Ubiquitinome Profiling Reveals <i>in Vivo</i> UBE2D3 Targets and Implicates UBE2D3 in Protein Quality Control

Ubiquitination has crucial roles in many cellular processes, and dysregulation of ubiquitin machinery enzymes can result in various forms of pathogenesis. Cells only have a limited set of ubiquitin-conjugating (E2) enzymes to support the ubiquitination of many cellular targets. As individual E2 enzymes have many different substrates and interactions between E2 enzymes and their substrates can be transient, it is challenging to define all in vivo substrates of an individual E2 and the cellular processes it affects. Particularly challenging in this respect is UBE2D3, an E2 enzyme with promiscuous activity in vitro but less defined roles in vivo. Here, we set out to identify in vivo targets of UBE2D3 by using stable isotope labeling by amino acids in cell culture–based and label-free quantitative ubiquitin diGly proteomics to study global proteome and ubiquitinome changes associated with UBE2D3 depletion. UBE2D3 depletion changed the global proteome, with the levels of proteins from metabolic pathways, in particular retinol metabolism, being the most affected. However, the impact of UBE2D3 depletion on the ubiquitinome was much more prominent. Interestingly, molecular pathways related to mRNA translation were the most affected. Indeed, we find that ubiquitination of the ribosomal proteins RPS10 and RPS20, critical for ribosome-associated protein quality control, is dependent on UBE2D3. We show by Targets of Ubiquitin Ligases Identified by Proteomics 2 methodology that RPS10 and RPS20 are direct targets of UBE2D3 and demonstrate that the catalytic activity of UBE2D3 is required to ubiquitinate RPS10 in vivo. In addition, our data suggest that UBE2D3 acts at multiple levels in autophagic protein quality control. Collectively, our findings show that depletion of an E2 enzyme in combination with quantitative diGly-based ubiquitinome profiling is a powerful tool to identify new in vivo E2 substrates, as we have done here for UBE2D3. Our work provides an important resource for further studies on the in vivo functions of UBE2D3.Dutch Ministry of Health KWF-NKI2012- 5305Dutch Cancer Society 11369/2017-

Bouwstenen als kompas: Een visie op praktijkgericht onderzoek

In dit artikel wordt verslag gedaan van een onderzoek naar de opvattingen over praktijkgericht onderzoek van lectoren van de Christelijke Hogeschool Ede (CHE) die als gezamenlijk onderzoeksprofiel hebben gekozen voor de kracht van relaties. In focusgroepen met maximaal drie lectoren is besproken welk type relaties bestudeerd worden, met welke methoden van onderzoek wordt gewerkt en hoe relationeel de onderzoekers zelf te werk gaan. De uitkomsten van de focusgroepen zijn voorgelegd aan de directeur onderzoek en besproken met alle lectoren samen. Ook is internationale literatuur bestudeerd over de aard en kenmerken van praktijkgericht onderzoek. Dit heeft geleid tot een vijftal bouwstenen die samen de visie op CHE lectoraatsonderzoek vormen. Onderzoek aan de CHE is: gericht op het begrijpen van praktijken, vanuit een abductieve redeneerwijze, vanuit een relationele werkwijze, gericht op het verbeteren van praktijk en op leren en reflectie. Hiermee is taal ontstaan waarmee lectoren onderling in gesprek kunnen komen over de aard van hun onderzoek, elkaar waar nodig op blinde vlekken kunnen wijzen, maar waarmee zij vooral steeds terug kunnen keren naar de kern van hun werk . Het type gesprek dat in de ontwikkeling van praktijkgericht onderzoek aan hogescholen een nadrukkelijke plek verdient

Rapportage 1 - ‘Jouw Gezin, Mijn Zorg?’ Hoe gezinshuisouders en ouders constructief kunnen samenwerken: Verkenning: literatuuronderzoek en interviews

Onderzoeksvragen die in de eerste verkennende fase van dit onderzoek aan bod zijn gekomen: 1. Wat maakt een samenwerkingsrelatie tussen een gezinshuisouder en ouder constructief en onder welke voorwaarden? 2. Hoe krijgt de samenwerking gestalte en hoe wordt dat ervaren door jongeren, ouders en gezinshuisouders? Om deze vragen te beantwoorden is een literatuuronderzoek en een praktijkonderzoek gedaan. Het praktijkonderzoek bestond uit focusgroepen met gezinshuisouders en diepte-interviews met ouders en jongeren

Een pedagogiek van de hoop

Over hoop worden veel mooie dingen gezegd en geschreven. Hoop vormt de grondstof van ons bestaan. Hoop is gerichtheid op de toekomst, op ontwikkeling, op groei, op nieuw leven. Onze wereld is een hoopvolle wereld, ons bestaan een hoopvol bestaan. Maar… hoop komt niet alleen. De medaille van de hoop kent de keerzijde van de wanhoop. Een hoopvol bestaan getuigt van de hoop op een beter bestaan, op een uitweg uit de gebrokenheid van het hier en nu. Hoop is vaak zoeken naar signalen van hoop in een wereld die van het tegendeel getuigt. Hoop krijgt pas profiel tegen de achtergrond van wanhoop, vertwijfeling en uitzichtloosheid. Signalen van hoop zijn dan kleine lichtpuntjes, een strohalm, een tegengeluid

