Identifying Fishes through DNA Barcodes and Microarrays

Background: International fish trade reached an import value of 62.8 billion Euro in 2006, of which 44.6% are covered by the European Union. Species identification is a key problem throughout the life cycle of fishes: from eggs and larvae to adults in fisheries research and control, as well as processed fish products in consumer protection. Methodology/Principal Findings: This study aims to evaluate the applicability of the three mitochondrial genes 16S rRNA (16S), cytochrome b (cyt b), and cytochrome oxidase subunit I (COI) for the identification of 50 European marine fish species by combining techniques of ‘‘DNA barcoding’’ and microarrays. In a DNA barcoding approach, neighbour Joining (NJ) phylogenetic trees of 369 16S, 212 cyt b, and 447 COI sequences indicated that cyt b and COI are suitable for unambiguous identification, whereas 16S failed to discriminate closely related flatfish and gurnard species. In course of probe design for DNA microarray development, each of the markers yielded a high number of potentially species-specific probes in silico, although many of them were rejected based on microarray hybridisation experiments. None of the markers provided probes to discriminate the sibling flatfish and gurnard species. However, since 16S-probes were less negatively influenced by the ‘‘position of label’’ effect and showed the lowest rejection rate and the highest mean signal intensity, 16S is more suitable for DNA microarray probe design than cty b and COI. The large portion of rejected COI-probes after hybridisation experiments (.90%) renders the DNA barcoding marker as rather unsuitable for this high-throughput technology. Conclusions/Significance: Based on these data, a DNA microarray containing 64 functional oligonucleotide probes for the identification of 30 out of the 50 fish species investigated was developed. It represents the next step towards an automated and easy-to-handle method to identify fish, ichthyoplankton, and fish products

Application of benchmarking in urban logistics on the example of selected European projects

Zastosowanie transportu samochodowego jako dominującej gałęzi transportu, wykorzystywanej do realizacji dostaw na terenach miast prowadzi do wielu negatywnych skutków związanych głównie z występowaniem efektu kongestii, zanieczyszczeniem środowiska, bezpieczeństwem na drogach, wizerunkiem miasta i jego funkcjonalnością, a także zapotrzebowaniem na energię. Od wielu lat podejmowane są działania mające na celu ograniczanie tych negatywnych skutków. Jednym ze sposobów jest zastosowanie procesu uczenia się od najlepszych zgodnie z zasadami benchmarkingu. Podejście oparte na wykorzystywaniu dobrych praktyk stanowi podstawę wielu europejskich projektów z obszaru logistyki miejskiej. W artykule przedstawiono doświadczenia wynikające z realizacji czterech tego typu przedsięwzięć. Omówiono specyfikę projektów oraz metodyki w nich stosowane. Celem artykułu jest uwypuklenie najważniejszych podobieństw w nich występujących, co może stanowić istotna wskazówkę przy podejmowaniu decyzji wdrożeniowych.The use of road transport as a dominant transport mode, used for urban deliveries, has a number of negative impacts, mainly due to the congestion effect, environmental pollution, road safety, city image and functionality, and the need for energy. For many years, efforts have been made to reduce these negative effects. One way is to apply the learning process from the bests, according to benchmarking concept. A good practice approach is the basis of many European urban logistics projects. The paper is focused on the experience resulting from the implementation of four such projects. The specificity of the projects and the methodologies used in them were discussed. The aim of the paper is to highlight the most important similarities in them, which may be an important hint when making implementation decisions

Importance of telematics systems for the reduction of environmental negative impact of urban freight transport – GRASS project introduction

The utilization of telematics solutions to support Urban Freight Transport is mainly important due to the complexity of the processes taking place in urban transport systems and the importance of the optimisation of transport operations via ensuring adequate availability of linear and nodal infrastructure, while reducing the adverse impact of the transport system on the environment. Presentation is focused on the analysis realized under international project named GRASS

