Rapid on-site detection of harmful algal blooms: real-time cyanobacteria identification using Oxford Nanopore sequencing

With the increasing occurrence and severity of cyanobacterial harmful algal blooms (cHAB) at the global scale, there is an urgent need for rapid, accurate, accessible, and cost-effective detection tools. Here, we detail the RosHAB workflow, an innovative, in-the-field applicable genomics approach for real-time, early detection of cHAB outbreaks. We present how the proposed workflow offers consistent taxonomic identification of water samples in comparison to traditional microscopic analyses in a few hours and discuss how the generated data can be used to deepen our understanding on cyanobacteria ecology and forecast HABs events. In parallel, processed water samples will be used to iteratively build the International cyanobacterial toxin database (ICYATOX; http://icyatox.ibis.ulaval.ca) containing the analysis of novel cyanobacterial genomes, including phenomics and genomics metadata. Ultimately, RosHAB will (1) improve the accuracy of on-site rapid diagnostics, (2) standardize genomic procedures in the field, (3) facilitate these genomics procedures for non-scientific personnel, and (4) identify prognostic markers for evidence-based decisions in HABs surveillance

Évolution expérimentale de Bacillus subtilis sur la racine de tomate en présence ou non de Pseudomonas fluorescens

Avec la croissance démographique constante, la sécurité alimentaire devient un enjeu crucial pour répondre à cette expansion. Actuellement, les engrais et pesticides chimiques jouent un rôle clé dans la production agricole, mais ils présentent des risques importants pour la santé humaine et l’environnement. Il est donc impératif de développer des alternatives durables. Les biofertilisants et biopesticides, produits formulés à partir de microorganismes aux propriétés bénéfiques pour la croissance et la protection des plantes, émergent comme des solutions prometteuses. Les rhizobactéries appartenant au genre Bacillus sont étudiées pour leur potentiel comme biofertilisant. Bacillus subtilis, notamment, a plusieurs mécanismes d’action bénéfiques pour la plante, tels que la solubilisation du phosphore, la production de phytohormones favorisant la croissance, et l’élicitation de la résistance systémique induite. Cependant, pour offrir ces avantages à la plante, elle doit être en mesure de la coloniser et de persister sur sa racine. Des facteurs biotiques et abiotiques peuvent influencer sa colonisation, et donc capacité en tant que PGPR (plant-growth promoting rhizobacteria). Les interactions avec les autres bactéries de la rhizosphère ont un rôle important à jouer dans son établissement racinaire. Des bactéries du genre Pseudomonas, bien que plusieurs soient aussi des PGPRs, sont connues pour inhiber Bacillus par divers mécanismes lors de leurs interactions. Dans le but de déterminer si B. subtilis était capable de s’adapter à cette inhibition et de comprendre comment elle pouvait la surmonter, j’ai élaboré une méthode d’évolution expérimentale de B. subtilis NCIB3610 sur les racines de plantules de tomates, où la bactérie évoluait seule ou en co-existence avec Pseudomonas fluorescens pendant 21 cycles. Le séquençage complet du génome des isolats évolués a révélé des mutations fréquentes dans les gènes ywcC et sinR, régulateurs négatifs de la formation de biofilm chez B. subtilis. Des essais de colonisation racinaire ont par la suite démontré que plusieurs isolats évolués étaient avantagés par rapport à la souche ancestrale lors de la colonisation individuelle, avec P. fluorescens et même en présence de d’autres espèces de Pseudomonas, soulignant l’importance d’un biofilm robuste dans la colonisation. Plus précisément, la délétion du gène ywcC chez la souche NCIB3610 nous a permis de confirmer qu’une perte de fonction de ce gène offrait un avantage lors de la colonisation racinaire dans nos conditions. En somme, notre étude indique que la compétitivité de B. subtilis dans la rhizosphère en présence d’un compétiteur est étroitement liée à une colonisation racinaire robuste. Les résultats obtenus ouvrent la voie à d’éventuelles applications dans le domaine de la colonisation bactérienne en agriculture

Violence conjugale commise et subie : profils personnologiques de personnes avec un trouble de personnalité limite

