DIPN: a dictionary of the internal proteins nanoenvironments and their potential for transformation into agricultural assets.

Introduction. Protein nanoenvironments and their characteristics: List of physicochemical and structural descriptors that characterize specific nanoenvironments. Contributions: what does knowledge about protein nanoenvironments entail? A dictionary of nanoenvironment descriptors will impact the variety of research aimed at innovation in areas such as agriculture, medicine, and biology in general. Final considerations

Electrostatic potential at the alpha carbon atoms along the alpha helices and beta strands.

We present here analysis of pre-calculated values for the electrostatic potential at the alpha carbons, previously stored in the STING_RDB.PABMB

Studying structure function relationship of proteins using "remediated" PDB files.

We have invested a significant amount of time and CPU resources in order to curate and analyze what ate the consequences for in-silico analysis of the active site 3D environment after implementing remediated PDB files to STING_DB and STING interface.PABMB

Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions.

In order to improve binding affinity prediction, we developed a new scoring function, named STINGSF, derived from physical-chemical and structural features that describe the protein-ligand interaction nano-environment of experimentally determined structures.C.047

Signature contact coordination patterns for secondary structure elements in protein structures.

We present here analysis of pre-calculated values for the cross-links, previously stored in the STING_RDB.PABMB

"Cloud computation" na forma de serviços WEB para um banco de dados federativo STING_RDB.

O STING é um produto - plataforma com interface para fácil análise de estruturas macromoleculares (proteicas e de DNA) baseado em um conjunto de pre-calculados descritores de estrutura 3-dimensional destas moléculas. Os descritores encontram se em um banco relacional de dados, mantido automaticamente, atualizado em periodos regulares, acompanhando o crescimento de informações disponibilizadas publicamente pelos principais provedores e repositores mundiais, tais como: PDB, UNIPROT, HSSP, PROSITE, PROTHERM etc. Nossa proposta visa reformulação da maneira do trabalho e da desenvolvimento das principais ferramentas oferrecidas para a comunidade cientifica: queremos fazer o STING um "(bio)logic programable layer" em cima da "processing network layer" (composta por CENABIDs, e outros cluster e núcleos de alto processamento). A maior demanda no campo da Bioinformática é por SOFTWARE de qualidade e não como muitos acreditam, por numero elevado de CPUs. As condições de nosso trabalho permitem montar um sistema genuinamente distribuído, fazendo uso mais racional dos hardwares já adquiridos. Isso possibilitara também que outros interessantes pacotes (a maioria ainda protótipos de uma ideia promissora) de bioinformática, desenvolvidos nos mais diversos rincões de pesquisas possam ser tirados do seu ostracismo e trazidos para a integração. Logo, a racionalização acabara abrangendo também os aplicativos. O STING pode ser esse componente aglutinador, possivelmente tornando-se um padrão de componentização: uma verdadeira plataforma para desenvolvimento de aplicações distribuída em bioinformática. O STING se tornara uma API (Application Programming Interface) capaz de manipular todos os parâmetros presentes no seu RDB. As WEB-APIs dos diversos centros brasileiros e dos outros paises, estarão "virtualmente" integradas nos middlewares, e diferentes aplicações poderão ser montadas por diferentes usuários conforme os diferentes interesses

Molecular modeling and structural analysis of the Myelin basic protein-Q65ZS4.

Schizophrenia (SCZ) is a chronic, debilitating psychotic mental disorder that affects about 1 percent of the population in different countries. Scz is characterized by a series of negative and positive symptoms including psychomotor retardation, attentional impairment, decreased emotional expression, psychomotor agitation, and auditory hallucinations.X-meeting 2007

Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer.

O software Sting é um software voltado para a Bioinformática e, d eforma geral, faz análise de estrutura de proteínas e mostra de forma especializada qualquer proteína cuja estrutura está em arquivos .pdf, que contém dados sobre proteínas, podendo ser acessados em Research Collaboratory for Structural Bionformatics.bitstream/CNPTIA/11392/1/ct77.pdfAcesso em: 28 maio 2008

Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting.

Análise, de forma visual, de como algumas grandezas físico-químico estão presentes na interface proteica. A proteína é mostrada em 3 dimensões(3D). Cada região da cadeia proteic é colorida com uma cor diferente, representando a variaçao de características físico-químicas na cadeiaAcesso em 28 maio 2008

Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas.

Os principais desafios relacionados ao problema de classificação de enzimas em banco de dados de estruturas de proteínas são: 1) o ruído presente nos dados; 2) o grande número de variáveis; 3) o número não-balanceado de membros por classe. Para abordar esses desafios, apresenta-se uma metodologia para seleção de parâmetros, que combina recursos de matemática (ex: Transformada Discreta do Cosseno) e da estatística (ex:.g., correlação de variáveis e amostragem com reposição). A metodologia foi validada considerando-se os três principais métodos de classificação da literatura, a saber; árvore de decisão, classificação Bayesiana e redes neurais. Os experimentos demonstram que essa metodologia é simples, eficiente e alcança resultados semelhantes àqueles obtidos pelas principais técnicas para seleção de parâmetros na literatura.Termos para indexação classificação de enzimas,predição de função de proteínas, estruturas de proteínas, banco de dados de proteínas, seleção de parâmetros, métodos para classsificação de dados.bitstream/CNPTIA/11314/1/bp14.pdfAcesso em: 28 maio 2008