Bağışıklık Yanıtından Genom Tasarımına; CRISPR-Cas9 Sistemi

The CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat) /Cas9 (CRISPR -associated nuclease-9) system is a versatile tool for genome engineering that uses a guide RNA (gRNA) to target Cas9 to a specific genomic region. in recent years, this RNA-guided genome-editing technology has become a revolutionary tool in molecular biology and has many innovative applications in different fields. CRISPR /Cas system is not found in eukaryotic genomes, whereas a powerful defence strategy against viral invaders in the genomes of prokaryotic organisms. Native CRISPR/Cas systems have a variety of enzymes responsible for degradation of foreign DNA as well as the RNA guides required for endonuclease function, however when used for genome editing in eukaryotes, the only CRISPR protein required is the Cas9 endonuclease or a variant thereof. Using CRISPR system as a tool for altering genomes is due to the ability of Cas9 protein to cause doublestranded breaks in DNA after binding with short guide RNA molecules. CRISPR technology is candidate to solve several complex molecular biology problems faced in life science research including cancer research. in this review, CRISPR-Cas will be handled as an immune system regulator and immune system response steps will be defined in prokaryotic organisms. Repair mechanisms of DNA strand breaks and guide RNAs will be defined in means of using CRISPR-Cas9 system in genome editing and efficient transfection methods minimalized for off target effects will be discussed. Finally, CRISPR applications in cancer and therapeutic efficiency of genome editing technology will be evaluated.(düzenli aralıklarla bölünmüş kısa palindromik tekrar kümeleri)/Cas9 (CRISPRilişkili nükleaz-9), kılavuz bir RNA (gRNA) eşliğinde özgül bir genomik bölgeye hedeflenen Cas9 nükleaz enziminin kullanıldığı bir genom düzenleme sistemidir. Son yıllarda bu RNA aracılı genom düzenleme teknolojisi "moleküler cerrahi" yöntemi olarak tanımlanmış, farklı alanlardaki birçok yenilikçi uygulamada kullanılmış ve elde edilen sonuçlar moleküler biyoloji için devrim yaratıcı nitelikte olmuştur. CRISPR/Cas sistemi ökaryot genomlarında bulunmamakta, fakat prokaryot organizmaların genomlarında viral istilacılara karşı güçlü bir savunma stratejisi olarak kullanılmaktadır. Doğal CRISPR/Cas sistemleri, yabancı bir DNA'nın parçalanmasından sorumlu olan çeşitli enzimlere ve endonükleaz işlevi için gerekli RNA kılavuzlarına sahiptir, ancak ökaryotlarda genom düzenleme çalışmaları için kullanıldığında, gereken tek CRISPR proteini Cas9 endonükleaz enzimi ya da bunun bir varyantıdır. Genom düzenleme yöntemi olarak CRISPR sisteminin kullanımı aslında Cas9 proteinin kısa bir rehber RNA molekülü ile birlikte DNA'ya bağlanarak çift zincir kırıkları oluşturabilme yeteneğine dayanmaktadır. CRISPR teknolojisi, kanser araştırması da dâhil olmak üzere yaşam bilimleri araştırmalarında karşılaşılan karmaşık moleküler biyoloji problemlerini çözmeye aday gözükmektedir. Bu derlemede, öncelikle bağışıklık sistemi olarak CRISPR/Cas sistemleri ele alınacak ve prokaryot organizmalarda bağışıklık yanı- tının oluşum aşamaları tanımlanacaktır. CRISPR/Cas9 sistemi kullanılarak genom düzenlenmesinde DNA zincir kırıklarının tamir mekanizmaları ile kılavuz RNA'lar tanımlanarak, etkin ve hedef dışı etkilerin en aza indirgendiği transfeksiyon yöntemleri tartışılacaktır. Son olarak kanserde CRISPR uygulamaları ile genom düzenleme teknolojisinin terapötik etkinliği değerlendirilecektir

Rituximab’ın akut lenfoblastik lösemi ve kronik lenfositik lösemide JAK-STAT ve NF-?B sinyal yolaklarına etkileri

