Micro and macroevolution of multidrug resistant Klebsiella pneumoniae plasmids

Tese de mestrado, Biologia Molecular e Genética, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2019Klebsiella pneumoniae é uma bactéria Gram-negativa pertencente à família Enterobacteriaceae. Esta é responsável por um número significativo de infecções hospitalares em todo o mundo, afectando essencialmente grupos que compreendem, entre outros, indivíduos imunocomprometidos ou com certas outras infecções e doenças. Apesar de os antibióticos constituírem uma arma essencial para o combate deste tipo de infecções, a notável plasticidade genética destas bactérias leva à rápida emergência de estirpes resistentes a antibióticos. K. pneumoniae é uma bactéria frequentemente multi-resistente (MDR), isto é, resistente a três ou mais classes de antibióticos. O aumento da incidência de casos com infecções hospitalares envolvendo estirpes MDR produtoras de β-lactamases de espectro alargado (ESBLs) e carpabenemases constitui um motivo de preocupação crescente, já que estas se encontram associadas a elevadas taxas de morbilidade e mortalidade. A resistência a antibióticos pode estar associada a mecanismos intrínsecos, ou pode ser adquirida por mutações em genes no cromossoma associados ao mecanismo de acção de antibióticos ou pela transferência horizontal de genes de resistência. Este último mecanismo é mediado por elementos móveis, dos quais se destacam os plasmídeos. Os plasmídeos podem ser transmitidos entre bactérias por conjugação (transferência de DNA mediada por canais que unem a célula dadora, com o plasmídeo, e a célula receptora, que recebe o plasmídeo) ou transformação (entrada de DNA livre no exterior da bactéria). A replicação dos plasmídeos é regulada pelo seu replicão, uma curta sequência de DNA com a origem de replicação e genes que codificam para proteínas envolvidas no início da replicação. No passado, pensava-se que as bactérias não podiam conter plasmídeos com o mesmo tipo de replicão, um fenómeno designado “incompatibilidade plasmídica” usado para a classificação de plasmídeos em vários grupos Inc; todavia, alguns estudos têm vindo a questionar este conceito. Certos grupos Inc são restritos a espécies ou géneros de bactérias específicos, enquanto que outros apresentam uma maior amplitude quanto ao seu hospedeiro, podendo disseminar-se por várias famílias de bactérias. A sequência e estrutura do replicão, bem como a presença de vários replicões no mesmo plasmídeo (designados plasmídeos multireplicão) são os factores mais importantes na determinação do leque de hospedeiros capazes de albergar um plasmídeo. A diversificação e evolução dos plasmídeos é mediada por outros elementos móveis: transposões (sequências de DNA capazes de saltar de um ponto para outro do cromossoma, do cromossoma para o plasmídeo ou entre plasmídeos), transposões conjugativos (com características estruturais e funcionais mistas dos plasmídeos e dos transposões) e integrões (responsáveis pela captura e integração de cassetes génicas por eventos de recombinação). Por serem elementos importantes na evolução microbiana e na transferência de genes de resistência a antibióticos, o principal objectivo deste trabalho foi a análise e caracterização molecular de plasmídeos. Este estudo consiste no maior projecto de sequenciação de isolados clínicos de K. pneumoniae em Portugal. No total, 183 isolados de K. pneumoniae obtidos em diferentes hospitais de Lisboa ao longo de 36 anos foram sequenciados por uma plataforma de segunda geração (Illumina). Nesta fase inicial, averiguámos quais os replicões mais prevalentes, a sua distribuição temporal e a sua associação com certos STs. Os resultados obtidos mostram que o replicão IncFIB é o mais frequente na maioria dos STs destes isolados portugueses e reportam uma tendência para o aumento da sua prevalência nos últimos anos. Adicionalmente, estes resultados apontam para a forte disseminação temporal deste replicão em Portugal e em diversos STs. Por outro lado, outros replicões como IncR ou IncFII demonstram uma diminuição da sua prevalência ou valores estáveis ao longo do tempo. Posteriormente, sete isolados de STs distintos foram escolhidos para uma análise mais detalhada dos seus plasmídeos e do respectivo conteúdo génico através de sequenciação genómica completa por uma plataforma de terceira geração (PacBio). Cinco destes isolados são MDR e apresentam resistência concomitante à cefotaxima, mas nenhum mostrou ser resistente ao carbapenemo imipenemo. A assemblagem dos contigs foi realizada de duas formas: uma usando somente as reads obtidas por PacBio, e uma abordagem híbrida em que se combinaram as reads obtidas pelas duas plataformas de sequenciação. Foram obtidos um total de 20 plasmídeos, maioritariamente compreendendo replicões do tipo IncFII(K) e IncFIB(K). Dois dos isolados contêm megaplasmídeos do mesmo grupo de incompatibilidade; tratam-se, porém, de plasmídeos que são multireplicão, e em ambos os casos estes replicões encontram-se associados a divergência nucleotídica e terão acumulado polimorfismos potencialmente envolvidos na alteração da especificidade dos mecanismos de incompatibilidade, ou simplesmente à sua inactivação. A maioria dos plasmídeos aqui estudados contém genes que codificam para proteínas membranares, sobretudo transportadores ABC e proteínas envolvidas na mediação da conjugação. Para além destes, outros foram detectados, nomeadamente genes que codificam para proteínas fágicas, mobilização de ferro e resistência ao mercúrio. Quanto aos genes de resistência a antibióticos, as classes mais frequentemente encontradas são β-lactamases e proteinas de resistência aos aminoglicosídeos. Notavelmente, neste estudo foi descrita pela primeira vez a β-lactamase LAP-1 num isolado de K. pneumoniae; esta foi ainda a primeira detecção da enzima LAP em Portugal. O contexto genético deste gene foi descrito neste trabalho, juntamente com o contexto genético dos genes arr-2, conferindo resistência ao antibiótico rifampicina a um dos isolados, e blaCTX-M-15, a única ESBL presente nestes plasmídeos e associada a um transposão Tn3 com uma estrutura semelhante em todos eles. De seguida, a diversificação estrutural dos megaplasmídeos deste estudo