Genome-wide evidence for an essential role of the human Staf/ZNF143 transcription factor in bidirectional transcription

In the human genome, ∼10% of the genes are arranged head to head so that their transcription start sites reside within <1 kbp on opposite strands. In this configuration, a bidirectional promoter generally drives expression of the two genes. How bidirectional expression is performed from these particular promoters constitutes a puzzling question. Here, by a combination of in silico and biochemical approaches, we demonstrate that hStaf/ZNF143 is involved in controlling expression from a subset of divergent gene pairs. The binding sites for hStaf/ZNF143 (SBS) are overrepresented in bidirectional versus unidirectional promoters. Chromatin immunoprecipitation assays with a significant set of bidirectional promoters containing putative SBS revealed that 93% of them are associated with hStaf/ZNF143. Expression of dual reporter genes directed by bidirectional promoters are dependent on the SBS integrity and requires hStaf/ZNF143. Furthermore, in some cases, functional SBS are located in bidirectional promoters of gene pairs encoding a noncoding RNA and a protein gene. Remarkably, hStaf/ZNF143 per se exhibits an inherently bidirectional transcription activity, and together our data provide the demonstration that hStaf/ZNF143 is indeed a transcription factor controlling the expression of divergent protein–protein and protein–non-coding RNA gene pairs

DOSAGE DU STRONTIUM 90 DANS LE LAIT (UTILISATION D'UN ETHER-COURONNE COMME AGENT D'EXTRACTION)

LYON1-BU Santé (693882101) / SudocSudocFranceF

La métachlorophénylpipérazine (mCPP) : une nouvelle drogue de synthèse

La métachlorophénylpipérazine (mCPP) est une substance psychoactive apparue sur le marché des substances illicites en Europe et en France au cours de l'année 2004. Cette molécule présente une forte affinité pour les récepteurs sérotoninergiques et le transporteur de la sérotonine. Ses effets sont, chez l'Homme, endocriniens, neurologiques et psychiatriques. Ses effets subjectifs sont proches des amphétamines. Toutefois, les usagers de drogues de synthèse lui attribuent peu d'intérêt récréatif. Les cas d'intoxication rapportés sont, en général, de faible gravité mais les risques de troubles psychiatriques et de syndrome sérotoninergique doivent être pris en compte. Les facteurs de risque de l'intoxication à la mCPP sont l'existence de pathologies psychiatriques prédisposantes et d'interactions pharmacodynamiques ou métaboliques. La mCPP ne présente pas de propriétés renforçatrices. A ce jour, elle n'est l'objet d'aucune mesure de contrôle international : l'évaluation des risques sanitaires et sociaux est en cours, aux niveaux européen et national

Etablissement d'une architecture bioinformatique et biostatistique d'intégration et d'analyse des données génomiques, épigénétiques et phylogénétiques du génome humain (Application aux sites de fixation du facteur de transcription hStaf/ZNF143)

Le facteur STAF est une protéine deux régions distinctes d activation de la transcription, selon la machinerie de transcription mobilisée. Une étude récente faisant état d'un millier de sites potentiels au sein des promoteurs de gènes protéiques et dont 400 furent validés expérimentalement laisse supposer que le nombre de sites à l'échelle du génome soit encore plus nombreux, forçant à développer d'autres méthodes de caractérisation à même de questionner le génome entier et de forts volumes de données. Ce problème adresse un challenge d'envergure supérieure : faire émerger de la connaissance à partir d'une région génomique. Afin de savoir quelle connaissance est pertinente, il est indispensable d'évaluer en quoi celle-ci s'écarte des valeurs attendues du génome et donc de connaitre ces valeurs. Dans cette optique nous avons développé l'architecture GeCo, solution soutenue par une base de données automatisée et son portail web, et dont la puissance repose sur son aptitude à déterminer les valeurs statistiques des gènes et du génome complet. Caractérisé par un ensemble de descripteurs (séquence, épigénétique, phylogénétique), le contexte qui en émerge est utilisé pour replacer tout questionnement génomique dans son environnement global, de manière rapide et fiable. Au delà du contexte génomique, c'est une philosophie de développement basée sur de solides outils statistiques que nous avons développé. Son message est que produire des résultats ne suffit plus et qu'il est impératif de les remettre dans leur contexte. Cette architecture permit de mettre en évidence plusieurs milliers de sites de STAF et est d ores et déjà connectée aux autres projets du laboratoire.STAF factor is a protein with two distinct regions for activation of transcription using two transcription machineries. A recent study reporting a thousand potential sites within the promoters of genes and proteins of which 400 were validated experimentally suggests that the number of sites across the genome may be even higher, forcing them to develop other characterization methods to question the whole genome and high volumes of data. This issue addresses a major challenge: the emergence of knowledge from a genomic region. To determine which knowledge is relevant, it is essential to assess how it deviates from the expected values of the genome and therefore to know these values. In this context we developed the architecture GeCo, a solution supported by a computerized database and its web portal, and whose power lies in its ability to determine the statistical values of genes and genome. Characterized by a set of descriptors (sequence, epigenetic, phylogenetic) the emerging context is used to quickly and reliably replace any genomic questioning inside its overall environment. Beyond the genomic context, it is a coding philosophy based on reliable statistical tools that we developed. Its message is that producing results is no longer sufficient and it is imperative to put in back in its context. This architecture allowed revealing thousands of STAF binding sites and is already connected to other projects in the laboratory.STRASBOURG-Sc. et Techniques (674822102) / SudocSudocFranceF

Méthoxyisoflavone et dépistage du cannabis dans les urines : mise en évidence d’une réaction croisée peu connue

