction-relaxation response and vascular tone, which could be recovered in part by PMF treatment. Our findings here may suggest that the positive therapeutic effect of PMF possibly act through the regulation of ATP-sensitive potassium channels, Kir 6.1 and Kir 6.2