foi estudada por comparação com plasmídeos da base de dados pAtlas, obtidos de isolados da família Enterobacteriaceae e de regiões geográficas diversas. Os nossos resultados mostram que os plasmídeos IncFIB são os mais conservados não só em Portugal mas noutras regiões do globo, o que nos diz que a vasta disseminação de resistência a antibióticos se encontrará intimamente ligada a plasmídeos com este replicão. Destaca-se ainda a detecção de plasmídeos estruturalmente idênticos aos descritos neste estudo em diversas regiões geográficas e backgrounds genéticos, atestando assim o seu enorme potencial para a disseminação global de genes de resistência a antibióticos. Por forma a corroborar a capacidade destes megaplasmideos de se disseminarem em múltiplos hospedeiros, foram realizados ensaios de conjugação entre dois dos sete isolados clínicos de K. pneumoniae e as seguintes bactérias de Gram-negativo: Acinetobacter baumannii, Escherichia coli e Pseudomonas aeruginosa. O único receptor que foi possível conjugar foi E. coli. Usando o primeiro dador, obtivemos três conjugantes, os quais ganharam resisência às cefalosporinas de terceira geração cefotaxima, ceftazidima, e ao β-lactâmico amoxicilina na presença no inibidor ácido clavulânico. Usando o segundo dador, obtivemos dois conjugantes, os quais ganharam resistência aos antibioticos cefotaxima, ceftazidima, ciprofloxacina, gentamicina, tetracilina, sulfametoxazol-trimetoprim e ao β-lactâmico amoxicilina na presença do inibidor ácido clavulânico. No entanto, os níveis de resistência a estes antibióticos diferem entre estes últimos dois transconjugantes. Por forma a esclarecer estas diferenças, realizaram-se ensaios usando o inibidor de bombas de efluxo reserpina. Estes ensaios demostraram que as diferenças observadas não se devem exclusivamente a mecanismos de efluxo, uma vez que as reduções observadas ao nível das concentrações mínimas inibitórias de determinados antibióticos não foram significativas. Na fase final, procurámos estudar a estabilidade de alguns dos megaplasmídeos aqui caracterizados na ausência da pressão selectiva de um antibiótico. Os resultados obtidos demonstram que, apesar do seu tamanho e da ausência desta pressão, todos os isolados à excepção de um apresentam uma elevada estabilidade plasmídica. Estes resultados sugerem que o extenso conteúdo génico presente nestes megaplasmídeos poderá acarretar outras vantagens selectivas para o hospedeiro, contribuindo desta forma para a presença e persistência de genes de resistência a antibióticos na ausência de uma pressão selectiva e no meio ambiente.Klebsiella pneumoniae is a Gram-negative bacillus from the Enterobacteriaceae family responsible for a significant number of community-acquired infections worldwide. K. pneumoniae strains are frequently multidrug resistant (MDR), that is, resistant to three or more classes of antibiotics. The increasing emergence of K. pneumoniae strains producing extended-spectrum β-lactamases (ESBLs) and plasmid-encoded carbapenemases has become a major cause of concern worldwide due to the lack of alternative therapeutic options and the high morbidity and mortality rates associated with infections by these strains in hospital settings. Antibiotic resistance is often acquired by the horizontal transfer of resistance genes on mobile elements like plasmids. Plasmids are a key vehicle for bacterial evolution and they promote the lateral gene transfer between different genera of bacteria via conjugation and transformation. Their replication is regulated by the basic replicon. In the past it was believed that it was not possible for plasmids with the same replicon type to coexist in the same cell. Based on this concept of incompatibility, plasmids were sorted into different Inc groups. Additionally, antimicrobial resistance genes can be mobilized through the acquisition of mobile elements in plasmids, such as transposable elements, conjugative plasmids and integrons. To characterize plasmid diversity among K. pneumoniae, 183 K. pneumoniae clinical isolates from Portugal were subjected to whole genome sequencing by a second generation platform (Illumina), and their plasmidome was characterized. Herein, IncFIB is the most prevalent replicon from the Inc family, with its prevalence showing a slight increasing trend over the last 20 years. Seven of these isolates, five of which classified as MDR, were further subjected to whole genome sequencing by a third generation platform (PacBio), producing long-read sequence data. In total, the complete sequence of 20 plasmids was obtained. The majority of these plasmids carry genes coding for β-lactamases and aminoglycoside resistance. CTX-M-15 was the only ESBL enconded on a plasmid and it always found on a similar Tn3 transposon. Moreover, this study allowed the identification of blaLAP-1 on a K. pneumoniae isolate for the first time. To investigate the structural diversification of the plasmids herein characterized, we then compared their scaffold with the scaffold of a global datset of plasmids available at the pAtlas database. Our results show that IncFIB(K) plasmids are the most conserved Inc-type plasmids while simultaneously identifying the same plasmidic scaffolds across distinct genetic backgrounds and geographically distributed isolates. The mobilization of these drug resistance plasmids to other Gram-negative bacteria responsible for hospital-associated infections through conjugation and transformation was also assessed. IncF plasmids were successfully transferred by conjugation to Escherichia coli but not to Acinetobacter baumannii or Pseudomonas aeruginosa.. Additionally, the transfer of a ColRNAI plasmid to E. coli was possible by transformation. This study comprises the largest ongoing sequencing effort of K. pneumoniae clinical isolates from Portugal. We also demonstrate the horizontal transfer of ESBLs to other Enterobacteriaceae via efficient conjugation by megaplasmids harbouring a diverse genetic content. Moreover, we showed that the gene content of these plasmids, which is not limited to antibiotic resistance, can potentially contribute to high rates of persistence in its host strain even in the absence of the selective pressure of an antibiotic