Objectives: Rituximab is a monoclonal antibody that targets the B-lymphocyte surface antigen CD20. It is used in the treatment of some diseases including B-cell chronic lymphocytic leukemia (B-CLL). There are a lot of data regarding effect of Rituximab on lymphoma cells. But, there is no satisfactory information about the effect of Rituximab on the signaling pathways in leukemia cells. in this study, it was aimed to understand the effect of Rituximab on JAK-STAT and NF-?B signaling pathways in B-cellacute lymphoblastic leukemia (B-ALL) and B-CLL. Material and methods: Apoptotic effect of Rituximab in the TANOUE (B-ALL) and EHEB (B-CLL) cell lines were evaluated by using the Annexin V method. mRNA expression levels of STAT3 and RelA were analysed by quantitative RT-PCR (Q-PCR). Alterations in STAT3 and RelA protein expressions were detected by using a chromogenic alkaline phosphatase assay after Western Blotting. Results: Rituximab had no apoptotic effect on both cell lines. Complement-mediated cytotoxicity was only detected in EHEB cells. mRNA and protein expressions of STAT3 and RelA genes were decreased following Rituximab treatment. Conclusion: Our preliminary results suggest that the use of Rituximab might be effective in B-ALL though both signaling pathways.Amaç: Rituximab, B-lenfosit yüzey antijeni CD20’yi hedefleyen bir monoklonal antikordur. B-hücre kronik lenfositik lösemi (B-KLL) gibi bazı hastalıkların tedavisinde kullanılmaktadır. Rituximab’ın lenfoma hücrelerindeki etkisi ile ilgili birçok veri vardır. Ancak, lösemi hücrelerindeki sinyal yolaklarına etkisi ile ilgili yeterli bilgi bulunmamaktadır. Bu çalışmada, Rituximab’ ın, B-hücre akut lenfoblastik lösemi (B-ALL) ve B-KLL’deki JAK-STAT ve NF-?B sinyal yolakları üzerindeki etkisinin anlaşılması hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Rituximab’ ın TANOUE (B-ALL) ve EHEB (B-KLL) hücre hatlarındaki apoptotik etkisi Annexin V yöntemi ile belirlendi. STAT3 ve RelA’nın mRNA ekspresyon seviyeleri kantitatif RT-PCR (Q-PCR) ile analiz edildi. STAT3 ve RelA protein ekspresyonlarındaki değişimler Western Blot sonrası kromojenik alkalen fosfataz analizi ile tespit edildi. Bulgular: Rituximab’ın her iki hücre hattında apoptotik etkisi bulunmamaktadır. Kompleman-aracılı sitotoksisite sadece EHEB hücre hattında saptanmıştır. Rituximab uygulaması sonrası STAT3 ve RelA’nın mRNA ve protein ekspresyonları azalmıştır. Sonuç: İlk sonuçlarımız, Rituximab kullanımının B-ALL’ de her iki sinyal yolağı aracılığıyla etkili olabileceğini düşündürmektedir

Kronik Miyeloproliferatif Neoplazi Tanılı Türk Hastalarda TET2, ASXL1, IDH1 ve IDH2 Tek Nükleotid Polimorfizmleri

We aimed to determine the genotype distribution, allele frequency, and prognostic impact of IDH1/2, TET2, and ASXL1 single nucleotide polymorphisms (SNPs) in myeloproliferative neoplasms (MPNs). TET2 (rs763480), ASXL1 (rs2208131), and IDH1 (rs11554137) variant homozygous genotype frequencies were found at rates of 1.5%, 9.2%, and 2.3%, respectively. No IDH2 SNP was identified. IDH1 and TET2 frequencies were 5% in essential thrombocythemia (ET) and 1.7% in ET and 5% in primary myelofibrosis (PMF), respectively. ASXL1 frequencies were 8.3%-10% in MPN subgroups. The TET2 mutant allele T and ASXL1 mutant allele G had the highest frequencies with 0.272 in the PMF and 0.322 in the polycythemia vera (PV) group, respectively. There was no impact of the SNPs on prognosis. IDH1 frequency in MPNs was found similar to the literature. ASXL1 frequencies were similar between ET, PV, and PMF patients. The ASXL1 and TET2 allele frequencies of the Turkish population are similar to those of the European population. The role of SNPs in MPNs might be further evaluated in larger multicenter studies.Bu çalışmada biz ASXL1, TET2, IDH1/2 genlerindeki tek nükleotid polimorifizmlerin (SNP) alel sıklığını, genotipik dağılımını ve prognostik etkisini saptamayı amaçladık. TET2 (rs763480), ASXL1 (rs2208131) ve IDH1 (rs11554137) varyant homozigot genotip sıklığı sırasıyla %1,5, %9,2 ve %2,3 saptandı. IDH2 SNP saptanmadı. IDH1 sıklığı ET'de %5 ve TET2 sıklığı ET'de %1,7 ve PMF'te %5 idi. ASXL1 sıklığı ise MPN alt gruplarında %8,3-10'du. En yüksek TET2 mutant allel T ve ASXL mutant allel G sıklığı sırasıyla PMF'te 0,272 ve PV'de 0,322 olarak saptandı. SNP'lerin prognoz üzerine etkisi yoktu. MPN'de IDH1 sıklığı literatür ile uyumlu bulundu. ASXL1 sıklığı PV, PMF ve ET alt gruplarında benzerdi. Türklerde ASXL1 ve TET2 allel sıklığı Avrupalılar ile benzer saptandı. MPN'lerde SNP'lerin rolü, büyük ve çok merkezli çalışmalarda değerlendirilmelidir

The evaluation of t(12;21) TEL-AML1 translocation in acute lymphoblastic leukemia patients by real-time qRT-PCR with 5-year follow-up results.

Ege Üniversitesi, Tıp FakültesiAmaç: Bu çalışmada akut lenfoblastik lösemi (ALL) ön tanılı olgularda t(12;21) translokasyonu gerçek zamanlı kantitatif revers transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PZR) yöntemi kullanılarak kantite edildiObjectives: This study aims to quantify the t(12;21) translocation in cases pre-diagnosed with acute lymphoblastic leukemia (ALL) using the real-time quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR) method