Результаты молекулярно-генетического исследования генов ompA, ct135 и tarP штаммов C. trachomatis, полученных от больных урогенитальной хламидииной инфекцией

The article contains results of the molecular and genetic research of genes ompA, ct135 and tarp c. trachomatis in 50 samples of clinical material containing DNA c. trachomatis from patients (women and men) from the Moscow region with the diagnosed urogenital chlamydial infection (UGCI) confirmed by PCR method. The sequencing of the gene ompA allowed to establish, that the prevailing serovar c. trachomatis in the examined selection of UGCI patients was serovar Е (48,0%); other serovars were less often (G — 18,0%, D — 14,0%; F and J — by 8%, К — 4%). The authors revealed authentic associations of the frequency of spreading of Е serovar with non-complicated clinical course of UGCI and the association of the frequency of spreading concerning rare serovars c. trachomatis (G, D, J) — with complications of UGCI in women. Significant mutations of the gene ompА in rare c. trachomatis serovars, аs well as significant mutations of genes ct135 and tarр were revealed more often is samples from women with PID. The obtained data are sufficient to make a conclusion about the possible existing relation between peculiarities of c. trachomatis genotype and the character of the clinical course of the urogenital clamidiosis.Представлены результаты молекулярно-генетического исследования генов ompA, ct135 и tarP c. trachomatis в 50 образцах клинического материала, содержавших ДНК c. trachomatis и полученных от пациентов (женщин и мужчин) из Московского региона с подтвержденным методом ПЦР диагнозом урогенитальной хламидийной инфекции (УГХИ). В результате секвенирования гена ompA установлено, что преобладающим сероваром c. trachomatis в исследованной выборке больных УГХИ являлся серовар Е (48%); другие серовары встречались с меньшей частотой (G — 18%, D — 14%; F и J — по 8%, К — 4%). Выявлены достоверные ассоциации частоты распространения серовара Е с неосложненным клиническим течением УГХИ и ассоциации частоты распространения относительно редко встречающихся сероваров c. trachomatis (G, D, J) — с осложнениями УГХИ у женщин. Значимые мутации гена ompА в редко встречающихся сероварах c. trachomatis, а также значимые мутации генов ct135 и tarP чаще обнаруживались в образцах, полученных от женщин с ВЗОМТ. Полученные данные позволяют сделать заключение о возможном существовании взаимосвязи между особенностями генотипа c. trachomatis и характером клинического течения урогенитального хламидиоза

Механизмы формирования устойчивости Neisseria gonorrhoeae к цефалоспоринам

The authors provide a review of the present-day literature data on the issues of studying the mechanisms of the formation of Neisseria gonorrhoeae resistance to third-generation cephalosporins. Studies in this field are needed in connection with the occurrence of strains resistant to third-generation cephalosporins as well as low-sensitivity strains. The authors emphasize the importance of mutations in porB, penA, mtrR, penB and ponA genes in the development of Neisseria gonorrhoeae resistance to β-lactam antibiotics and describe the prospects of studying the mosaic structure of the penA gene encoding the РВР2 protein as well as spatial structure of this protein.Приведен обзор современных данных литературы, посвященных вопросам изучения механизмов формирования резистентности Neisseria gonorrhoeae к цефалоспоринам третьего поколения. Отмечена актуальность данного научного направления в связи с появлением штаммов, резистентных к цефалоспоринам третьего поколения, и штаммов со сниженной чувствительностью. Показано важное значение в развитии резистентности Neisseria gonorrhoeae к β-лактамным антибиотикам мутаций в генах porB, penA, mtrR, penB, ponA; отмечена перспективность изучения мозаичной структуры гена penA, кодирующего белок РВР2, а также пространственной структуры данного белка

Разработка протокола молекулярноготипирования C. Trachomatis на основесеквенирования генов ompa, pbpb, ct046, ct058,ct144, ct172

The article is devoted to the development and validation of a standard operating procedure entitled «Molecular typing of С. trachomatis for assessment of the clonal structure and extent of genetic diversity of С. trachomatis strains circulating in the territory of the Russian Federation.» The studies that involved the typing of C. trachomatis strains obtained from regions of the Russian Federation with the use of six c. trachomatis genes (ompA, СТ046, cT058, cT144, cT172 and pbpB) revealed their significant heterogenicity with the prevalence of the E serotype. However, the typing of c. trachomatis for six genes at one time seems to be too time-consuming and long-lasting and is hard to be interpreted, which explains the need to develop other typing protocols using a smaller number of relevant genes (not more than two or three - by analogy with NG-MAST).Статья посвящена разработке и апробации стандартной операционной процедуры «Молекулярное типирование С.trachomatis для оценки клональной структуры и степени генетического разнообразия штаммов С.trachomatis, циркулирующих на территории Российской Федерации». В результате проведенных исследований по типированию штаммов c. trachomatis, полученных из регионов Российской Федерации с использованием 6 генов c. trachomatis (ompA, СТ046, cT058, cT144, cT172 и pbpB), была установлена их значительная гетерогенность с преобладанием серотипа Е. Однако проведение типирования c. trachomatis одновременно по шести генам представляется излишне трудоемким, длительным во времени, трудно интерпретируемым, что определяет необходимость разработки других Протоколов типирования с использованием меньшего числа (не более 2-3 - по аналогии с NG-MAST) значимых генов

