Species Accumulation Curves and Incidence-Based Species Richness Estimators to Appraise the Diversity of Cultivable Yeasts from Beech Forest Soils

Background: Yeast-like fungi inhabit soils throughout all climatic zones in a great abundance. While recent estimations predicted a plethora of prokaryotic taxa in one gram of soil, similar data are lacking for fungi, especially yeasts. Methodology/Principal Findings: We assessed the diversity of soil yeasts in different forests of central Germany using cultivation-based techniques with subsequent identification based on rDNA sequence data. Based on experiments using various pre-cultivation sample treatment and different cultivation media we obtained the highest number of yeasts by analysing mixed soil samples with a single nutrient-rich medium. Additionally, several species richness estimators were applied to incidence-based data of 165 samples. All of them predicted a similar range of yeast diversity, namely 14 to 16 species. Randomized species richness curves reached saturation in all applied estimators, thus indicating that the majority of species is detected after approximately 30 to 50 samples analysed. Conclusions/Significance: In this study we demonstrate that robust species identification as well as mathematical approaches are essential to reliably estimate the sampling effort needed to describe soil yeast communities. This approach has great potential for optimisation of cultivation techniques and allows high throughput analysis in the future

Изучение эффективности, безопасности и оценка удовлетворенности ингаляционной терапией препаратом Тобрамицин-Гобби при синегнойной инфекции у детей с муковисцидозом

Study of efficacy, safety, and patient satisfaction with inhaled tobramycin (Tobramycin-Gobbi) in children with cystic fibrosis and pseudomonas infectionAim of the study was to assess efficacy and safety of Tobramycin-Gobbi in CF, as well as the patients’ satisfaction with the treatment.Methods. 35 children from 6 to 18 years with CF were enrolled in this non-interventional prospective cohort multicenter study. All children had P. aeruginosa in the respiratory tract (newly diagnosed, recurrent, or chronic infection). The children received inhalation treatment with Tobramycin-Gobbi in the following cycles: 28-day treatment/28-day break, for 6 months. The studied parameters included respiratory function, bacterial cultures of the respiratory tract with a bacterial count, growth and body weight, antibiotic therapy for the respiratory episodes. The children and parents filled in a questionnaire “Treatment satisfaction assessment” and assessed their state of health on the visual-analog scale before and after each treatment cycle.Results. P. aeruginosa was eradicated in 17.7% of cases (6 patients, including 2 newly diagnosed, 3 recurrent infections, and 1 chronic infection), reduced bacterial count, decreased number of courses of antibiotic therapy, improvement of FEV1. Adverse reactions were reported by one patient.Conclusion. The efficacy, safety, and tolerability of Tobramicine Gobbi were confirmed in the patients with newly diagnosed, recurrent, and chronic infection caused by P. aeruginosa.Антибактериальная терапия (АБТ) синегнойной инфекции при муковисцидозе (МВ) остается основным фактором, определяющим функцию легких и продолжительность жизни больных. Основным патогеном, который определяет степень тяжести течения МВ, продолжительность и качество жизни пациентов, является Pseudomonas aeruginosa.Целью исследования явилось изучение эффективности, безопасности и оценка удовлетворенности ингаляционной терапии препаратом Тобрамицин-Гобби при синегнойной инфекции у детей с МВ.Материалы и методы. В неинтервенционном проспективном когортном многоцентровом исследовании принимали участие дети (n = 35; возраст – 6–18 лет) с установленным диагнозом МВ, наличием синегнойной инфекции (первый высев, рецидивирующая и хроническая инфекция), наблюдавшиеся в 8 российских центрах МВ. В течение 6 мес. дети получали ингаляционную терапию указанным препаратом циклами по 28 дней ингаляций / 28 дней перерыв. Контролировались показатели респираторной функции, бактериальная флора дыхательных путей с оценкой степени обсемененности, показатели массы тела и роста, применяемая АБТ по поводу респиратор- ных эпизодов. Дети и их родители заполняли анкету пациента «Оценка удовлетворенности препаратом», при этом отмечалось самочувствие по визуальной аналоговой шкале до начала лечения и после каждого цикла приема препарата.Результаты. На фоне терапии в 6 (17,7 %) случаях (2 – с первичным высевом, 3 – с рецидивирующим, 1 – с хронической синегнойной инфекцией) выявлено отсутствие высева P. аeruginosa, уменьшение степени обсемененности, сокращение числа курсов АБТ, улучшение показателей объема форсированного выдоха за 1-ю секунду. Зарегистрированы нежелательные побочные реакции (n = 1).Заключение. Показана эффективность препарата Тобрамицин-Гобби при первичном высеве, интермиттирующей и хронической инфекции, вызванной P. аeruginosa, его безопасность и хорошая переносимость

