Core genome multilocus sequence typing (cgMLST) confirms systemic spread of avian pathogenic Escherichia coli (APEC) in broilers with cellulitis

Broiler cellulitis has emerged as an important cause of economic losses for farmers and slaughter plants from carcass condemnation at processing. Avian pathogenic Escherichia coli (APEC) has been identified as the main causative agent. The aim was to characterize E. coli isolated from cellulitis and organs in broilers at slaughter by whole genome sequencing analysis to study if systemic spread could be confirmed. Isolates were collected postmortem from 101 carcasses condemned due to dermatitis/cellulitis from five commercial farms and six flocks. Forty-six isolates were characterised to determine serotypes, sequence types and virulence-associated genes. Analysis by cgMLST was performed to study the genetic similarity between isolates from the same broiler, among birds from the same flock and between flocks. Escherichia coli was isolated from 90% of birds from subcutaneous samples. In 20 broilers, E. coli was isolated from organs in pure culture or mixed with sparse growth of other bacteria. In eight of these, there were post-mortem findings suggestive of systemic bacterial spread. The majority of the isolates from the same bird and flock belonged to the same serotype and sequence type and were genetically indistinguishable, but differed when compared between flocks. Common APEC virulence genes, i.e. chuA, fyuA, hlyF, iroN, irp2, iss, ompT, sitA, TerC, TraT, were present in > 87% of the isolates. We conclude that evidence of systemic spread of E. coli from cellulitis was present in some birds at time of slaughter but cannot be reliably detected at meat inspection

Questionnaire study suggests grave consequences of infectious laryngotracheitis, infectious coryza and mycoplasmosis in small chicken flocks

BackgroundA growing number of people in western countries keep small chicken flocks. In Sweden, respiratory disease is a common necropsy finding in chickens from such flocks. A respiratory real-time polymerase chain reaction (PCR) panel was applied to detect infectious laryngotracheitis virus (ILTV), Avibacterium paragallinarum (A. paragallinarum) and Mycoplasma gallisepticum (M. gallisepticum) in chickens from small flocks which underwent necropsy in 2017-2019 and had respiratory lesions. Owners (N = 100) of PCR-positive flocks were invited to reply to a web-based questionnaire about husbandry, outbreak characteristics and management.ResultsResponse rate was 61.0%. The flocks were from 18 out of Sweden's 21 counties indicating that respiratory infections in small chicken flocks are geographically widespread in Sweden. Among participating flocks, 77.0% were coinfected by 2-3 pathogens; 91.8% tested positive for A. paragallinarum, 57.4% for M. gallisepticum and 50.8% for ILTV. Larger flock size and mixed-species flock structure were associated with PCR detection of M. gallisepticum (P = 0.00 and P = 0.02, respectively). Up to 50% mortality was reported by 63.9% of respondents. Euthanasia of some chickens was carried out in 86.9% of the flocks as a result of the outbreaks. Full clinical recovery was reported by 39.3% of owners suggesting chronic infection is a major challenge in infected flocks. Live birds had been introduced in many flocks prior to outbreaks, which suggested these as an important source of infection. Following the outbreaks, 36.1% replaced their flocks with new birds and 9.8% ceased keeping chickens.ConclusionsThis study highlights the severity of respiratory outbreaks in small non-commercial chicken flocks and points to the need for more research and veterinary assistance to prevent and manage respiratory infections in small chicken flocks

