CAMEMBERT: A Mini-Neptunes GCM Intercomparison, Protocol Version 1.0. A CUISINES Model Intercomparison Project

With an increased focus on the observing and modelling of mini-Neptunes, there comes a need to better understand the tools we use to model their atmospheres. In this paper, we present the protocol for the CAMEMBERT (Comparing Atmospheric Models of Extrasolar Mini-neptunes Building and Envisioning Retrievals and Transits) project, an intercomparison of general circulation models (GCMs) used by the exoplanetary science community to simulate the atmospheres of mini-Neptunes. We focus on two targets well studied both observationally and theoretically with planned JWST Cycle 1 observations: the warm GJ~1214b and the cooler K2-18b. For each target, we consider a temperature-forced case, a clear sky dual-grey radiative transfer case, and a clear sky multi band radiative transfer case, covering a range of complexities and configurations where we know differences exist between GCMs in the literature. This paper presents all the details necessary to participate in the intercomparison, with the intention of presenting the results in future papers. Currently, there are eight GCMs participating (ExoCAM, Exo-FMS, FMS PCM, Generic PCM, MITgcm, RM-GCM, THOR, and the UM), and membership in the project remains open. Those interested in participating are invited to contact the authors.Comment: Accepted to PS

Текстурные и КТ-признаки в дифференциальном диагнозе гиперваскулярных нейроэндокринных опухолей поджелудочной железы и метастазов почечно-клеточного рака: диагностическая модель

Objective: to develop a diagnostic model that includes CT and radiomic features for the differential diagnosis of pancreatic neuroendocrine tumors (PNETs) G1 and G2 and pancreatic renal cell carcinoma (RCC) metastases.Material and Methods. 78 patients with 79 hypervascular PNETs and 17 patients with 24 pancreatic RCC metastases who underwent pancreatic resection and histological verification were selected in the study. All the patients underwent preoperative contrast enhanced CT (CECT). We assessed tumor attenuation, composition (cystic/solid), homogeneity (homogeneous/heterogeneous), calcification and presence of the main pancreatic duct (MPD) dilation. We calculated lesion-to-parenchyma contrast (LPC), relative tumor enhancement ratio (RTE) and extracted 52 texture features for arterial phase of CECT. Qualitative and texture features were compared between PNETs and pancreatic RCC metastasis. The selection of predictors for the logistic model was carried out in 2 successive stages: 1) selection of predictors based on one-factor logistic models, the selection criterion was p < 0.2; 2) selection of predictors using L2 regularization (LASSO regression after standardization of independent variables). The selected predictors were included in a logistic regression model without interactions, the coefficients of which were estimated using the maximum likelihood method with a penalty of 0.8.Results. There was no difference in composition, homogeneity (homogeneous/heterogeneous) and presence of the MPD dilation between groups. We did not find calcification in pancreatic RCC metastasis, in contrast to the PNETs (9% contained calcifications). After selection, the LCR, CONVENTIONAL_HUmin, GLCM_Correlation, NGLDM_Coarseness were included in the final diagnostic model, which showed a sensitivity and specificity of 95.8%; 62% in the prediction of pancreatic RCC metastases.Conclusion. The diagnostic model developed on the basis of texture and CT-features has high sensitivity (95.8%) with moderate specificity (62%), which allows it to be used in complex diagnostic cases to determine the patient's treatment tactics.Цель исследования: разработать диагностическую модель, включающую КТ-характеристики и показатели радиомики для дифференциальной диагностики нейроэндокринных опухолей поджелудочной железы (ПНЭО) G1 и G2 и метастазов почечно-клеточного рака (ПКР).Материал и методы. В исследование были отобраны 78 пациентов с 79 гиперваскулярными ПНЭО и 17 пациентов с 24 метастазами ПКР, которым была выполнена резекция поджелудочной железы с гистологической верификацией. Всем пациентам перед операцией была проведена КТ с контрастным усилением. Мы оценивали плотность опухоли, структуру (кистозная/солидная), гомогенность (гомогенная/гетерогенная), кальцификацию и наличие расширения главного протока поджелудочной железы (ГПП). Мы рассчитали отношение плотности опухоли к плотности паренхимы (LPC) и относительный коэффициент контрастирования опухоли (RTE) и вычислили 52 текстурных показателя для артериальной фазы КТ-исследования. Качественные и текстурные характеристики сравнивали между ПНЭО и метастазами ПКР. Отбор предикторов в логистическую модели осуществлялся в 2 последовательных этапа: 1) отбор предикторов на основе однофакторных логистических моделей, критерием отбора служило p < 0.2; 2) отбор предикторов с помощью L2-регуляризации (LASSO-регрессия после стандартизации независимых переменных). Отобранные предикторы включались в логистическую регрессионную модель без взаимодействий, коэффициенты которой рассчитывались с использованием метода максимального праводоподобия со штрафом 0,8.Результаты. Не было различий в структуре, гомогенности (гомогенные/гетерогенные) и наличии дилатации ГПП между группами. Мы не обнаружили кальцификации при метастазах ПКР, в отличие от ПНЭО. После отбора LCR, CONVENTIONAL_HUmin, GLCM_Correlation, NGLDM_Coarseness были включены в окончательную диагностическую модель, которая показала чувствительность и специфичность 95.8%; 62% в прогнозировании метастазов ПКР.Заключение. Разработанная на основании текстурных и КТ-признаков диагностическая модель обладает высокой чувствительностью (95.8%) при умеренной специфичности (62%), что позволяет использовать ее при сложных диагностических случаях для определения тактики лечения пациента

