13 research outputs found
Target-Specific Native/Decoy Pose Classifier Improves the Accuracy of Ligand Ranking in the CSAR 2013 Benchmark
- Author
- Alexander Tropsha
- Ballester P. J.
- Ballester P. J.
- Cherkasov A.
- Chupakhin V.
- Da C.
- Damm-Ganamet K. L.
- Denis Fourches
- Dunbar J. B.
- Fourches D.
- Fourches D.
- Friesner R. A.
- Golbraikh A.
- Holm L.
- Hsieh J.-H.
- Hsieh J.-H.
- Irwin J. J.
- Liu S.-B.
- Marcou G.
- Parr R. G.
- Regina Politi
- Scior T.
- Shoichet B. K.
- Sulimov A. V.
- Tinberg C. E.
- Tropsha A.
- Tropsha A.
- Varnek A.
- Warren G. L.
- Watts K. S.
- Yin S.
- Zilian D.
- Publication venue
- 'American Chemical Society (ACS)'
- Publication date
- Field of study
No full textBeware of Machine Learning-Based Scoring Functions—On the Danger of Developing Black Boxes
- Author
- Ballester P. J.
- Ballester P. J.
- Ben Nasr N.
- Berman H. M.
- Bohm H. J.
- Cheng T.
- Cross J. B.
- Damm-Ganamet K. L.
- Desaphy J.
- DesJarlais R. L.
- Didier Rognan
- Dunbar J. B.
- Dunbar J. B.
- Golbraikh A.
- Hartshorn M. J.
- Jain A. N.
- Joffrey Gabel
- Jérémy Desaphy
- Li L.
- Li Y.
- Liaw A.
- Muegge I.
- Muegge I.
- Mysinger M. M.
- Plewczynski D.
- R Development Core Team
- Ripphausen P.
- Rutenber E.
- Smith R. D.
- Sotriffer C. A.
- Swamidass S. J.
- Triballeau N.
- Truchon J. F.
- Wang R.
- Zilian D.
- Publication venue
- 'American Chemical Society (ACS)'
- Publication date
- Field of study
No full textCSAR Benchmark Exercise 2011–2012: Evaluation of Results from Docking and Relative Ranking of Blinded Congeneric Series
- Author
- Aronov A. M.
- Bonett D. G.
- Carlson H. A.
- Carlson H. A.
- Cheng T.
- Cheng T.
- Cole J. C.
- Corbeil C. R.
- Cozzini P.
- Cross J. B.
- Damm K. L.
- Damm K. L.
- Deng Z.
- Diago L. A.
- Dunbar J. B.
- Durrant J. D.
- Friesner R. A.
- Gohlke H.
- Goto J.
- Guthrie J. P.
- Halgren T. A.
- Hartshorn M. J.
- Hawkins P. C.
- Hawkins P. C.
- Hawkins P. C.
- Heather A. Carlson
- Huang S. Y.
- Huang S. Y.
- Jain A. N.
- Jain A. N.
- Jain A. N.
- Jain A. N.
- Jain A. N.
- James B. Dunbar
- Jeanne A. Stuckey
- Jorgensen W. L.
- Kelly L. Damm-Ganamet
- Kim R.
- Kleywegt G. J.
- Kramer B.
- Kroemer R. T.
- Leach A. R.
- Lee C. J.
- Lei S.
- Long J. D.
- Lyne P. D.
- Marcou G.
- Moitessier N.
- Nicholls A.
- Nicholls A.
- Nissink J. W.
- Pham T. A.
- R Development Core Team
- Repasky M. P.
- Richard D. Smith
- Sastry G. M.
- Skillman A. G.
- Smith R. D.
- Spitzer R.
- Spyrakis F.
- Swets J. A.
- Tong Y.
- Triballeau N.
- Warren G. L.
- Warren G. L.
- Warren G. M.
- Wendt M. D.
- Winn M. D.
- Yusuf D.
