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    Computation of biochemical pathway fluctuations beyond the linear noise approximation using iNA

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    The linear noise approximation is commonly used to obtain intrinsic noise statistics for biochemical networks. These estimates are accurate for networks with large numbers of molecules. However it is well known that many biochemical networks are characterized by at least one species with a small number of molecules. We here describe version 0.3 of the software intrinsic Noise Analyzer (iNA) which allows for accurate computation of noise statistics over wide ranges of molecule numbers. This is achieved by calculating the next order corrections to the linear noise approximation's estimates of variance and covariance of concentration fluctuations. The efficiency of the methods is significantly improved by automated just-in-time compilation using the LLVM framework leading to a fluctuation analysis which typically outperforms that obtained by means of exact stochastic simulations. iNA is hence particularly well suited for the needs of the computational biology community.Comment: 5 pages, 2 figures, conference proceeding IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) 201

    Winckelmänner der Poesie : Herders und Friedrich Schlegels Anknüpfung an die Geschichte der Kunst des Altertums

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    Die Anforderung nach einem ‚Winckelmann der Poesie’ steht bei Herder und Friedrich Schlegel für die Neukonzeption von Literaturgeschichte, die an der ‚Geschichte der Kunst des Altertums’ Maß nimmt. Doch führt die Auseinandersetzung mit diesem Werk bei beiden zu gegensätzlichen Geschichtskonzepten. Es geht dabei um den Zusammenhang von Geschichte und System, den Herder im Widerspruch zu Winckelmann durch historische Objektivitätsillusion negiert und Schlegel in Übersteigerung der Winckelmannschen Ansprüche forciert. Daraus folgt beim jungen Schlegel die Überblendung von statisch taxonomischem und dynamischem Geschichtsmodell, die dann allerdings nicht von Schlegels eigenen Arbeiten zur Literaturgeschichte, sondern von der idealistischen Kunstphilosophie Schellings und Hegels fortgesetzt wird.Herder's and Friedrich Schlegel's dernand for a 'Winckelrnann of poetry' stands for a new conception of literary history that takes the Geschichte der Kunst des Altertums as a yardstick. However, the study of this work brings both of thern to different concepts of history. The difference is about the relation between his tory and system: Herder separates thern by the illusive objectivity of his historicism, whereas Schlegel reinforces Winckelrnann's claim that 'history' also means a systematic theory of art. As a consequence, the young Schlegel superimposes a static taxonomie and adynamie model of history. It's not his own work in literary history that continues this way, but Schelling's and Hegel's idealistic philosophy of art

    Dante, deutscher Dante und die Selbstbehauptung gegen das Nationalgedicht in Thomas Manns "Doktor Faustus"

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    Zum bürgerlichen Haushalt, weiß man, gehören gute Bücher. Selbstverständlich gehören sie deshalb auch zu dem des Ehepaars Institoris, das in Thomas Manns „Doktor Faustus“ das Exempel bildungsbürgerlichen Niedergangs angibt. Dessen Wohnung, das »Musterbild eines Heims deutschen Kultur-Bürgertums« (440), beschreibt der Roman als bloße Staffage um die politische und psychische Zerrüttung ihrer Bewohner. Die »guten Bücher«, die man bei den Institoris »überall, im Wohn-, Empfangs- und Herrenzimmer, aufgestellt fand« (440), stehen deshalb im Romantext in Anführungszeichen, nicht um sie selbst, sondern um den Bezug ihrer Besitzer zu ihnen als Phrase zu kennzeichnen. »Gut« bedeutet hier den dekorativen Schauwert, so daß auch die Inhaltsangabe auf Möblierung deutet: Es sei »gediegen Bildungsmäßiges« (440). Denkt man an das Bildungsmäßige, das Titel und Motto des Faustus-Romans aufrufen, an Goethes „Faust“ und „Dantes Divina Commedia“, und hält man sich an die »guten Bücher«, die das Lesepublikum dieses Romans aus seiner Vorkriegs-Bürgerlichkeit kennen kann, so ragen zwei Exemplare heraus. Zwei Prachtbände, großformatig die anspruchsvollsten Repräsentationsbedürfnisse befriedigend, zwei bedeutende Werke zu bedeutendem Anlaß neu ediert. Das eine, aus dem Jahr 1932, ist die »100-Jahrausgabe« von Goethes „Faust“, das andere, 1938, eine »Erinnerungsausgabe« von Dantes „Divina Commedia“. (…) Eine »nur aus neun Versen bestehende Anrede des Dichters an sein allegorisches Lied« (219): Es sind ebenso neun Verse von Dante, die Thomas Mann seinem Roman voranstellt. Leverkühns Dante-Vertonung vermittelt so das Motto mit dem Ende des Romans, und alles drei Stellen verbinden sich gegen die zeitgenössisch offiziellen Dante- und Goethe-Monumente zu einem eigenen literarischen Selbstbewußtsein. Es besteht aus der Resignation, ob der mühevolle Sinn verstanden werde, aus dem dagegen behaupteten Vertrauen in den dichterisch-ästhetischen Wert und der daraus gewagten Hoffnung. So erweist sich die »nobilitate«, die das Motto dem Roman zuspricht, als eine gegen das deutschnationale „Faust“- und Dante-Prestige mit eigenem, alternativem Dante- und Goethe-Bezug artikulierte Selbstbehauptung

