Short and oral antimicrobial therapy for diabetic foot infection: a narrative review of current knowledge

Diabetic foot infection is a frequent complication in long-standing diabetes mellitus. For antimicrobial therapy of this infection, both the optimal duration and the route of administration are often based more on expert opinion than on published evidence. We reviewed the scientific literature, specifically seeking prospective trials, and aimed at addressing two clinical issues: (1) shortening the currently recommended antibiotic duration and (2) using oral (rather than parenteral) therapy, especially after the patient has undergone debridement and revascularization. We also reviewed some older key articles that are critical to our understanding of the treatment of these infections, particularly with respect to diabetic foot osteomyelitis. Our conclusion is that the maximum duration of antibiotic therapy for osteomyelitis should be no more than to 4-6 weeks and might even be shorter in selected cases. In the future, in addition to conducting randomized trials and propagating national and international guidance, we should also explore innovative strategies, such as intraosseous antibiotic agents and bacteriophages

Taxonomic classification and identification of fine leaved fescues collected from Eastern Anatolia of Turkey using flow cytometer

Fescues are a very complex group of grasses of the Poaceae family. They have a wide adaptation as they are distributed all over the world. The close morphological resemblance of species (Festuca spp.) makes their identification and classification difficult. Therefore, it is not clear how many true species are included in the genus Festuca, but the estimated range is beween 400 and 500 species. It is well-known that nuclear DNA content among species varies considerably, and it accompanies the evolution of species and species groups. This is mainly because of chromosomal variations, but similar differences also exist among closely related species with the same chromosome number. Also, natural hybridization due to open pollination presents difficulties in distinguishing closely related taxa using morphological analysis. The objective of this study was to determine nuclear DNA content and ploidy level of over 130 populations of fescues collected from the natural flora of Eastern Anatolia by flow cytometer using PI as Fluorochrome. Based on the results of nuclear DNA content analysis, 2C nuclear DNA content of populations varied between 4.63 and 15.03 pg. These results indicate that fescue genetic materials collected from nature have a mixture of different species and ploidy levels. Therefore, prior characterization is a necessity before including them in breeding programmes. The results also indicated that flow cytometry provides easy, fast, relatively economic and reliable method to screen newly collected populations of plant genetic resources. © 2020 International Society for Horticultural Science. All rights reserved.113O156, AR.13.01This study was supported by Namik Kemal University and TUBITAK with project numbers NKUBAP.00.24.AR.13.01 and 113O156, respectively

DETECTION OF PHYSIOLOGICAL AND GENOTOXIC DAMAGES REFLECTING TOXICITY IN KALANCHOE CLONES

In order to make assessments in understanding of physiological and genotoxic effects of imposing cadmium (Cd) on photosynthetic pigment contents along with the changes occurring in genetic material of Kalanchoe plants were used in relation to various Cd-treatments. Young plantlets were originated from a single host plant as clones, and developed in vitro. Developed clones were grown in standard pots with daily watering of Hoagland solution (20 ml) containing different concentrations of cadmium chloride for two months. Cd concentrations of the collected samples were measured by employing ICP-OES and RAPD-PCR technique was applied for detecting the genotoxic effects of Cd. After two month of experimental period, the comparisons between unexposed and exposed Kalanchoe clone groups revealed reductions in photosynthetic pigment contents, especially at the highest level of Cd exposure and a genomic instability when application of Cd concentration increases. RAPD-PCR analyses demonstrated the distinguishable banding pattern in number and band intensities between Cd-treated and control groups. In addition, progressive Cd accumulations in leaves, stems and roots of plant samples were observed when the application of exposure level increased.Marmara University, Commission of Scientific Research ProjectMarmara University [FEN-C-YLP-040712-0283]This study was funded by Marmara University, Commission of Scientific Research Project under grant FEN-C-YLP-040712-0283.WOS:0003739272000202-s2.0-8503888275

Comparison of colistin-carbapenem, colistin-sulbactam, and colistin plus other antibacterial agents for the treatment of extremely drug-resistant Acinetobacter baumannii bloodstream infections