- Publication venue
- 'American Chemical Society (ACS)'
- Publication date
- Field of study
No full textThe SAMPL4 host–guest blind prediction challenge: an overview
- Author
- A Jakalian
- A Jakalian
- A Klamt
- A Klamt
- A Laio
- A Lyubartsev
- A Nicholls
- AG Skillman
- AG Skillman
- Andrew T. Fenley
- C Hampel
- C-E Chang
- CE Chang
- CH Bennett
- CI Bayly
- CL Gibb
- CN Nguyen
- CR Corbeil
- D Sitkoff
- David L. Mobley
- DB Kitchen
- E Gallicchio
- E Gallicchio
- EO Purisima
- F Biedermann
- FA Momany
- G König
- GL Warren
- Hari S. Muddana
- HS Muddana
- HS Muddana
- HS Muddana
- HS Muddana
- HW Horn
- I Kuntz
- J Wang
- J Řezáč
- JB Dunbar
- JP Guthrie
- JW Ponder
- K Vanommeslaeghe
- KE Rogers
- KL Damm-Ganamet
- L Zheng
- M Korth
- M Naïm
- Michael K. Gilson
- MK Gilson
- MK Gilson
- MT Geballe
- MV Rekharsky
- P Kollman
- P Ren
- R Sure
- RG Coleman
- RW Zwanzig
- S Grimme
- S Grimme
- S Kumar
- S Liu
- S Moghaddam
- V Limongelli
- W Chen
- W Ong
- WL Jorgensen
- WL Jorgensen
- Y Sun
- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- Field of study
No full textComparative Assessment of Scoring Functions on an Updated Benchmark: 1. Compilation of the Test Set
- Author
- Abad-Zapatero C.
- Amadasi A.
- Babine R. E.
- Barillari C.
- Bembenek S. D.
- Berman H. M.
- Bissantz C.
- Blow D. M.
- Bondi A.
- Briganti F.
- Brooijmans N.
- Bursulaya B.
- Böhm H. J.
- Carlson H. A.
- Carlson H. A.
- Chen H.
- Cheng T.
- Cheng T.
- Cross J. B.
- Cruickshank D. W. J.
- Cruickshank D. W. J.
- Cummings M. D.
- Damm-Ganamet K. L.
- Dunbar J. B.
- Dunbar J. B.
- Hartshorn M. J.
- Hu L.
- Huang Y.
- Jie Li
- Jie Liu
- Jones T. A.
- Jorgensen W. L.
- Kellenberger E.
- Kim R.
- Kitchen D. B.
- Knox C.
- Kontoyianni M.
- Kontoyianni M.
- Kramer C.
- Kuntz I. D.
- Kuntz I. D.
- Kuntz I. D.
- Lansdon E. B.
- Leach A. R.
- Lee B.
- Li Han
- Lipinski C. A.
- Lu Y.
- Muegge I.
- Perola E.
- Renxiao Wang
- Reynolds C. H.
- Schulz-Gasch T.
- Smith R. D.
- Smith R. D.
- Smith R. D.
- Stahl M.
- Søndergaard C. R.
- Talele T. T.
- Wang R.
- Wang R.
- Wang R.
- Warren G. L.
- Warren G. L.
- Wu D.
- Xing L.
- Yan Li
- Zhao Y.
- Zhihai Liu
- Zhixiong Zhao
- Zhong S.
- Zhou Z.