A Banalização da Vida em Dr. Fausto ou O Mal segundo Thomas Mann

O texto analisa o significado do mal no romance Doutor Fausto, de Thomas Mann

Rarity patterns and conservation priorities in Cactaceae species from the Southern Central Andes: a case study from the Calchaquíes Valleys, Salta, Argentina

En este trabajo se estudiaron 34 especies de Cactaceae de los Valles Calchaquíes, Argentina, para determinar 1) el nivel de rareza de las especies, 2) la proporción de especies raras entre grupos taxonómicos y ecológicos, y 3) la consistencia espacial de la rareza a lo largo del rango de distribución. Se definió a la rareza a través de un modelo que combina medidas del rango geográfico de distribución y el tamaño poblacional local de cada especie. La rareza no se concentró en ningún grupo taxonómico o ecológico particular de Cactaceae; sin embargo, 28 especies presentaron algún nivel de rareza. En la mayoría de las especies, la rareza varió a lo largo del área de distribución geográfica; sólo cinco especies fueron consistentemente raras en todas las poblaciones evaluadas. Seis especies fueron calificadas como extremadamente raras; todas de la subfamilia Cactoideae, cuatro endémicas del sur de los Andes Centrales y difiriendo en su forma de crecimiento. Sólo dos de las 34 especies estudiadas presentaron una rareza extrema y constante a lo largo de toda su distribución. La determinación del nivel de rareza fue útil para identificar especies que pueden estar en peligro o que pueden necesitar más estudios. Este trabajo permitió indicar qué especies de Cactaceae son más vulnerables a las perturbaciones antropogénicas o naturales, en comparación con las especies comunes. Muchas de las especies Cactaceae identificadas aquí como raras fueron mencionados por la IUCN en las categorías intermedias de extinción, por lo que la rareza parece estar relacionada con la vulnerabilidad a la extinción en la parte más sur de los Andes Centrales.In this study, 34 Cactaceae species from the Calchaquíes Valleys, Argentina, were studied to determine 1) species rarity level, 2) proportion of rare species among taxonomic and ecological groups and, 3) whether rareness is consistently distributed throughout the species geographical ranges. We used a model where rarity is defined by the geographic range and the local population size to define species rarity. Rareness was not concentrated in any particular taxonomic or ecological group of Cactaceae; however 28 species were rare at some level. In most species, rarity varied across the geographical range, only five species remained consistently rare in all the surveyed populations. Six species qualified as extremely rare, all from the Cactoideae subfamily, four endemic to the southernmost Central Andes and differing in their growth forms. Only two of the 34 studied species, appeared as both extremely and consistently rare across its distribution. Determining rarity levels is useful for identifying species that may be in danger and/or in need for further studies. Rarity, used as an indicator of species vulnerability, allowed us, to identify Cactaceae species that are more vulnerable to anthropogenic or natural disturbance, compared with common species. Many of the Cactaceae species identified here as rare were mentioned by IUCN at intermediate categories of extinction. Our approach seems then to yield useful results and rareness in the present context appears to be related with vulnerability to extinction within the southernmost Central Andes.Fil: Godoy Bürki, Ana Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Botánica Darwinion. Academia Nacional de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Botánica Darwinion; ArgentinaFil: Aagesen, Lone. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Botánica Darwinion. Academia Nacional de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Botánica Darwinion; ArgentinaFil: Sajama, Modesto Jesus. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Escuela de Agronomía. Laboratorio de Investigaciones Botánicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Bravo, Silvia Alejandra. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Escuela de Agronomía. Laboratorio de Investigaciones Botánicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Alonso Pedano, Mariana Inés. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Escuela de Agronomía. Laboratorio de Investigaciones Botánicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Ortega Baes, Francisco Pablo. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Escuela de Agronomía. Laboratorio de Investigaciones Botánicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

A tranferência do risco no contrato de venda internacional de mercadorias em trânsito no âmbito da Convenção de Viena de 1980

International trade has had an increasing impact on the national economies of states. For this reason, some international institutions have sought to standardise rules on the international sale of goods. The Convention, which stands out from these rules, is the United Nations Convention on Contracts for the International Sale of Goods, opened for signature in Vienna on 11th April, 1980, known as the Vienna Convention (CISG). The transfer of risk is one of the most sensitive issues in international trade. Therefore, it would seem apt to observe the legal regime of the transfer of risk contained in the various provisions of this international instrument. To understand the rules of the transfer of risk, it is necessary to observe the notion of contract for the international sale and the obligations of the parties involved in the international contract. In addition, it should be noted that, in most situations, the contract for the international sale is related to the transport of goods. With this framework, the study of this essay focuses on the analysis of article 68 of the Vienna Convention. So, this dissertation deals with the question of determining the exact moment of the transfer of risk in the contract of international sale of goods in transit under the Vienna Convention.O comércio internacional tem tido cada vez mais impacto nas economias nacionais dos Estados. Por esse motivo, algumas organizações internacionais têm procurado uniformizar as regras relativas à compra e venda internacional de mercadorias. A Convenção, que se destaca dessas regras, é a Convenção das Nações Unidas sobre os Contratos de Compra e Venda Internacional de Mercadorias, aberta à assinatura em Viena a 11 de abril de 1980, conhecida como Convenção de Viena. A transferência do risco apresenta-se como uma das temáticas mais delicadas do comércio internacional. Portanto, afigura-se como útil a observação do regime jurídico da transferência do risco contido nas diversas disposições deste instrumento internacional. Para compreender as regras da transferência do risco, é necessário observar a noção de contrato de compra e venda internacional e as obrigações das partes do contrato internacional. Além disso, há que perceber que, na generalidade das situações, o contrato de compra e venda internacional está relacionado com o transporte de mercadorias. Com este enquadramento, o estudo deste trabalho centra-se na análise do artigo 68.º da Convenção de Viena. Assim, a presente dissertação debruça-se sobre a questão de determinar qual é o momento exato da transferência do risco no contrato de compra e venda internacional de mercadorias em trânsito no âmbito da Convenção de Viena

Relações que resultam: a aliança terapeuta-cliente como base para a intervenção psicodinâmica