Objectif : Suite à un cas de dépistage urinaire faux positif de l’usage de cannabis, dans un contexte de consommation de méthoxyisoflavone, et afin d’objectiver une éventuelle réaction croisée, ce principe actif et ses métabolites sont recherchés dans l’échantillon d’urine. Un essai d’administration chez des volontaires sains est également réalisé. Méthodes : Après hydrolyse enzymatique, l’échantillon d’urine est préparé par extractions liquide-liquide en milieu acide (pH 4) et basique (pH 9). Les analyses sont effectuées par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (LC/MS) en mode d'ionisation par électrospray positif (ESI) et chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse (GC/MS) après dérivation par acétylation et silylation. Une solution de référence de 5-méthyl-7-méthoxyisoflavone est analysée dans les mêmes conditions. L’essai d’administration est conduit chez trois volontaires sains recevant 300 mg de méthoxyisoflavone per os toutes les douze heures pendant 36 heures. Six heures après la dernière administration, un prélèvement urinaire fait l’objet d’un test de dépistage et d’une analyse par LC/MS et GC/MS. Résultats : Dans l’échantillon d’urine objet du dépistage faussement positif pour les cannabinoïdes, la 5-méthyl-7-méthoxyisoflavone n’a pas été détectée. En revanche, la 5-méthyl-7-hydroxyisoflavone, métabolite de la 5-méthyl-7-méthoxyisoflavone, a été identifiée. Les prélèvements d’urine des trois sujets inclus dans l’essai ont tous donné lieu à un test de dépistage positif pour les cannabinoïdes après l’administration de méthoxyisoflavone. La 5-méthyl-7-hydroxyisoflavone a également été mise en évidence dans leurs prélèvements. Conclusion : Les analyses mises en œuvre et l’essai d’administration chez des volontaires sains ont permis de confirmer l’implication de la 5-méthyl-7-hydroxyisoflavone, métabolite de la 5-méthyl-7-méthoxyisoflavone, dans une réaction croisée avec un test de dépistage urinaire des cannabinoïdes

Mise au point et validation d’une méthode de dosage simultané de la morphine et de ses métabolites glucuronoconjugués totaux par chromatographie liquide d’interactions hydrophiles

Objectif: Dans le cadre d’une étude expérimentale de redistribution post-mortem des xénobiotiques menée chez le lapin, une méthode de dosage simultané de la morphine et de ses métabolites glucuronoconjugués totaux dans des échantillons de sang total de faible volume a été développée. Méthode: Les étalons internes deutérés sont ajoutés à une prise d’essai de 100 μL. La préparation des échantillons consiste en l’extraction liquide-solide sur des cartouches Oasis® HLB (Waters®, Saint-Quentin-en-Yvelines, France). L’analyse est menée par chromatographie liquide haute performance couplée à la spectrométrie de masse en mode d’ionisation électrospray. Les composés d’intérêt sont élués par chromatographie liquide d’interactions hydrophiles au travers d’une colonne Luna® HILIC – 150 mm × 2,0 mm × 3 μm (Phenomenex®, Le Pecq, France). La méthode de dosage est validée selon le concept de l’erreur totale à l’aide du logiciel e-noval® (Chemcad, Obernai, France). Résultats: Les fonctions de réponse sont de type quadratique non pondéré. Les résultats sont linéaires sur l’ensemble de l’intervalle de dosage des analytes soit de 10 à 300 ng/mL pour la morphine et de 750 à 10000 ng/mL pour ses métabolites glucuronoconjugués totaux. La limite de détection estimée est de 3,5 ng/mL pour la morphine et de 250 ng/mL pour ses métabolites glucuronoconjugués totaux. Les incertitudes de mesure sont respectivement de 15 % et de 9 %. Conclusion: L’extraction liquide-solide sur cartouches Oasis® HLB et la chromatographie liquide d’interactions hydrophiles, adaptées à la séparation des molécules polaires, ont permis de mettre au point une méthode de dosage simultané de la morphine et de ses métabolites glucuronoconjugués totaux sur de faibles volumes d’échantillons

Usage de stupéfiants au volant, bilan des résultats de deux laboratoires (CHRU Lille et IRCGN)

Objectif : Étude rétrospective des résultats des analyses de confirmation pratiquées par deux laboratoires, étude des performances des tests de dépistage (calcul de la valeur prédictive positive), évaluation de la fiabilié diagnostique des dépistages confirmés pour l’usage de stupéfiants au volant. Matériel et méthodes : Compilation des résultats des analyses de confirmation par CPG-SM pour quatre grandes familles de stupéfiants réalisées après dépistage urinaire ou dans le fluide oral, ou en l’absence de dépistage. Résultats : La substance illicite la plus fréquemment mise en évidence chez les conducteurs dépistés est le cannabis, avec une distribution (parmi les dossiers soumis à confirmation) de 51 % au CHRU de Lille (458 confirmations pour 895 dossiers) et 87 % à l’IRCGN (679 confirmations pour 779 dossiers). Les amphétamines et dérivés se classent au deuxième rang avec 6 % de prévalence parmi les échantillons analysés par le CHRU de Lille (soit 57 dossiers sur 895), alors qu’à l’IRCGN ce sont les opiacés (15 dossiers sur 108 confirmations). Les dossiers dans lesquels de la morphine a été mise en évidence restent difficiles à interpréter en termes d’usage de stupéfiants en raison du facteur de confusion lié à l’administration à visée antalgique ou la prise d’opiacés licites. Conclusion : Les tests de dépistage urinaire ou dans le fluide oral sont aptes à repérer les conducteurs ayant fait usage de stupéfiants. Le cannabis est la substance la plus fréquemment retrouvée, ce qui est en accord avec les données disponibles sur les habitudes de consommation en population générale