A Generic Solution for Automated Collecting and Integration of Biological Data from Web Sources

Session Posters. Colloque avec actes et comité de lecture. internationale.International audienceWe present here a work dealing with automated collecting and integration of data along a user-defined scenario. Aspects such as query construction, query submission, parsing of returned document, filtering of desired data and storing them in a structured document have been considered as well as the chaining between the various steps of the scenario. Automation of the process allows to refresh the data in a time-saving manner in order to take into account the frequent changes in source contents. A configuration module distinct from the execution module allows to modify the scenario steps according to user preferences and/or source changes

Immunoselection and characterization of a human genomic PPAR binding fragment located within POTE genes

Peroxisome proliferator-activated receptors (PPARs) are ligand-inducible transcription factors and belong to the nuclear hormone receptor superfamily. They form heterodimers with retinoid X receptor (RXR) and bind to specific PPAR-response elements. To identify novel PPAR target genes, we developed an affinity method to isolate human genomic fragments containing binding sites for PPARs. For this, an antibody raised against all PPAR subtypes was used. Immunoselected fragments were amplified and sequenced. One of them, ISF1029, was mapped by BLAT and BLAST searches on different human chromosomes, downstream of several POTE genes. ISF1029 contained three hexamers strongly related to the AGGTCA motif organized according to a DR0/3 motif. The latter was found to bind to PPARΑ in gel mobility shift and supershift assays and to exhibit a downregulation potentiality in transfection experiments under clofibrate treatment. POTE genes were shown to be highly expressed in human Caco-2 colorectal adenocarcinoma cells and downregulated by fenofibrate and 9-cis-retinoic acid, as attested by RT-PCR assays. Microarray analysis confirmed and extended to the human T98-G glioblastoma cells, the downregulation of several POTE genes expression by Wy-14,643, a potent PPARΑ activator. Our data provide new insights about the pleiotropic action of PPARs

Damaged DNA Binding Protein 2 Plays a Role in Breast Cancer Cell Growth

The Damaged DNA binding protein 2 (DDB2), is involved in nucleotide excision repair as well as in other biological processes in normal cells, including transcription and cell cycle regulation. Loss of DDB2 function may be related to tumor susceptibility. However, hypothesis of this study was that DDB2 could play a role in breast cancer cell growth, resulting in its well known interaction with the proliferative marker E2F1 in breast neoplasia. DDB2 gene was overexpressed in estrogen receptor (ER)-positive (MCF-7 and T47D), but not in ER-negative breast cancer (MDA-MB231 and SKBR3) or normal mammary epithelial cell lines. In addition, DDB2 expression was significantly (3.0-fold) higher in ER-positive than in ER-negative tumor samples (P = 0.0208) from 16 patients with breast carcinoma. Knockdown of DDB2 by small interfering RNA in MCF-7 cells caused a decrease in cancer cell growth and colony formation. Inversely, introduction of the DDB2 gene into MDA-MB231 cells stimulated growth and colony formation. Cell cycle distribution and 5 Bromodeoxyuridine incorporation by flow cytometry analysis showed that the growth-inhibiting effect of DDB2 knockdown was the consequence of a delayed G1/S transition and a slowed progression through the S phase of MCF-7 cells. These results were supported by a strong decrease in the expression of S phase markers (Proliferating Cell Nuclear Antigen, cyclin E and dihydrofolate reductase). These findings demonstrate for the first time that DDB2 can play a role as oncogene and may become a promising candidate as a predictive marker in breast cancer

Contribution a l'etude de la regulation des recepteurs de LH dans l'ovaire de la jeune ratte

SIGLECNRS T 56450 / INIST-CNRS - Institut de l'Information Scientifique et TechniqueFRFranc

L'activation des récepteurs activés par les proliférateurs de peroxysomes b/ , stimule l'expression de Siah-1L et entraîne la prolifération et la migration de cellules de glioblastomes