Dit kan echt niet meer!: Introductie op de jaarserie

De botsing tussen het Kamerlid Sylvana Simons (BIJ1) en de commissievoorzitter Ockje Tellegen, december 2021, vormt een treffende illustratie van het jaarthema van Wapenveld voor 2022. Simons beklaagde zich tijdens de vergadering van de Emancipatiecommissie over intimiderend gedrag van een commissielid. Zij had het woord niet en vroeg daarom ruimte voor een punt van orde waarin zij deze bejegening aan de kaak wilde stellen. De aanleiding tot dit jaarthema is het maatschappelijk beraad, of het ontbreken ervan, rond corona. De tegenstellingen rond corona werden door voor- en tegenstanders al gauw vertaald in elkaar diskwalificerende termen als wappies en complotdenkers enerzijds en naïef en de totalitaire staat gehoorzamende volgzame massa, schapen, anderzijds. Maar het kapotmaken van op zichzelf waardevolle debatten is aan de orde van de dag. Het beraad in de Emancipatiecommissie is hiervoor illustratief

Professioneel Ouderschap: Interactionele vaardigheden in alledaagse leefsituaties in gezinshuizen

Het onderzoek ‘Professioneel Ouderschap in Gezinshuizen’ is een tweejarig project dat mede mogelijk gemaakt werd door een subsidieregeling van Stichting Innovatie Alliantie en uitgevoerd door een consortium bestaande uit de Christelijke Hogeschool Ede, Gezinshuis.com en Joozt LSG-Rentray. Als experts zijn betrokken bij dit project de Universiteit Utrecht, het Nederlands Jeugdinstituut, de Hogeschool van Amsterdam en Combinatie Jeugdzorg. Het onderzoek draait om uithuisgeplaatste jongeren met een complexe geschiedenis, die noodgedwongen in een gezinshuis moeten wonen. Voor publicatie aangeboden resultaten van dit project: • Rapportage van de Focusgroepen • Reflectie-instrument voor gezinshuisouders • Samenvatting van de onderzoeksresultaten • 4 Minimagazine

Ertoe doen: Integrale Kennisagenda Sociale Studies

Deze integrale kennisagenda is voor de CHE-opleiding Sociale Studies een mijlpaal. Het is voor het eerst dat het onderzoek dat gedaan wordt binnen Sociale Studies aan elkaar is verbonden nadat vanaf het cursusjaar 2017-2018 steeds stappen zijn gezet om al het onderzoek onder te brengen in Professionele Leergemeenschappen (PLG’s). Het gaat om onderzoek van studenten van de voltijd en deeltijd bachelor Social Work, van de masters Contextuele Benadering en Speltherapie en van de lectoraten Professioneel Opvoeden, Informele Netwerken en Laatmoderniteit en Jeugd en Gezin. Een PLG is een groep van docenten, professionals en studenten die zin hebben om meerjarig samen te leren rondom vragen uit de praktijk. Hiervoor formuleren praktijk en onderwijs, onder begeleiding van een onderzoeker, samen thema’s die voor beide relevant zijn en waarop studenten jaarlijks onderzoek verrichten in het teken van hun afstuderen. De kennis die hiermee wordt ontwikkeld komt ten goede aan: 1) de vorming van de student tot professional 2) de ontwikkeling van het werkveld 3) het beroepsonderwijs en 4) de kennisbasis van de beroepen waar we voor opleiden. In deze kennisagenda worden vijf kennislijnen geïntroduceerd waarbinnen alle PLG’s van Sociale Studies zijn ondergebracht. Als bijlage is een overzicht toegevoegd waarin alle PLG’s met hun kennislijnen bij elkaar staan. Tenslotte is deze kennisagenda nadrukkelijk een levend document. PLG’s zullen komen en gaan. We willen daarin ontwikkelingen volgen en ook afgaan op de plekken waar vragen zijn en waar samenwerking ontstaat. De kennisagenda is dan ook nadrukkelijk een uitnodiging om aan te haken en om mee te doen

Emotional Variability in Mother-Adolescent Conflict Interactions and Internalizing Problems of Mothers and Adolescents: Dyadic and Individual Processes

Emotional variability reflects the ability to flexibly switch among a broad range of positive and negative emotions from moment-to-moment during interactions. Emotional variability during mother-adolescent conflict interactions is considered to be important for healthy socio-emotional functioning of mothers and adolescents. The current observational study examined whether dyadic emotional variability, maternal emotional variability, and adolescent emotional variability during conflict interactions in early adolescence predicted mothers' and adolescents' internalizing problems five years later. We used data from 92 mother-adolescent dyads (Mage T1 = 13.05; 65.20 % boys) who were videotaped at T1 while discussing a conflict. Emotional variability was derived from these conflict interactions and it was observed for mother-adolescent dyads, mothers and adolescents separately. Mothers and adolescents also completed questionnaires in early adolescence (T1) and five years later in late adolescence (T6) on mothers' internalizing problems, and adolescents' anxiety and depressive symptoms. Hierarchical regression analyses showed that less dyadic emotional variability in early adolescence predicted relative increases in mothers' internalizing problems, adolescents' depressive symptoms, and adolescents' anxiety symptoms from early to late adolescence. Less maternal emotional variability only predicted relative increases in adolescents' anxiety symptoms over time. The emotional valence (e.g., types of emotions expressed) of conflict interactions did not moderate the results. Taken together, findings highlighted the importance of considering limited emotional variability during conflict interactions in the development, prevention, and treatment of internalizing problems of mothers and adolescents