Apprécier la connexion dans une évaluation génétique internationale. L'exemple des races Montbéliarde et Simmental

La connexion génétique entre pays est un élément essentiel de la fiabilité d’une évaluation génétique internationale. Un faible niveau de connexion peut biaiser la comparaison d’individus de pays différents et fausser le classement général des reproducteurs. Cet article présente une nouvelle méthode pour mesurer la connexion : des différences de niveau génétique entre pays sont simulées, puis un BLUP est réalisé utilisant les pedigree réels afin de réestimer les différences introduites initialement. Plus deux pays échangent de gènes et plus leurs niveaux génétiques seront proches. D’autre part, plus ces deux pays sont connectés, mieux on réestime les différences initiales. Cette méthode a été testée sur les populations qui participent aux évaluations conjointes Interbull en race Simmental et Montbéliarde : l’Italie est un des pays le mieux connecté, tandis que la Slovénie apparaît comme le pays le moins bien connecté. L’Irlande et les Pays-Bas utilisent principalement des taureaux Montbéliards français. Cette méthode est très simple et rapide à mettre en application en routine.Connectedness between countries is a critical point for a reliable international evaluation. Weak genetic links between countries can affect predicted genetic values and ranking of the animals. A new method is presented here to measure connectedness between countries: a systematic difference between true genetic levels of countries is introduced by simulation, a BLUP is performed based on true pedigree, then the percentage of the initial difference that can be found between the estimated genetic levels of the corresponding countries is measured. The more 2 countries exchange genes, the closer are their true genetic levels. The better 2 countries are connected, the higher is the percentage of true re-estimated genetic difference. It was then shown that among countries involved in the Interbull Simmental and Montbéliard breed evaluation, Italy is one of the best connected countries and Slovenia probably the worst connected one. Ireland and the Netherlands use only Montbéliard French bulls. This method was very easy and rapid to implement and could be used in routine

Mortalité des veaux : analyse phénotypique et étude de la composante génétique

The decrease in calf mortality is a major issue for the cattle sector. The MORPHE project, funded by France Genetique Elevage was aimed at quantifying the genetic impact on calves and heifer mortality from birth to reproduction period and to define relevant phenotypes for new genetic evaluations. The phenotypic analysis of mortality was carried out on nine dairy breeds and 10 beef breeds from birth and death events reported in the national information system between 2005 and 2011. Between zero and six months, the average mortality rate depended on the breeds (from 10.5 to 19.2% in dairy breeds and from 5.1 to 13.7% in beef breeds). It also depended on the sex of the calf (+ 3% mortality for males), calving rank of dam (lower mortality in multiparous), farm size (lower mortality in small herds for dairy breeds) and birth period (higher calf mortality for birth between December and March for dairy breeds). The calf mortality rate between three and 180 days had a high phenotypic variability between sires, ranging from less than 5% for the best bulls to 10 or even 15% for the worse ones. In beef breeds, the genetic study of stillbirth (0-2 days) was a priority. This trait was split into a direct and a maternal effects. Four models were tested on three breeds (Charolaise, Limousine, and Parthenaise) to measure the impact of disconnection between herds and the discrete nature of the phenotype. Heritabilities were low (from 1 to 2%) but consistent between models. The differences of stillbirth for bulls evaluated in extreme classes were important. The comparison of breeding values estimated with the four models showed the importance of connectedness between herds. The model could probably be improved by integrating within herd heterogeneous variances. In dairy breeds, heritability of mortality was estimated with a threshold model at different life stages for Holstein, Montbeliarde, Normandy, Simmental and Brown Swiss breeds. It ranged between 0.1 and 0.9% for the first month of life and between 0.3 and 2.1% between 1 and 6 months of age. Despite these low heritability estimates, the implementation of a geneticLa baisse de la mortalité des veaux est un enjeu majeur pour les filières bovines. Le projet FGE MORPHE, visait à quantifier l’impact génétique sur la mortalité des veaux et des génisses entre leur naissance et leur mise en reproduction et à définir des phénotypes pertinents pour de nouvelles évaluations génétiques. L’analyse phénotypique de la mortalité a été réalisée sur 9 races laitières et 10 races allaitantes à partir des déclarations de naissance et de mortalité des veaux entre 2005 et 2011. Entre 0 et 6 mois, le taux moyen de mortalité est variable selon les races (entre 10,5 et 19,2% en races laitières et entre 5,1 et 13,7% en races allaitantes). Il dépend également du sexe du veau (+3% de mortalité chez les mâles), du rang de vêlage de la mère (moindre mortalité chez les multipares), de la taille des élevages (moindre mortalité dans les petits troupeaux en races laitières), et de la période de naissance (mortalité plus importante des veaux laitiers naissant entre décembre et mars). Sur la période 3-180 jours, le taux de mortalité des veaux présente une variabilité phénotypique importante entre pères, allant de moins de 5% pour les meilleurs à 10 voire 15% pour les moins bons. En races allaitantes, l’étude génétique de la mortinatalité (0-2 jours) a été prioritaire. Ce caractère est décomposé en un effet direct et un effet maternel. 4 modèles ont été testés sur 3 races (Charolaise, Limousine et Parthenaise), afin de mesurer l’impact de la déconnexion entre troupeaux et du caractère discontinu du phénotype. Les héritabilités sont faibles et cohérentes entre modèles, de l’ordre de 1 à 2%. Les écarts de moyennes phénotypiques des taureaux évalués dans les classes extrêmes sont importants. La comparaison des valeurs génétiques estimées avec les 4 modèles montre l’importance de la prise en compte de la déconnexion entre troupeaux. Le modèle pourrait probablement être amélioré en intégrant des variances hétérogènes intra troupeau. Dans les races laitières, l’héritabilité de la mortalité entre 3 et 180 jours a été estimée avec un modèle à seuil à différents stades de vie pour les races Holstein, Montbéliarde, Normande, Simmental et Brune. Elle est généralement comprise entre 0,1 et 0,9% pour les stades de vie définis au cours du 1 er mois et entre 0,3 et 2,1% entre 1 et 6 mois. Ce niveau faible reste cependant compatible avec la mise en œuvre d’une évaluation génétique, dans la perspective d’une prise en compte de ces caractères en sélection génomique

Crossbreeding in French Holstein farms

Fertility of Holstein cows has decreased while crossbreeding is known to be a way to improve fertility. Previous sources have reported an increasing interest of French Holstein farmers for inter-breed crossing. This study aimed at describing crossbreeding practices in French Holstein herds between July 2002 and July 2012, from artificial insemination (AI) records. Among 20,078 Holstein farms gathering >30 cows in average over the study period, 3,893 had at least one crossbreeding AI (CAI) during campaign 2002-2003 or 2003-2004. Five patterns were identified: (1) low use of CAI (50% of cows with CAI, all on the first AI) and F1 kept (n=18). Out of these farms, only 1,646 were implementing true dairy-purpose crossbreeding, based on two criteria (>10% cows with CAI on one campaign; and existence of milk records for crossbred F1). In these farms, 27% CAI occurred at the first AI and 47% after the third one. Farmers tended to choose multiparous cows with lower genetic merit for milk or primiparous cows with higher genetic merit for protein content to inseminate them with a different breed. Holstein cows targeted for CAI were 2 to 3 times less frequently pregnant at 110 days in milk than cows without CAI. In conclusion, true dairy-purpose crossbreeding was little used and diversity of crossbreeding practices confirmed a need of further study