A Terapia para as Fobias de Afetos (TFA) é um modelo de Psicoterapia Psicodinâmica Breve (PPB), segundo o qual os sintomas psicopatológicos do cliente são entendidos como resultado de defesas desadaptativas que os indivíduos utilizam para lidar com as emoções que são temidas. Posto isto, a TFA tem como objetivo expôr gradualmente o cliente a uma ativação afetiva segura e à experiência autêntica das suas emoções, de modo a reestruturar as fobias afetivas e melhorar a sintomatologia do sujeito. Para que tal seja possível, o modelo terapêutico atribui particular relevo à importância da aliança terapêutica entre a díade, descrevendo-a como um “pré-requisito” para a intervenção aplicada pelo terapeuta. Contudo, a literatura é relativamente recente no que diz respeito à relevância da aliança terapêutica para o efeito das intervenções psicoterapêuticas, especificamente no modelo da TFA. O presente estudo visou analisar se os resultados da intervenção terapêutica psicodinâmica, específica ao tratamento da TFA, dependem dos níveis de aliança terapêutica. Para a concretização do mesmo, foi recolhida uma amostra constituída por 31 clientes acompanhados num Serviço de Psicologia universitário e 3 terapeutas responsáveis pelo atendimento psicoterapêutico. Os clientes responderam ao Inventário de Aliança Terapêutica – Revisto e Reduzido (IAT-RR) e ao Outcome Questionnaire-10 (OQ-10), e os terapeutas responderam à Escala de Aquisição dos Objetivos Terapêuticos (ATOS) - Versão do Terapeuta. Os dados recolhidos foram organizados através de uma estrutura hierárquica e analisados com recurso ao método dos Modelos Lineares Hierárquicos (MLH). Os resultados obtidos sugerem que a melhoria sintomatológica do cliente ocorre quando níveis elevados de aliança terapêutica e, em particular, do vínculo interagem com as intervenções terapêuticas de promoção do reconhecimento de padrões de defesa desadaptativos, desenvolvimento de sentimentos positivos face ao self e reestruturação da perceção dos outros. Ao contrário do esperado, foi observado que níveis elevados de acordo nas tarefas podem potenciar a sintomatologia, aquando da intervenção para a experiência emocional. Os resultados deste estudo enfatizam a importância de os terapeutas promoverem a aliança, antes de colocarem em prática intervenções terapêuticas psicodinâmicas.The Therapy for Affect Phobias (TFA) is a model of Brief Psychodynamic Therapy (BPT), according to which the client's psychopathological symptoms are understood as a result of maladaptive defenses that individuals use to deal with feared emotions. That said, TFA aims to gradually expose the client to safe affective activation and the authentic experience of their emotions, to restructure affective phobias and improve the subject's symptomatology. For this to be possible, the therapeutic model attaches particular importance to the importance of the therapeutic alliance between the dyad, describing it as a “prerequisite” for the intervention applied by the therapist. However, the literature is relatively recent regarding the relevance of the therapeutic alliance for the effect of psychotherapeutic interventions, specifically in the AFT model. The present study aimed to analyze whether the results of psychodynamic therapeutic intervention, specific to the treatment of AFT, depend on the levels of therapeutic alliance. For the realization of the same, a sample was collected consisting of 31 clients monitored in a University Psychology Service and 3 therapists responsible for psychotherapeutic care. Clients answered the Working Alliance Inventory - Short Revised (WAI -SR) and the Outcome Questionnaire-10 (OQ-10), and the therapists answered the Achievement of Treatment Objectives Scales (ATOS) - Therapist Version. The collected data was organized using a hierarchical structure and analyzed using the method set by the Hierarchical Linear Modeling (HLM). The obtained results suggest that the client's symptomatic improvement occurs when high levels of therapeutic alliance and, in particular, bonding interact with therapeutic interventions to promote insight or awareness into maladaptive patterns of thoughts/feelings/behaviors, assisting the client in improving self-image, and helping the client improving the image they have of others. Contrary to expectations, it was observed that high levels of agreement in the tasks can potentiate the symptomatology, when intervening for the emotional experience. The results of this study emphasize the importance of therapists promoting alliance before putting psychodynamic therapeutic interventions into practice

