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combined approach to assess intra-breed diversit

Genetic diversity and networks of exchange: A combined approach to assess intra-breed diversity

Background: Cryopreservation of three endangered Belgian sheep breeds required to characterize their intra-breed genetic diversity. It is assumed that the genetic structure of a livestock breed depends mostly on gene flow due to exchanges between herds. To quantify this relation, molecular data and analyses of the exchanges were combined for three endangered Belgian breeds. Methods: For each breed, between 91 and 225 sheep were genotyped with 19 microsatellites. Genetic differentiations between breeds and among herds within a breed were evaluated and the genetic structure of the breeds was described using Bayesian clustering (Structure). Exchanges of animals between 20, 46 and 95 herds according to breed were identified via semi-directed interviews and were analyzed using the concepts of the network theory to calculate average degrees and shortest path lengths between herds. Correlation between the Reynolds genetic distances and the shortest path lengths between each pair of herds was assessed by a Mantel test approach. Results: Genetic differentiation between breeds was high (0.16). Overall Fst values among herds were high in each breed (0.17, 0.11 and 0.10). Use of the Bayesian approach made it possible to identify genetic groups of herds within a breed. Significant correlations between the shortest path lengths and the Reynolds genetic distances were found in each breed (0.87, 0.33 and 0.41), which demonstrate the influence of exchanges between herds on the genetic diversity. Correlation differences between breeds could be explained by differences in the average degree of the animal exchange networks, which is a measure of the number of exchanges per herd. The two breeds with the highest average degree showed the lowest correlation. Information from the exchange networks was used to assign individuals to the genetic groups when molecular information was incomplete or missing to identify donors for a cryobank. Conclusions: A fine-scale picture of the population genetic structure at the herd level was obtained for the three breeds. Network analysis made it possible to highlight the influence of exchanges on genetic structure and to complete or replace molecular information in establishing a conservation program. © 2012 Dumasy et al; licensee BioMed Central Ltd

Genetic diversity and networks of exchange: a combined approach to assess intra-breed diversity

Abstract Background Cryopreservation of three endangered Belgian sheep breeds required to characterize their intra-breed genetic diversity. It is assumed that the genetic structure of a livestock breed depends mostly on gene flow due to exchanges between herds. To quantify this relation, molecular data and analyses of the exchanges were combined for three endangered Belgian breeds. Methods For each breed, between 91 and 225 sheep were genotyped with 19 microsatellites. Genetic differentiations between breeds and among herds within a breed were evaluated and the genetic structure of the breeds was described using Bayesian clustering (Structure). Exchanges of animals between 20, 46 and 95 herds according to breed were identified via semi-directed interviews and were analyzed using the concepts of the network theory to calculate average degrees and shortest path lengths between herds. Correlation between the Reynolds’ genetic distances and the shortest path lengths between each pair of herds was assessed by a Mantel test approach. Results Genetic differentiation between breeds was high (0.16). Overall Fst values among herds were high in each breed (0.17, 0.11 and 0.10). Use of the Bayesian approach made it possible to identify genetic groups of herds within a breed. Significant correlations between the shortest path lengths and the Reynolds’ genetic distances were found in each breed (0.87, 0.33 and 0.41), which demonstrate the influence of exchanges between herds on the genetic diversity. Correlation differences between breeds could be explained by differences in the average degree of the animal exchange networks, which is a measure of the number of exchanges per herd. The two breeds with the highest average degree showed the lowest correlation. Information from the exchange networks was used to assign individuals to the genetic groups when molecular information was incomplete or missing to identify donors for a cryobank. Conclusions A fine-scale picture of the population genetic structure at the herd level was obtained for the three breeds. Network analysis made it possible to highlight the influence of exchanges on genetic structure and to complete or replace molecular information in establishing a conservation program.</p

Appartenance locale et propriété au nord et au sud de la Méditerranée

Cet ouvrage, issu d’une rencontre entre des chercheurs travaillant sur des espaces géographiques variés, de Tunisie, d’Italie, d’Algérie, de France et de Turquie restitue, au plus près de l’expérience des acteurs eux-mêmes, les voies pratiquées pour acquérir et pouvoir revendiquer des droits d’appartenance. Dans ce processus, la propriété s’est révélée être un terrain décisif : ces études montrent à quel point, dans ces sociétés apparemment très éloignées, l’accès différentiel aux biens ne dessine pas seulement des hiérarchies économiques ou des primautés symboliques, mais crée des prérogatives qui investissent plus largement les individus. La faiblesse ou au contraire les privilèges qui définissent l’appartenance à des groupes sexuels ou à des groupes d’âge sont largement charpentés sur des possibilités différentielles de disposer de biens et de les transmettre. Et surtout, dans un large éventail de cas, la condition de « citoyen » ou de sujet d’un pouvoir central est étroitement liée à la reconnaissance de cette capacité à transmettre. En somme, dans les sociétés modernes au nord et au sud de la Méditerranée, ce recueil nous montre que le rapport aux choses crée des relations et des liens. Les capacités d’exercice des droits de propriété dessinent les contours de communautés locales et, en conséquence, celles de communautés territoriales plus vastes. C’est une approche originale à la « citoyenneté » qui est présentée ici, qui met en relief des aires « de compatibilité » entre des terrains d’analyse apparemment très éloignés. Quantité d’idées reçues sur les prétendues « spécificités culturelles » caractérisant ces différentes aires géographiques sont ainsi mises en discussions ; ce qui ouvre un terrain de dialogue inattendu et fructueux. Crédits photo : Porta Palazzo, Turin, octobre 2014, Simona Cerutt

Le moment idéologique

Que peut nous apporter aujourd’hui la lecture des Idéologues, ces penseurs qui ont reconfiguré le champ des savoirs au début du XIXe siècle ? La mise au jour d’un moment idéologique. Ce moment est celui qui voit une radicalité des Lumières se scinder entre divers branchements disciplinaires, entre diverses conceptions de la subjectivité et de l’émancipation. Le moment idéologique est un moment de passage, mais surtout de décantation. On y voit émerger, quoiqu’encore entremêlés et solidaires, ce que nous sommes habitués à distinguer : Lumières et romantisme, rationalisme et sentiment, radicalité et conservatisme, nécessité et volontarisme, colonialisme et soif d’altérité, science et littérature. Les dix chapitres de cet ouvrage ont en commun de visiter ce moment idéologique à partir de questions concrètes, analysées sur des objets textuels précisément circonscrits : une fausse polémique, un cours d’histoire, une analogie hydraulique, des théories de l’imagination, des épisodes de réminiscence involontaire, un voyage à Alexandrie, un projet d’alphabet universel, une explication de l’amitié, une réécriture romanesque de la folle « science des idées ». C’est à partir de ces cas particuliers que prend forme une image d’ensemble du moment idéologique, où se révèlent à la fois la reconfiguration des champs du savoir et ce que cette reconfiguration a occulté : l’inséparabilité de ce qui devient alors, d’un côté, « la littérature » et, de l’autre, « les sciences » (de l’homme) – le moment idéologique nous faisant voir que ce sont les deux faces d’une même pièce

L'inscription territoriale de la gestion des races animales: une recherche pluridisciplinaire

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