Revisão taxonômica e sistemática filogenética do complexo de espécies associadas à Amphisbaena darwinii (Amphisbaenia: Amphisbaenidae) a partir de dados morfológicos e moleculares

Amphisbaenidae é a mais diversa das seis famílias de Amphisbaenia, com 12 gêneros e 176 espécies distribuídas no Caribe, África e América do Sul. Mesmo com uma melhor descrição da diversidade atual do grupo, há uma necessidade clara de revisões taxonômicas e de descrições morfológicas detalhadas que auxiliem nas identificações dos táxons e seus limites. São ainda comuns identificações equivocadas em coleções científica, em parte pela má delimitação de muitos táxons ao longo de suas distribuições geográficas. Até a década de 1960, não existiam trabalhos de revisão taxonômica que incluíssem anfisbenas Sul-Americanas. Alguns grupos de espécies foram propostos, tendo por base similaridades morfológicas. Apesar de várias espécies já estarem formalmente descritas na época, a maioria dos exemplares da região sul da América do Sul, depositados em coleções científicas, eram identificados como Amphisbaena darwinii Duméril & Bribon 1839. Gans (1966) realizou uma extensa revisão e identificou uma complexa diversidade de formas amplamente distribuídas nas regiões sudeste e sul do Brasil, Uruguai e Argentina, reconhecendo um grupo de espécies relacionadas à Amphisbaena darwinii. Esse complexo, composto inicialmente por oito espécies (A. albocingulata, A. darwinii, A. heterozonata, A. hogei, A. munoai, A. prunicolor e A. trachura), era associado por apresentar similaridades morfológicas e de distribuição geografia. Vários destes táxons apresentam sobreposição em suas características (número de anéis do corpo, cauda e segmentos dorsais e ventrais), o que vinha dificultando a sua identificação. Com o acúmulo de dados oriundos de coletas realizadas na última década e através de revisões prévias, observamos a existência de variações morfológicas não descritas e limites mal definidos entre essas espécies. Essas observações reforçaram a necessidade de uma revisão taxonômica detalhada dos táxons associados à Amphisbaena darwinii, além de testar o relacionamento filogenético destes táxons. Revisando as espécies de Amphisbaena associadas à A. munoai observamos existência de uma diversidade maior que a formalmente descrita, com pelo menos cinco linhagens principais, que apresentam distribuição geográfica disjunta e distâncias genéticas compatíveis com o status de espécies plenas. Das cinco linhagens, apenas duas estão associadas a nomes disponíveis, sendo as outras três descritas no presente estudo. Em relação às espécies mais associadas à Amphisbaena darwinii, nossos resultados identificaram a presença de três táxons, um destes novo, e um complexo de espécies com pelo menos duas linhagens uma ao sul do Rio Grande do Sul e outra no Uruguai. Esses resultados aumentam para nove as espécies, deste grupo, conhecidas de Amphisbaena para a região sul do Brasil, Uruguai e Argentina. A relação filogenética dos táxons do grupo darwinii foi testada utilizamos uma matriz com 4323 caracteres, sendo um total de 4271 pares de bases (quatro genes mitocondriais e quatro genes nucleares) e 51 caracteres de morfologia interna e externa. Nosso resultado corrobora a hipótese de monofilia do grupo, identificando, contudo, poucas sinapomorfias morfológicas. Além disso, reforça que a utilização da nomenclatura genérica atual torna Amphisbaena um agrupamento parafilético. Estudos com a inclusão de um maior número de espécies são necessários para a tomada de decisões quanto as considerações taxonômicas ao nível genérico entre as Amphisbaenidae Neotropicais

Revisão do status taxonômico de Amphisbaena prunicolor (Cope, 1885) e Amphisbaena albocingulata Boettger, 1885 (Amphisbaenia: Amphisbaenidae)

