ARTS: a web-based tool for the set-up of high-throughput genome-wide mapping panels for the SNP genotyping of mouse mutants

Genome-wide mapping in the identification of novel candidate genes has always been the standard method in genetics and genomics to correlate a clinically interesting phenotypic trait with a genotype. However, the performance of a mapping experiment using classical microsatellite approaches can be very time consuming. The high-throughput analysis of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) has the potential of being the successor of microsatellite analysis routinely used for these mapping approaches, where one of the major obstacles is the design of the appropriate SNP marker set itself. Here we report on ARTS, an advanced retrieval tool for SNPs, which allows researchers to comb freely the public mouse dbSNP database for multiple reference and test strains. Several filters can be applied in order to improve the sensitivity and the specificity of the search results. By employing the panel generator function of this program, it is possible to abbreviate the extraction of reliable sequence data for a large marker panel including several different mouse strains from days to minutes. The concept of ARTS is easily adaptable to other species for which SNP databases are available, making it a versatile tool for the use of SNPs as markers for genotyping. The web interface is accessible at

A novel concept for the genome wide high-throughput mapping of ENU-induced mouse mutants

Ziel der Arbeit war die Erstellung einer genomweiten SNP-Genotypisierungsplattform für die Kartierung von ENU-induzierten Mausmutanten. Im Zuge dessen wurde eine Reihe von bioinformatischen Werkzeugen für die Erstellung eines geeigneten Markersatzes und für die Auswertung der gewonnenen Genotypdaten entwickelt. Mit Hilfe dieser Plattform war es möglich, eine genomweite Kartierung von 55 mutanten Mauslinien durchzuführen. Der durchschnittliche Abstand des von der ENU Mutagenese betroffenen Gens zu dem am stärksten gekoppelten SNP-Marker betrug hierbei ca. 5,9 Mb. Eine der auf diese Weise untersuchten mutanten Mauslinien war die Linie SMA004. Es wurde eine Kopplung auf Chromosom 4 festgestellt und eine Mutation in dem Gen Zmpste24 gefunden. Der progeroide Phänotyp dieser Mauslinie wurde weiterführend untersucht. In dieser Arbeit wird eine neuartige Plattform präsentiert, mit deren Hilfe es möglich ist, in kurzer Zeit Kreuzungen verschiedener Mausstämme zu genotypisieren und auszuwerten.Aim of this work was the establishment of a genome wide SNP genotyping platform for the mapping of ENU-induced mouse mutants. During this course a set of bioinformatic tools for the establishment of a suitable marker set and for the analysis of the obtained genotype data has been developed. By means of this platform it was possible to perform a genome wide mapping of 55 mutant mouse lines. The average distance between the gene alted by ENU mutagenesis and the most strongly linked SNP-marker was thereby approximately 5,9 Mb. One of the mouse lines assayed in this manner was the line SMA004. A linkage on chromosome 4 was observed and a mutation in the gene Zmpste24 has been found. The progeroid phenotype of this mouse line was further studied. In this thesis a novel platform is presented by means of which it is possible to genotype and analyze crosses of different mouse strains within a short time

Ein neuartiges Konzept zur genomweiten Kartierung von ENU-induzierten Mausmutanten im Hochdurchsatz.

Ziel der Arbeit war die Erstellung einer genomweiten SNP-Genotypisierungsplattform für die Kartierung von ENU-induzierten Mausmutanten. Im Zuge dessen wurde eine Reihe von bioinformatischen Werkzeugen für die Erstellung eines geeigneten Markersatzes und für die Auswertung der gewonnenen Genotypdaten entwickelt. Mit Hilfe dieser Plattform war es möglich, eine genomweite Kartierung von 55 mutanten Mauslinien durchzuführen. Der durchschnittliche Abstand des von der ENU Mutagenese betroffenen Gens zu dem am stärksten gekoppelten SNP-Marker betrug hierbei ca. 5,9 Mb. Eine der auf diese Weise untersuchten mutanten Mauslinien war die Linie SMA004. Es wurde eine Kopplung auf Chromosom 4 festgestellt und eine Mutation in dem Gen Zmpste24 gefunden. Der progeroide Phänotyp dieser Mauslinie wurde weiterführend untersucht. In dieser Arbeit wird eine neuartige Plattform präsentiert, mit deren Hilfe es möglich ist, in kurzer Zeit Kreuzungen verschiedener Mausstämme zu genotypisieren und auszuwerten