A cap 0-dependent mRNA capture method to analyze the yeast transcriptome

Analysis of the protein coding transcriptome by the RNA sequencing requires either enrichment of the desired fraction of coding transcripts or depletion of the abundant non-coding fraction consisting mainly of rRNA. We propose an alternative mRNA enrichment strategy based on the RNA-binding properties of the human IFIT1, an antiviral protein recognizing cap 0 RNA. Here, we compare for Saccharomyces cerevisiae an IFIT1-based mRNA pull-down with yeast targeted rRNA depletion by the RiboMinus method. IFIT1-based RNA capture depletes rRNA more effectively, producing high quality RNA-seq data with an excellent coverage of the protein coding transcriptome, while depleting cap-less transcripts such as mitochondrial or some non-coding RNAs. We propose IFIT1 as a cost effective and versatile tool to prepare mRNA libraries for a variety of organisms with cap 0 mRNA ends, including diverse plants, fungi and eukaryotic microbes

XLIV Konferencja Komitetu Nauk o Żywności i Żywieniu PAN: nauka, technologia i innowacje w żywności i żywieniu

Streszczenia w jęz. angielskimWydarzenie: XLIV Konferencja Komitetu Nauk o Żywności i Żywieniu PAN; Łódź, 3-4 lipca 2019 r.; http://pan.binoz.p.lodz.plOrganizator konferencji: Wydział Biotechnologii i Nauk o Żywności PŁ; Komitet Nauk o Żywności i Żywieniu PAN; Polskie Towarzystwo Technologów ŻywnościProjekt graficzny okładki: Grzelczyk, J.Projekt graficzny okładki: Klewicki, R.Skład: Oracz, J.Za treść zamieszczonych materiałów odpowiadają ich autorzy.Sesje Naukowe Komitetu Nauk o Żywności i Żywieniu Polskiej Akademii Nauk (KNoŻiŻ PAN) są organizowane przez krajowe ośrodki akademickie związane z naukami o żywności i żywieniu w dwuletnich cyklach. Sesje te stanowią największe w skali kraju forum prezentacji najnowszych osiągnięć naukowych i technologicznych w dziedzinie technologii żywności i żywienia człowieka, jak również wymiany poglądów oraz doświadczeń pracowników jednostek naukowych i przedstawicieli przemysłu spożywczego. Tematyka XLIV Sesji dotyczyć będzie szeroko pojętej problematyki związanej z oddziaływaniem żywności i odżywiania na zdrowie człowieka

Level of knowledge of the meat products as the main source of sodium in the diet among the students of Lublin