- Publication venue
- 'American Chemical Society (ACS)'
- Publication date
- Field of study
No full textContinuous Evaluation of Ligand Protein Predictions: A Weekly Community Challenge for Drug Docking
- Author
- &apos
- &apos
- &apos
- &apos
- &apos
- A C Mafud
- A Ciancetta
- A D Mcnaught
- A Dalby
- A Ganesan
- A Hodos Rachel
- A Kumar
- A N Jain
- B Kuhn
- C Mura
- C R Corbeil
- C Rosano
- Chenghua Shao
- Christopher P. Churas
- Cole Jason
- D Bartuzi
- D Duarte
- D L Mobley
- D Merkel
- D Morgnanesi
- D R Weiss
- D S Goodsell
- D T Moustakas
- E L Anna
- E Yuriev
- Epik
- F Pettersen Eric
- F Sousa S�rgio
- G L Warren
- G M Kurtzer
- G M Sastry
- G Sliwoski
- G Zied
- H A Carlson
- H A Carlson
- H Alonso
- H Berman
- H M Berman
- H S Muddana
- H S Muddana
- I A Guedes
- I D Kuntz
- I Kufareva
- I Kufareva
- J Dakka
- J Haas
- J J Irwin
- J J Irwin
- J Kim
- J L Medina-Franco
- J M Jansen
- J Shamsara
- J Y Young
- J Yin
- J Zhu
- J.-P Ebejer
- Jeffrey R. Wagner
- K L Damm-Ganamet
- K Martinez-Mayorga
- K R Beck
- L Li
- L Shunmugam
- M A C Neves
- M Mcgann
- M Mcgann
- M Michino
- Mcgann Mark
- Michael Chiu
- Michael K. Gilson
- Morris Garrett
- N M O&apos
- N M Raghavendra
- N Singh
- O Trott
- Oedocking
- P C D Hawkins
- P Sledz
- P T Lang
- P W Rose
- Prime
- R A Friesner
- R Abel
- R Chen
- R D Smith
- R D Smith
- R E Amaro
- R E Amaro
- R E Amaro
- R M Knegtel
- R Rosenfeld
- R Spitzer
- Robert V. Swift
- Rommie E Amaro
- Rommie E. Amaro
- S Beisken
- S D Morley
- S F Altschul
- S Forli
- S Gathiaka
- S K Burley
- S M Paul
- S P Leelananda
- S Pronk
- S Purawat
- S R Heller
- S Ruiz-Carmona
- S Topiol
- S Z Grinter
- Schr�dinger Release
- Shuai Liu
- Stephen K. Burley
- T A Halgren
- T Cheng
- T J A Ewing
- T J Dolinsky
- T N Doman
- T P Lybrand
- V Balasubramanian
- V I Ogungbe
- V Santiago
- Victoria A. Feher
- W Sinko
- Z Gaieb
- Z Tan
- Publication venue
- 'Elsevier BV'
- Publication date
- 01/01/2018
- Field of study
No full textStrategies for Improved Modeling of GPCR-Drug Complexes: Blind Predictions of Serotonin Receptors Bound to Ergotamine
- Author
- Allen F. H.
- Anirudh Ranganathan
- Ballesteros J. A.
- Berger M.
- Carlsson J.
- Carlsson J.
- Cavasotto C. N.
- Chambers C. C.
- Cherezov V.
- Chien E. Y. T.
- Congreve M.
- Costanzi S.
- Costanzi S.
- Damm-Ganamet K. L.
- David Rodríguez
- de Graaf C.
- de Graaf C.
- Evers A.
- Evers A.
- Evers A.
- Filipek S.
- Gaulton A.
- Geballe M. T.
- Haga K.
- Hawkins P. C.
- Irwin J. J.
- Jaakola V.-P.
- Jacobson M. P.
- Jens Carlsson
- Jorgensen W. L.
- Katritch V.
- Katritch V.
- Katritch V.
- Katritch V.
- Katritch V.
- Klepetářováa B.
- Kolaczkowski M.
- Kolb P.
- Kruse A. C.
- Kruse A. C.
- Kruse A. C.
- Kufareva I.
- Lane J. R.
- Liapakis G.
- Lin H.
- Liu W.
- Lorber D. M.
- Martinelli A.
- Michino M.
- Mobarec J. C.
- Moukhametzianov R.
- Moult J.
- Mysinger M. M.
- Mysinger M. M.
- Mysinger M. M.
- Nicholls A.
- Obiol-Pardo C.
- Overington J. P.
- Phatak S. S.
- Rasmussen S. G.
- Rodríguez D.
- Rodríguez D.
- Rosenbaum D. M.
- Rosenbaum D. M.
- Roumen L.