Hållande av vaktel

Uppdraget har varit att utifrån givna frågeställningar beskriva det kunskapsläge som finns kring hur vaktlar bör hållas och skötas. Med begreppet ”vaktel” avses rent biologiskt inte en enskild art utan ett antal släkten med totalt ca 80 arter av en typ av små hönsfåglar, men det är den japanska vakteln som har domesticerats och idag främst hålls för livsmedelsproduktion. Den japanska vakteln har hållits i fångenskap sedan 1100-talet. Systematisk domesticering och selektion för ägg- respektive köttproduktion har skett mer intensivt sedan omkring förra sekelskiftet, det vill säga i drygt 100 år. Den domesticerade japanska vakteln utmärks av snabb tillväxt, tidig könsmognad och hög äggproduktion i de linjer som har selekterats för detta ändamål. Livslängden hos viltlevande japanska vaktlar anges till 2–3 år, medan domesticerade vaktlar kan leva upp till 8 år. Den forskning som finns är främst gjord på den domesticerade japanska vakteln (Coturnix japonica domestica). Detta yttrande fokuserar därför på hållande och skötsel av den domesticerade japanska vakteln, fortsättningsvis kallad ”domesticerad vaktel”. Mycket av forskningen kring dessa vaktlars beteenden och inhysning är gjord under burförhållanden. Burhållning av vaktel är, såvitt Rådet känner till, inte vanligt förekommande i Sverige i kommersiella vaktelbesättningar och EU-kommissionen planerar att fasa ut all typ av sådan inhysning av livsmedelsproducerande vaktlar. Vi har därför valt att lägga tyngdpunkten i denna rapport på vaktelhållning i frigående system. I Sverige hålls domesticerad vaktel för kommersiell produktion av ägg och kött i småskaliga besättningar som är spridda över landet. Omfattningen är dock liten. Domesticerad vaktel och flera andra vaktelarter, t.ex. den kinesiska dvärgvakteln, hålls även för hobbyändamål (sällskap, avel, prydnad) och som försöksdjur i Sverige. De omfattas av svensk djurskyddslagstiftning oavsett syftet med djurhållningen. Vilka regler som gäller är dock avhängigt av dels vilket syfte man har med vaktelhållningen och dels hur den vaktelart man håller ska karakteriseras. Beroende på svar så blir olika föreskrifter gällande, och ibland är det motstridigt vilka föreskrifter som ska följas. Bristen på entydiga föreskrifter skapar en osäkerhet kring vad som egentligen gäller, både för djurhållare och för länsstyrelserna som ska utföra djurskyddskontroller och ibland förpröva vaktelanläggningar. Eftersom japanska vaktlar har varit domesticerade en kort tid (ca 800 år jämfört med t.ex. tamhöns [Gallus gallus domesticus] ca 8000 år) och selektionen har fokuserat på produktionsegenskaper kan man utgå från att de inte skiljer sig så mycket från vilda japanska vaktlar avseende behov och naturligt beteende. Den vilda anfadern till den domesticerade vakteln är marklevande och lever i habitat som erbjuder täta skydd i form av gräsmarker och buskar längs vattendrag och odlade fält. Dessutom är fåglarna kamouflagefärgade och de är naturligt skygga. De fåtal studier som finns av viltlevande japanska vaktlar visar att fåglarna tillbringar mycket tid med att sprätta och leta efter frön och ryggradslösa djur på marken. Viltlevande japanska vaktlar lever i par eller i små grupper under reproduktionssäsongen, och samlas i större flockar under flyttsäsongen. Den domesticerade vakteln formar i fångenskap en dominanshierarki likt tamhönsens hackordning. Den domesticerade vaktelns sinnen (syn, hörsel och lukt) verkar likna tamhönans. Vaktlar är tidigt utvecklade och vid kläckning är de befjädrade, kan se, höra och förflytta sig i sin närmiljö. De blir könsmogna redan vid 5–6 veckors ålder och lägger sina ägg skyddat på marken. Bobyggande och ruvning utförs endast av hönorna. Det saknas dock forskning som tydligt visar vilken grad av ruvningsbenägenhet de har. En allmän uppfattning bland djurägarna tycks även vara att vaktlar inte använder värpreden och att fåglarna därför saknar detta behov. Det kan dock inte uteslutas att orsaken är att fåglarna har specifika önskemål om utformning av reden som inte uppfylls av traditionella värpreden. Även här är forskningen mycket bristfällig (så vilket behov av värprede som råder och hur det bäst utformas är oklart). Skydd är en mycket viktig resurs för vaktlar, och därför behöver de erbjudas tillräckligt med skydd i djurutrymmet så att samtliga fåglar samtidigt kan söka skydd utan