Amphisbaena é o gênero de maior diversidade de Amphisbaenia, com 103 espécies reconhecidas e distribuídas pela América do Sul e Central. Uma revisão taxonômica das espécies encontradas no sul da América do Sul reconheceu um complexo, composto por oito espécies, comumente identificadas como A. darwini. A associação destas espécies não é clara, porém os exemplares compartilham algumas características morfológicas e apresentam certo grau de simpatria quanto à distribuição geográfica. Duas das espécies incluídas neste complexo são A. prunicolor e A. albocingulata, anteriormente reconhecidas como subespécies de A. prunicolor. A diagnose existente para as espécies até o presente momento não é funcional, o que dificulta a identificação inequívoca das mesmas. Considerando a carência de informações para identificação das espécies de Amphisbaena, desenvolvemos através da análise da morfologia externa e comparações detalhadas com A. darwini, A. heterozonata, A. munoai e A. trachura, espécies incluídas no complexo associado a A. darwini, a revisão do status taxonômico de A. albocingulata e A. prunicolor. Caracteres de escutelação cefálica e coloração foram identificados como melhor diagnóstico para A. albocingulata e A. prunicolor que os caracteres merísticos, usualmente utilizados para diagnose em Amphisbaena. No presente estudo também foi registrada a variação intra-especificas em A. munoai e o aumento da distribuição geográfica de A. darwini. Adicionalmente, apresentamos uma tabela comparativa baseada na compilação de dados de literatura dos representantes do gênero Amphisbaena com quatro poros pré-cloacais, que tem por objetivo auxiliar na identificação das espécies do grupo

Revisão do status taxonômico de Amphisbaena prunicolor (Cope, 1885) e Amphisbaena albocingulata Boettger, 1885 (Amphisbaenia: Amphisbaenidae)

Amphisbaena é o gênero de maior diversidade de Amphisbaenia, com 103 espécies reconhecidas e distribuídas pela América do Sul e Central. Uma revisão taxonômica das espécies encontradas no sul da América do Sul reconheceu um complexo, composto por oito espécies, comumente identificadas como A. darwini. A associação destas espécies não é clara, porém os exemplares compartilham algumas características morfológicas e apresentam certo grau de simpatria quanto à distribuição geográfica. Duas das espécies incluídas neste complexo são A. prunicolor e A. albocingulata, anteriormente reconhecidas como subespécies de A. prunicolor. A diagnose existente para as espécies até o presente momento não é funcional, o que dificulta a identificação inequívoca das mesmas. Considerando a carência de informações para identificação das espécies de Amphisbaena, desenvolvemos através da análise da morfologia externa e comparações detalhadas com A. darwini, A. heterozonata, A. munoai e A. trachura, espécies incluídas no complexo associado a A. darwini, a revisão do status taxonômico de A. albocingulata e A. prunicolor. Caracteres de escutelação cefálica e coloração foram identificados como melhor diagnóstico para A. albocingulata e A. prunicolor que os caracteres merísticos, usualmente utilizados para diagnose em Amphisbaena. No presente estudo também foi registrada a variação intra-especificas em A. munoai e o aumento da distribuição geográfica de A. darwini. Adicionalmente, apresentamos uma tabela comparativa baseada na compilação de dados de literatura dos representantes do gênero Amphisbaena com quatro poros pré-cloacais, que tem por objetivo auxiliar na identificação das espécies do grupo

Crosstalk between B16 melanoma cells and B-1 lymphocytes induces global changes in tumor cell gene expression