    Epochenschwelle und prozessuale Verknüpfung : zur Position der Allgemeinen Literatur-Zeitung zwischen Aufklärung und Frühromantik

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    Solange es nur um die großen Namen unter ihren Beiträger geht, gehört die „Allgemeine Literatur-Zeitung“ zum Prominentesten in Literatur und Philosophie um 1800: Kant und Fichte zählen dazu, Schiller und August Wilhelm Schlegel. Auch sind, obwohl es sich hier ausschließlich um Rezensionen, also Sekundärliteratur handelt, einige ihrer Beiträge in den Kanon eingerückt: allen voran Schillers Bürger-Rezension. Ebenso ist Kants Besprechung von Herders „Ideen zur Philosophie der Geschichte der Menschheit“ über den Kreis der Kant-Spezialisten hinaus gegenwärtig. Dass hier bedeutende Namen über bedeutende Werke schreiben: das hielt die Erinnerung an die „A. L. Z.“ in einer an Namen und Werken orientierten Literatur- und Philosophiegeschichtsschreibung wach. Allerdings nur als Quellenangabe. Denn die Texte selbst liest man längst in den Werkausgaben, in die all das eingegangen ist, was der Germanistik und der akademischen Philosophie an der „A. L. Z.“ wichtig erschien. Die Zeitschriftenforschung, die alternativ zur Personen- und Werkgeschichte nach der eigenen Kontur dieses Mediums fragt, hat sich die „A. L. Z.“ noch kaum vorgenommen. Noch die jüngeren Beiträge, die ausdrücklich über diese Zeitschrift und nicht nur über deren berühmte Beiträger reden wollen, halten sich an Namen. So ist sie zum einen als Promulgator des Kantianismus vorgestellt worden, zum anderen als Kontrasthintergrund, von dem sich die Polemik der Brüder Schlegel abhebt

    "Doch Homeride zu sein, auch nur als letzter, ist schön." : zur Bedeutung der Mythologie bei Friedrich Schlegel

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    Die ‚Neue Mythologie’ ist, so wie sie sich in Friedrich Schlegels Notizheften und seinem „Gespräch über die Poesie“ darstellt, ein literarischer Kunstgriff theoretischer Selbstbehauptung. Er macht seinen Anspruch, die überlieferte wie die zeitgenössische Philosophie und Wissenschaft zu überbieten, zugleich als rhetorische Strategie durchsichtig.Friedrich Schlegel’s ‚Neue Mythologie’ is, as it appears in the notebooks and the „Gespräch über die Poesie“, a literary strategy for theoretical self-assertion. Thus his claim to outdo traditional and contemporary philosophy and sience turns out to be a rhetorical strategy

    Gegen das Schwachsinnigwerden der Alltagssprache : zur lebensweltlichen Erkenntnisfunktion der Literatur