Silicose e síndrome de Sjögren

Introdução: A pneumoconiose representa uma doença profissional resultante da inalação e da deposição de pó de minerais e de outras substâncias inorgânicas no pulmão. Pode ser dividida em diferentes categorias pelo tipo de partículas envolvidas ou pelo tipo de reação desencadeada. O carvão, a sílica, o asbesto e o talco provocam uma resposta inflamatória e fibrogénica enquanto o berílio e o cobalto promovem respetivamente uma resposta granulomatosa e associada a pneumonia de células gigantes. Já o ferro, o estanho e o bário são consideradas partículas benignas ou inertes. A silicose resulta da inalação de pequenas partículas de silício na forma de sílica “livre” cristalina (geralmente quartzo) ou eventualmente de silicatos, minerais que contêm dióxido de silício ligado a outros minerais como o talco. Tipicamente manifesta-se após exposição prolongada e caracteriza-se pelo desenvolvimento de nódulos pulmonares fibróticos, que na forma complicada de doença coalescem formando maciços fibróticos, com progressão para dispneia, hipoxemia, hipertensão pulmonar e insuficiência respiratória. A ocorrência de doenças autoimunes como a esclerose sistémica, a artrite reumatoide, o lúpus eritematoso sistémico, a vasculite sistémica e renal e a síndrome de Sjögren é maior em indivíduos expostos à sílica (com ou sem silicose), com um risco médio cinco vezes superior ao risco da população de indivíduos não expostos. Especificamente, a síndrome de Sjögren distingue-se pela infiltração linfocítica de glândulas exócrinas e de outros órgãos, cursando com manifestações glandulares, frequentemente xeroftalmia e xerostomia, e manifestações extraglandulares como artralgia, artrite, linfadenopatia generalizada, fenómeno de Raynaud, envolvimento pulmonar intersticial e vasculite. Objetivos: Atendendo ao facto de a silicose ser reconhecida como a principal causa de invalidez entre as doenças respiratórias ocupacionais, o presente trabalho tem como primeiro objetivo a integração dos conhecimentos mais recentes e relevantes acerca dos mecanismos etiológicos e patofisiológicos envolvidos e ainda da heterogeneidade clínico-patológica e das hipóteses terapêuticas de que se dispõe atualmente, de modo a desenvolver melhores meios de prevenção e diagnóstico, bem como terapêuticas mais eficazes. O segundo propósito do trabalho diz respeito à identificação e ao estudo de casos referentes à coexistência de silicose e de doenças autoimunes, especificamente a síndrome de Sjögren, num mesmo doente. O terceiro e último objetivo prende-se com a compreensão da correlação entre os fatores ambientais e a desregulação autoimune, neste caso em particular da ativação crónica das células T pela exposição à sílica. Materiais e métodos: A revisão sistemática baseou-se na leitura integral de artigos presentes em várias bases de dados: PubMed, Academic Search Complete, MEDLINE Complete, Cochrane Central Register of Controlled Trials, Cochrane Database of Systematic Reviews e Cochrane Methodology Register, Cochrane Clinical Answers. Das publicações obtidas, tendo presente os objetivos do trabalho, foram selecionados 13 artigos. Para além da análise dos artigos, foi investigada a possibilidade de um caso de silicose associado a uma doença autoimune no Centro Hospitalar Universitário Cova da Beira (CHCUB), na Covilhã. Foi apurado apenas um caso de um indivíduo do sexo masculino, com início no ano de 2022, tendo sido recolhida toda a informação clínica relevante para o trabalho. Conclusão: Conclui-se assim que a forma crónica da silicose pode influenciar negativamente a regulação do sistema imunitário, associando-se a doenças autoimunes – esclerose sistémica, lúpus eritematoso sistémico e, menos frequentemente, síndrome de Sjögren. Tendo em conta os estudos realizados até ao momento, o rastreio de sinais e de sintomas característicos das doenças autoimunes supracitadas, neste caso em particular da síndrome Sjögren, deveria ser considerado nos indivíduos expostos a partículas de minerais. Numa mesma linha de pensamento, a exposição individual e a ocupação profissional deveriam ser ponderadas nos indivíduos com diagnóstico prévio de uma ou mais doenças autoimunes. Sendo a silicose uma doença profissional, seria