МЕДИКАМЕНТОЗНОЕ ЛЕЧЕНИЕ МУКОВИСЦИДОЗА В РОССИИ: АНАЛИЗ ДАННЫХ НАЦИОНАЛЬНОГО РЕГИСТРА (2014)

The aim of this study was to analyze drug therapy of patients with cystic fibrosis (CF) in Russia. Methods. Findings of the Russian National Register of CF patients, 2014, were used in this study. The 2014 Register included data for 2,131 patients (2,092 alive and 39 died) from 74 regions of Russia. The median age was 10.2 (15.2) years, 29.2% of patients were aged 18 years and older. We analyzed administration of bronchodilators, inhaled corticosteroids (ICS), systemic steroids, dornase alfa, hypertonic saline solution, macrolides, systemic and inhaled antibiotics, pancreatic enzymes, ursodeoxycholic acid, and fat-soluble vitamins. Results. Drug administration rates were as follows: bronchodilators, 65.9%; ICS, 21.7%; systemic steroids, 5.5%; macrolides, 32.4%; dornase-alfa, 92.8%; hypertonic saline solution, 45.9%; intravenous antibiotics, 62.3%; oral antibiotics, 73.3%; inhaled antibiotics, 41.3%; pancreatic enzymes, 93.3%; ursodeoxycholic acid, 91.4%; and fat-soluble vitamins, 88.3%. Conclusion. Compared to treatment of CF patients in the Western Europe, there is higher rate of administration of pancreatic enzymes, ursodeoxycholic acid, dornase alfa, hypertonic saline solution and intravenous antibiotics in Russia. Compared to treatment strategy in USA, there is higher rate of administration of pancreatic enzymes and lower rate of administration of bronchodilators, hypertonic saline solution and inhaled antibiotics in Russia. Муковисцидоз (МВ) – тяжелое мультисистемное заболевание, требующее комплексного медикаментозного и немедикаментозного лечения. Особенностям лекарственной терапии разнородных по числу и возрасту групп больных МВ, проживающих в разных регионах России, посвящено ограниченное число работ, однако общий анализ данных большой группы пациентов в рамках единого регистра ранее не проводился. Цель. Выявление особенностей медикаментозной терапии больных МВ в России по данным национального Регистра (2014). Материалы и методы. Использованы сведения о пациентах (n = 2 131; 2 092 живых и 39 умерших) из 74 регионов России, состоящих в национальном Регистре больных муковисцидозом (2014). Медиана возраста пациентов составила 10,2 (15,2) года, доля взрослых (не моложе 18 лет) – 29,2 %. Проанализирована частота назначения лекарственной терапии бронходилататорами, ингаляционными (иГКС) и системными (сГКС) глюкокортикостероидами (ГКС), дорназой альфа, гипертоническим раствором натрия хлорида, макролидами, системными и ингаляционными антибактериальными препаратами (АБП), панкреатическими ферментами, урсодезоксихолевой кислотой (УДХК), жирорастворимыми витаминами. Результаты. Частота применения медикаментозной терапии по России распределена следующим образом: бронходилататоры – 65,9 %; иГКС – 21,7 %; сГКС – 5,5 %; макролиды – 32,4 %; дорназа альфа – 92,8 %; гипертонический раствор натрия хлорида – 45,9 %; внутривенные АБП – 62,3 %; пероральные АБП – 73,3 %; ингаляционные АБП – 41,3 %; панкреатические ферменты – 93,3 %; УДХК – 91,4 %; жирорастворимые витамины – 88,3 %. Отмечено, что взрослым больным наиболее часто назначаются бронхолитические препараты, АБП и ГКС; реже применяются панкреатические ферменты и УДХК. Заключение. Среди особенностей терапии российских больных по сравнению со странами Западной Европы можно выделить высокую долю назначения панкреатических ферментов, УДХК, дорназы альфа, гипертонического раствора и внутривенных АБП. По сравнению с США чаще назначаются панкреатические ферменты, реже – бронходилататоры, гипертонический раствор натрия хлорида и ингаляционные АБП

Генетическая характеристика больных муковисцидозом в Российской Федерации по данным Национального регистра (2014)

