Genomic deletions of MSH2 and MLH1 in colorectal cancer families detected by a novel mutation detection approach

Hereditary non-polyposis colorectal cancer is an autosomal dominant condition due to germline mutations in DNA-mismatch-repair genes, in particular MLH1, MSH2 and MSH6. Here we describe the application of a novel technique for the detection of genomic deletions in MLH1 and MSH2. This method, called multiplex ligation-dependent probe amplification, is a quantitative multiplex PCR approach to determine the relative copy number of each MLH1 and MSH2 exon. Mutation screening of genes was performed in 126 colorectal cancer families selected on the basis of clinical criteria and in addition, for a subset of families, the presence of microsatellite instability (MSI-high) in tumours. Thirty-eight germline mutations were detected in 37 (29.4%) of these kindreds, 31 of which have a predicted pathogenic effect. Among families with MSI-high tumours 65.7% harboured germline gene defects. Genomic deletions accounted for 54.8% of the pathogenic mutations. A complete deletion of the MLH1 gene was detected in two families. The multiplex ligation-dependent probe amplification approach is a rapid method for the detection of genomic deletions in MLH1 and MSH2. In addition, it reveals alterations that might escape detection using conventional diagnostic techniques. Multiplex ligation-dependent probe amplification might be considered as an early step in the molecular diagnosis of hereditary non-polyposis colorectal cancer

The construction of a Solanum habrochaites LYC4 introgression line population and the identification of QTLs for resistance to Botrytis cinerea

Tomato (Solanum lycopersicum) is susceptible to grey mold (Botrytis cinerea). Partial resistance to this fungus has been identified in accessions of wild relatives of tomato such as Solanum habrochaites LYC4. In a previous F2 mapping study, three QTLs conferring resistance to B. cinerea (Rbcq1, Rbcq2 and Rbcq4a) were identified. As it was probable that this study had not identified all QTLs involved in resistance we developed an introgression line (IL) population (n = 30), each containing a S. habrochaites introgression in the S. lycopersicum cv. Moneymaker genetic background. On average each IL contained 5.2% of the S. habrochaites genome and together the lines provide an estimated coverage of 95%. The level of susceptibility to B. cinerea for each of the ILs was assessed in a greenhouse trial and compared to the susceptible parent S. lycopersicum cv. Moneymaker. The effect of the three previously identified loci could be confirmed and seven additional loci were detected. Some ILs contains multiple QTLs and the increased resistance to B. cinerea in these ILs is in line with a completely additive model. We conclude that this set of QTLs offers good perspectives for breeding of B. cinerea resistant cultivars and that screening an IL population is more sensitive for detection of QTLs conferring resistance to B. cinerea than the analysis in an F2 population