Selected activities of Freight Quality Partnership in Szczecin

Funkcjonowanie gospodarki miejskiej uzależnione jest od dostępności towarów w obiektach handlowych, np. w centrach handlowych, sklepach spożywczych, wielobranżowych i przemysłowych. We współczesnych miastach można wyodrębnić trzy kluczowe grupy interesariuszy Miejskiego Transportu Towarowego (MTT). Pierwszą grupę, stanowią mieszkańcy, którzy reprezentują określone potrzeby konsumpcyjne w zakresie dóbr (towarów) i usług, ale także reprezentują określony poziom dojrzałości w zakresie akceptacji pryncypiów zrównoważonego rozwoju. Drugą grupę stanowi biznes, który jest rynkową odpowiedzią na zgłaszane przez mieszkańców zapotrzebowania poprzez oferowanie określonej podaż dóbr i usług. Wreszcie, trzecią grupę stanowią władze miasta, które realizują określoną strategię, m.in. przez politykę transportową. Jednym ze sposobów zapewnienia konsensusu pomiędzy różnymi grupami interesariuszy o odrębnych potrzebach są partnerstwa na rzecz jakości transportu towarowego (Freight Quality Partnership). Celem artykułu jest przedstawienie doświadczeń praktycznych, wynikających z eksperymentalnego wdrożenia tego typu partnerstwa w Szczecinie oraz wyników analiz, stanowiących podstawę dla implementacji rozwiązań ograniczających negatywne oddziaływanie MTT na środowisko miejskie.Functioning of urban infrastructure, depending on the availability of goods at retail outlets, such as shopping malls, grocery stores, multi-branch and industrial. Three major groups of Urban Freight Transport have been identified. The first group represents the consumer requirements for goods and services, but also in terms of acceptance of the principles of sustainable development. The second one includes the business entities, which are focused on the response for the city users’ needs and expectations. Finally, the third group are city authorities which implement a particular strategy of the city development. One of the ways to reach consensus among different stakeholder groups is the Freight Quality Partnership. The aim of the paper is to introduce the practical experiences resulting from the experimental implementation of this type of partnership in Szczecin and the results of analyzes, which are the basis for the implementation of the measures limiting the negative impact of UFT on the urban environment

Analysis of selected elements of smart systems transportation in Szczecin

Celem artykułu jest prezentacja rozwiązań z zakresu inteligentnych systemów transportowych wykorzystywanych w Szczecinie. Miasto Szczecin ze względu na położenie i występujące w nim szlaki komunikacyjne jest ważnym elementem krajowego systemu transportu. Zadaniem miasta jest zapewnienie wszystkim użytkownikom sprawnego przemieszczania się nie zapominając o zachowaniu zasad zrównoważonego rozwoju. Sposobem na spełnienie tych celów jest wdrażanie inteligentnych systemów transportowych. Przedmiotem badań zaprezentowanych w artykule są funkcjonujące w Szczecinie wybrane podsystemy inteligentnego systemu transportowego. Analizy dokonano poprzez weryfikację informacji przekazywanych przez tablice zmiennej treści.The aim of the article is to present solutions in the field of intelligent transport systems used in Szczecin. The city of Szczecin, due to its location and communication routes, is an important element of the national transport system. The city's task is to provide all users with efficient mobility, not forgetting to maintain the principles of sustainable development. The way to meet these goals is the implementation of intelligent transport systems. The subject of the research presented in the article are the selected subsystems of the intelligent transport system operating in Szczecin. The analysis was made by verifying information provided by Variable Message Signs

Low Carbon Logistics : nowe wyzwanie dla miast Regionu Południowego Bałtyku

The European Council has set the target to reduce European greenhouse gas emissions by 20% till 2020. The negative impacts of urban goods distribution are mainly caused by used vehicles (e.g. diesel-powered) and low system efficiency (e.g. low loading factor, low cooperation). The paper is focused on the new project – Low Carbon Logistic. It’s realized under the Interreg South Baltic Programme. The major objective of this project is to implement the low carbon city logistics measures in 5 pilot cities as well as to promote and support this kind of activities in South Baltic Region.Rada Europejska wyznaczyła cel, jakim jest zmniejszenie emisji gazów cieplarnianych w Europie o 20% do 2020 r. Negatywne skutki dystrybucji towarów w miastach wynikają głównie z charakterystyki stosowanych pojazdów (np. z silnikiem diesla) i niskiej wydajności systemu (np. niski współczynnik obciążenia, słaba współpraca). Artykuł koncentruje się na nowym projekcie - Low Carbon Logistic. Jest on realizowany w ramach programu Interreg South Baltic. Głównym celem tego projektu jest wdrożenie działań w zakresie niskoemisyjnej logistyki miejskiej w 5 miastach pilotażowych, a także promowanie i wspieranie tego typu działań w regionie Południowego Bałtyku