Les Glioblastomes représentent les tumeurs cérébrales primaires les plus fréquentes chez l'adulte. Nous avons mis en évidence le rôle du récepteur PPARß/ dans le caractère tumoral des glioblastomes. Nous avons montré que l'activation de ce récepteur stimule la prolifération et la migration des cellules de glioblastome T98G. Nous avons également montré que l'activation de PPARß/ induit l'expression du gène Siah-1L et que la surexpression de ce gène stimule la prolifération et la migration cellulaire des glioblastomes. Nous avons ensuite étudié la régulation du gène Siah-1L humain et montré que son expression est induite par PPARß/ . Le clonage du promoteur de ce gène et l'étude de sa régulation a permis de montrer que son induction par PPARß/ est médiée par un élément de réponse situé au niveau du promoteurGlioblastoma represent the most frequent primary brain tumor in adults. We highlighted the role of PPARß/ in glioblastoma tumorigenesis. We have shown that activation of this receptor stimulates proliferation and migration of glioblastoma cells T98G. We also showed that activation of PPARß/ induces the expression of Siah-1L gene and that overexpression of Siah-1L stimulates cell proliferation and migration of glioblastoma cells. We also studied the regulation of Siah-1L gene and showed that its expression is induced by PPARß/ . Cloning of Siah-1L gene promoter sequence and the study of its regulation showed that the induction of the expression of Siah-1L by PPARß/ is mediated by a response element located at the promoter sequenceNANCY-INPL-Bib. électronique (545479901) / SudocSudocFranceF

Structural Study of the 5′ End of a Synthetic Premessenger RNA from Adenovirus

International audienc

Découverte de nouveaux gènes cibles potentiels dans le génome humain pour les PPAR dans le domaine des interactions cellulaires

De nouveaux gènes cibles pour les récepteurs activés par les proliférateurs (PPAR) ont été recherchés en mettant en œuvre deux technologies complémentaires : l'immunosélection de fragments (ISF) d'ADN génomique humain capables de fixer spécifiquement les PPAR sur leurs éléments de réponse et la recherche par puce à ADN. La première approche a permis d'identifier un PPRE potentiel en amont du gène (HSA)SEMA6B codant la sémaphorine 6B qui intervient dans la reconnaissance des axones (Genomics, 2004, 83 : 1141-1150). A partir de 13 lignées, nous avons sélectionné les cellules MCF-7 (originaires d'un adénocarcinome mammaire), HepG2 (issues d'un hépatoblastome) et T98-G (provenant d'un glioblastome) qui expriment à un taux élevé la sémaphorine 6B, pour étudier la régulation de son expression. Nous montré que les agonistes des PPAR régulent négativement l'expression du gène (HSA)SEMA6B) de concert avec l'acide 9-cis-rétinoïque, ligand de RXR (Int. J. Oncol, 2006, 28:977-984). Cette inhibition a été appréhendée au niveau des ARNm par RT-PCR semi-quantitative et/ou à temps réel, et au niveau de la protéine par immunoréplique grâce à un anticorps anti-sémaphorine 6B que nous avons produit et caractérisé. Une régulation positive de l'expression de ce gène par la thyroxine a été constatée. La deuxième approche mettant en œuvre la technique des puces à ADN a permis de confirmer les résultats obtenus pour cette sémaphorine. Elle a fourni des résultats intéressants, pour les cellules MCF-7 et T98-G, concernant la modulation par les agonistes de PPARalpha et de PPARß/delta de l'expression de plusieurs gènes intervenant dans la reconnaissance, l'adhésion et la migration cellulaires.New PPAR (Peoxisome Proliferator-Activated Receptors) target genes have been searched using two complementary protocols : immunoselection of human genomic DNA fragments that specifically bind PPARs and microarray. The first experimental approach has allowed the identification of a PPAR binding sequence located upstream the (HSA)SEMA6B gene. The latter encodes the semaphoring 6B, a protein involved in axonal interactions (Genomics, 2004, 83 : 1141-1150). From 13 human tumoral cell lines, we selected the MCF-7 breast adenocarcinoma, HepG2 hepatoblastoma and T98-G glioblastoma cell lines to study the impact of PPAR agonists, alone or in combination with the 9-cis-retinoic acid (a RXR agonist), on the expression of the (HSA)SEMA6B gene. A down regulation of this expression was noted whatever the activated PPAR isotype and the cell line investigated (Int. J. Oncol, 2006, 28:977-984). The repression has been observed at the transcriptional and translational levels. The latter was examined using an anti-semaphorin 6B polyclonal antibody that we have produced and characterized. On the other hand, an up-regulation of the (HSA)SEMA6B gene expression was obtained when the three cell lines were treated with thyroxin. Microarray analyses confirmed the down-regulation of the PPAR-induced (HSA)SEMA6B) gene expression. They revealed that thed expression of some genes involved in cellular interactions is modulated by PPARalpha and PPARß/delta.NANCY1-SCD Sciences & Techniques (545782101) / SudocSudocFranceF