Wprowadzenie. Sól kuchenna stanowi główne źródło sodu w diecie, jednak zbyt wysoka jego podaż może stanowić źródło poważnych zagrożeń zdrowotnych. Znajomość przez studentów zawartości soli w produktach spożywczych oraz umiejętność komponowania diety o odpowiedniej zawartości sodu może mieć kluczowe znaczenie dla zdrowia i jakości życia w późniejszym wieku. Cel badań. Ocena poziomu wiedzy studentów lubelskich uczelni na temat technologicznej i fizjologicznej roli soli oraz znajomości jej źródeł w codziennej diecie, ze szczególnym uwzględnieniem produktów mięsnych. Materiał i metoda. Badania przeprowadzono metodą wywiadu z autorskim kwestionariuszem ankiety w grudniu 2010 roku wśród lubelskich studentów. W badaniu udział wzięło 200 studentów: 88 kobiet i 77 mężczyzn. Do analizy wykorzystano 165 poprawnie wypełnionych ankiet. Wyniki. Wyniki badań wykazały, że studenci różnych kierunków studiów, zarówno związanych jak i niezwiązanych z produkcją i oceną żywności oraz z żywieniem człowieka, mają niską wiedzę na temat technologicznej i fizjologicznej roli soli oraz w małym stopniu znają jej źródła w codziennej diecie. Trzy czwarte studentów uczestniczących w badaniach nie orientowała się ile wynosi średnie dzienne spożycie soli przez Polaków, a ponad 80% nie znała zalecanej normy spożycia tego składnika. Około 50% badanych potrafiła podać przykłady artykułów żywnościowych będących głównym źródłem soli w diecie. Niespełna jedna czwarta ankietowanych osób uważała, że produkty mięsne są najpoważniejszym źródłem soli w diecie. Wnioski. Poziom wiedzy badanych studentów na temat technologicznej i fizjologicznej roli soli oraz znajomość jej źródeł w codziennej diecie były na niskim poziomie. Większość studentów nie znała zalecanej normy spożycia soli. Badana grupa studentów potrafiła wskazać grupy produktów stanowiących główne źródło soli w codziennej diecie. Studenci nie wykorzystywali posiadanej wiedzy na temat soli w sposobie odżywiania.Background. Salt is one of the most commonly used spice. However, too high and too frequent supply of this component may be a source of serious health risks. Knowledge of the salt content in food products and the ability to compose a diet with adequate sodium content are crucial to their health and quality of life. Objective. To assessment of the level of knowledge of the Lublin University students on technological and physiological role of salt and its sources in the diet, particularly meat products. Materials and methods. The study by interview with the author’s questionnaire survey conducted in December 2010 among Lublin students. In the study participated 200 students (88 women and 77 men). For the analysis 165 correctly completed questionnaires were used. Results. The results showed that the knowledge of students involved in the production and evaluation of food and human nutrition on the physiological role of technology and knowledge of the sources of salt and salt in the diet, particularly meat products, is at a low level, comparable to the knowledge of students of non-food lines. Three quarters of students do not realize how much is the average daily intake of salt, and more than 80% do not know the recommended norm of consumption of this ingredient. Approximately 50% of respondents could correctly give examples of foods that are the main source of salt in the diet. However, only less than one quarter of them, although often eat meat products is not aware that it is these products are the most serious source of salt. Conclusions. The knowledge of students about the technology and physiological role of salt and its sources in the diet was low. Most students were not familiar with the recommended daily intake for the salt. The study students identified groups of food products as the main source of salt in the diet. However, they did not used their knowledge in the mode of nutrition

Properties of myofibrils in pork meat of a reduced quality subjected to sonification