Analysis of selected elements of smart systems transportation in Szczecin

Celem artykułu jest prezentacja rozwiązań z zakresu inteligentnych systemów transportowych wykorzystywanych w Szczecinie. Miasto Szczecin ze względu na położenie i występujące w nim szlaki komunikacyjne jest ważnym elementem krajowego systemu transportu. Zadaniem miasta jest zapewnienie wszystkim użytkownikom sprawnego przemieszczania się nie zapominając o zachowaniu zasad zrównoważonego rozwoju. Sposobem na spełnienie tych celów jest wdrażanie inteligentnych systemów transportowych. Przedmiotem badań zaprezentowanych w artykule są funkcjonujące w Szczecinie wybrane podsystemy inteligentnego systemu transportowego. Analizy dokonano poprzez weryfikację informacji przekazywanych przez tablice zmiennej treści.The aim of the article is to present solutions in the field of intelligent transport systems used in Szczecin. The city of Szczecin, due to its location and communication routes, is an important element of the national transport system. The city's task is to provide all users with efficient mobility, not forgetting to maintain the principles of sustainable development. The way to meet these goals is the implementation of intelligent transport systems. The subject of the research presented in the article are the selected subsystems of the intelligent transport system operating in Szczecin. The analysis was made by verifying information provided by Variable Message Signs

Improving the effectivity of urban freight transport by means of cellular automata simulations

Unloading bays are one of the most popular and simple to implement solutions to support development of sustainable urban freight transport systems. The solution is aimed at reducing congestion on busy city streets, which is often caused by freight vehicles that, in an attempt to load or unload their cargoes, park directly in traffic lanes. Where dedicated unloading bays are in place, the traffic is undisturbed, which helps to prevent extra consumption of energy and fuel, and thus extra pollution, and which also makes it possible to avoid wasting time in traffic jams and ensuing costs. Therefore, the major benefit derived from this solution is its contribution to reduction of traffic congestion, followed by a perceptible decrease in pollutant emissions. This article aims at developing an algorithm for recommended distribution of unloading bays based on the reported locations of delivery points and parameters related to varied quantities of goods and the number of available parking spaces in the vicinity of unloading bays. Additionally, it addresses the issue of using unloading bays as EV charging stations. The proposed solution was implemented on the basis of a dedicated road traffic simulator based on the original cellular automaton model.

The wind forecast uncertainty for the Szczecin Lagoon and the Pomeranian Bay as one of error sources for the survivor drift route prediction

W niniejszym artykule naświetlono potrzebę predykcji trasy dryfu rozbitka w wodach Zalewu Szczecińskiego i Zatoki Pomorskiej. Jednakże, aby wyznaczyć tę trasę należy dysponować odpowiednimi parametrami wiatru. Parametry te można pozyskać z numerycznych modeli prognoz pogody. Prognozy tychże parametrów zazwyczaj obarczone są błędami. W artykule, na podstawie przeprowadzonych badań, przeanalizowano przyczyny powstawania błędów prognoz i wskazano możliwe kierunki poprawy jakości prognozowanych parametrów wiatru.In this paper, the need to predict a survivor drift route in the waters of the Szczecin Lagoon and the Pomeranian Bay is highlighted. However, this route will be established when appropriate wind parameters are required to be introduced into a route prediction model. These parameters can be derived from numerical weather forecast models. The forecasts of these parameters have usually errors. In this paper, based on the conducted research, the causes for errors in the wind forecasts have been discussed and possible directions for improving the quality of the forecasted wind parameters have been also indicated

Utilization of portable traffic detectors as the support for the data collection process in city logistics systems

One of the most important problem in the analysis of city logistics systems is data collection. The solution, which could support this process is utilization of independent, easy to use devices. The paper is focused on the example of utilization the portable road traffic detectors. These devices are easy to use tools, which can help to collect traffic data including the vehicles classification. The Authors will introduce an example of practical utilization of this kind of device, Sierzega SR4, as well as the advantages related to that