Objectif Les troubles de la personnalité et la violence conjugale (VC) sont deux problématiques reconnues comme des enjeux majeurs en santé publique associées à de graves répercussions individuelles et sociétales. Plusieurs études ont documenté les liens entre le trouble de personnalité limite (TPL) et la VC, mais nous en connaissons très peu quant aux traits pathologiques spécifiques contribuant à la VC. L’étude vise à documenter le phénomène de VC commise et subie chez des personnes souffrant de TPL et à dresser des profils à partir des facettes de la personnalité du Modèle alternatif pour les troubles de la personnalité du DSM-5.Méthode Cent huit participants/participantes avec un TPL (83,3 % femmes ; Mâge = 32,39, É.-T. = 9) référées à un programme d’hôpital de jour à la suite d’un épisode de crise ont rempli une batterie de questionnaires comprenant les versions françaises du Revised Conflict Tactics Scales, évaluant la VC psychologique et physique, commise et subie, et du Personality Inventory for the DSM-5 — FacetedBrief Form, évaluant 25 facettes pathologiques de la personnalité.Résultats Parmi les participants/participantes, 78,7 % rapportent avoir déjà commis de la VC psychologique, alors que 68,5 % en auraient été victimes, ce qui est plus que les estimations publiées par l’Organisation mondiale de la santé (27 %). De plus, 31,5 % auraient commis de la VC physique, alors que 22,2 % en auraient été victimes. La VC semble bidirectionnelle puisque 85,9 % des personnes ayant commis de la VC psychologique rapportent aussi en subir et 52,9 % des personnes ayant commis de la VC physique rapportent en être également victimes. Des comparaisons de groupes non paramétriques indiquent que les facettes Hostilité, Méfiance, Duplicité, Prise de risques et Irresponsabilité distinguent les personnes violentes physiquement et psychologiquement des personnes non violentes. Des résultats élevés aux facettes Hostilité, Dureté/Insensibilité, Manipulation et Prise de risque caractérisent les participants/participantes victimes de VC psychologique, alors qu’une élévation aux facettes Hostilité, Retrait, Évitement de l’intimité et Prise de risque et un résultat faible à la facette Tendance à la soumission distinguent les participants/participantes victimes de VC physique des non-victimes. Des analyses de régression mettent en évidence que la facette Hostilité explique à elle seule une variance significative des résultats de VC commise, alors que la facette Irresponsabilité contribuerait de façon substantielle à la variance des résultats de VC subie.Conclusion Les résultats font état de la prévalence élevée de VC chez des personnes aux prises avec un TPL ainsi que de son caractère bidirectionnel. Au-delà du diagnostic de TPL, certaines facettes spécifiques de la personnalité (dont l’Hostilité et l’Irresponsabilité) permettent de cibler les personnes plus à risque de commettre de la VC psychologique et physique et d’en subir.Objective Personality disorders and intimate partner violence (IPV) are two problems recognized as major public health issues associated with serious individual and societal repercussions. Several studies have documented the links between borderline personality disorder (BPD) and IPV; however, we know very little about the specific pathological traits contributing to IPV. The study aims to document the phenomenon of IPV committed and suffered in persons with BPD and to draw profiles from the personality facets of the DSM-5 Alternative Model for Personality Disorders (AMPD).Method One hundred and eight BPD participants (83.3% female; Mage = 32.39, SD = 9.00) referred to a day hospital program following a crisis episode completed a battery of questionnaires including the French versions of the Revised Conflict Tactics Scales, evaluating physical and psychological IPV committed and suffered, and the Personality Inventory for the DSM-5- Faceted Brief Form, evaluating 25 pathological facets of personality.Results Among the participants, 78.7% report having committed psychological IPV, while 68.5% have been victims, which is more than the estimates published by the World Health Organization (27%). In addition, 31.5% would have committed physical IPV, while 22.2% would have been victims. IPV appears to be bidirectional since 85.9% of participants who are perpetrators of psychological IPV also report suffering from it and 52.9% of participants who are perpetrators of physical IPV report being also victims. Nonparametric group comparisons indicate that Hostility, Suspiciousness, Duplicity, Risk-Taking, and Irresponsibility facets distinguish physically and psychologically violent participants from nonviolent participants. High results on Hostility, Callousness, Manipulation, and Risk-taking facets characterize participants who are victims of psychological IPV, while an elevation in Hostility, Withdrawal, Avoidance of intimacy, and Risk-taking facets and a low result on the Submission facet distinguish participants who are victims of physical IPV from non-victims. Regression analyzes show that the Hostility facet alone explains a significant variance in the results of IPV perpetrated, while the Irresponsibility facet contributes substantially to the variance of the results of IPV experienced.Conclusion Results show the high prevalence of IPV in a sample of persons with BPD, as well as its bidirectional nature. Beyond the diagnosis of BPD, certain specific facets of the personality (including Hostility and Irresponsability) make it possible to target persons at greater risk of committing and suffering from psychological and physical IPV

Pulcherriminic acid modulates iron availability and protects against oxidative stress during microbial interactions

Abstract Siderophores are soluble or membrane-embedded molecules that bind the oxidized form of iron, Fe(III), and play roles in iron acquisition by microorganisms. Fe(III)-bound siderophores bind to specific receptors that allow microbes to acquire iron. However, certain soil microbes release a compound (pulcherriminic acid, PA) that, upon binding to Fe(III), forms a precipitate (pulcherrimin) that apparently functions by reducing iron availability rather than contributing to iron acquisition. Here, we use Bacillus subtilis (PA producer) and Pseudomonas protegens as a competition model to show that PA is involved in a peculiar iron-managing system. The presence of the competitor induces PA production, leading to precipitation of Fe(III) as pulcherrimin, which prevents oxidative stress in B. subtilis by restricting the Fenton reaction and deleterious ROS formation. In addition, B. subtilis uses its known siderophore bacillibactin to retrieve Fe(III) from pulcherrimin. Our findings indicate that PA plays multiple roles by modulating iron availability and conferring protection against oxidative stress during inter-species competition