- Rueda M.
- Sali A.
- Schlick T.
- Shen M. Y.
- Shi L.
- Shimamura T.
- Shoichet B. K.
- Shoichet B. K.
- Strader C. D.
- Strader C. D.
- Tebben A. J.
- Venkatakrishnan A. J.
- Wacker D.
- Wang C.
- Warne T.
- Warne T.
- Warne T.
- Warren G. L.
- Weiner S. J.
- Weiner S. J.
- Weiss D. R.
- Woodward R.
- Wu B.
- Wu H.
- Publication venue
- 'American Chemical Society (ACS)'
- Publication date
- Field of study
No full textAssessing protein–ligand interaction scoring functions with the CASF-2013 benchmark
- Author
- A Ahmed
- A Evers
- A Oda
- AN Jain
- AN Jain
- AN Jain
- AR Leach
- B Bursulaya
- C Bissantz
- C Perez
- CA Lipinski
- D Plewczynski
- DB Kitchen
- DR Houston
- E Kellenberger
- E Perola
- G Jones
- G Schneider
- GB McGaughey
- GL Warren
- GM Morris
- GM Morris
- H Chen
- HA Carlson
- HM Berman
- ID Kuntz
- J Liu
- JB Cross
- JB Dunbar
- JB Dunbar
- JC Cole
- Jie Li
- Jie Liu
- K Onodera
- KL Damm-Ganamet
- L Hu
- L Xing
- Li Han
- M Kontoyianni
- M Kontoyianni
- M Stahl
- MD Cummings
- Minyi Su
- ML Benson
- N Brooijmans
- ND Yilmazer
- NP Todorov
- P Ferrara
- PM Marsden
- PS Charifson
- PS Kutchukian
- QU Ain
- R Kim
- R Rajamani
- R Wang
- R Wang
- R Wang
- R Wang
- R Wang
- RA Friesner
- RD Smith
- RD Smith
- Renxiao Wang
- S Ha
- T Brink
- T Cheng
- T Schulz-Gasch
- T Tuccinardi
- TA Halgren
- TJA Ewing
- W Xu
- X Hu
- X Li
- Y Li
- Y Li
- Yan Li
- Z Wang
- Z Zhou
- ZH Liu
- Zhihai Liu
- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- Field of study
No full textClassification of Current Scoring Functions
- Author
- Almlof M.
- Aqvist J.
- Ballester P. J.
- Ballester P. J.
- Ben-Naim A.
- Benson M. L.
- Bento A. P.
- Berman H. M.
- Bohm H. J.
- Brooks B. R.
- Böhm H. J.
- Carlson H. A.
- Catana C.
- Chandler D.
- Chaskar P.
- Chen X.
- Cheng T.
- Cornell W. D.
- Damm-Ganamet K. L.
- Deng W.
- Deng Z.
- DeWitte R. S.
- Dunbar J. B.
- Durrant J. D.
- Durrant J. D.
- Eldridge M. D.
- Fornabaio M.
- Friesner R. A.
- Friesner R. A.
- Gabel J.
- Gaulton A.
- Gilson M. K.
- Gilson M. K.
- Gohlke H.
- Gohlke H.
- Goodsell D. S.
- Grzybowski B. A.
- Hansch C.
- Hensen C.
- Hu L.
- Huang S. Y.
- Huang S. Y.
- Huang S. Y.
- Huang S.-Y.
- Jensen M. O.
- Jie Liu
- Jones G.
- Jones-Hertzog D. K.
- Karplus M.
- Kerzmann A.
- Khoruzhii O.
- Kollman P. A.
- Kramer C.
- Kuhn B.
- Leach A. R.
- Li G. B.
- Li Y.
- Li Y.
- Liu T.
- Liu Y.
- Makino S.
- McQuarrie D. A.
- Meng E. C.
- Miyazawa S.
- Muegge I.
- Muegge I.
- Muegge I.
- Muegge I.
- Murray C. W.
- Neudert G.
- Ortiz A. R.
- Raha K.
