A Genotyping Array for the Globally Invasive Vector Mosquito, Aedes albopictus

BACKGROUND: Although whole-genome sequencing (WGS) is the preferred genotyping method for most genomic analyses, limitations are often experienced when studying genomes characterized by a high percentage of repetitive elements, high linkage, and recombination deserts. The Asian tiger mosquito (Aedes albopictus), for example, has a genome comprising up to 72% repetitive elements, and therefore we set out to develop a single-nucleotide polymorphism (SNP) chip to be more cost-effective. Aedes albopictus is an invasive species originating from Southeast Asia that has recently spread around the world and is a vector for many human diseases. Developing an accessible genotyping platform is essential in advancing biological control methods and understanding the population dynamics of this pest species, with significant implications for public health. METHODS: We designed a SNP chip for Ae. albopictus (Aealbo chip) based on approximately 2.7 million SNPs identified using WGS data from 819 worldwide samples. We validated the chip using laboratory single-pair crosses, comparing technical replicates, and comparing genotypes of samples genotyped by WGS and the SNP chip. We then used the chip for a population genomic analysis of 237 samples from 28 sites in the native range to evaluate its usefulness in describing patterns of genomic variation and tracing the origins of invasions. RESULTS: Probes on the Aealbo chip targeted 175,396 SNPs in coding and non-coding regions across all three chromosomes, with a density of 102 SNPs per 1 Mb window, and at least one SNP in each of the 17,461 protein-coding genes. Overall, 70% of the probes captured the genetic variation. Segregation analysis found that 98% of the SNPs followed expectations of single-copy Mendelian genes. Comparisons with WGS indicated that sites with genotype disagreements were mostly heterozygotes at loci with WGS read depth \u3c 20, while there was near complete agreement with WGS read depths \u3e 20, indicating that the chip more accurately detects heterozygotes than low-coverage WGS. Sample sizes did not affect the accuracy of the SNP chip genotype calls. Ancestry analyses identified four to five genetic clusters in the native range with various levels of admixture. CONCLUSIONS: The Aealbo chip is highly accurate, is concordant with genotypes from WGS with high sequence coverage, and may be more accurate than low-coverage WGS

The Ming - Qing Transition in chinese Porcelain.

Dans l'histoire de la porcelaine chinoise, la période de transition peut, à présent, sur la base de facteurs sociaux, économiques et politiques, être située dans la période qui va de la mort de l'empereur Wanli, en 1619, à la presque totale destruction des manufactures de Jingdezhen, du fait de la rébellion des Trois Feudataires, en 1674. Au cours de la première partie de cette période, une évolution stylistique peut être déterminée grâce à l'existence de pièces datées. Les éléments fondamentaux du décor, pour les « bleu et blanc » tout au moins, apparaissent déjà vers 1625, date d'un brûle-parfum du British Museum, et on peut les suivre, en même temps que l'évolution des formes, jusque dans les premières années de la dynastie des Qing, après 1645. Les pièces datées de cette dynastie apparaissent à partir de 1651, date à laquelle les premières commandes impériales sont passées aux manufactures. Le changement devient assez rapide entre 1660 et 1670. En 1666, date d'une pièce importante qui se trouve dans une collection privée, le style Kangxi émerge nettement. Les pièces polychromes, cependant, sont plus difficiles à dater. En 1674, avec la dernière pièce datée avant la destruction des fours, on constate que le style Kangxi a suffisamment mûri pour devenir le tremplin des développements qui se situent durant les vingt dernières années du siècle et qui conduiront aux grandes réalisations du règne de Yongzheng.Medley Margaret. The Ming - Qing Transition in chinese Porcelain.. In: Arts asiatiques, tome 42, 1987. pp. 65-76