КТ-семиотика пневмонии у пациентов с COVID-19, получающих терапию тоцилизумабом: обзор зарубежной литературы

Purpose. Review and analysis of the available foreign literature about CT findings in patients with COVID-19 pneumonia after treatment with tocilizumab.Material and methods. 6 publications were analyzed that were available for the keywords “COVID-19”, “radiology”, “CT”, “tocilizumab”, “cytokine release syndrome”, “interleukin 6”, “IL-6”. Search was limited only to English language manuscripts with no time limit. The literature search was last done on 3rd June 2020.Results. There is a small number of studies on CT findings of COVID-19 pneumonia during the treatment of actemra (tocilizumab). At the request of “COVID-19”, “radiology”, “CT”, “tocilizumab”, “cytokine release syndrome”, “interleukin 6”, “IL-6” in the database of medical and biological publications “PubMed” on 03.06.2020 can be found only 8 publications that would satisfy the search query. At the time of writing this article we were able to locate only 1 full text articles in English which was the study of CT findings in patients with COVID-19 pneumonia after treatment with tocilizumab. It is important to note that new data is being shared regularly and so far, it consists mostly of pre-prints, case reports, small case series.Conclusion. After analyzing the available literature, it can be concluded that the majority of authors confirm the positive effect associated with taking tocilizumab, as evidenced by a very rapid improvement in the condition of patients, however, the CT-findings often does not correlate with the clinical course of the disease and does not always show improvement in lung tissue, which should not be regarded as negative dynamics, but as a natural regression of pathological changes in lung tissue.Цель исследования: обзор и анализ имеющейся зарубежной литературы, посвященной КТ-семиотике COVID-19-пневмонии у пациентов, получающих в качестве патогенетической терапии тоцилизумаб.Материал и методы. Проанализировано 6 публикаций, которые были доступны по ключевым словам “COVID-19”, “radiology”, “CT”, “tocilizumab”, “сytokine release syndrome”, “interleukin 6”, “IL-6”. Поиск ограничивался только рукописями на английском языке без ограничения по времени. Последний раз поиск литературы проводился 3 июня 2020 г.Результаты. На сегодняшний день существует небольшое количество исследований, посвященных КТ-семиотике COVID-19-пневмонии при лечении актемрой (тоцилизумабом). По запросу “COVID-19”, “radiology”, “CT”, “tocilizumab”, “сytokine release syndrome”, “interleukin 6”, “IL-6” в базе данных медицинских и биологических публикаций “PubMed” на 03.06.2020 можно найти только 8 публикаций, которые удовлетворяли бы поисковому запросу, из них только 1 полнотекстовая статья, целью которой было исследование КТ-семиотики COVID-19-пневмонии у пациентов, получающих в качестве терапии тоцилизумаб. Важно отметить, что новые данные распространяются регулярно, и до сих пор они состоят в основном из препринтов, кейсов, отчетов, небольших клинических случаев.Заключение. Проанализировав имеющуюся литературу, можно сделать вывод, что подавляющее число авторов подтверждают положительный эффект, связанный с приемом тоцилизумаба, о чем свидетельствует очень быстрое улучшение состояния больных. Однако КТ-картина часто не коррелирует с клиническим течением заболевания и не всегда демонстрирует улучшение по картине легких, что должно расцениваться не как отрицательная динамика, а как естественный регресс патологических изменений легочной ткани, который может занимать некоторое количество времени