- Rajamani R.
- Renxiao Wang
- Schulz-Gasch T.
- Sippl M. J.
- Smith R. D.
- Tanaka S.
- Thomas P. D.
- Velec H. F. G.
- Verdonk M. L.
- Verkhivker G.
- Wang R.
- Wang R.
- Wang Y.
- Wang Y.
- Weiner S. J.
- Weiner S. J.
- Yin S.
- Zhang S.
- Zheng M.
- Zheng Z.
- Zheng Z.
- Zhou H.-X.
- Zhou T.
- Zilian D.
- Zou X.
- Publication venue
- 'American Chemical Society (ACS)'
- Publication date
- Field of study
No full textAccounting for Target Flexibility and Water Molecules by Docking to Ensembles of Target Structures: The HCV NS5B Palm Site I Inhibitors Case Study
- Author
- Abel R.
- Amadasi A.
- Amadasi A.
- Anilkumar G. N.
- Anilkumar G. N.
- Barillari C.
- Barreca M. L.
- Barreca M. L.
- Barreca M. L.
- Bauer M. R.
- Berman H. M.
- Berthold M. R.
- Beuming T.
- Bottoms C. A.
- Caillet-Saguy C.
- Cereto-Massague A.
- Chen K. X.
- Chen K. X.
- Chiara Guercini
- Corbeil C. R.
- Corbeil C. R.
- Cozzini P.
- Damm-Ganamet K. L.
- de Beer S. B.
- de Graaf C.
- de Vicente J.
- de Vicente J.
- de Vicente J.
- Dragovich P. S.
- Ehrlich L.
- Ellis D. A.
- Ellis D. A.
- Elokely K. M.
- Forli S.
- Garcia-Sosa A. T.
- Garcia-Sosa A. T.
- Garcia-Sosa A. T.
- Genheden S.
- Giuseppe Manfroni
- Goodford P. J.
- Gopalsamy A.
- Haudecoeur R.
- Henchman R. H.
- Huang K.
- Huang N.
- Huang S. Y.
- Huggins D. J.
- Hummer G.
- Imai T.
- Imai T.
- Irwin J. J.
- Irwin J. J.
- Ismail M. A.
- Jorgensen W. L.
- Kellenberger E.
- Kim C. W.
- Kim S. H.
- Knegtel R. M.
- Kumar A.
- Ladbury J. E.
- Le Pogam S.
- Lesburg C. A.
- Li L. S.
- Limongelli V.
- Lu S. Y.
- Lu Y.
- Maasoumy B.
- Mahmoud A. H.
- Mancera R. L.
- Manfroni G.
- Maria Letizia Barreca
- Mason J. S.
- Mayhoub A. S.
- McGowan D.
- Michel J.
- Michel J.
- Milletti F.
- Milletti F.
- Nichols S. E.
- Nittoli T.
- Nunzio Iraci
- Nyanguile O.
- Nyanguile O.
- Oriana Tabarrini
- Osterberg F.
- Patil V. M.
- Perola E.
- Pfefferkorn J. A.
- Pfefferkorn J. A.
- Poornima C. S.
- Poornima C. S.
- Poornima C. S.
- Powers J. P.
- Rao S.
- Raymer M. L.
- Roberts B. C.
- Ross G. A.
- Rossato G.
- Rosy Gaetani
- Ruebsam F.
- Ruebsam F.
- Santos R.
- Shaw A. N.
- Slater M. J.
- Sofia M. J.
- Stefano Sabatini
- Stegmann C. M.
- Talele T. T.
- Tedesco R.
- Thilagavathi R.
- Tran T. T.
- Triballeau N.
- Vandyck K.
- Velazquez F.
- Villacanas O.
- Vinh N. B.
- Violetta Cecchetti
- Waheed Y.
- Wang G.
- Wang L.
- Wong S. E.
- Yang J. M.
- Yang Y.
- Zhou Y.
- Publication venue
- 'American Chemical Society (ACS)'
- Publication date
- Field of study
No full text