Effets d'inhibiteurs de la cyclooxygénase-2 sur la prolifération et la survie de cellules cancéreuses hématopoïétiques

Les cyclooxygénases (COXs) sont une famille d'enzymes impliquées dans la biosynthèse des prostaglandines. COX-2 est la forme inductible qui est induite pendant l'inflammation et qui est surexprimée dans plusieurs cancers. Plusieurs évidences suggèrent que COX-2 joue un rôle dans la prolifération cellulaire et l'apoptose. Ces évidences concernent surtout les tumeurs solides et les mécanismes impliqués ne sont pas complètement connus et surtout pour les cancers d'origine hématopoïétique. Pour notre étude, nous avons étudié l'effet d'inhibiteurs de COX-2 (nimésulide, NS-398 et célécoxib) sur la prolifération et l'apoptose de lignées cellulaires leucémiques et lymphoblastiques, Hel, Jurkat, Raji et U937. Nous avons montré que les différents inhibiteurs de COX-2 diminuent la prolifération des différentes lignées cellulaires. Les cellules U937 sont apparues comme les cellules les plus sensibles à ces inhibiteurs alors que les cellules K562 étaient les plus résistantes. Nous avons montré que cette modulation correspond à une accumulation des cellules en phase G0/G1 du cycle cellulaire, accompagnée d'une diminution précoce de l'expression de c-Myc et d'une augmentation de l'expression de marqueurs de différenciation dans les cellules U937 (CD15) et Hel (CD41a et CD61). Dans la deuxième partie de ce projet, nous avons étudié les effets des différents inhibiteurs de COX-2 sur l'apoptose induite par différents agents chimiothérapeutiques dans nos modèles cellulaires. Nous avons ainsi montré que les inhibiteurs de COX-2 inhibent fortement l'apoptose induite par plusieurs agents chimiothérapeutiques. Nous avons démontré que la prévention de l'apoptose se situe avant l'activation de Bax et de Bak. Par ailleurs, cet effet est caractérisé par une incapacité des agents chimiothérapeutiques à déclencher un stress apoptotique. Toutes nos données ont donc démontré un effet anti-apoptotique des inhibiteurs de COX-2 sur l?apoptose intrinsèque vs l'apoptose extrinsèque à un stade précoce de l'induction de l'apoptose. Ces données suggèrent des précautions quant à l'utilisation des inhibiteurs de COX-2 en combinaison avec la chimiothérapie. Dans la troisième partie de notre projet, nous avons étudié la combinaison des inhibiteurs de COX-2 avec la curcumine, une substance naturelle connue pour ses propriétés antitumorales. Nos travaux ont montré que la curcumine seule conduit à une accumulation des cellules U937 en phase G2/M du cycle cellulaire, suivie d'une induction d'apoptose. Cependant, le prétraitement des cellules U937 avec du célécoxib à des concentrations non-apoptogéniques contrecarre l'apoptose induite par la curcumine, suggérant ainsi que ce type de combinaison ne serait pas une bonne stratégie dans les cellules hématopoïétiques. L'utilisation chronique des inhibiteurs de COX-2 peut être associée à des effets secondaires importants consécutifs à l'inhibition de l'activité de COX-2. Dans la dernière partie de notre projet, nous avons démontré que le 2,5 diméthyl-célécoxib (DMC), un analogue du célécoxib qui n'inhibe pas l'activité de COX-2, induit une diminution de la prolifération cellulaire et induit l'apoptose des cellules U937 et K562. Par ailleurs, ces effets sont plus importants que ceux observés avec le célécoxib. Par conséquent, ce composé a démontré de meilleures propriétés antitumorales et représente une voie thérapeutique prometteuse contre les leucémies. Tous nos résultats soutiennent donc l'idée que les inhibiteurs de COX-2 présentent les effets anti-tumoraux les plus efficaces que lorsqu'ils sont administrés seuls. Les effets observés avec le DMC suggèrent que ce composé pourrait représenté une voie alternative aux inhibiteurs de COX-2 