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    Literatur und Alltag sind auf auf Ebene der Sprache miteinander verbunden. Die Literatur hat, so Stefan Matuschek, einen nicht beliebigen, sondern für sie und ihre Möglichkeiten konstitutiven Bezug zur Alltagssprache. Dieser Bezug besteht nicht von jeher. Er ist ein literaturgeschichtlich neueres Phänomen, das wohl erst im letzten Jahrhundert von entscheidendem Gewicht geworden ist. Es hängt mit dem sprachlichen Phänomen zusammen, das unsere Wirklichkeit mehr und mehr prägt: mit der immer fortschreitenden Ausdifferenzierung der arbeitsteiligen Wissensgesellschaft und der je zugehörigen Expertenkulturen und Expertensprachen. Neben dieser Entwicklung erhält der Zusammenhang von Literatur und Alltagssprache eine besondere Funktion

    Die majestätische Bequemlichkeit eines Ordnungsmodells : zur Funktion der Scholastik in der neueren Literaturtheorie

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    (...) [J]eder Theorieentwurf über die Literatur oder das Literarische überhaupt lebt von seiner Beziehbarkeit auf konkrete Exempla. Deren Auswahl ist nicht ist nicht beliebig. Die Beispiele, d.h. ausgewählte literarische Werke sind nicht nur der Anwendungsfall und Prüfstein einer Theorie, sondern zugleich auch deren Voraussetzung, der Stoff für eine Vorstellung von Literatur, die sich zu einer wissenschaftlichen Theorie abstrahieren kann. Erst kommt die Literatur und dann deren Theorie. Das ist trivial. Nicht trivial ist die Konsequenz, daß jede auch auf das Allgemeinste zielende Literaturtheorie auf einer Vorauswahl beruht, woran man sich zum Verständnis der Sache orientiert. Zwischen einer Theorie und ihren Beispielen besteht – ausdrücklich oder stillschweigend – eine prinzipielle Solidarität

    Essays on cointegration analysis in the state space framework

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    Cointegration analysis is by now a standard tool in multivariate time series analysis with application ranging from economics to climate science. It was formalized by Soren Johansen and Katarina Juselius and their co-authors for VAR processes. This dissertation, consisting of three chapters corresponding to three articles written in collaboration with my co-authors Professor Dietmar Bauer, Patrick de Matos Ribeiro and Professor Martin Wagner, extends the cointegration theory to VARMA processes using a representation by state space systems. Chapter 1 focuses on theoretical results regarding the sets of transfer functions corresponding to VARMA systems with similar cointegrating properties, summarized in the so-called state space unit root structure. We develop and discuss different parameterizations for vector autoregressive moving average processes with arbitrary unit roots and (co)integration orders and discuss their topological properties. The general results are exemplified in detail for the empirically most relevant cases, the (multiple frequency or seasonal) I(1) and the I(2) case. In Chapter 2 we show that the Johansen framework for testing hypotheses on the cointegrating ranks and spaces for MFI(1) processes can be extended to the class of VARMA processes and introduce a state space error correction representation. The estimated cointegrating vectors are asymptotically mixed Gaussian and pseudo likelihood ratio tests for the cointegrating ranks have the same distributions under the null hypothesis in the VARMA case as in the VAR case. In a simulation study our tests outperform the tests by Johansen and Schaumburg in small samples. In Chapter 3 we develop estimation and inference techniques for I(2) cointegrated VARMA processes cast in state space format. We show consistency and derive the asymptotic distributions of estimators maximizing the Gaussian pseudo likelihood function. Furthermore, we discuss hypothesis tests for the state space unit root structure, leading to the well-known limiting distributions for VAR I(2) processes. Again, a small simulation study shows favorable results for small samples, with our test leading to better performance in determining these integer parameters

    Moralist und Flaneur oder Hätte Baudelaire Grünbein für Barbier gehalten? : zu Durs Grünbein, "Nach den Satiren"

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    Durs Grünbein’s cycle of poems “Nach den Satieren” is a tense combination of Roman satire and modern urban poetry. One hears a wise moralist who presents himself as a part of the insane visionary of the evil, which he accuses. Grünbein’s satirist persona is a hybrid: half moralist and half flaneur
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