igualmente importante apostar na divulgação e implementação de medidas preventivas.Introduction: Pneumoconiosis represents an occupational disease resulting from inhalation and deposition of mineral dust and other inorganic substances in the lung. It can be divided into different categories by the type of particles involved or the type of reaction triggered. Coal, silica, asbestos and talc provoke an inflammatory and fibrogenic response while beryllium and cobalt respectively promote a granulomatous and giant cell pneumonia-associated response. Iron, tin and barium are considered benign or inert particles. Silicosis results from the inhalation of small particles of silicon in the form of "free" crystalline silica (usually quartz) or possibly silicates, minerals that contain silicon dioxide bound to other minerals such as talc. It typically manifests after prolonged exposure and is characterised by the development of fibrotic pulmonary nodules, which in the complicated form of the disease coalesce to form fibrotic masses, with progression to dyspnoea, hypoxaemia, pulmonary hypertension and respiratory failure. The occurrence of autoimmune diseases such as systemic sclerosis, rheumatoid arthritis, systemic lupus erythematosus, systemic and renal vasculitis, and Sjögren's syndrome is higher in individuals exposed to silica (with or without silicosis), with an average risk five times higher than in the population of unexposed individuals. Specifically, Sjögren's syndrome is distinguished by lymphocytic infiltration of exocrine glands and other organs, with glandular manifestations, often xerophthalmia and xerostomia, and extraglandular manifestations such as arthralgia, arthritis, generalised lymphadenopathy, Raynaud's phenomenon, interstitial pulmonary involvement, and vasculitis. Objectives: Since silicosis is recognised as the leading cause of disability among occupational respiratory diseases, this project's first aim is the integration of the most recent and relevant knowledge about the etiological and pathophysiological mechanisms involved as well as the clinical and pathological heterogeneity and the therapeutic options currently available to develop better means of prevention and diagnosis as well as more effective therapies. The second objective of the work is related to the identification and study of cases of coexistence of silicosis and autoimmune diseases, specifically Sjögren's syndrome, in the same patient. The third and last objective is related to the understanding of the correlation between environmental factors and autoimmune dysregulation, in this case in particular the chronic activation of T cells by exposure to silica. Materials and methods: The systematic review was based on the full-text reading of articles from several databases: PubMed, Academic Search Complete, MEDLINE Complete, Cochrane Central Register of Controlled Trials, Cochrane Database of Systematic Reviews and Cochrane Methodology Register, Cochrane Clinical Answers. From the publications obtained, bearing in mind the objectives of the study, 13 articles were selected. In addition to the analysis of the articles, the possibility of a case of silicosis associated with an autoimmune disease at the Centro Hospitalar Universitário Cova da Beira in Covilhã, was investigated. Only one case of a male individual was found, beginning in 2022, and all clinical information relevant to the work was collected. Conclusion: We conclude that the chronic form of silicosis may negatively influence the regulation of the immune system, being associated with autoimmune diseases - systemic sclerosis, systemic lupus erythematosus and, less frequently, Sjögren's syndrome. In view of the studies carried out to date, screening for signs and symptoms characteristic of the above-mentioned autoimmune diseases, in this particular case Sjögren's syndrome, should be considered in individuals exposed to mineral particles. Along the same line of thought, individual exposure and occupation should be considered in individuals previously diagnosed with one or more autoimmune diseases. As silicosis is an occupational disease, it would be equally important to focus on the dissemination and implementation of preventive measures