Результаты изучения генетических факторов предрасположенности к псориазу среди населения Российской Федерации

Goal. To assess the incidence of genes predisposing to the development of psoriasis based on selected molecular and genetic study methods among the Russian population. Materials and methods. By using allele specific hybridization methods in the form of real-time PCR and RFLP assay (Restriction Fragment Length Polymorphism), single-nucleotide polymorphisms of fragments of 13 genes associated with predisposition to the development of psoriasis were studied in whole blood samples obtained from 45 psoriatic patients: rs4649203 (gene IL-28RA), rs11209026 (gene IL-23R), rs610604 (gene TNFAIP3), rs514315 (gene SERPINB8), rs9304742 (gene ZNF816A), rs17728338 (gene TNIP1), rs13190932 (gene TRAF3IP2), rs2235617 (gene ZNF313), rs27524 (gene ERAP1), rs702873 (gene REL), rs3213094 (gene IL-12B), rs12720356 (gene TYK2), and rs8016947 (gene NFKBI). Results. A set of data on the genotype structure and incidence in respective loci of 13 genes associated with predisposition to develop psoriasis was obtained for the first time based on a Russian sample of patients. At this stage of the study, we failed to reveal any reliable differences concerning the incidence of individual genotypes between psoriatic patients and healthy people because of the small size of the sample. Gene TYK2 (rs1272035) served as an exclusion. The homozygous T/T genotype was revealed more often (p < 0.01) in psoriatic patients (95.6%) vs. healthy people (77.8%), which makes it possible to consider the carriers of this genotype as people predisposed to the development of psoriasis.Цель. Оценка частоты встречаемости в российской популяции генов предрасположенности к псориазу выбранными методами молекулярно-генетических исследований. Материал и методы. Методами аллель-специфической гибридизации в формате ПЦР в реальном времени и ПДРф-анализа (анализ полиморфизма длины рестрикционных фрагментов) в образцах цельной крови, полученных от 45 больных псориазом, были изучены однонуклеотидные полиморфизмы фрагментов 13-и генов, ассоциированных с предрасположенностью к развитию псориаза: rs4649203 (ген IL-28RA), rs11209026 (ген IL-23R), rs610604 (ген TNFAIP3), rs514315 (ген SERPINB8), rs9304742 (ген ZNF816A), rs17728338 (ген TNIP1), rs13190932 (ген TRAF3IP2), rs2235617 (ген ZNF313), rs27524 (ген ERAP1), rs702873 (ген REL), rs3213094 (ген IL-12B), rs12720356 (ген TYK2), rs8016947 (ген NFKBI). Результаты. Впервые на российской выборке пациентов получен массив данных о структуре и частоте встречаемости генотипов в соответствующих позициях 13 генов, ассоциированных с предрасположенностью к развитию псориаза. На данном этапе исследования достоверных отличий в частоте встречаемости отдельных генотипов между больными псориазом и здоровыми выявлено не было ввиду относительной малочисленности выборки. Исключение составил ген TYK2 (rs1272035). Гомозиготный Т/Т генотип достоверно чаще (р < 0,01) встречался у больных псориазом (95,6%) в сравнении со здоровыми (77,8%), что позволяет рассматривать носителей данного генотипа как лиц с предрасположенностью к развитию псориаза

Роль полиморфизмов гена PERP в развитии акантолиза у больных истинной акантолитической пузырчаткой

