The transcriptome of Candida albicans mitochondria and the evolution of organellar transcription units in yeasts.

BACKGROUND Yeasts show remarkable variation in the organization of their mitochondrial genomes, yet there is little experimental data on organellar gene expression outside few model species. Candida albicans is interesting as a human pathogen, and as a representative of a clade that is distant from the model yeasts Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe. Unlike them, it encodes seven Complex I subunits in its mtDNA. No experimental data regarding organellar expression were available prior to this study. METHODS We used high-throughput RNA sequencing and traditional RNA biology techniques to study the mitochondrial transcriptome of C. albicans strains BWP17 and SN148. RESULTS The 14 protein-coding genes, two ribosomal RNA genes, and 24 tRNA genes are expressed as eight primary polycistronic transcription units. We also found transcriptional activity in the noncoding regions, and antisense transcripts that could be a part of a regulatory mechanism. The promoter sequence is a variant of the nonanucleotide identified in other yeast mtDNAs, but some of the active promoters show significant departures from the consensus. The primary transcripts are processed by a tRNA punctuation mechanism into the monocistronic and bicistronic mature RNAs. The steady state levels of various mature transcripts exhibit large differences that are a result of posttranscriptional regulation. Transcriptome analysis allowed to precisely annotate the positions of introns in the RNL (2), COB (2) and COX1 (4) genes, as well as to refine the annotation of tRNAs and rRNAs. Comparative study of the mitochondrial genome organization in various Candida species indicates that they undergo shuffling in blocks usually containing 2-3 genes, and that their arrangement in primary transcripts is not conserved. tRNA genes with their associated promoters, as well as GC-rich sequence elements play an important role in these evolutionary events. CONCLUSIONS The main evolutionary force shaping the mitochondrial genomes of yeasts is the frequent recombination, constantly breaking apart and joining genes into novel primary transcription units. The mitochondrial transcription units are constantly rearranged in evolution shaping the features of gene expression, such as the presence of secondary promoter sites that are inactive, or act as "booster" promoters, simplified transcriptional regulation and reliance on posttranscriptional mechanisms

Charakterystyka kliniczna i angiograficzna choroby wieńcowej u młodych dorosłych: badanie jednoośrodkowe