Spatial and temporal variation of Corbicula fluminea (Müller, 1774) in the Mondego Estuary

Dissertação de Mestrado em Ecologia, apresentada ao Departamento de Ciências da Vida da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de CoimbraOs movimentos geográficos intencionais ou acidentais das espécies promoveram o aumento da sua capacidade de dispersão natural da sua área natural para áreas onde não existiam anteriormente. Estas espécies causam impactos ecológicos e econômicos e são classificadas como espécies invasoras não indígenas (NIS). A Corbicula fluminea é conhecida como uma das espécies invasoras mais bem-sucedidas em ecossistemas aquáticos. Nas áreas a montante do estuário do Mondego (áreas oligohalinas e mesohalinas), a C. Fluminea (malha de 1 mm) foi estudada durante seis anos, desde o inverno de 2003 ao inverno de 2008. A densidade e a biomassa sazonais variaram entre 11179 ind m-2 e 8.547 ind. m-2, e entre 322.9 g PSLC m-2 e 0.012 g PSLC m-2, respectivamente. Portanto, as populações de C. fluminea apresentaram altas densidades e baixas biomassas que mostraram variabilidade espacial e temporal relacionadas com mudanças sazonais e inter anuais. Os padrões de variação espacial e temporal de C. fluminea pareceram ser determinados pelas variáveis ambientais naturais. A alta temperatura, areia muito grossa, areia grossa e a baixa salinidade foram as principais variáveis ambientais naturais que afetaram a densidade de C. fluminea. Relativamente à biomassa, as variáveis ambientais que influenciaram a C. fluminea foram alta temperatura e fósforo. Outras variáveis, como as características morfológicas, disponibilidade de recursos alimentares e predação, que não foram estudadas, também podem ter uma contribuição para a estrutura das populações observadas no estuário do Mondego. Relativamente às malhas, a malha 0.5 mm é normalmente utilizada em estudos de comunidades estuarinas bentónicas. A importância do uso da malha de 0.5 mm (estudo desde o inverno RESUMO iv de 2006 a outono de 2008) no que respeita aos dados de densidade foi evdenciada, tendo sido observadas diferenças significativas em relação à malha de 1 mm. No entanto, o mesmo não aconteceu com a biomassa, uma vez que não houve diferenças significativas entre as malhas.The geographical intentional or accidental movements of species promoted the increase of the natural dispersion capacity from its natural range to areas where not existed previously. These species cause ecological and economic impacts and are classified as non-indigenous invasive species (NIS). Corbicula fluminea is known as one of the most successful invasive species in aquatic ecosystems. In the upstream areas of Mondego estuary (oligohaline and mesohaline sectors), C. fluminea (1 mm mesh) was studied during six years from winter 2003 to winter 2008. Seasonally density and biomass ranged from was 11179 ind. m-2 to 8.547 ind. m-2 and 322.9 g AFDW m-2 to 0.012 g AFDW m-2, respectively. Therefore, populations of C. fluminea presented high densities and low biomasses that showed spatial and temporal variability related regarding seasonal and interannual changes. The spatial and temporal variation patterns of C. fluminea seem to be determined by natural environmental variables. High temperature, very coarse sand, coarse sand and low salinity were the main natural environmental variables that affected the density of C. fluminea. Concerning biomass, the environmental variables that influenced C. fluminea were high temperature and phosphorus. Other parameters like morphological characteristics, availability of food resources and predation, which were not studied, can also have a contribution to the populations structure observed in Mondego estuary. Concerning meshes, the 0.5 mm mesh sieve is commonly used in studies of estuarine benthic communities. The importance of using the 0.5 mm mesh (study since winter 2006 to autumn 2008) was illustrated with regard to density data, which presented significantly different values as compared to the 1 mm mesh. Nevertheless, the same was not observed regarding biomass, which did not present significant differences between the two mesh size sieves