Goal. To determine the nucleotide protein-coding PERP gene sequence and assess the relation between the revealed mutations/polymorphisms and development of true acantholytic pemphigus as well as particular features of its course. Materials and methods. The protein-coding PERP gene DNA sequence was studied by the sequence analysis method in 18 patients with true acantholytic pemphigus. Results. Two polymorphisms were discovered in patients with true acantholytic pemphigus in Exon 3 of the PERP gene for the first time: rs648802 (non-synonymous) and rs648396 (synonymous). The incidence of wild type genotypes in the revealed polymorphisms (С/С genotype rs648802 and Т/Т genotype rs648396) in healthy volunteers reliably exceeded that in patients (p = 0.049). Patients with true acantholytic pemphigus are characterized by a higher incidence rate of mutant heterozygous genotypes С/G rs648802 and Т/C rs648396 (p = 0.09). Mutant heterozygous genotypes of the polymorphisms (G/G genotype rs648802 and С/С genotype rs648396) were revealed in patients with the earlier onset of the disease (41-60 years) (p = 0.025) more often while heterozygous genotypes (С/G genotype rs648802 and T/С genotype rs648396) were revealed when the disease developed at the age of 61 or older more often (p = 0.01). Conclusion. Identification of the polymorphous genotype by the sequence method or other molecular methods (e.g. PCR) can be used to forecast the terms when true acantholytic pemphigus can emerge in genetically inclined patients. However, it should be noted that it is necessary to specify the preliminary results obtained based on a greater sample of patients with true acantholytic pemphigus.Цель. Определение нуклеотидной белок-кодирующей последовательности гена PERP с оценкой взаимосвязи между выявленными мутациями/полиморфизмами и развитием истинной акантолитической пузырчатки, особенностями ее течения. Материал и методы. Методом секвенирования исследована белок-кодирующая последовательность ДНК гена PERP у 18 больных истинной акантолитической пузырчаткой. Результаты. Впервые у больных истинной акантолитической пузырчаткой в 3-м экзоне гена PERP были выявлены два полиморфизма: rs648802 (несинонимичный) и rs648396 (синонимичный). Частота встречаемости генотипов «дикого» типа выявленных полиморфизмов (С/С генотип rs648802 и Т/Т генотип rs648396) у здоровых добровольцев достоверно превысила частоту встречаемости данных генотипов у больных (р = 0,049). У больных истинной акантолитической пузырчаткой отмечена тенденция к более частому выявлению мутантных гетерозиготных генотипов С/G rs648802 и Т/C rs648396 (р = 0,09). Мутантные гомозиготные генотипы данных полиморфизмов (G/G генотип rs648802 и С/С генотип rs648396) чаще выявлялись у больных с более ранним началом заболевания (41-60 лет) (р = 0,025), а гетерозиготные генотипы (С/G генотип rs648802 и T/С генотип rs648396) чаще обнаруживались при манифестации заболевания в возрасте 61 года и старше (р = 0,01). Заключение. Идентификация полиморфного генотипа методом секвенирования или другими молекулярными методами (например ПЦР-ПФРФ) может быть использована с целью прогнозирования сроков манифестации истинной акантолитической пузырчатки у генетически предрасположенных пациентов. Однако следует подчеркнуть необходимость уточнения полученных предварительных результатов на более крупной выборке больных истинной акантолитической пузырчаткой

Ассоциация полиморфизмов в генах TNFAIP3 и TNIPI с предрасположенностью к развитию псориаза в российской популяции

Goal. To study polymorphisms in TNFAIP3 (rs610604) and TNIPI (rs17728338) genes in a sample of psoriasis patients and healthy volunteers from the Russian Federation. Materials and methods. By using allele specific hybridization methods in the form of real-time PCR and RFLP assay (Restriction Fragment Length Polymorphism), single-nucleotide polymorphisms of fragments of the following genes associated with predisposition to the development of psoriasis were studied in whole blood samples taken from psoriasis patients (n = 286) and healthy volunteers (n = 89): TNFAIP3 (rs610604) and TNIPI (rs17728338). Results. Psoriasis patients had a reliable increase in the frequency of the A/C heterozygous genotype of rs610604 polymorphism of the TNFAIP3 gene and A allele of rs17728338 polymorphism of the TNIP1 gene (A/G and A/A genotypes), which makes it possible to treat carriers of these genotypes as people with predisposition to the development of psoriasis, and to treat A/C genotypes of rs610604 polymorphism and A/G and A/A genotypes of rs17728338 polymorphism as predictors of the development of psoriasis in the Russian population. Conclusion. these data broaden the perception of genetic factors associated with the development of psoriasis in persons from the Russian population.Цель. Изучить полиморфизмы генов TNFAIP3 (rs610604) и TNIPI (rs17728338) в выборке больных псориазом и здоровых добровольцев из Российской Федерации. Материал и методы. Методами аллельспецифической гибридизации в формате ПЦР в реальном времени и ПДРФ-анализа (анализ полиморфизма длины рестрикционных фрагментов) в образцах цельной крови, полученных от больных псориазом (n = 286) и здоровых добровольцев (n = 89), были изучены однонуклеотидные полиморфизмы фрагментов генов, ассоциированных с предрасположенностью к развитию псориаза: TNFAIP3 (rs610604) и TNIPI (rs17728338). Результаты. у больных псориазом установлено достоверное повышение частоты встречаемости гетерозиготного генотипа A/C полиморфизма rs610604, гена TNFAIP3 и аллеля А полиморфизма rs17728338 гена TNIP1 (генотипы A/G и A/A), что позволяет рассматривать носителей данных генотипов как лиц с предрасположенностью к развитию псориаза, а генотипы A/С полиморфизма rs610604, A/G и A/A полиморфизма rs17728338 — как предикторы развития псориаза в российской популяции. Заключение. Полученные данные расширяют представления о генетических факторах, ассоциированных с развитием псориаза, у лиц из российской популяции