Genetic diversity analysis of sporotrichosis agents using SSR markers

A esporotricose é a principal micose subcutânea mundialmente, transmitida por vetores animais ou vegetais, e frequentemente evolui para surtos ou epidemias. Atualmente a esporotricose transmitida por gatos, causada pelo Sporothrix brasiliensis, tornou-se um problema de saúde pública significativo na América do Sul. A dinâmica da transmissão permanece enigmática devido à falta de desenvolvimento de marcadores polimórficos para análise epidemiológica molecular. Este estudo usou uma estratégia de alto rendimento para caracterizar marcadores de repetição de sequência simples (SSR) nos genomas de Sporothrix spp. Um total de 118.140–143.912 loci SSR foram identificados (82.841–98.369 marcadores únicos), com uma densidade de 3651,55–3804,65 SSR/Mb e a maioria dos motivos encontrados são dinucleotídeos (GC/CG). Desenvolvemos um painel de 15 marcadores SSR altamente polimórficos adequados para genotipagem de S. brasiliensis, S. schenckii e S. globosa. A amplificação por PCR revelou 240 alelos em 180 isolados de Sporothrix com excelente conteúdo de informação polimórfica (PIC=0,9101), heterozigosidade esperada (H=0,9159) e poder de discriminação (D=0,7127), apoiando a eficácia dos marcadores SSR em revelar a diversidade genética críptica. O estudo sistemático de genética populacional estimou três agrupamentos, correspondendo a S. brasiliensis (população 1, n=97), S. schenckii (população 2, n=49) e S. globosa (população 3, n=34), com uma assinatura fraca de ancestralidade mista entre as populações 1 e 2 ou 3 e 2. A partição da variação genética via AMOVA revelou populações altamente estruturadas (ΦPT=0,539; Nm=0,213; P <0,0001), com variabilidade genética aproximadamente equivalente dentro (46%) e entre (54%) populações. A análise da diversidade SSR sugere o Rio de Janeiro (RJ) como o centro de origem das infecções contemporâneas por S. brasiliensis. O recente surgimento de esporotricose transmitida por gatos no nordeste do Brasil indica uma migração RJ-Nordeste resultando em efeitos fundadores durante a introdução de animais doentes em áreas livres de esporotricose. Nossos resultados demonstraram alta transferabilidade entre espécies, reprodutibilidade e informatividade dos marcadores genéticos SSR, ajudando a esclarecer estruturas genéticas profundas e em escala fina. Desta maneira, orientando a tomada de decisões para mitigar os efeitos nocivos da expansão da esporotricose transmitida por gatos.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoa de Nível Superior (CAPES)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)FAPESP: 433276/2018-5CAPES: 88887.159096/2017-00CNPq: 433276/2018-