Impacto da aplicação do regulamento nº 1606/2002 do Parlamento Europeu e do Conselho, de 19 de Julho: razões da mudança, as alternativas à mudança

Mestrado em Contabilidade - AuditoriaActualmente os utilizadores da informação financeira, a nível global, têm mostrado a intenção de uma harmonização contabilística, no sentido de minimizar as inconsistências nos processos contabilísticos, reflexo aliás do crescimento dos mercados económicos e financeiros. O presente trabalho pretende dedicar a nossa atenção à problemática do impacto do Regulamento 1606/2002 do Parlamento Europeu e do Conselho, de 19 de Julho. Apresentamos as razões desta mudança, na prossecução da harmonização contabilística e mencionamos as alternativas que as empresas portuguesas têm, na elaboração das respectivas demonstrações financeiras. ABSTRACT: Currently users of financial information, at the global level, have shown an intention of harmonizing accounting in order to minimize the inconsistencies in accounting, also reflects the growth of economic and financial markets. This work intends to devote our attention to the issue of impact of Regulation 1606/2002 of the European Parlaiment of the Council of 19 July. We present the reasons for this change, in pursuit of accounting harmonization and the alternatives mentioned that Portuguese firms have, in preparing their financial statements

Engineered viral DNA polymerase with enhanced DNA amplification capacity: a proof-of-concept of isothermal amplification of damaged DNA

© The Author(s) 2020.The development of whole genome amplification (WGA) and related methods, coupled with the dramatic growth of sequencing capacities, has changed the paradigm of genomic and genetic analyses. This has led to a continual requirement of improved DNA amplification protocols and the elaboration of new tailored methods. As key elements in WGA, identification and engineering of novel, faithful and processive DNA polymerases is a driving force in the field. We have engineered the B-family DNA polymerase of virus Bam35 with a C-terminal fusion of DNA-binding motifs. The new protein, named B35-HhH, shows faithful DNA replication in the presence of magnesium or an optimised combination of magnesium and manganese divalent cofactors, which enhances the replication of damaged DNA substrates. Overall, the newly generated variant displays improved amplification performance, sensitivity, translesion synthesis and resistance to salt, which are of great interest for several applications of isothermal DNA amplification. Further, rolling-circle amplification of abasic site-containing minicircles provides a proof-of-concept for using B35-HhH for processive amplification of damaged DNA samples.This work was funded by grants from Spanish Ministry of Science, Innovation and Universities [PGC2018-093726-B-100 AEI/FEDER UE to M.S. and PGC2018-093723-A-100 to M.R.R.] and a ComFuturo Grant from Fundación General CSIC [NewPols4Biotech to M.R-R.]. C.D. O. and A. L. were holders of a PhD fellowship [FPU16/02665 and FPU15/05797, respectively] from the Spanish Ministry of Science, Innovation and Universities. An institutional grant from Fundación Ramón Areces and Banco Santander to the Centro de Biología Molecular Severo Ochoa is also acknowledged. Tis paper is dedicated to the memory of Prof. Margarita Salas, an irreplaceable researcher and mentor