Celem badań było określenie zmian właściwości białek miofibryli sonifikowanego mięsa wieprzowego o cechach PSE podczas 96-godzinnego przechowywania. Surowiec badawczy stanowiło mięso wieprzowe (m. biceps femoris) wychłodzone do temp. 7 °C, o jasnej barwie i pH24 ≤ 5,6, który pobierano z rzeźni po 24 h od uboju. Mięsień dzielono na 3 części o zbliżonej masie. Jedna stanowiła próbę kontrolną (KP), dwie pozostałe sonifikowano falami o częstotliwości 25 kHz (próba UP) i 45 kHz (próba ZP) oraz natężeniu 2 W·cm-2. Czas ekspozycji w polu ultradźwiękowym wynosił 2 min. Próby przechowywano w warunkach chłodniczych. Po upływie określonego czasu przechowywania tj. po: 24, 48, 72 i 96 h od uboju w próbach mierzono: indeks fragmentacji miofibryli, ogólną zawartość reaktywnych grup –SH, oraz po 24, 48 i 72 h wyciek termiczny i zdolność wiązania wody przez żele miofibryli. Stwierdzono, że sonifikacja mięsa wieprzowego o cechach PSE falami o częstotliwości 25 kHz powoduje zmianę kierunku poubojowych przemian biochemicznych białek mięsa skutkujących wzrostem zawartości reaktywnych grup –SH. Obróbka falami o częstotliwości 45 kHz nie różnicowała poziomu zawartości reaktywnych grup –SH i indeksu fragmentacji miofibryli w porównaniu z próbą kontrolną. Nie stwierdzono wpływy sonifikacji mięsa na poziom wycieków termicznych i zdolności utrzymywania wody przez zżelowane homogenaty mięsa. Stwierdzono dodatnią korelację pomiędzy zawartością reaktywnych grup –SH i ubytkami termicznymi w próbach sonifikowanych oraz pomiędzy indeksem fragmentacji miofibryli i zdolnością utrzymywania wody przez zżelowane homogenaty mięsa w próbach: kontrolnej i sonifikowanej falami o częstotliwości 45 kHz. Stwierdzono ujemną zależność pomiędzy zawartością reaktywnych grup –SH i ubytkami termicznymi w próbie kontrolnej oraz pomiędzy MFI i ubytkami termicznymi w próbie ZP.The objective of the present study was to determine changes in the properties of myofibrillar proteins in PSE pork meat treated using ultrasounds and stored for 96 hours. The raw material studied was pork meat (m. biceps femoris) chilled for 24 hours at 7 °C; its colour was pale and its pH24 was <5.6. The pork meat investigated was delivered from a slaughterhouse, 24 hrs after slaughter. The muscle was divided into three parts of a similar weight. One part constituted a control sample (CS), the other two were treated by ultrasounds of a frequency of 25 kHz (sample US) and 45 kHz (sample ZS), respectively. The intensity of ultrasound waves was 2 W·cm-2. The exposition time in the ultrasound field was 2 minutes. The meat samples were stored under the chilling conditions. After the storage lasting: 24, 48, 72, and 96 hours after slaughter, the myofibrillar fragmentation index (MFI) of and a total content of -SH reactive groups in the meat samples were measured, whereas cooking losses and water binding ability of myofibrillarar gels were measured 24, 48, and 72 hours after slaughter. It was found that the sonication of meat using 25 kHz ultrasounds caused a change in the direction of the post mortem biochemical metabolism of the meat proteins, and the result of those changes was the increase in the content of -SH reactive groups. When the meat was treated by 45 kHz ultrasounds, no significant differences were found in the content level of -SH reactive groups and in the MFI compared to the control sample of meat. Furthermore, there was found no effect of the sonification of meat on the cooking losses in and water binding ability of the gelated meat homogenates. A positive correlation was found between the content of -SH reactive groups and the cooking losses in the samples treated by ultrasounds; MFI and water binding ability were positively correlated in the gelated homogenates of the control sample and the sample (ZS) sonicated by 45kHz waves. A negative correlation exists between the content of -SH reactive groups in it and water binding ability of the control sample, in the ZS sample: between MFI and the cooking losses in it