The analysis of gene expression patterns in cancers has improved the understanding of the mechanisms underlying the process of metastatic progression. However, the acquisition of invasive behavior in melanoma is poorly understood. in melanoma, components of the immune system can contribute to tumor progression, and inflammatory cells can influence almost all aspects of cancer progression, including metastasis. Recent studies have attributed an important role to B-1 cells, a subset of B lymphocytes, in melanoma progression. in vitro interactions between B16 melanoma cells and B-1 lymphocytes lead to increased B16 cell metastatic potential, but the molecular changes induced by B-1 lymphocytes on B16 cells have not yet been elucidated. in this study, we used a microarray approach to assess the gene expression profile of B16 melanoma cells following contact with B-1 lymphocytes (B16B1). the microarray analysis identified upregulation in genes involved with metastatic progression, such as ctss, ccl5, cxcl2 and stat3. RT-qPCR confirmed this increase in mRNA expression in B16B1 samples. As previous studies have indicated that the ERK1/2 MAPK cascade is activated in melanoma cells following contact with B-1 lymphocytes, RT-qPCR was performed with RNA from melanoma cells before and after contacting B-1 cells and untreated or treated with ERK phosphorylation inhibitors. the results showed that the expression of stat3, ctss and cxcl2 increased in B16B1 but decreased following ERK1/2 MAPK inhibition. Ccl5 gene expression increased after contacting B-1 cells and was maintained at the same level following inhibitor treatment. Stat3 was verified and validated at the protein level by Western blot analysis. STAT3 expression was also significantly increased in B16B1, suggesting that this pathway can also contribute to the increased metastatic phenotype observed in our model. These results indicated that B-1 cells induce important global gene expression changes in B16 melanoma cells. We also evaluated the relationship of some of the genes identified as differentially expressed and the ERK1/2 MAPK cascade. This work may have important implications for understanding the role of B-1 lymphocytes and the ERK/MAPK cascade in the metastatic process. (C) 2013 Elsevier GmbH. All rights reserved.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)Universidade Federal de São Paulo, Dept Ciencias Biol, Campus Diadema, BrazilCtr Univ Sao Camilo, São Paulo, BrazilUniversidade Federal de São Paulo, Dept Microbiol Imunol & Parasitol, BR-04023900 São Paulo, BrazilUniversidade Federal de São Paulo, Dept Farmacol, BR-04023900 São Paulo, BrazilUniversidade Federal de São Paulo, Dept Psicobiol, BR-04023900 São Paulo, BrazilUniversidade Federal de São Paulo, Dept Informat Saude, BR-04023900 São Paulo, BrazilUniversidade Federal de São Paulo, Dept Ciencias Biol, Campus Diadema, BrazilUniversidade Federal de São Paulo, Dept Microbiol Imunol & Parasitol, BR-04023900 São Paulo, BrazilUniversidade Federal de São Paulo, Dept Farmacol, BR-04023900 São Paulo, BrazilUniversidade Federal de São Paulo, Dept Psicobiol, BR-04023900 São Paulo, BrazilUniversidade Federal de São Paulo, Dept Informat Saude, BR-04023900 São Paulo, BrazilFAPESP: 2007/51501-9FAPESP: 2007/50521-6CNPq: 502452/2008-0Web of Scienc

Intradermal Immunization of SARS-CoV-2 Original Strain Trimeric Spike Protein Associated to CpG and AddaS03 Adjuvants, but Not MPL, Provide Strong Humoral and Cellular Response in Mice

Despite the intramuscular route being the most used vaccination strategy against SARS-CoV-2, the intradermal route has been studied around the globe as a strong candidate for immunization against SARS-CoV-2. Adjuvants have shown to be essential vaccine components that are capable of driving robust immune responses and increasing the vaccination efficacy. In this work, our group aimed to develop a vaccination strategy for SARS-CoV-2 using a trimeric spike protein, by testing the best route with formulations containing the adjuvants AddaS03, CpG, MPL, Alum, or a combination of two of them. Our results showed that formulations that were made with AddaS03 or CpG alone or AddaS03 combined with CpG were able to induce high levels of IgG, IgG1, and IgG2a; high titers of neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 original strain; and also induced high hypersensitivity during the challenge with Spike protein and a high level of IFN-γ producing CD4+ T-cells in mice. Altogether, those data indicate that AddaS03, CpG, or both combined may be used as adjuvants in vaccines for COVID-19

