Rhythmic Diel Pattern of Gene Expression in Juvenile Maize Leaf

Co-expressed genes belonging to individual clusters are likely to be regulated by common mechanisms. The nocturnal phase of the diurnal cycle involves gross induction of fundamental biochemical processes and should be studied more thoroughly than was appreciated in most earlier physiological studies. Although some general mechanisms responsible for the diel regulation of gene expression might be shared among plants, details of the diurnal regulation of gene expression seem to differ between taxa

Molecular foundations of chilling-tolerance of modern maize

Gene Ontology categories of GO class “Molecular Function” significantly over-represented among transcripts down-regulated by cold treatment in S50676 inbred line. (PDF 233 kb

The effect of bacteriophages T4 and HAP1 on in vitro melanoma migration

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The antibacterial activity of bacteriophages has been described rather well. However, knowledge about the direct interactions of bacteriophages with mammalian organisms and their other, i.e. non-antibacterial, activities in mammalian systems is quite scarce. It must be emphasised that bacteriophages are natural parasites of bacteria, which in turn are parasites or symbionts of mammals (including humans). Bacteriophages are constantly present in mammalian bodies and the environment in great amounts. On the other hand, the perspective of the possible use of bacteriophage preparations for antibacterial therapies in cancer patients generates a substantial need to investigate the effects of phages on cancer processes.</p> <p>Results</p> <p>In these studies the migration of human and mouse melanoma on fibronectin was inhibited by purified T4 and HAP1 bacteriophage preparations. The migration of human melanoma was also inhibited by the HAP1 phage preparation on matrigel. No response of either melanoma cell line to lipopolysaccharide was observed. Therefore the effect of the phage preparations cannot be attributed to lipopolysaccharide. No differences in the effects of T4 and HAP1 on melanoma migration were observed.</p> <p>Conclusion</p> <p>We believe that these observations are of importance for any further attempts to use bacteriophage preparations in antibacterial treatment. The risk of antibiotic-resistant hospital infections strongly affects cancer patients and these results suggest the possibility of beneficial phage treatment. We also believe that they will contribute to the general understanding of bacteriophage biology, as bacteriophages, extremely ubiquitous entities, are in permanent contact with human organisms.</p

Perspectives of Phage Therapy in Non-bacterial Infections

While the true value of phage therapy (PT) in human bacterial infections still awaits formal confirmation by clinical trials, new data have been accumulating indicating that in the future PT may be applied in the treatment of non-bacterial infections. Thus, “phage guests” may interact with eukaryotic cells and such interactions with cells of the immune system may protect human health (Guglielmi, 2017) and cause clinically useful immunomodulatory and anti-inflammatory effects when administered for therapeutic purposes (Górski et al., 2017; Van Belleghem et al., 2017). Recently, a vision of how these effects could translate into advances in novel means of therapy in a variety of human pathologies secondary to immune disturbances and allergy was presented (Górski et al., 2018a). In this article we present what is currently known about anti-microbial effects of phage which are not directly related to their antibacterial action and how these findings could be applied in the future in treatment of viral and fungal infections

Molecular mechanisms of maize response to severe cold (<10 °C)

Kukurydza jest wysokowydajną rośliną o rosnącym znaczeniu jako roślina modelowa typu C4. Kukurydza wyewoluowała w klimacie subtropikalnym, a jej uprawa w klimacie umiarkowanym jest ograniczona przez jej chłodowrażliwość. Pomimo intensywnie prowadzonych badań, zarówno fizjologicznych jak i molekularnych, przyczyny wrażliwości kukurydzy na chłód pozostają nieznane. Niniejsza praca dotyczyła molekularnego mechanizmu wczesnych reakcji kukurydzy na chłód. Weryfikowano hipotezę, że chłód ostry wpływa na ekspresję genów bezpośrednio, a także przez zaburzenia cyklu dobowego. W referowanych tu doświadczeniach, za pomocą techniki mikromacierzy, porównano dobowy wzór ekspresji genów chłodowrażliwej linii kukurydzy w chłodzie ostrym (<10 °C) i w warunkach kontrolnych. Sondy z mikromacierzy opisano zgodnie z najnowszymi danymi z projektu sekwencjonowania genomu kukurydzy. Analiza statystyczna pozwoliła wydzielić grupy genów o ekspresji zmienionej bezpośrednio przez chłód oraz o zaburzonym dobowym wzorze ekspresji, co może być skutkiem zaburzeń ekspresji genów zegara. Analiza funkcjonalna obejmowała nadreprezentację kategorii Gene Ontology i domen białkowych, a także potencjalne zmiany w szlakach metabolicznych. Otrzymane wyniki porównano z wynikami eksperymentów mikromacierzowych, badających wpływ chłodu umiarkowanego (~14 °C) i infekcji patogenem grzybowym na ekspresję genów kukurydzy. W tym celu przeprowadzono metaanalizę, do której włączono dane z publicznych baz danych. W stresie chłodu zaburzeniu uległa transkrypcja genów zegara biologicznego oraz genów związanych z metabolizmem węgla, w tym fotosyntetycznych. Pewne zmiany transkryptomu mogły mieć charakter aklimatyzacji, w szczególności zwiększona ekspresja genów związanych z dostosowaniem osmotycznym, przeciwutleniaczami, flawonoidami, fenylopropanoidami i składnikami ściany komórkowej. Chłód wpływał również na ekspresję elementów przekaźnictwa sygnału wewnątrz komórki, w tym ścieżki specyficznej dla stresu. Metaanaliza danych z kilku projektow mikromacierzowych – odnoszących się do działania stresu biotycznego i abiotycznego – pozwoliła określić specyficzne dla chłodu ostrego reakcje transkryptomu kukurydzy. Reakcje te obejmowały indukcję ekspresji genów związanych z syntezą nośników energii i substratów innych syntez; lipidów (błony, szlak transdukcji sygnału); stachiozy (osmoregulacja) a także z metabolizmem trehalozy (sygnalizacja stanu energetycznego komórki) oraz z degradacją glutaminianu i kwasu abscysynowego. Wymienione procesy mogą być istotne dla wrażliwości kukurydzy na chłód i są warte zbadania na poziomie proteomicznym

Bacteriophage Procurement for Therapeutic Purposes

Bacteriophages (phages), discovered 100 years ago, are able to infect and destroy only bacterial cells. In the current crisis of antibiotic efficacy, phage therapy is considered as a supplementary or even alternative therapeutic approach. Evolution of multidrug-resistant and pandrug-resistant bacterial strains poses a real threat, so it is extremely important to have the possibility to isolate new phages for therapeutic purposes. Our phage laboratory and therapy center has extensive experience with phage isolation, characterization and therapeutic application. In this article we present current progress in bacteriophages isolation and use for therapeutic purposes, our experience in this field and its practical implications for phage therapy. Herein we attempt to summarize the state of the art: properties of phages, the methods for their isolation, criteria of phage selection for therapeutic purposes and limitations of their use. Perspectives for the use of genetically engineered phages to specifically target bacterial virulence-associated genes are also briefly presented