Geospatial data analysis in Russia’s geoweb

The chapter examines the role of geospatial data in Russia’s online ecosystem. Facilitated by the rise of geographic information systems and user-generated content, the distribution of geospatial data has blurred the line between physical spaces and their virtual representations. The chapter discusses different sources of these data available for Digital Russian Studies (e.g., social data and crowdsourced databases) together with the novel techniques for extracting geolocation from various data formats (e.g., textual documents and images). It also scrutinizes different ways of using these data, varying from mapping the spatial distribution of social and political phenomena to investigating the use of geotag data for cultural practices’ digitization to exploring the use of geoweb for narrating individual and collective identities online

Лабораторные предикторы геморрагических осложнений при эндопротезировании тазобедренных суставов на фоне приема пероральных антикоагулянтов

Introduction. Direct oral anticoagulants (DOAC) rivaroxaban and apixaban have significantly reduced the risk of developing venous thromboembolic complications (VTEC). However, the use of DOAC may be associated with a higher risk of bleeding, especially actual in patients after total hip arthroplasty (THA).Material and methods. We enrolled 38 patients with moderate osteoarthritis of the hip joints undergoing THA. The mean age of patients was 58 (33; 85) years. All the patients received rivaroxaban or apixaban in the doses specified by Russian clinical guidelines for the diagnosis, treatment and prevention of venous thromboembolic complications (VTEC). Retrospectively, in the postoperative period, the patients were divided into two groups: Group 1 — 31 patients (20 women and 11 men), who had no hemorrhagic complications after hip replacement; and Group 2 — 7 patients (4 women and 3 men) who experienced hemorrhagic events in the form of hematomas in the wound area. Laboratory tests were performed for all patient baseline (1st day of hospitalization), after surgery (1st day after THA), and on the 7th day after THA. Analyses included the determination of hemostasis parameters (INR, aPPT, fibrinogen, D-dimer), hematological (HGB, PLT, RBC) and biochemical parameters (calcium, ionized calcium, serum iron, hs-CRP).Results. The analysis of biochemical parameters in patients with hemorrhagic complications revealed a significant increase of fibrinogen (p=0,023) compared with uncomplicated cases. Serum iron concentration in men with hemorrhagic complications in the postoperative period was significantly lower than in patients without complications. In patients with hemorrhagic complications, the ionized calcium was lower (p=0,032) than in patients without complications, but within the reference values. The hs-CRP concentration in the group with hemorrhagic complications was twice higher than in the group without complication and eight times above the reference values.Conclusion. The concentration of iron in the blood serum in men below 11 mmol/l and a slight hyperfibrinogenemia of 4.65 g/l in all the patients are the risks of developing hematomas in the area of surgery. These parameters should be used to predict the risk of hemorrhagic complications in patients before THA and recommended for control before the surgery and on the 1st day after THA (hs-CRP).Введение. Современные прямые ингибиторы факторов свертывания крови для перорального приема (ривароксабан и апиксабан) позволяют существенно снизить риск развития венозных тромбоэмболических осложнений (ВТЭО). Однако в ряде случаев у пациентов со скрытыми нарушениями в системе гемостаза применение прямых пероральных антикоагулянтов может сопровождаться повышенным риском развития послеоперационого кровотечения после артропластики тазобедренного сустава.Материал и методы. Под наблюдением находились 38 пациентов с остеоартритом тазобедренного сустава III ст., перенесших плановое тотальное эндопротезирование тазобедренного сустава. Средний возраст пациентов составлял 58 (33; 85) лет. Все пациенты получали ривароксабан или апиксабан в дозах, указанных Российскими клиническими рекомендациями по диагностике, лечению и профилактике ВТЭО. Ретроспективно в послеоперационном периоде пациенты были разделены на две группы: 1-я группа — 31 пациент (20 женщин и 11 мужчин), у которых после эндопротезирования тазобедренных суставов не было геморрагических осложнений, и 2-я группа — 7 пациентов (4 женщины и 3 мужчин), у которых наблюдались геморрагические события в виде гематом в области раны. Всем больным выполнены лабораторные исследования до операции, на первые и 10-е сутки после проведения артропластики. Лабораторное исследование включало определение показателей гемостаза (международное нормализованное отношение, активированное частичное тромбопластиновое время, фибриноген, D-димер) и биохимических (уровни в крови кальция общего, кальция ионизированного, сывороточного железа, С-реактивного белка (СРБ), креатинина), гематологических (содержание гемоглобина, тромбоцитов, эритроцитов) показателей, а также концентрацию ривароксабана или апиксабана в плазме крови.Результаты и обсуждение. При анализе биохимических показателей у пациентов с геморрагическими осложнениями было выявлено статистически значимое повышение концентрации в крови фибриногена (р=0,023) по сравнению со случаями неосложненного течения. Концентрация сывороточного железа у мужчин с геморрагическими осложнениями в послеоперационный период была статистически значимо ниже, чем у пациентов без осложнений. Констатированы статистически значимые изменения в уровне ионизированного кальция (Ca2+). У пациентов с геморрагическими осложнениями концентрация Ca2+ была статистически значимо ниже (р=0,032), чем у пациентов без осложнений, но в пределах референтных значений. У пациентов с геморрагическими осложнениями концентрация СРБ была в 2 раза выше, чем в группе без осложнений и в 8 раз выше по сравнению с референтными значениями.Выводы. Концентрация железа в сыворотке крови у мужчин ниже 11 мкмоль/л и незначительная гиперфибриногенемия являются рисками развития гематом в зоне операции. Данные параметры могут быть использованы для прогноза риска развития геморрагических осложнений у пациентов ортопедического профиля, которые необходимо контролировать в крови перед операцией (уровень сывороточного железа у мужчин и фибриногена) и в первый день после нее (содержание СРБ)

