Dynamique de la relation interspécifique : gardon (rutilus rutilus(L.))-ligule (ligula intestinalis(L.))

TOULOUSE3-BU Sciences (315552104) / SudocSudocFranceF

Connectivité hydrologique et distribution spatiale de l ichtyofaunedans le bassin versant de la Loire (de l assemblage à la population (cas de l anguille européenne))

Dans un contexte d érosion de la biodiversité riveraine, cette thèse s intéresse à l influence de la connectivité hydrologique sur la distribution de l ichtyofaune dans le bassin de la Loire à différentes échelles spatiales (le bassin dans son ensemble et la plaine inondable) et biologiques (l assemblage et la population d anguille européenne). Les résultats montrent que la connectivité hydrologique influence fortement les patrons de distribution des poissons aux deux échelles spatiales considérées. Elle détermine la qualité de l habitat et la composition et la structure des assemblages. Les faibles niveaux de connectivité créent des habitats lentiques favorables aux espèces exotiques et défavorables aux espèces natives vulnérables. Elle détermine par ailleurs les possibilités de déplacements des poissons entre éléments de l hydrosystème comme cela a été illustré par le cas de l anguille.In a context of river biodiversity loss, this work aims at understanding the influence of hydrological connectivity on fish distribution in the Loire catchment at different spatial (the whole catchment and the floodplain) and biological (the assemblage and the European eel s population) scales. The results show that hydrological connectivity strongly drives fish distribution patterns at both spatial scales. It determines the habitat quality and the composition and structure of fish assemblages. Low connectivity levels create lentic habitats that favour exotic species and disfavour threatened native species. Connectivity also determines fish opportunities to move between various elements of the hydrosystem as it has been shown for the European eel.RENNES1-BU Sciences Philo (352382102) / SudocRENNES-Agrocampus-Bibl. Linné (352382308) / SudocSudocFranceF

Impact des barrages sur la génétique des populations d'esturgeon chinois (Acipenser sinensis) (contribution du repeuplement des juvéniles à la diversité des populations naturelles)

D'un point de vue historique, l'echinois (Acipenser sinensis) était autrefois abondant, ayant une large distribution en Chine, notamment dans les rivières Jaune, Pearl et YangTze, ainsi qu'à différentes localités de la mer de Chine. Cependant, durant ces dernières décennies, l'espèce a connu une forte baisse de ses effectifs et est désormais classée sur la liste rouge (IUCN) en Chine. La rivière YangTze pourrait ainsi héberger les dernières populations d'esturgeon chinois. Cependant, depuis la mise en place du barrage Gezhouba en 1981, la migration de cette espèce vers la zone de frayère dans la partie amont se trouve ainsi bloquée. L'espèce est ainsi en danger de disparition, d'autant plus que s'ajoutent des effets croissants de la pollution, de la pression de pêche et des pertes des zones de frayère. Des besoins de restauration ont été reconnus et des mesures de conservation de l'espèce ont été mises en place. Ainsi, depuis 1983, la pêche commerciale est strictement interdite, et depuis 1984, des larves et des juvéniles d'esturgeon ont été réintroduits artificiellement dans la rivière YangTze. Pour évaluer les impacts du recrutement des individus issus de l'introduction artificielle sur la population naturelle, nous avons utilisé des marqueurs microsatellitaires (pour identifier les variabilités génétiques) et la carte auto-organisatrice (SOM, algorithme à apprentissage non supervisé du réseau de neurones) pour classer des résultats obtenus. Dans un premier temps, les loci de microsatellites ont été obtenus à partir de la librairie génomique partielle des poissons et des amorces de microsatellites développées pour les autres espèces d'esturgeon. Un total de 10 loci microsatellitaires sont ainsi amplifiés pour l'esturgeon chinois, mais 6 uniquement ont été utilisés en raison du fort taux de polymorphisme et pour faciliter la reproductibilité et le génotypage. Dans un second temps, la structure et la diversité génétique de l'esturgeon chinois ont été examinées utilisant les loci microsatellitaires de 60 géniteurs sauvages capturés durant 3 années consécutives (1999 à 2001). Les résultats révèlent que l'esturgeon chinois présente un faible niveau de variation génétique à l'intérieur de la population et la réduction de son abondance n'entraîne pas de variation génétique au sein de l'espèce...TOULOUSE3-BU Sciences (315552104) / SudocSudocFranceF

Le sandre (Sander lucioperca (L.)) (biologie, comportement et dynamique des populations en Camargue (Bouches du Rhône, France))