Background: Coronary artery disease (CAD) in young adults under 40 years of age is a growing medical, social, psychological and economical problem, related to the prevalence of civilization-related diseases and unhealthy lifestyle. The problem of CAD in young people has not been characterised as well as in older individuals, as the available data mostly come from case reports and small series, often related to genetic aspects and familial occurrence of the disease. Aim: To assess clinical and angiographic characteristics of young adults with CAD and to evaluate in-hospital and long-term mortality in this patient group. The study combined a retrospective and a prospective approach. Methods: A total of 239 patients aged 40 years or younger who underwent coronary angiography (CAG) in the Swietokrzyskie Centre of Cardiology in Kielce in 2001–2008 were included in this study. Demographic characteristics, risk factor profile, laboratory test results, electrocardiographic and echocardiographic findings, CAG findings, and in-hospital mortality were as­sessed retrospectively in the selected groups. During the second stage of the study, clinical and mortality data were obtained prospectively in 130 patients (54.4% of the study group) during up to 5 years of follow-up. Results: The mean patient age was 35.1 ± 4.4 years. Men made up 86.2% of the study sample, and the proportion of rural area residents was 54.8%. Among young patients with acute coronary syndromes (ACS), the most common presentation (52.8%) was ST segment elevation myocardial infarction (STEMI). Angiographically normal coronary arteries were found in 37.2% of CAD patients and in 16.9% of patients with the diagnosis of ACS. The mean degree of coronary artery lumen stenosis was 75.4% in the group with significant atherosclerotic coronary lesions (50–90%) and 95.9% in the group demonstrating a critical coronary obstruction (≥ 90%). Single-vessel disease was identified in 61.9% of patients with a positive result of CAG (steno­sis > 50%, CORO(+) group). The most common location of significant atherosclerotic coronary lesions was the left anterior descending artery (61.6%) followed by the right coronary artery (27.4%). The most prevalent conventional cardiovascular risk factors were lipid abnormalities, cigarette smoking and an increased body mass index ≥ 25 kg/m2, followed by a family his­tory of CAD and hypertension. The proportion of patients with abnormal lipid profile, cigarette smoking and overweight or obesity was particularly high in the CORO(+) group (85.6%, 83.9%, and 64.4%, respectively). In-hospital mortality rate was low, at 0.7% among ACS patients. Long-term mortality during up to 5 years of follow-up was not so favourable, at 7.75% in ACS patients and 8.5% in the CORO(+) group. Conclusions: The population of young patients with CAD is predominantly male, rural, and characterised by a low socio­economic status. The aetiology of CAD in this patient group differs significantly from that in older patients and it is often associated with an unhealthy lifestyle related to rapid civilization changes. The rates of CAD risk factors in young adults are high and the most important risk factors are dyslipidaemia, smoking, and overweight/obesity. Single vessel disease and STEMI presentation were predominant in young patients. Short-term prognosis in young ACS patients is excellent, but long-term prognosis is significantly worse. Further studies on CAD in young adults are warranted, particularly in larger patient populations.  Wstęp: Choroba wieńcowa (CAD) u osób młodych poniżej 40. rż. stanowi narastający problem nie tylko medyczny, ale także społeczny, psychologiczny i ekonomiczny, co wiąże się z rozpowszechnieniem chorób cywilizacyjnych i destrukcyjnym dla zdrowia stylem życia. Problematyka CAD u młodych dorosłych jest nielicznie reprezentowana w piśmiennictwie, publikacje dotyczą często pojedynczych przypadków albo niewielkich grup chorych i niejednokrotnie odnoszą się do aspektu genetycz­nego i rodzinnego występowania choroby. Cel: Celem niniejszej pracy było przedstawienie charakterystyki klinicznej i angiograficznej grupy młodych dorosłych z CAD. Oceniono także śmiertelność wewnątrzszpitalną i odległą w badanej grupie. Założenie to realizowano w systemie retrospek­tywnym i prospektywnym. Metody: Retrospektywnej analizie poddano 239 pacjentów do 40. rż., u których wykonano angiografię tętnic wieńcowych w Świętokrzyskim Centrum Kardiologii w Kielcach w latach 2001–2008. Oceniono: cechy demograficzne, czynniki ryzyka CAD, wyniki badań laboratoryjnych, elektrokardiograficznych, echokardiograficznych, angiografię tętnic wieńcowych oraz śmiertelność w okresie wewnątrzszpitalnym w wyodrębnionych podgrupach chorych. W drugim etapie badania obserwacji odległej (4,9 ± 2,2 roku) poddano 130 (54,4%) pacjentów, którzy zgłosili się na badania kontrolne i zostali poddani kom­pleksowej ocenie klinicznej z analizą śmiertelności długoterminowej. Wyniki: Średnia wieku w badanej grupie wynosiła 35,1 ± 4,4 roku. Mężczyźni stanowili 86,2%, a mieszkańcy wsi 54,8% ogółu badanych. W grupie chorych z ostrym zespołem wieńcowym (ACS) częstość występowania zawału serca z uniesieniem odcinka ST (STEMI) wynosiła 52,8%. Prawidłowy obraz koronarograficzny stwierdzono u 37,2% osób w grupie z CAD oraz u 16,9% pacjentów w grupie z ACS. Średni stopień zwężenia tętnic wieńcowych w grupie ze zmianami istotnymi (50–90%) wynosił 75,4%, a w grupie ze zwężeniami krytycznymi (≥ 90%) — 95,9%. U 61,9% pacjentów z dodatnim wynikiem koronaro­grafii stwierdzono jednonaczyniową chorobę wieńcową. Zmiany miażdżycowe lokalizowały się najczęściej w tętnicy przedniej zstępującej (61,6%), a w dalszej kolejności w prawej tętnicy wieńcowej (27,4%). Do najczęstszych czynników ryzyka należały: hiperlipidemia, palenie tytoniu oraz nadwaga/otyłość, a następnie dodatni wywiad rodzinny w kierunku CAD i nadciśnienie tętnicze. Odsetek osób z nieprawidłowym profilem lipidowym, palących tytoń oraz ze wskaźnikiem masy ciała ≥ 25 kg/m2 był szczególnie wysoki w grupie z dodatnim wynikiem koronarografii — wynosił odpowiednio 85,6%, 83,9% i 64,4%. Śmier­telność wewnątrzszpitalna była niska — u chorych z ACS była równa 0,7%. Śmiertelność długoterminowa w perspektywie 4–5-letniej była znacznie wyższa: u chorych z ACS sięgnęła 7,75%, a w grupie z dodatnim wynikiem koronarografii — 8,5%. Wnioski: Młodzi pacjenci z CAD to przeważnie mężczyźni, mieszkańcy wsi i osoby o niskim statusie socjoekonomicznym. Etiologia CAD w tej grupie chorych jest bardziej zróżnicowana w porównaniu z osobami w starszym wieku i wiąże się często z niezdro­wym stylem życia w warunkach szybko rozwijającej się współczesnej cywilizacji. Rozpowszechnienie klasycznych czynników ryzyka w tej populacji chorych jest duże, a największe znaczenie mają: hiperlipidemia, palenie tytoniu oraz nadwaga/otyłość. Najczęściej rozpoznawano STEMI oraz jednonaczyniową CAD w badaniu koronarograficznym. Rokowanie krótkoterminowe jest bardzo dobre, a długoterminowe niepewne. Zagadnienie CAD u młodych dorosłych wymaga przeprowadzenia dalszych badań