Brazilian Flora 2020: Leveraging the power of a collaborative scientific network

International audienceThe shortage of reliable primary taxonomic data limits the description of biological taxa and the understanding of biodiversity patterns and processes, complicating biogeographical, ecological, and evolutionary studies. This deficit creates a significant taxonomic impediment to biodiversity research and conservation planning. The taxonomic impediment and the biodiversity crisis are widely recognized, highlighting the urgent need for reliable taxonomic data. Over the past decade, numerous countries worldwide have devoted considerable effort to Target 1 of the Global Strategy for Plant Conservation (GSPC), which called for the preparation of a working list of all known plant species by 2010 and an online world Flora by 2020. Brazil is a megadiverse country, home to more of the world's known plant species than any other country. Despite that, Flora Brasiliensis, concluded in 1906, was the last comprehensive treatment of the Brazilian flora. The lack of accurate estimates of the number of species of algae, fungi, and plants occurring in Brazil contributes to the prevailing taxonomic impediment and delays progress towards the GSPC targets. Over the past 12 years, a legion of taxonomists motivated to meet Target 1 of the GSPC, worked together to gather and integrate knowledge on the algal, plant, and fungal diversity of Brazil. Overall, a team of about 980 taxonomists joined efforts in a highly collaborative project that used cybertaxonomy to prepare an updated Flora of Brazil, showing the power of scientific collaboration to reach ambitious goals. This paper presents an overview of the Brazilian Flora 2020 and provides taxonomic and spatial updates on the algae, fungi, and plants found in one of the world's most biodiverse countries. We further identify collection gaps and summarize future goals that extend beyond 2020. Our results show that Brazil is home to 46,975 native species of algae, fungi, and plants, of which 19,669 are endemic to the country. The data compiled to date suggests that the Atlantic Rainforest might be the most diverse Brazilian domain for all plant groups except gymnosperms, which are most diverse in the Amazon. However, scientific knowledge of Brazilian diversity is still unequally distributed, with the Atlantic Rainforest and the Cerrado being the most intensively sampled and studied biomes in the country. In times of “scientific reductionism”, with botanical and mycological sciences suffering pervasive depreciation in recent decades, the first online Flora of Brazil 2020 significantly enhanced the quality and quantity of taxonomic data available for algae, fungi, and plants from Brazil. This project also made all the information freely available online, providing a firm foundation for future research and for the management, conservation, and sustainable use of the Brazilian funga and flora

Neotropical freshwater fisheries : A dataset of occurrence and abundance of freshwater fishes in the Neotropics

The Neotropical region hosts 4225 freshwater fish species, ranking first among the world's most diverse regions for freshwater fishes. Our NEOTROPICAL FRESHWATER FISHES data set is the first to produce a large-scale Neotropical freshwater fish inventory, covering the entire Neotropical region from Mexico and the Caribbean in the north to the southern limits in Argentina, Paraguay, Chile, and Uruguay. We compiled 185,787 distribution records, with unique georeferenced coordinates, for the 4225 species, represented by occurrence and abundance data. The number of species for the most numerous orders are as follows: Characiformes (1289), Siluriformes (1384), Cichliformes (354), Cyprinodontiformes (245), and Gymnotiformes (135). The most recorded species was the characid Astyanax fasciatus (4696 records). We registered 116,802 distribution records for native species, compared to 1802 distribution records for nonnative species. The main aim of the NEOTROPICAL FRESHWATER FISHES data set was to make these occurrence and abundance data accessible for international researchers to develop ecological and macroecological studies, from local to regional scales, with focal fish species, families, or orders. We anticipate that the NEOTROPICAL FRESHWATER FISHES data set will be valuable for studies on a wide range of ecological processes, such as trophic cascades, fishery pressure, the effects of habitat loss and fragmentation, and the impacts of species invasion and climate change. There are no copyright restrictions on the data, and please cite this data paper when using the data in publications

International Nosocomial Infection Control Consortiu (INICC) report, data summary of 43 countries for 2007-2012. Device-associated module

We report the results of an International Nosocomial Infection Control Consortium (INICC) surveillance study from January 2007-December 2012 in 503 intensive care units (ICUs) in Latin America, Asia, Africa, and Europe. During the 6-year study using the Centers for Disease Control and Prevention's (CDC) U.S. National Healthcare Safety Network (NHSN) definitions for device-associated health care–associated infection (DA-HAI), we collected prospective data from 605,310 patients hospitalized in the INICC's ICUs for an aggregate of 3,338,396 days. Although device utilization in the INICC's ICUs was similar to that reported from ICUs in the U.S. in the CDC's NHSN, rates of device-associated nosocomial infection were higher in the ICUs of the INICC hospitals: the pooled rate of central line–associated bloodstream infection in the INICC's ICUs, 4.9 per 1,000 central line days, is nearly 5-fold higher than the 0.9 per 1,000 central line days reported from comparable U.S. ICUs. The overall rate of ventilator-associated pneumonia was also higher (16.8 vs 1.1 per 1,000 ventilator days) as was the rate of catheter-associated urinary tract infection (5.5 vs 1.3 per 1,000 catheter days). Frequencies of resistance of Pseudomonas isolates to amikacin (42.8% vs 10%) and imipenem (42.4% vs 26.1%) and Klebsiella pneumoniae isolates to ceftazidime (71.2% vs 28.8%) and imipenem (19.6% vs 12.8%) were also higher in the INICC's ICUs compared with the ICUs of the CDC's NHSN