Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping

Long noncoding RNAs (lncRNAs) constitute the majority of transcripts in the mammalian genomes, and yet, their functions remain largely unknown. As part of the FANTOM6 project, we systematically knocked down the expression of 285 lncRNAs in human dermal fibroblasts and quantified cellular growth, morphological changes, and transcriptomic responses using Capped Analysis of Gene Expression (CAGE). Antisense oligonucleotides targeting the same lncRNAs exhibited global concordance, and the molecular phenotype, measured by CAGE, recapitulated the observed cellular phenotypes while providing additional insights on the affected genes and pathways. Here, we disseminate the largest-to-date lncRNA knockdown data set with molecular phenotyping (over 1000 CAGE deep-sequencing libraries) for further exploration and highlight functional roles for ZNF213-AS1 and lnc-KHDC3L-2

C1 CAGE detects transcription start sites and enhancer activity at single-cell resolution

Single-cell transcriptomic profiling allows the exploration of cellular heterogeneity but commonly focuses on the 3′-end of the transcript. Here the authors introduce C1 CAGE, which detects the 5′ transcript end in a multiplexed microfluidic system

Retour sur vingt ans de recherches partenariales DGPR-INRAE sur la prévision des crues et des inondations. Avancées, valorisation et perspectives

International audienceDepuis 2003, INRAE développe, en partenariat avec le SCHAPI, un programme de recherche de long terme sur : • la connaissance des débits en rivière par l'amélioration des techniques d'hydrométrie • les chaînes de prévision pour la vigilance crues sur le réseau des cours d'eau surveillés par l'État • les chaînes d'avertissement aux crues soudaines en dehors du réseau réglementaire Outils et méthodes transférés pour des applications opérationnelles dans les services d'hydrométrie et de prévision des crues Echanges réguliers avec les acteurs opérationnels dans le cadre de groupes dédiés et de formations, pour partager les retours d'expérience et cerner les forces et limites des outils Amélioration continue par des actions de recherche pour mieux répondre aux besoins opérationnels Pour en savoir plus : Hydrométrie

Retour sur vingt ans de recherches partenariales DGPR-INRAE sur la prévision des crues et des inondations. Avancées, valorisation et perspectives

International audienceDepuis 2003, INRAE développe, en partenariat avec le SCHAPI, un programme de recherche de long terme sur : • la connaissance des débits en rivière par l'amélioration des techniques d'hydrométrie • les chaînes de prévision pour la vigilance crues sur le réseau des cours d'eau surveillés par l'État • les chaînes d'avertissement aux crues soudaines en dehors du réseau réglementaire Outils et méthodes transférés pour des applications opérationnelles dans les services d'hydrométrie et de prévision des crues Echanges réguliers avec les acteurs opérationnels dans le cadre de groupes dédiés et de formations, pour partager les retours d'expérience et cerner les forces et limites des outils Amélioration continue par des actions de recherche pour mieux répondre aux besoins opérationnels Pour en savoir plus : Hydrométrie

Retour sur vingt ans de recherches partenariales DGPR-INRAE sur la prévision des crues et des inondations. Avancées, valorisation et perspectives

International audienceDepuis 2003, INRAE développe, en partenariat avec le SCHAPI, un programme de recherche de long terme sur : • la connaissance des débits en rivière par l'amélioration des techniques d'hydrométrie • les chaînes de prévision pour la vigilance crues sur le réseau des cours d'eau surveillés par l'État • les chaînes d'avertissement aux crues soudaines en dehors du réseau réglementaire Outils et méthodes transférés pour des applications opérationnelles dans les services d'hydrométrie et de prévision des crues Echanges réguliers avec les acteurs opérationnels dans le cadre de groupes dédiés et de formations, pour partager les retours d'expérience et cerner les forces et limites des outils Amélioration continue par des actions de recherche pour mieux répondre aux besoins opérationnels Pour en savoir plus : Hydrométrie

ANISEED 2015: a digital framework for the comparative developmental biology of ascidians

Ascidians belong to the tunicates, the sister group of vertebrates and are recognized model organisms in the field of embryonic development, regeneration and stem cells. ANISEED is the main information system in the field of ascidian developmental biology. This article reports the development of the system since its initial publication in 2010. Over the past five years, we refactored the system from an initial custom schema to an extended version of the Chado schema and redesigned all user and back end interfaces. This new architecture was used to improve and enrich the description of Ciona intestinalis embryonic development, based on an improved genome assembly and gene model set, refined functional gene annotation, and anatomical ontologies, and a new collection of full ORF cDNAs. The genomes of nine ascidian species have been sequenced since the release of the C. intestinalis genome. In ANISEED 2015, all nine new ascidian species can be explored via dedicated genome browsers, and searched by Blast. In addition, ANISEED provides full functional gene annotation, anatomical ontologies and some gene expression data for the six species with highest quality genomes. ANISEED is publicly available at: http://www.aniseed.cnrs.fr

Annotation of nuclear lncRNAs based on chromatin interactions

The human genome is pervasively transcribed and produces a wide variety of long non-coding RNAs (lncRNAs), constituting the majority of transcripts across human cell types. Some specific nuclear lncRNAs have been shown to be important regulatory components acting locally. As RNA-chromatin interaction and Hi-C chromatin conformation data showed that chromatin interactions of nuclear lncRNAs are determined by the local chromatin 3D conformation, we used Hi-C data to identify potential target genes of lncRNAs. RNA-protein interaction data suggested that nuclear lncRNAs act as scaffolds to recruit regulatory proteins to target promoters and enhancers. Nuclear lncRNAs may therefore play a role in directing regulatory factors to locations spatially close to the lncRNA gene.Peer reviewe