Sonication influence on myofibrillar gels properties during beef ageing

Celem badań było określenie zmian właściwości termoreologicznych białek miofibrylarnych, wyznaczenie początkowej i końcowej temperatury ich żelowania podczas dojrzewania mięsa wołowego sonifikowanego bezpośrednio po uboju ultradźwiękami o niskiej częstotliwości drgań. Badania przeprowadzono na mięśniu półbłoniastym młodego bydła rzeźnego. Surowiec przeznaczony do badań bezpośrednio po uboju dzielono na trzy części, uzyskując próbę kontrolną (K) oraz dwie próby przeznaczone do obróbki falami ultradźwiękowymi o częstotliwości 25 kHz (U) i 45 kHz (Z). Badania lepkości przeprowadzono na homogenatach otrzymywanych z mięsa (w 0,6 M NaCl, pH 6,2) po 24, 48 i 72 godz. dojrzewania w warunkach chłodniczych. Wartość pH prób ustalano na poziomie 5,3, i 7,0. Wyznaczono początkową i końcową temperaturę żelowania. Przeprowadzone badania wykazały, że zmiany cech lepkosprężystych homogenatów mięsa w 0,6 M NaCl zależą od sposobu sonifikacji, czasu, jaki upłynął od uboju i pH. Stwierdzono, że ustalenie pH homogenatu na poziomie 5,3 prowadzi do koagulacji białek w nim zawartych. W środowisku obojętnym (pH 7,0) zmiany termoreologiczne homogenatów mięśniowych wszystkich badanych prób rozpoczynały się w temp. ok. 60°C. Próby sonifikowane (pH 7,0) cechowały się wyższą o ok. 1-2°C początkową temperaturą zmian lepkości w porównaniu z próbą kontrolną.The aim of the study was evaluation the thermorheological properties of myofibrillar proteins, determination of initial and final temperature of gelation process during meat ageing sonicated right after the slaughter with low frequency ultrasonic. The tests were carried out on semimembranosus muscles of young bulls. The sample was divided on three parts right after slaughter, first as a control sample and other two designated to ultrasonic treatment with 25 kHz (U) i 45 kHz (Z) frequency. The viscosity tests on homogenates from meat after 24, 48 and 72 hours of ageing in cooling conditions were evaluated. The acidity level was set up on pH 5.3 and 7.0 respectively. The initiative and final gelation temperature was set up. The tests showed that the changes of homogenates features prepared from meat in 0.6 M NaCl solution depend on the way of sonication, time after slaughter and acidity level. It was stated that setting up an acidity on 5.3 level leads to proteins coagulation. In the neutral acidity thermorheological changes of the muscle homogenates of all tested samples started around 60ºC. Sonicated samples (pH 7,0) characterized 1-2ºC higher initial temperature of viscosity changes in comparison to control sample

Water retention in gels of sonified beef homogenates

Celem pracy było zbadanie możliwości kształtowania interakcji woda - białko w żelach homogenatów poprzez sonifikowanie mięsa wołowego bezpośrednio po uboju. Po 4, 24, 48 i 72 godzinach od uboju w żelach określono ubytki termiczne i zdolność utrzymywania wody. Stwierdzono istotny wpływ sposobu obróbki ultradźwiękowej mięsa bezpośrednio po uboju, wartości pH homogenatu i czasu po uboju na interakcje wody z białkami mięśniowymi w żelach otrzymanych z homogenatów mięsa.The aim of the study was to assess the ability to shape the interaction between water and protein in gels of homogenates through sonification of beef directly after slaughter. Thermal losses and the ability to retain water in gels were defined after 4, 24, 48 and 72 hours from the slaughter. It was found that the method of ultrasound treatment of meat directly after slaughter, pH value of homogenate and time after slaughter had essential influence on water interaction with muscle protein in gels obtained from meat homogenates

Assessment of nutritional quality of food rations in nurseries on the basis of menus during winter season