Quality in use and nutritional value of the muscle tissue of zander (Sander lucioperca) and pike (Esox lucius) reared in polyculture

Celem pracy była ocena jakości użytkowej i wartości odżywczej tkanki mięśniowej sandacza i szczupaka utrzymywanych w polikulturze. Badaniami objęto 16 ryb (po 8 osobników każdego gatunku), odłowionych w jednym stawie gospodarstwa rybackiego położonego w województwie lubelskim. Wykazano, że przy podobnym wieku obu gatunków ryb drapieżnych szczupaki, pomimo większej masy ciała, charakteryzowały się wyższym udziałem wnętrzności i mniejszym udziałem tuszy oraz niższym współczynnikiem kondycji w porównaniu do sandaczy. Skład chemiczny i kaloryczność tkanki mięśniowej porównywanych gatunków była natomiast bardzo zbliżona i wynosiła, odpowiednio dla sandacza i szczupaka: woda – 77,15 i 76,40%; białko – 21,26 i 21,41%; tłuszcz – 0,41 i 0,58%, popiół – 1,43 i 1,42%, energia – 517 i 528 kJ/100 g. Na podkreślenie zasługuje wysoka wartość wskaźnika jakości żywieniowej (INQ) białka ocenianych ryb drapieżnych (6,9 dla sandacza i 6,8 dla szczupaka), wskazująca, że są one dobrym źródłem tego składnika w diecie, zbilansowanym z podażą energii w porcji 100 g filetów.The research objective was to compare the quality in use and nutritional value of muscle tissue of zander (Sander lucioperca) and pike (Esox lucius) reared in a polyculture. The research material comprised 16 specimens (8 of each species) captured from one pond in a fish farm situated in the Lublin Voivodeship. The fish were of similar age. The pike, while having a higher body weight, had a higher percentage of guts, and the carcass percentage and a Fulton’s condition coefficient were lower than in the zander. The chemical composition and calorific value of the muscle tissue were very similar for the two species (water 76.40% and 77.15%; protein 21.26% and 21.41%; lipids 0.41% and 0.58%; ash 1.43% and 1.42%; and energy 517 and 528 kJ/100 g for zander and pike, respectively). It is worth noting the high INQ value for the protein of both fish species (6.8 for pike and 6.9 for zander), which indicates that a 100 g portion of zander or pike fillet is a valuable source of protein in the human diet