Le sandre est un percidé largement répandu en Europe. Le fonctionnement de ses populations méridionales est cependant mal connu. L'objectif de ce travail est d'apporter des connaissances nouvelles sur l'écologie du sandre par l'étude de la population d'un réseau de canaux en Camargue (sud de la France). Différentes techniques ont été mises en oeuvre pour étudier l'isolement de la population (génétique, morphométrie), l'utilisation de l'habitat (télémétrie), la biologie (traits de vie) et la dynamique dans le système. Le fonctionnement de cette population dépend plus des facteurs biotiques qu'abiotiques (contrairement à ce qui est observé sur les populations septentrionales), ainsi que des facteurs anthropiques (agriculture...)Pikeperch is a percid fish widely distributed in Europe, but little is known about the ecology of its most southern populations. The aim of this study was to provide new ecological knowledge on pikeperch by studying a population dwelling a canal network in Camargue (Southern France). A variety of methods were used to assess the isolation of the population (genetics, morphometrics), habitat use (telemetry), biology (life history traits) and dynamics in the system. The population's functioning is more dependent upon biotic than abiotic factors, which contrasts with the observations made on the Northern populations, and displays anthropogenic impacts (agriculture...)TOULOUSE3-BU Sciences (315552104) / SudocPARIS-Museum-Bib. d'ichtyologie (751052306) / SudocSudocFranceF

Exploration des données et prédiction en écologie par des méthodes d'intelligence artificielle

TOULOUSE3-BU Sciences (315552104) / SudocSudocFranceF

Structure génétique de Ligula intestinalis (Cestode : Diphyllobothriidea), parasite des poissons d'eau douce

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Study of the diatoms of Reghaia Lake, northern Algeria

Owing to their important capacity to answer environmental changes, diatoms have been used as biological indicators of the water quality for a very long time. Studies of the North African and, in particular, the Algerian diatom flora are few. The objective of the present study is to describe spatial and temporal changes of the diatom communities and the abiotic parameters in the Reghaia Lake, which flows in the Mediterranean Sea. From October 2007 to September 2008, monthly physico-chemical and algological samplings were undertaken in the pelagic zone of the Reghaia Lake. The physico-chemical data made it possible to classify this water as of poor quality. The nutritive elements (PO4 and NH4), the temperature and oxygen displayed important fluctuations both in space and time and influenced directly the distribution of the diatoms. Our results showed that the collected planktonic diatom communities are composed of 24 species, with ten taxa reported for the first time for Algeria. The species Cyclotella ocellata is the most abundant with monthly frequencies that vary from 4.7 % of the total diatom community (in March) to 97 % (in August). The spatial distribution is characterized by the presence of pollution tolerant species in upstream sites. These results show that the assemblages of diatoms are influenced by the anthropogenic pressure and suggest that the diatom communities can be used as sensors for the biomonitoring of the Algerian aquatic environment.Étude des diatomées du lac de Reghaia, Nord de l’Algérie. En raison de leur importante capacité de réponse aux changements environnementaux, les diatomées sont depuis longtemps utilisées comme indicateurs biologiques de la qualité des milieux aquatiques. Cette flore a été très peu étudiée en Algérie et en Afrique du Nord ; pour cela l’objectif de cette étude est de décrire les variabilités spatio-temporelles des diatomées à l’échelle du lac de Reghaia, qui se déverse dans la Méditerranée, et les principaux facteurs abiotiques responsables de ces variabilités. D’octobre 2007 à septembre 2008, des études hydrobiologiques ont été entreprises dans ce lac. L''évolution mensuelle des paramètres physico-chimiques permet de classer cette eau dans la qualité médiocre. Les éléments nutritifs (PO4 et NH4), la température et l’oxygène marquent des fluctuations importantes et influent directement sur la répartition des diatomées. Nos résultats ont montré que les communautés diatomiques planctoniques récoltées se composent de 24 espèces, dont 10 ont été signalées pour la première fois en Algérie. L’espèce Cyclotella ocellata est la plus abondante avec des fréquences mensuelles qui varient de 4,7 % de la communauté diatomique totale (au mois de mars) à 97 % (au mois d’août). Quant à la variabilité spatiale, les stations de l’amont sont caractérisées par la dominance des espèces polluo-résistantes, ce qui est le témoin de la forte charge polluante affectant ces zones. Ces résultats montrent que les assemblages de diatomées sont influencés par les perturbations anthropiques et suggèrent qu’ils peuvent être utilisés comme indicateurs de la qualité de l’environnement.El Haouati Habiba, Arab Abdeslem, Tudesque Loïc, Lek Sovannarath, Samraoui Boudjéma. Study of the diatoms of Reghaia Lake, northern Algeria. In: Revue d'Écologie (La Terre et La Vie), tome 70, n°1, 2015. pp. 44-57