The aim of this study was to investigate genetic features of patients with cystic fibrosis (CF) according to the National Register findings in Russia. Methods. The study involved 2,131 CF patients living in 74 regions of Russia who were included in the National Register of CF patients in 2014. Results. Genetic testing was performed in 89% of patients. The total mutant allele frequency was 81.2%. One hundred and twenty two mutations were found which comprised 173 genotypes; «mild» mutations took 23%. The most common mutant allele frequencies in the descending order were as follows: F508del, 51.53%; СFTRdele2,3, 5.93%; E92K, 2.62%; 3849+10kbC>T, 2.14%; 2184insA, 1.80%; W1282X, 1.80%; 2143delT, 1.69 %; N1303K, 1.43%; G542X, 1.16%; 1677delTA, 0.98%; L138ins, 0.95%; R334W, 0.85%; 394delTT, 0.85%; 3821delT, 0.42%; 2789+5G>A, 0.37%; S466X, 0.37%; S1196X, 0.37%; 3272-16T>A, 0.34%; W1282R, 0.29%; 3944delGT, 0.21%. Typical features of CFTR mutation distribution in Russian CF patients were lower frequency of mutations which are predominant worldwide, such as F508del, G542X, N1303K, and scarce G551D, 1717-1G>A, 2183AA>G mutations. On contrary, СFTRdele2,3, E92K, 2184insA, 2143delT, 1677delTA, L138ins mutations which are quite rare in Western Europe were encountered more often in Russia. «Mild» mutations were more common in Russian population of CF patients compared to European countries and have being increasing last years. Conclusion. Genetic features of Russian CF patients could be provided by Slavic, Turkic and Finno-Ugric genetic influence on Russian population.Генетическому разнообразию больных муковисцидозом (МВ) в России посвящены единичные работы на ограниченной выборке больных. Цель. Выявление особенностей генетического профиля больных МВ в России по данным Национального регистра (2014). Материалы и методы. Данные пациентов с МВ (n = 2 131) из 74 регионов России, включенные в Национальный регистр больных МВ (2014). Результаты. Генетическое обследование проведено у 89,0 % больных, суммарная аллельная частота выявленных мутаций составила 81,2 %. Выявлено 122 мутации, которые сформировали 173 различных генотипа, среди которых доля «мягких» генотипов составила 23,0 %. Аллельная частота самых распространенных мутаций представлена в порядке убывания: F508del – 51,53 %, СFTRdele2,3 – 5,93 %, E92K – 2,62 %, 3849+10kbC>T – 2,14 %, 2184insA – 1,80 %, W1282X – 1,80 %, 2143delT – 1,69 %, N1303K – 1,43 %, G542X – 1,16 %, 1677delTA – 0,98 %, L138ins – 0,95 %, R334W – 0,85 %, 394delTT – 0,85 %, 3821delT – 0,42 %, 2789+5G>A – 0,37 %, S466X – 0,37 %, S1196X – 0,37 %, 3272-16T>A – 0,34 %, W1282R – 0,29 %, 3944delGT – 0,21 %. Выявлено, что особенностями распределения мутаций. CFTRсреди российских больных МВ являются меньшая частота доминирующих в мире мутаций, таких как F508del, G542X, N1303K, единичная встречаемость мутаций G551D, 1717-1G>A, 2183AA>G и наоборот – более высокая частота мутаций, являющихся относительно редкими в западноевропейских странах: СFTRdele2,3, E92K, 2184insA, 2143delT, 1677delTA, L138ins. Другой особенностью является более высокая встречаемость «мягких» мутаций в России по сравнению со странами Европы. Выявлено, что доля «мягких» мутаций в популяции больных МВ на протяжении последних лет увеличивается. Заключение. При формировании населения России особенности генетического профиля российских больных МВ определяются славянскими, тюркскими и финно-угорскими влияниями

Early Evaluation of the Efficiency of Antibiotic Therapy for Nosocomial Pneumonia by Quantifying Lipopolysaccharide

Objective: to evaluate the efficiency of intravenous and inhaled antibiotic therapy for nosocomial pneumonia caused by gram-negative bacteria by quantifying lipopolysaccharide (LPS). Subjects and methods. Examinations were made in 54 patients with mechanical ventilation-associated nosocomial pneumonia. Conventional de-escalating intravenous antibiotic therapy (with carbapenems) was used in Group 1 (n=26). Inhaled antibiotic monotherapy with TOBI (tobramycin) in a dose of 300 mg every 12 hours for 10—12 days was performed in Group 2 (n=28). The use of inhaled tobramycin as a monodrug was due to the absence of other infection foci. LPS was quantified using a diagnostic activated particle-method-endotox spp. kit (A. N. Bakulev Research Center of Cardiovascular Surgery, Russian Academy of Medical Sciences, OOO ROKHAT Research-and-Production Firm, Russia). Results. The first administration of the antibiotic is accompanied by a higher arteriovenous difference in the content of gram-negative bacterial LPS due to increased arterial endotoxemia. Conclusion. Elevated arterial blood LPS levels after initiation of systemic or inhaled antibiotic therapy for nosocomial pneumonia may be employed as an early criterion for its efficiency. Tobramycin inhalations give rise to a significant increase in arterial lipopolysaccharidemia as compared to de-escalation therapy with carbapenems with low rates of adverse reactions and undesirable events. Key words: nosocomial pneumonia, lipopolysaccharide, arteriovenous difference, inhaled tobramycin