The National Immunisation Programme now and in the future: developments in 2005

The National Immunisation Programme in the Netherlands is effective and safe. The target diseases are largely under control. However, in 2004/2005 a rubella outbreak occurred among individuals who had declined vaccination on religious grounds. Furthermore, there have been incidents of mumps (among vaccinated individuals) and measles (among unvaccinated individuals) in 2004 and 2005. In January 2005 the diphtheria, tetanus, whole-cell pertussis and Haemophilus influenzae vaccine was replaced by a combination vaccine including an acellular pertussis component and subsequently a decrease in adverse events was noticed. From January 2006 onwards, children of hepatitis B antigen-positive mothers will receive an extra vaccination at birth. The National Immunisation Programme could be extended with new target diseases. In April 2006, pneumococcal vaccination for infants will be introduced and to evaluate the effects of vaccination it is desired to enhance the surveillance of invasive pneumococcal disease. The desirability to introduce vaccinations for chickenpox, shingles, human papillomavirus and rotavirus must be considered on the short-term, because of the availability of vaccines for these diseases. To gain insight into the health and economic effects of these vaccinations, cost-effectiveness studies are advised. Due to various reasons, extension of the programme with vaccinations against influenza, hepatitis A, meningococcal serogroup B, respiratory synctial virus and tuberculosis is not yet recommended. Monitoring the effectiveness of the National Immunisation Programme remains important. Maintaining high vaccine uptake is vital to prevent (re)emergence of disease.Het Rijksvaccinatieprogramma in Nederland is effectief en veilig. De ziekten waartegen momenteel wordt gevaccineerd zijn grotendeels onder controle. In 2004/2005 heerste er echter een rubella epidemie voornamelijk onder personen waarbij vaccinatie was geweigerd op grond van bevindelijk gereformeerde overtuiging. Daarnaast zijn er in 2004 en 2005 incidenten van bof (onder gevaccineerden) en van mazelen (onder niet gevaccineerden) geweest. Per 1 januari 2005 is het difterie, tetanus, poliomyelitis, hele-cel kinkhoest en Haemophilus influenzae vaccin vervangen door een combinatievaccin met een a-cellulaire kinkhoestcomponent en is een daling zichtbaar in het aantal meldingen van postvaccinale verschijnselen. Vanaf 1 januari 2006 zullen kinderen die geboren worden uit moeders die chronisch geinfecteerd zijn met hepatitis B vlak na de geboorte een extra vaccinatie krijgen. Het Rijksvaccinatieprogramma kan met vaccins tegen andere ziekten uitgebreid worden. Vanaf 1 april 2006 zal pneumokokkenvaccinatie voor kinderen ingevoerd worden en om de effecten hiervan te evalueren is uitbreiding van surveillance van invasieve pneumokokken infecties gewenst. De wenselijkheid van opname van vaccinatie tegen waterpokken, gordelroos, humaan papillomavirus en rotavirus moet op korte termijn overwogen worden, gezien de beschikbaarheid van deze vaccins. Om inzicht te krijgen in de gezondheids- en economische effecten van deze vaccinaties is kosten-effectiviteitsonderzoek geindiceerd. Opname in het Rijksvaccinatieprogramma van vaccins tegen influenza, hepatitis A, meningokokken B, respiratoir synctieel virus en tuberculose is om verschillende redenen op korte termijn nog niet aan de orde. Voortdurende bewaking van de effectiviteit van het Rijksvaccinatieprogramma is van groot belang. Handhaven van de hoge vaccinatiegraad is essentieel om terugkeer van ziekten te voorkomen

The National Immunisation Programme now and in the future: developments in 2005

Het Rijksvaccinatieprogramma in Nederland is effectief en veilig. De ziekten waartegen momenteel wordt gevaccineerd zijn grotendeels onder controle. In 2004/2005 heerste er echter een rubella epidemie voornamelijk onder personen waarbij vaccinatie was geweigerd op grond van bevindelijk gereformeerde overtuiging. Daarnaast zijn er in 2004 en 2005 incidenten van bof (onder gevaccineerden) en van mazelen (onder niet gevaccineerden) geweest. Per 1 januari 2005 is het difterie, tetanus, poliomyelitis, hele-cel kinkhoest en Haemophilus influenzae vaccin vervangen door een combinatievaccin met een a-cellulaire kinkhoestcomponent en is een daling zichtbaar in het aantal meldingen van postvaccinale verschijnselen. Vanaf 1 januari 2006 zullen kinderen die geboren worden uit moeders die chronisch geinfecteerd zijn met hepatitis B vlak na de geboorte een extra vaccinatie krijgen. Het Rijksvaccinatieprogramma kan met vaccins tegen andere ziekten uitgebreid worden. Vanaf 1 april 2006 zal pneumokokkenvaccinatie voor kinderen ingevoerd worden en om de effecten hiervan te evalueren is uitbreiding van surveillance van invasieve pneumokokken infecties gewenst. De wenselijkheid van opname van vaccinatie tegen waterpokken, gordelroos, humaan papillomavirus en rotavirus moet op korte termijn overwogen worden, gezien de beschikbaarheid van deze vaccins. Om inzicht te krijgen in de gezondheids- en economische effecten van deze vaccinaties is kosten-effectiviteitsonderzoek geindiceerd. Opname in het Rijksvaccinatieprogramma van vaccins tegen influenza, hepatitis A, meningokokken B, respiratoir synctieel virus en tuberculose is om verschillende redenen op korte termijn nog niet aan de orde. Voortdurende bewaking van de effectiviteit van het Rijksvaccinatieprogramma is van groot belang. Handhaven van de hoge vaccinatiegraad is essentieel om terugkeer van ziekten te voorkomen.The National Immunisation Programme in the Netherlands is effective and safe. The target diseases are largely under control. However, in 2004/2005 a rubella outbreak occurred among individuals who had declined vaccination on religious grounds. Furthermore, there have been incidents of mumps (among vaccinated individuals) and measles (among unvaccinated individuals) in 2004 and 2005. In January 2005 the diphtheria, tetanus, whole-cell pertussis and Haemophilus influenzae vaccine was replaced by a combination vaccine including an acellular pertussis component and subsequently a decrease in adverse events was noticed. From January 2006 onwards, children of hepatitis B antigen-positive mothers will receive an extra vaccination at birth. The National Immunisation Programme could be extended with new target diseases. In April 2006, pneumococcal vaccination for infants will be introduced and to evaluate the effects of vaccination it is desired to enhance the surveillance of invasive pneumococcal disease. The desirability to introduce vaccinations for chickenpox, shingles, human papillomavirus and rotavirus must be considered on the short-term, because of the availability of vaccines for these diseases. To gain insight into the health and economic effects of these vaccinations, cost-effectiveness studies are advised. Due to various reasons, extension of the programme with vaccinations against influenza, hepatitis A, meningococcal serogroup B, respiratory synctial virus and tuberculosis is not yet recommended. Monitoring the effectiveness of the National Immunisation Programme remains important. Maintaining high vaccine uptake is vital to prevent (re)emergence of disease.VW