att det uppstår konkurrens och stress. Dessa skydd ska placeras i marknivå för vaktlarna att gömma sig under. Sannolikt behöver även dessa skydd vara utspridda i utrymmet dels för att uppmuntra till rörelse och stimulera till att hela utrymmet används, men framför allt för att avståndet till ett skydd ska vara kort. Eftersom vaktlarna har en rangordning och kan vara aggressiva mot varandra är det viktigt att essentiella resurser inte kan monopoliseras utan kommer alla fåglarna till godo. Det är därför även viktigt att det finns tillräckligt med plats kring utfodring, och att det finns tillräckligt många vattenplatser. Som regel ges vaktlar fri tillgång på foder och dricksvatten. Det saknas forskning kring vaktlars behov att söka skydd högre upp, t.ex. på sittpinnar. Den forskning som finns indikerar att behovet av sittpinnar är lågt. Vaktlar är sociala djur och ska därför aldrig hållas ensamma. De bör hållas i grupper som är mixade (både hönor och tuppar) eller i grupper som består enbart av hönor. Det är inte lämpligt att hålla enbart tuppar i en grupp. Även om de i naturen kan leva i par är rekommendationen att antalet hönor överstiger antalet tuppar i vaktelflockar med könsmogna fåglar. Denna rekommendation motiveras av behovet att minska aggression och risken för skador på hönan. Det är viktigt för vaktlar att ströbada av flera anledningar, bl.a. för att hålla fjäderdräkten i trim. Vaktlar ströbadar flera gånger dagligen om lämpligt strömedel finns fritt tillgängligt. Att hålla vaktlarna på ett strömaterial som möjliggör att de kan picka och sprätta är också en viktig välfärdshöjande resurs, eftersom de naturligt ägnar en stor del av tiden åt dessa födosöksrelaterade beteenden. Ljustillförsel för domesticerad vaktel bör vara naturligt ljus eller armatur med dagsljusliknande spektrum. Ljusintensitet och ljusprogram kan jämföras med de som används för värphöns. De domesticerade vaktlarna har ett behov av termisk komfort som kan jämföras med tamhöns, både som kycklingar och som vuxna djur. Det regelverk som finns för värphöns gällande ljus, temperatur och övriga klimatfaktorer bör kunna tillämpas även för domesticerad vaktel, åtminstone tills kunskapsläget för dessa fåglar är bättre. När man utformar miljön är det även viktigt att tänka på biosäkerheten och möjligheten till god tillsyn över vaktlarna. Eftersom vaktlarna är i behov av att söka skydd får man planera utformningen av dessa så att tillsyn kan ske. Det behöver även vara tillräcklig ljusintensitet så att skydd och eventuella värpreden kan inspekteras vid den dagliga tillsynen. När det gäller biosäkerheten bedömer Rådet att samma principer som gäller för besättningar med värphöns, slaktkyckling och kalkonuppfödning i stora drag bör kunna appliceras i livsmedelsproducerande vaktelflockar. Bland annat bör inomhusutrymmen vara saneringsbara och utomhusytor bör vara hårdgjorda eller väldränerade närmast inomhusutrymmet. Omgångsuppfödning är att rekommendera av smittskyddsskäl, och man bör undvika att blanda fjäderfän av olika arter, ursprung och åldrar. En annan viktig orsak till att man bör undvika blandning av flockar är att detta kan leda till social instabilitet i flocken med nedsatt djurvälfärd som följd. Det är även viktigt att djurutrymmena utformas så att vaktlarna inte kan rymma. Då den domesticerade vakteln är relativt nära släkt med vår inhemska europeiska vaktel kan dessa två hybridisera och producera fertil avkomma, vilket är ytterst olämpligt ur ett bevarandebiologiskt perspektiv. Den forskning som idag finns kring vaktlar ger inget underlag för att ge rekommendationer kring exakta gruppstorlekar, utöver att fåglarna aldrig bör hållas ensamma eller i grupp med enbart tuppar. Den forskning som finns kring utrymmesbehov är främst framtagen genom forskning i bursystem, vilket inte är relevant i detta sammanhang eftersom burhållning av livsmedelsproducerande fjäderfän ska fasas ut inom EU. När det gäller minimiutrymme kan man generellt säga att forskningen enhälligt visar att en hög djurtäthet inverkar negativt på djuren och att tillgången till skydd och könssammansättning av gruppen påverkar lämplig beläggningsgrad. Det finns flera kunskapsluckor kring vaktlar och deras naturliga beteenden och behov, och den forskning som finns är främst gjord på vaktlar i bur. Därför behövs det generellt mer forskning kring hållande av frigående vaktlar

