Skillnader i migrationsframgång mellan vild och odlad laxsmolt (Salmo salar L.)

Laxen är en anadrom fiskart som reproducerar sig i sötvatten men lever huvuddelen av sitt vuxna liv i saltvatten. På grund av vattenkraftens dammbyggen hindras laxen att göra dessa habitatbyten och reproduktionen drabbas. För att kompensera för minskade laxstammar sätter vattenkraftbolagen varje år ut miljontals odlad laxsmolt i vattendrag som mynnar ut i östersjön. I Umeälven släpps 80000 laxsmolt ut årligen. Tidigare rapporter visar att överlevnaden hos dessa är lägre än hos vild smolt. I den här rapporten försöker vi ta reda på om det finns en skillnad i migrationsframgång mellan vild och odlad smolt i Umeälven och vad konditionsfaktorn har för betydelse för den odlade smoltens migrationsframgång. Vi har använt oss av tre grupper med fiskar, två odlade och en vild grupp. Dessa skiljer sig från varandra gällande storlek och konditionsfaktor. Vi har också genom akustiska sändare i samma individer mätt hur fort de migrerat och hur långt de har kommit. Överlevnaden varierade, vild smolt hade 39 % den odlade gruppen med lägre medelvikt hade 48 % och den odlade gruppen med högre medelvikt hade 16 % överlevnad till Holmsund. Migrationshastigheten varierade mellan sträckor i älven men inte mellan grupper av fisk. Tendenser fanns i alla grupper att smolten föredrog att migrera nattetid, tydligast var det bland de vilda smolten på den senare sträckan. Vi tycker att man i framtida kompensationsodlingar ska satsa på mindre smolt med lägre konditionsfaktor för att efterlikna vild smolt och därmed förhoppningsvis öka överlevnaden till havet.The Atlantic salmon (Salmo salar L.) is an anadromous fish. It reproduces in freshwater streams but spends the major parts of its mature life in seawater. Due to hydropower dams the salmon is prevented from making these habitat changes and reproduction is compromised. Hydropower companies stock millions of salmon smolt in the Baltic Sea annually to compensate for decreasing salmon populations. In the Ume River 80000 hatchery reared salmon smolts are stocked every year. Previous reports show that the survival of these smolts is lower than the survival of wild smolts. In this report, we try to find out if there is a difference in migration success between wild and reared smolts in the Ume River and how conditionfactor affect the migration success. We have used three groups of fishes, two hatchery reared groups and a wild group. These differ from one another regarding size and condition factor. Acoustic transmitters measured how fast they migrated and how far they came. The rate of survival was 39 % for the wild smolt, 16 % for the hatchery reared group with high condition factor and 48 % for the hatchery reared group with low condition factor. Migration rate differed significant between stretches of the river, but not among groups of fish. We also discovered that there was a tendency for all groups to migrate at night, especially among the wild smolts in the later stretch of the river. We think that future hatcheries should aim for smaller smolts with lower condition factor to mimic wild smolts and thus hopefully increase migration success

Scalable whole-exome sequencing of cell-free DNA reveals high concordance with metastatic tumors

Whole-exome sequencing of cell-free DNA (cfDNA) could enable comprehensive profiling of tumors from blood but the genome-wide concordance between cfDNA and tumor biopsies is uncertain. Here we report ichorCNA, software that quantifies tumor content in cfDNA from 0.1× coverage whole-genome sequencing data without prior knowledge of tumor mutations. We apply ichorCNA to 1439 blood samples from 520 patients with metastatic prostate or breast cancers. In the earliest tested sample for each patient, 34% of patients have ≥10% tumor-derived cfDNA, sufficient for standard coverage whole-exome sequencing. Using whole-exome sequencing, we validate the concordance of clonal somatic mutations (88%), copy number alterations (80%), mutational signatures, and neoantigens between cfDNA and matched tumor biopsies from 41 patients with ≥10% cfDNA tumor content. In summary, we provide methods to identify patients eligible for comprehensive cfDNA profiling, revealing its applicability to many patients, and demonstrate high concordance of cfDNA and metastatic tumor whole-exome sequencing

Compensation of pendulum motion in maritime crane operations

Denne rapporten omhandler utvikling av en prototype, med et formål å undersøke kompensasjon for nyttelastsving på en maritim kran. Rapporten beskriver hvordan flere komponenter er implementert for å produsere prototypen til denne bacheloroppgaven. En 6-leddet robotarm brukes som prototype for en fysisk kran. Nyttelasten til prototypen er kjent. Nyttelastens bevegelse og dynamikk er modellert ved hjelp av lagrangiansk mekanikk. Kinematiske ligninger som definerer robotens bevegelser oppnås analytisk. Maskinsyn brukes til å oppdage nyttelastposisjonen. Flere deteksjonsalgoritmer utforskes, der fargedeteksjon brukes i prototypens endelige versjon. Ulike kamera-monteringer undersøkes. Først på gulvet, så på prototypens ende effektor. Flere kontrollsløyfer er simulert basert på den dynamiske nyttelastmodellen. I tillegg er flere kontrollere implementert på prototypen for å kompensere for svaiingen av nyttelasten. I et ideelt miljø er maskinsynet tilstrekkelig til å oppdage nyttelasten. Den ferdige prototypen er i stand til å kompensere for nyttelastens svaiende bevegelse. Det er imidlertid behov for mer forskning og utvikling for å reflektere mer realistiske scenarier for en maritim kran

Additional file 1 of Dietary sulfur amino acid restriction in humans with overweight and obesity: a translational randomized controlled trial

Additional file 1. Supplemental methods and results