Последовательность действий при визуализации кровоизлияний/гематом мягких тканей у пожилых больных, инфицированных SARS-CoV-2

Aim. To determine ultrasound, computed tomography and angiographic image characteristics for soft tissue hemorrhages/hematomas, the sequence of using imaging methods in patients infected with SARS-CoV-2, to study the morphology of changes in soft tissues, to determine the essence of the concept and to develop treatment tactics for this complication of COVID-19.Material and methods. During 4 months of treatment of elderly patients (+60) infected with SARS-CoV-2, 40 patients were identified with soft tissue hemorrhages/hematomas, of which 26 (65%) patients with large hematomas (>10 cm in size and > 1000 ml in volume). The analysis of clinical and laboratory parameters, methods of instrumental diagnostics (ultrasound – 26 patients, CT – 10 patients, angiography – 9 patients, punctures – 6 patients) was carried out; autopsy material was studied in 11 cases.Results. Image characteristics of hemorrhages/hematomas of soft tissue density were obtained using modern instrumental methods, and the sequence of application of visualization methods was determined. A tactic for managing a patient with stopped and ongoing bleeding has been developed. The morphological substrate of hemorrhagic complications in a new viral infection was studied. All patients were treated with conservative and minimally invasive procedures (embolization, puncture with pressure bandage). 15 patients (57.7%) recovered, 11 patients (42.3%) died from the progression of COVID-19 complications.Conclusion. Comprehensive clinical and laboratory sequential instrumental diagnosis of soft tissue hemorrhages in COVID-19. Treatment should be conservative and significantly invasive. The use of the term “soft tissue hematoma” in SARS-CoV-2 infected patients is not a natural quality of the normal pathological process and should not be observed from our point of view.Цель исследования: определить визуальные ультразвуковые, компьютерно-томографические и ангиографические критерии мягкотканных кровоизлияний/гематом, последовательность использования методов визуализации у больных, инфицированных SARS-CoV-2, изучить морфологию изменений в мягких тканях, определить суть понятия и выработать лечебную тактику при таком осложнении COVID-19.Материал и методы. За 4 мес лечения пожилых больных (+60), инфицированных SARS-CoV-2, выявлено 40 пациентов с мягкотканными кровоизлияниями/гематомами, из них 26 (65%) пациентов с большими гематомами (размер >10 см и объем> 1000 мл). Проведен анализ клинико-лабораторных показателей, методов инструментальной диагностики (УЗИ – 26 пациентов, КТ – 10 пациентов, ангиография – 9 больных, пункции – 6 пациентов), в 11 случаях изучен материал аутопсии.Результаты. Современными инструментальными методами получена визуальная характеристика крово излияний/гематом мягкотканной плотности, определена последовательность применения методов визуализации. Разработана тактика ведения пациента при остановившемся и продолжающемся кровотечении. Изучен морфологический субстрат геморрагического осложнения при новой вирусной инфекции. Все больные пролечены консервативными и минимально инвазивными процедурами (эмболизация, пункция с давящей повязкой). Выздоровели 15 (57,7%) пациентов, умерли от прогрессирования осложнений COVID-19 11 (42,3%) больных.Заключение. Комплексная клинико-лабораторная последовательная инструментальная диагностика мягкотканных кровоизлияний при COVID-19-инфекции позволяет своевременно установить топический диагноз, оценить тяжесть кровопотери, ее остановку или продолжение кровотечения. Лечение должно носить консервативный и минимально инвазивный характер. Использование термина “гематома” мягких тканей у инфицированных SARS-CoV-2 больных не отражает суть происходящего патологического процесса и, с нашей точки зрения, не должно использоваться