Celem pracy była ocena wartości odżywczej całodziennych racji pokarmowych serwowanych w czterech stołówkach przedszkolnych, na podstawie jakościowej i ilościowej analizy jadłospisów. Okres zimowy nie jest zasobny w różnorodne świeże warzywa i owoce. Ograniczona dostępność sezonowych warzyw i owoców, a także ich wysoka cena mogą wpływać na mniejszą podaż tych produktów w codziennej przedszkolnej racji pokarmowej, a to z kolei może wpływać na powstawanie ryzyka niedoborów witaminowych. W niniejszym opracowaniu poddano analizie dwanaście miesięcznych jadłospisów z okresu zimowego, tj. od grudnia 2016 do lutego 2017 roku, po trzy z każdego przedszkola. Do obliczenia wartości energetycznej oraz zawartości makro- i mikroskładników w ocenianych jadłospisach wykorzystano program DIETA 5D (IŻŻ, Warszawa). Na podstawie wyników badań wykazano odpowiednią podaż energii (1074 ± 50 kcal) w dziennych przedszkolnych racjach pokarmowych. Nie odnotowano nadmiernej podaży soli (< 3,8 g) i cukrów (< 33 g) w żywności podawanej dzieciom. Stwierdzono, że oceniane jadłospisy były bogate w białko (37 ± 4,5 g), błonnik pokarmowy (11 ± 2,6 g), witaminę A (519 ± 223 μg) oraz magnez (154 ± 26 mg). Uwidoczniły się nieprawidłowości związane z niewystarczającą ilością wapnia (< 600 mg) i witaminy D (< 4 μg) w analizowanych jadłospisach. Dzienna podaż pozostałych mikroskładników w diecie przedszkolnej nie budziła zastrzeżeń. Uzyskane wyniki wskazują jednak na konieczność edukacji pracowników placówek oświatowych, szczególnie w zakresie zwiększenia w jadłospisach przedszkolnych ilości produktów nabiałowych bogatych w wapń oraz ryb morskich.The objective of the research study was to assess the nutritional quality of food rations for one day served in four nursery canteens on the basis of a qualitative and quantitative analysis. The winter season is not rich in diverse fresh fruit and vegetables. The limited availability of seasonal vegetables and fruit as well as their high price could cause a lower supply of those products in the daily nutritional ration in the nurseries. This may cause the risk of vitamin deficiencies. Under this study, there were analysed twelve monthly menus from the winter period, i.e. from December 2016 to February 2017, three menus from every nursery. A Dieta 5D software was applied to calculate the energy content and the content of macronutrients and micronutrients in the menus assessed. Based on the study results, it was confirmed that the adequate energy supply (1074 ± 50 kcal) was adequate in the daily food rations in the nurseries. No excessive supplies of salt (< 3.8 g) and sugars (< 33 g) were reported in the food served to children. It was found that the diets assessed were rich in protein (37 ± 4.5 g), dietary fibre (11 ± 2.6 g), vitamin A (519 ± 223 μg), and magnesium (154 ± 26 mg). It became apparent that the intakes of calcium (< 600 mg) and vitamin D (< 4 μg) were insufficient. The daily supply of other micronutrients in the nursery diet did not raise any objections. However, the results obtained suggest that it is a must to educate the staff in educational institutions about, especially, the need to increase the quantity of calcium-rich dairy products and marine fish in the nursery menus

Assessing technological usefulness of selected apples varieties in terms of browning potential

Celem pracy była ocena przydatności do przetwórstwa wybranych odmian jabłek deserowych pod względem potencjału brązowienia. Materiałem do badań było 8 popularnych na rynku krajowym odmian jabłek: ‘Alwa’, ‘Boskoop’, ‘Cortland’, ‘Golden Delicious’, ‘Jonagold’, ‘Ligol’, ‘Lobo’ oraz ‘Szampion’. Potencjał brązowienia określano za pomocą różnic parametrów barwy miąższu jabłek (∆L*, ∆a*, ∆b*, ∆E*) oraz zmian absorbancji ekstraktu miąższu jabłek (∆A₄₄₀) w czasie. Badania wykazały duże zróżnicowanie odmianowe pod względem potencjału brązowienia. Skłonność do ciemnienia związana jest z zawartością polifenoli, ale bardziej uzależniona jest od zawartości kwasu askorbinowego w miąższu owoców. Najmniejszym potencjałem brązowienia charakteryzowały się owoce odmiany ‘Szampion’. W próbkach owoców tej odmiany różnice poszczególnych parametrów barwy po 24 h przechowywania były najmniejsze (∆L* = 1,9; ∆a* = 1,5; ∆b* = 2,5; ∆E* = 3,5), a zmiana absorbancji ekstraktu miąższu jabłek była minimalna. Uznano więc, że owoce tej odmiany mogą być zalecane do produkcji soków naturalnie mętnych oraz produktów przecierowych bez konieczności stosowania w procesie technologicznym dodatku kwasu askorbinowego.The objective of the research study was to assess the processing usefulness of selected varieties of dessert apples in terms of browning potential. The research material constituted 8 varieties of apples that were popular in the home market: ‘Alwa’, ‘Boskoop’, ‘Cortland’, ‘Golden Delicious’, ‘Jonagold’, ‘Ligol’, ‘Lobo’, and ‘Szampion’. The browning potential was determined based on the changes in colour parameters of the apple flesh (ΔE*, ΔL*, Δa*, Δb*) and the changes in absorbance of the apple flesh extract (ΔA₄₄₀) over time. The research showed high varietal differences in terms of the browning potential. The tendency to darken is connected with the content of polyphenols; however, it depends much more on the content of ascorbic acid in the flesh of fruits. The fruits of the ‘Szampion’ variety were characterized by the smallest browning potential. In the samples of this variety, the differences in the individual colour parameters after 24 h of storage were the lowest (∆L* = 1.9; ∆a* = 1.5; ∆b* = 2.5; ∆E* = 3.5) and the change in the absorbance of apple flesh extract was minimal. Therefore, it was concluded that the fruits of this particular variety could be recommended to manufacture naturally cloudy juices and apple pulp products and adding ascorbic acid to the technological process would be not necessary