A follow-up on the Swedish roundworm control program: strengths and weaknesses

Poultry roundworms have re-emerged in laying hens in many European countries due to the increase in noncaged housing. This is worrying because, at high parasite loads, Ascaridia galli can impact birds' welfare, health, and productivity. Worm control is therefore an important aspect of the successful management of the egg production industry. In 2009, the Swedish Egg Association initiated a voluntary control program to tackle the problem and reduce the appearance of worms in table eggs by encouraging producers to submit fecal samples for analysis. Since the start of the program, its data have never been thoroughly explored. Moreover, after more than a decade of challenges, our understanding of how egg producers perceive worm infection is still inadequate. This study was therefore designed to address these issues. The research data in the present study are drawn from 2 sources. First, through the control program and second, through an online survey. We have summarized the control program's achievements and discussed its findings and limitations. Although this work contributes to existing knowledge of roundworm control in laying hens in general, it also identifies gaps in knowledge. In conclusion, the control program can be improved by incorporating more strategic sampling and utilizing well-suited diagnostic tools for better assessment of infection status. It is equally important to educate producers on anthelmintics (AH) use and the development of resistance

Retrospective analysis of post-mortem findings in domestic ducks and geese from non-commercial flocks in Sweden, 2011-2020

Background Small poultry flock ownership has become a popular hobby in Europe and North America in recent years but there is a general lack of information regarding bird health and welfare. This retrospective analysis of routine post-mortem cases of non-commercial anseriform poultry aimed at providing information on causes of mortality mostly in relation to mortality events. For this purpose, birds that were submitted for routine post-mortem diagnostics to the National Veterinary Institute (SVA) in Sweden in 2011-2020 were retrospectively reviewed to determine main causes of mortality. Results Records from 79 necropsy submissions involving 120 birds (domestic ducks n = 41, Muscovy ducks n = 45, hybrid ducks n = 2 and domestic geese n = 32) were retrieved and analysed. Most submissions (72.2%) represented flock disease events and unexpected mortality was the most common cause of submission (70.9% of submissions). Twenty-two submissions (27.8%) were referred by veterinarians. There was a wide range of diagnoses of infectious and noninfectious aetiologies. Infectious causes of mortality included parasitic (19.2%), bacterial (13.3%), fungal (10.0%) and viral infections (3.3%) (at bird level of all 120 birds). Some of these infections such as duck virus enteritis (DVE), highly pathogenic influenza (HPAI H5N8) in Muscovy ducks and leucocytozoonosis (Leucocytozoon sp.) in all three species were most likely acquired from contact with wild free-living waterfowl. Generalised yeast infection (Muscovy duck disease) was diagnosed in Muscovy ducks and in a Muscovy duck/domestic duck hybrid. Other diseases were related to generalised noninfectious causes (27.5% of all birds) including diseases such as kidney disease, amyloidosis, cardiac dilatation, reproductive diseases and idiopathic inflammatory conditions. Nutritional or management-related diseases were diagnosed in 14.2% of all birds including rickets and gastrointestinal impaction/obstruction. Congenital/developmental, neoplastic, toxic and traumatic causes of mortality were rare. Conclusions The information obtained in this study can be used to identify and evaluate risks and help owners and veterinarians to prevent disease and provide adequate veterinary care for non-commercial anseriform poultry