23rd European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID) -- 41394 -- Berlin, GERMANYbalkan, ilker inanc/0000-0002-8977-5931; altay, fatma aybala/0000-0002-7149-2968; Durdu, Bulent/0000-0002-0244-4006; Karabay, Oguz/0000-0003-0502-432XWOS: 000338723600006PubMed: 24532009The purpose of this investigation was to compare the efficacy of colistin-based therapies in extremely drug-resistant Acinetobacter spp. bloodstream infections (XDR-ABSI). A retrospective study was conducted in 27 tertiary-care centers from January 2009 to August 2012. The primary end-point was 14-day survival, and the secondary end-points were clinical and microbiological outcomes. Thirty-six and 214 patients [102 (47.7 %): colistin-carbapenem (CC), 69 (32.2 %): colistin-sulbactam (CS), and 43 (20.1 %: tigecycline): colistin with other agent (CO)] received colistin monotherapy and colistin-based combinations, respectively. Rates of complete response/cure and 14-day survival were relatively higher, and microbiological eradication was significantly higher in the combination group. Also, the in-hospital mortality rate was significantly lower in the combination group. No significant difference was found in the clinical (p = 0.97) and microbiological (p = 0.92) outcomes and 14-day survival rates (p = 0.79) between the three combination groups. Neither the timing of initial effective treatment nor the presence of any concomitant infection was significant between the three groups (p > 0.05) and also for 14-day survival (p > 0.05). Higher Pitt bacteremia score (PBS), Acute Physiology and Chronic Health Evaluation II (APACHE II) score, Charlson comorbidity index (CCI), and prolonged hospital and intensive care unit (ICU) stay before XDR-ABSI were significant risk factors for 14-day mortality (p = 0.02, p = 0.0001, p = 0.0001, p = 0.02, and p = 0.01, respectively). In the multivariable analysis, PBS, age, and duration of ICU stay were independent risk factors for 14-day mortality (p < 0.0001, p < 0.0001, and p = 0.001, respectively). Colistin-based combination therapy resulted in significantly higher microbiological eradication rates, relatively higher cure and 14-day survival rates, and lower in-hospital mortality compared to colistin monotherapy. CC, CS, and CO combinations for XDR-ABSI did not reveal significant differences with respect to 14-day survival and clinical or microbiological outcome before and after propensity score matching (PSM). PBS, age, and length of ICU stay were independent risk factors for 14-day mortality

SEMİRİJİD ÜRETEROSKOPİ SIRASINDA DOUBLE-J STENT YERLEŞTİRME PREDİKTÖRLERİNİN MAKİNE ÖĞRENMESİ KULLANILARAK ARAŞTIRILMASI

Amaç: Üreter taşı nedeni ile yapılan semirijid üreteroskopi (URS)operasyonunda double-j (D-J) stent kullanımı idrar drenajını ve pasajıgüvenceye almakla birlikte, postoperatif dönemde dizüri, hematüri veağrı gibi semptomlara yol açarak hastaların hayat kalitesini bozabilmektedir. Hangi durumlarda stent gerekliliğinin daha fazla olabileceğiile ilgili literatürde çalışmalar bulunmaktadır. Yapılmış farklı çalışmalarda; komorbidite varlığı, şok dalga tedavisi (SWL) öyküsü, uzamışoperasyon süresi, impakte üreter taşı, taş dansitesi, yaş, soliter böbrek,intraoperatif komplikasyon varlığı, intraoperatif rezidü fragman varlığı, üreter duvar kalınlığı gibi faktörler anlamlı bulunmuş. Son yıllardatıbbın her alanında olduğu gibi ürolojide de yapay zekanın alt kümesiolan makine öğrenmesinin kullanıldığı çalışmalar yaygınlaşmaktadır.Biz de üreter taşı nedeni ile semirijid URS yapılan hastalarda D-J stenttakılma gerekliliğini öngörmede makine öğrenmesi kullanarak analizyapmayı amaçladık.Metod: Prospektif olarak oluşturulmuş Minimal İnvaziv Üroloji Derneği Taş Çalışma Grubu Veri Tabanı incelemeye alındı. (Minimal İnvaziv Üroloji Derneği Taş Çalışma Grubu Veri Toplama Projesi isimli,Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Klinik Araştırmalar Etik Kurulu, 2023/144karar numaralı, B.30.2.ODM.0.20.08/223-276 sayılı gözlem nitelikliaraştırma projesi) Veritabanından üreter taşı nedeni ile semirijid URSyapılmış hastalar seçildi. Prestenting yapılmış hastalar eş zamanlı retrograd intrarenal cerrahi de yapılmış hastalar çalışma dışı bırakıldı.Çalışmanın çıkış noktası preoperatif dönemde D-J stent yerleştirmeihtimalini öngörebilmek ve hastalara preoperatif dönemde bu gereklilik ihtimali hakkında sağlıklı bilgi verebilmek olduğundan, operasyonsüresi, intraoperatif komplikasyon gelişimi, intraoperatif rezidü fragmanvarlığı gibi değişkenler analize dahil edilmedi. Kullanılan makine öğrenmesi metodları; Lojistik Regresyon (LR), Radial Basis Function SupportVector Machine (RBF-SVM) ve Random Forest (RF) idi.Sonuçlar: Şubat 2022 – Ocak 2023 arasında semirijid URS yapılmış 297 hasta çalışmaya dahil edildi. Hastalardan 38/297’sine&nbsp;(%12,8) D-J stent kullanımadı. Demografik, klinik, görüntüleme velaboratuvar bulgularını içeren toplam 26 feature kullanıldı. Makineöğrenmesi metodlarından eğri altında kalan alan (AUC) değeri enyüksek olanı; RBF-SVM (AUC:0,77) idi. Lojistik Regresyon’un AUCdeğeri 0,42 iken, RF metodunun AUC değeri 0,51 idi.Tartışma: Bizim bilgimize göre literatürde semirijid URS yapılanhastalarda D-J takılmasını öngörmede makine öğrenmesine dayalıanaliz yapılan bir çalışma bulunmamaktadır. Makine öğrenmesi doğrusal olmayan, kompleks, karmaşık ilişkileri saptamada etkili bir yöntemdir. RBF-SVM doğrusal olmayan problemleri çözmede LR’ye göreçok daha üstün bir metoddur. Bizim çalışmamızda LR’nin prediktifdeğerinin RBF-SVM’den çok daha düşük bulunması; semirijid URSyapılan hastalarda D-J takılma gerekliliği durumunun kompleks doğrusal olmayan birtakım değişkenlerden etkilendiğini göstermektedir.Biz de makine öğrenmesi metodlarını kullanarak yüksek prediktif değerler elde edebildik</p