Surveillance of pathogens in the Netherlands - Detailed characterization of pathogens which are relevant for the public health

Increased surveillance of pathogens may for strengthen the prevention and control of infectious diseases. Infectious diseases cause a considerable burden of disease the Netherlands. Detailed characterization of pathogens will yield insight in changes of the pathogen itself, in changes in transmission patterns, and in changes in virulence and resistance. Therefore it is necessary to determine which pathogens should be studied, to what level of detail, and how they should be collected. In this report , the bacteria, viruses and parasites that give the the greatest burden of disease or present the greatest risk for the public health have been described in a standardized way. Several pathogens emerge from this study for which an increase in collection and characterization is desirable. Examples are: 1) Human papillomavirus, to improve assessment of the potential vaccine efficacy. 2) Influenza virus, to better characterize resistance to antiviral drugs. 3) Bordetella pertusis (whooping cough), to detect population changes that can influence vaccine efficacy. 4) Meticillin-resistance Staphylococcus aureus (MRSA), to reduce delays in contact-source tracing and containment. The pathogen surveillance in the Netherlands will be intensified on basis of this report. This enhanced surveillance will be executed in close co-operation with the peripheral microbiological laboratories.Verdere intensivering van de analyse van pathogenen in Nederland is nodig om preventie en bestrijding van infectieziekten te verbeteren. Infectieziekten veroorzaken een aanzienlijke ziektelast in Nederland. Daarnaast gaat van infectieziekten ook een grote dreiging uit voor de openbare gezondheidszorg. Detailkarakterisering van pathogenen geeft inzicht in mogelijke veranderingen van de pathogeen zelf, zoals veranderde virulentie of resistentie. Daarnaast levert het ook inzicht in mogelijk veranderde transmissieroutes. Wel is het noodzakelijk om goed af te wegen welke pathogenen gekarakteriseerd moeten worden, tot welk detailniveau, en hoe groot de steekproef van een bepaalde pathogeen moet zijn om een representatief beeld te krijgen. In dit rapport zijn de bacterien, virussen en parasieten die de grootste ziektelast veroorzaken of de grootste bedreiging vormen voor de openbare gezondheidszorg op een gestandariseerde manier beschreven. In deze beschrijving is in het bijzonder aandacht besteed aan de relevantie van de pathogenen voor de openbare gezondheidszorg. Uit deze inventariserende studie komen een aantal pathogenen naar voren waarvan het wenselijk is om die intensiever te verzamelen en te karateriseren. Voorbeelden hiervan zijn: 1) Humaan papillomavirus, om de potentiele vaccineffectiviteit beter te kunnen inschatten. 2) Influenzavirus, om resistentie tegen antivirale middelen beter in kaart te brengen. 3) Bordetella pertusis (kinkhoest), om populatieveranderingen, die mogelijk de vaccineffectiviteit verlagen, beter te kunnen waarnemen. 4) Meticilline resistente Staphylococcus aureus (MRSA), om bron-en-contact opsporing en inperkingsmaatregelen te versnellen. Dit rapport zal als basis dienen voor de intensivering van de kiemsurveillance van pathogenen in Nederland, die in samenwerking met de perifere microbiologische laboratoria uitgevoerd zal gaan worden