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Considerations on measures of precision and connectedness in mixed linear models of genetic evaluation
Considerations on measures of precision and connectedness in mixed linear models of genetic evaluation
Three criteria for the quality of a genetic evaluation are compared: the prediction error variance (PEV); the loss of precision due to the estimation of the fixed effects (degree of connectedness) (IC); and a criterion related to the information brought by the evaluation in terms of generalized coefficient and determination (CD) (precision). These criteria are introduced through simple examples based on an animal model. The main differences between them are the choice of the matrix studied (CD vs PEV, IC), the method used to account for the relationships (CD vs PEV), the use of a reference matrix or model (PEV vs CD, IC), and the data design (IC vs PEV, CD). IC is shown to favor designs with limited information provided by the data and another index is suggested, which minimizes this drawback. The behavior of IC and CD is studied in a hypothetical ’herd + sire’ model. The precision criteria set a balance between connectedness level and information provided by the data, whereas the connectedness criteria favor the model with minimum information and maximum connectedness level. Genetic relationships between animals decrease both PEV and genetic variability. PEV considers only the favorable effects on PEV; CD accounts for both effects. CD sets a balance between the design and the information brought by the data, the PEV and the genetic variability and is thus a method of choice for studying the quality of a genetic evaluation.Trois critères d’appréciation de la connexion et de la précision des évaluations génétiques sont étudiés et comparés. Le premier critère est la variance d’erreur de prédiction (PEV), le second mesure la diminution de la PEV quand les effets fixés sont connus (indice de connexion ou IC), et le troisième est un critère de précision de l’évaluation, exprimé par le coefficient de détermination généralisé (CD). Ces critères sont présentés à l’aide d’exemples simples basés sur un modèle animal. Ils se distinguent par le choix de la matrice étudiée (CD versus PEV, IC), la prisé en compte de la seule structure des données (IC versus PEV, CD), la présence d’une matrice ou d’un modèle de référence (PEV versus IC, CD), et la manière de prendre en compte les relations de parenté entre animaux (CD versus PEV). On montre comment IC favorise les situations où l’information apportée par les données est faible. Un nouvel indice de connexion, s’attachant également à la seule structure des données, est proposé, palliant cet inconvénient. L’intérêt d’IC et de CD est étudié sur un exemple de modèle « troupeau Père », où les troupeaux sont de taille fixée, les pères servent dans un seul troupeau, à l’exception d’un père de référence assurant les liaisons génétiques entre troupeaux. CD permet d’optimiser le plan d’expérience par un compromis entre connexion et information contenue dans les données, alors que l’utilisation d’IC aboutit au choix d’un plan où les pères utilisés dans un seul troupeau ont un seul veau par troupeau. Si CD et PEV sont équivalents pour des animaux non apparentés, PEV privilégie les forts apparentements, qui diminuent la variance d’erreur de prédiction. Mais les parentés diminuent également la variabilité génétique, ce que prend en compte CD. Ainsi, on montre, sur un modèle animal strictement aléatoire avec même apparentement entre animaux, comment PEV peut conduire au choix d’un plan minimisant le progrès génétique. On retrouve dans ce cas simple la formule classique du progrès génétique, où le CD généralisé joue le même rôle que le CD individuel d’un indice de sélection. CD, compromis entre structure et quantité de données, d’une part, et variance d’erreur de prédiction et variabilité génétique, d’autre part, est une méthode de choix pour l’analyse de la qualité d’une évaluation génétique
Expected efficiency of selection for growth in a French beef cattle breeding scheme. I. Multistage selection of bulls used in artificial insemination
EFFETS SECONDAIRES INDÉSIRABLES DE LA SÉLECTION CHEZ LES BOVINS POUR LA PRODUCTION DE VIANDE
Effets secondaires indésirables de la sélection chez les bovins pour la production de viande
International audienc
COMMENTS ON OPTIMIZATION OF CATTLE BREEDING SCHEMES : BEEF BREEDS FOR SUCKLING HERDS, A REVIEW
Estimation of genetic parameters of preweaning performance in the French Limousin cattle breed
Aptitude a la gémellité des races a viande françaises: observations en élevage et constitution d'un troupeau de sélection
International audienc
Aptitude au vêlage et conditions de mise bas des génisses culardes charolaises et blondes d'aquitaine
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