RETROGRAD İNTRARENAL CERRAHİ OPERASYONUNDA TAŞSIZLIK VE KOMPLİKASYONU ÖNGÖRMEDE MAKİNE ÖĞRENMESİ ALGORİTMALARI KULLANIMI

Amaç: Son yıllarda tıbbın her alanında olduğu gibi ürolojide deyapay zekanın alt kümesi olan makine öğrenmesinin kullanıldığı çalışmalar yaygınlaşmaktadır. Ancak literatürde retrograd intrarenal cerrahi (RIRS) yapılan böbrek taşı hastalarında taşsızlık şansı ve komplikasyon ihtimalini öngörmede makine öğrenmesi kullanılarak analizyapılan sadece birkaç çalışma bulunmaktadır. Biz de RIRS yapılanhastalarda taşsızlık şansı ve komplikasyon ihtimalini öngörebilmek içinmakine öğrenmesi metodları kullanarak analiz yapmayı amaçladık.Metod: Prospektif olarak oluşturulmuş Minimal İnvaziv ÜrolojiDerneği Taş Çalışma Grubu Veri Tabanı incelemeye alındı. (Minimal İnvaziv Üroloji Derneği Taş Çalışma Grubu Veri Toplama Projesiisimli, Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Klinik Araştırmalar Etik Kurulu,2023/144 karar numaralı, B.30.2.ODM.0.20.08/223-276 sayılı gözlem nitelikli araştırma projesi) Veritabanından RIRS yapılmış hastalar seçildi. Veri setimizde yer alan hastaların R.I.R.S skorlama sistemi skorları, Seoul Üniversitesi böbrek taşı skorları ve Resorlu Unsalböbrek taşı skorları yer almaktaydı. Bu skorlar ve veri setimizde yeralan değişkenler kullanılarak oluşturulan tahmin modeli ayrı ayrı veçeşitli şekillerde kombine edilerek analiz yapıldı. Kullanılan makineöğrenmesi metodları; Lojistik Regresyon (LR), Radial Basis FunctionSupport Vector Machine (RBF-SVM) ve Random Forest (RF) idi.Sonuçlar: Şubat 2022 – Ocak 2023 arasında RIRS yapılmış 355hastadan eksik verileri olan 56 hasta çıkarıldıktan sonra 299 hastaçalışmaya dahil edildi. Taşsızlık 207/299 (%69,2) hastada elde edilmişken, 37/299 (%12,3) hastada komplikasyon görüldü. Taşsızlık vekomplikasyonu öngörmede 4 farklı skorlama sistemi için ayrı ayrı,bütün skorlama sistemleri birarada kullanılarak, bizim değişkenlerimizle oluşturduğumuz model kullanılarak ve bizim değişkenlerimizintüm skorlama sistemleriyle kombine edildiği model kullanılarak analizyapıldı. Her bir analizde LR, RBF-SVM ve RF algoritmaları ayrı ayrıçalışıldı. Bizim modelimizin AUC değeri; hem komplikasyonu (AUC: 0,86, RF-filtre) hem de taşsızlığı (AUC : 0,81, RF) öngörmede dörtfarklı skorlama sisteminin ayrı ayrı tek başlarına kullanıldığı analizlerden daha yüksek çıktı. Ayrıca bizim modelimizin hem komplikasyonuhem de taşsızlığı öngörmede AUC değeri en yüksekti. Detaylar Tabloolarak ekte verilmiştir.Tartışma: Bizim bilgimize göre literatürde RIRS yapılan hastalardataşsızlığı öngörmede makine öğrenmesi kullanımına dayanan sadecebirkaç adet çalışma bulunmaktadır. Ayrıca literatürdeki bu çalışmalarda skorlama sistemleri ile karşılaştırmalı değerlendirme yapılmamıştır. Bizim çalışmamızın özgün yanı, R.I.R.S. skorlama sistemi, SeoulÜniversitesi böbrek taşı skoru, Resorlu-Unsal taş skoru olmak üzere3 farklı skorlama sistemi ile karşılaştırmalı analiz yapmış olmamızdır.Komplikasyon ihtimalini ve taşsızlık şansını öngörmede bizim modelimizin prediktif değeri en yüksek bulundu. Bu çalışma ön sonuçlarıiçermektedir. Minimal İnvaziv Üroloji Derneği Taş Çalışma Grubu VeriTabanı’na prospektif olarak veri girişi devam etmektedir</p