T2-PROPELLER Compared to T2-FRFSE for Image Quality and Lesion Detection at Prostate MRI.

PURPOSE: The primary objective was to compare T2-FRFSE and T2-PROPELLER sequences for image quality. The secondary objective was to compare the ability to detect prostate lesions at MRI in the presence and absence of motion artefact using the 2 sequences. METHODS: 99 patients underwent 3 T MRI examination of the prostate, including T2-FRFSE and T2-PROPELLER sequences. All patients underwent prostate biopsy. Two independent readers rated overall image quality, presence of motion artefact, and blurring for both sequences using a 5-point Likert scale. Scores were compared for the whole group and for subgroups with and without significant motion artefact. Outcome for lesion detection at an MRI threshold of PI-RADS score ≥3 was compared between T2-FRFSE and T2-PROPELLER. RESULTS: The overall image quality was not significantly different between T2-FRFSE and T2-PROPELLER sequences (3.74 vs. 3.93, p = 0.275). T2-PROPELLER recorded a lesser degree of motion artefact (score 4.53 vs. 3.78, p <0.0001), but demonstrated greater image blurring (score 3.29 vs. 3.73, p <0.001). However, in a subgroup of patients with significant motion artefact on T2-FRFSE, the T2-PROPELLER sequence demonstrated significantly higher image quality (3.46 vs. 2.49, p <0.001). T2-FRFSE and T2-PROPELLER showed comparable positive predictive values for lesion detection at 93.2% and 97.7%, respectively. CONCLUSIONS: T2-PROPELLER provides higher quality imaging in the presence of motion artefact, but T2-FRFSE is preferred in the absence of motion. T2-PROPELLER is therefore recommended as a secondary T2 sequence when imaging requires repeat acquisition due to motion artefact

Lake microbiome and trophy fluctuations of the ancient hemp rettery

Lake sediments not only store the long-term ecological information including pollen and microfossils but are also a source of sedimentary DNA (sedDNA). Here, by the combination of traditional multi-proxy paleolimnological methods with the whole-metagenome shotgun-sequencing of sedDNA we were able to paint a comprehensive picture of the fluctuations in trophy and bacterial diversity and metabolism of a small temperate lake in response to hemp retting, across the past 2000 years. Hemp retting (HR), a key step in hemp fibre production, was historically carried out in freshwater reservoirs and had a negative impact on the lake ecosystems. In Lake Slone, we identified two HR events, during the late stage of the Roman and Early Medieval periods and correlated these to the increased trophy and imbalanced lake microbiome. The metagenomic analyses showed a higher abundance of Chloroflexi, Planctomycetes and Bacteroidetes and a functional shift towards anaerobic metabolism, including degradation of complex biopolymers such as pectin and cellulose, during HR episodes. The lake eutrophication during HR was linked to the allochthonous, rather than autochthonous carbon supply—hemp straws. We also showed that the identification of HR based on the palynological analysis of hemp pollen may be inconclusive and we suggest the employment of the fibre count analysis as an additional and independent proxy