en thérapie anti-cancéreuse.Cyclooxygenases (COXs) are a family of enzymes, which catalyze the rate-limiting step in prostaglandin biosynthesis. COX-2 is the inducible isoform, upregulated during inflammation and overexpressed in various cancers. There are evidences of a role for COX-2 in cell proliferation and apoptosis especially in solid tumors, whereas little is known for cancers of hematopoietic origin. In our study, we analyzed the effect of COX-2 inhibitors (nimesulide, NS-398 and celecoxib) on cell proliferation and apoptosis of a panel of leukemic and lymphoblastic cell lines, Hel, Jurkat, K562, K562, Raji and U937. We found that the different inhibitors slow down cell proliferation in the different hematologic cell lines tested. U937 cells appeared as the most sensitive, whereas K562 were the most resistant to this effect. We provide evidence that this modulation corresponds to an accumulation of the cells in G0/G1 paralleled by an early downregulation of c-Myc and the expression of cell type-specific differentiation markers in U937 (CD15) and Hel (CD41a and CD61). In the second part of our study, we investigate the effect of COX-2 inhibitors on apoptosis induced by chemotherapeutic agents in our cell models. We demonstrated that COX-2 inhibitors strongly prevent apoptosis induced by a panel of chemotherapeutic agents. We demonstrated an early prevention of apoptotic signaling, prior to Bax/Bak activation. The preventive effect is associated with an impairment of the ability of chemotherapeutic agents to trigger their apoptogenic stress. Altogether, our results demonstrate an anti-apoptotic effect of COX-2 inhibitors on intrinsic vs. extrinsic apoptosis at early steps of apoptosis commitment. These results suggest cautions in the use of COX-2 inhibitors with chemotherapy. In the third part of our project, we investigated the combination of COX-2 inhibitors with curcumin, a natural product known for its anti-tumor properties. Our findings show that curcumin alone leads to an accumulation of U937 cells in G2/M phase of cell cycle, followed by an induction of apoptosis. However, the pretreatment of U937 cells with celecoxib at non-apoptogenic concentrations, counteracted curcumin-induced apoptosis, thus showing that this combination is not a good anti-cancer strategy in our cell models. The chronic use of COX-2 inhibitors can be associated with severe side effects due to the inhibition of COX-2 enzyme. In the last part of our project, we demonstrated that 2,5 dimethyl-celecoxib (DMC), a structurally analogue of celecoxib, which is not able to inhibit COX-2 activity, induces an inhibition of cell proliferation and an induction of apoptosis in U937 and K562 cells. These effects are stronger than those observed with celecoxib. Thus, this compound demonstrated better anti-tumor properties and may represent a promising therapeutic approach against leukemia. Altogether, our study supports the idea that COX-2 inhibitors display anti-tumor effects in our cell models, but only when administrated alone. The effects observed with DMC suggest that this compound may represent an alternative approach to COX-2 inhibitors in cancer therapy.NANCY1-Bib. numérique (543959902) / SudocSudocFranceF

From putative promoter sequence to genomic context : biological data collection on the web using a generic application (Xprom)

Colloque avec actes et comité de lecture. internationale.International audienceThe great diversity of biological web resources and the different rationale used by the biologists to answer a given query makes it difficult to predict all possible scenarios at once. A generic application (Xprom) has thus been designed and developed to allow any possible scenario to be implemented. Xprom is based on a generic scenario model represented by an XML DTD